genome.fa.s1940.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1940
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  123946

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3427--3575	52	2.9	51	89	4	235	30	17	18	32	1.94
3564--3588	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
3629--3695	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
3651--3675	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
5772--5812	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
5852--5922	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
6085--6110	13	2.0	13	100	0	52	30	15	23	30	1.95
7720--8235	86	5.9	87	75	9	399	34	8	25	31	1.86
7720--8277	87	6.4	85	73	9	338	34	9	24	31	1.88
7899--8224	173	1.9	174	83	5	428	34	8	25	31	1.86
10899--10950	21	2.4	21	84	9	61	48	17	5	28	1.70
11726--11794	33	2.1	33	91	0	111	37	23	17	21	1.94
19475--19499	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
19455--19518	32	2.0	32	90	3	101	31	15	15	37	1.89
19488--19604	19	5.8	19	69	15	74	29	16	18	35	1.93
19542--19604	19	3.3	19	82	6	83	33	15	14	36	1.88
21283--21338	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
21408--21433	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
21390--21453	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
21488--21531	20	2.1	22	91	8	74	40	20	9	29	1.83
25510--25546	15	2.4	16	86	9	58	54	21	13	10	1.69
27626--27651	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29440--29477	19	2.0	19	100	0	76	36	5	15	42	1.70
30270--30313	20	2.1	22	87	8	65	43	20	6	29	1.78
31841--31891	19	2.6	20	87	3	68	27	13	15	43	1.85
33628--33721	20	5.1	20	67	23	62	36	12	17	34	1.87
33603--33667	33	2.0	33	84	6	87	36	13	15	33	1.87
33602--33721	53	2.3	53	91	0	195	35	14	16	34	1.89
41378--41417	20	1.9	20	90	10	62	35	5	20	40	1.74
41970--42034	32	2.0	33	87	3	96	32	13	13	40	1.85
42085--42171	20	4.7	20	81	18	125	31	18	18	32	1.95
42106--42130	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
42086--42150	33	2.0	33	100	0	130	32	18	18	30	1.95
46084--46215	50	2.7	49	86	8	178	28	15	15	40	1.88
48572--48902	79	4.2	79	85	1	387	26	22	13	36	1.92
48838--48935	50	2.0	50	90	8	155	26	25	10	37	1.88
48759--49014	129	2.0	129	85	1	352	27	24	12	35	1.92
48888--49300	79	5.3	79	84	5	509	26	23	14	35	1.93
48678--49109	208	2.1	209	81	3	503	27	23	14	35	1.93
48637--49156	287	1.8	287	83	3	706	26	23	14	36	1.93
48888--49295	158	2.6	157	87	2	586	26	23	14	35	1.93
54045--54132	40	2.2	40	93	2	151	38	11	14	35	1.82
57556--57809	88	2.9	87	80	7	244	29	26	10	33	1.89
58714--58773	20	3.0	21	78	7	70	30	16	13	40	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64408--64551	20	6.8	20	72	17	105	27	14	15	43	1.85
65637--65815	51	3.5	51	78	5	193	28	24	12	34	1.92
65883--65954	28	2.6	28	80	10	85	23	30	19	26	1.98
65939--66055	51	2.3	52	88	7	177	30	27	11	29	1.92
65992--66210	80	2.7	77	80	8	242	27	24	13	34	1.93
68390--68415	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
69208--69626	49	8.8	49	73	10	316	32	18	25	23	1.97
69656--69963	34	9.6	33	79	11	320	33	12	32	21	1.91
69623--69963	61	5.4	66	80	11	308	34	12	31	21	1.91
69654--69963	95	3.2	93	83	5	370	33	12	32	21	1.91
69644--69963	159	2.0	155	82	8	378	34	12	31	21	1.91
69944--70283	61	5.5	60	80	8	335	30	15	30	23	1.95
69944--70283	31	11.0	30	81	6	367	30	15	30	23	1.95
71548--71587	17	2.3	17	86	4	53	2	0	17	80	0.83
71538--71602	25	2.4	28	73	21	66	6	6	13	73	1.21
80048--80104	28	2.0	28	93	0	96	35	19	10	35	1.86
80901--80940	16	2.4	17	91	4	64	72	0	2	25	0.97
83448--83493	18	2.6	18	86	10	67	10	21	4	63	1.44
85050--85122	20	3.5	20	71	14	65	17	19	17	45	1.86
84828--85198	88	4.2	88	83	1	422	22	18	15	43	1.88
84828--85199	175	2.1	176	83	1	478	22	18	15	43	1.88
84833--85147	44	7.2	44	67	9	167	22	18	16	42	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85638--86540	59	15.2	60	75	6	613	18	16	18	46	1.84
85638--86540	117	7.6	117	72	13	463	18	16	18	46	1.84
85830--85925	30	3.2	30	75	8	97	16	13	18	51	1.77
85806--85897	29	3.1	30	74	9	100	17	14	17	51	1.77
85939--86118	61	3.0	61	85	5	224	16	15	19	49	1.80
86230--86315	29	2.9	29	67	8	75	16	13	24	45	1.84
86659--86752	47	2.0	47	85	0	125	25	25	6	42	1.78
86722--87033	74	4.2	74	82	4	367	22	20	11	45	1.82
88114--88275	65	2.5	64	81	3	191	18	23	14	43	1.86
88839--88905	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
88859--88883	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
88946--88970	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88979--89102	52	2.4	52	93	1	205	34	19	17	28	1.95
93180--93206	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
102897--103003	1	107.0	1	72	0	70	85	7	3	3	0.83
102896--103003	16	6.7	16	76	9	94	84	8	3	3	0.86
102897--103003	17	6.2	17	77	7	83	85	7	3	3	0.83
104445--104700	30	8.8	28	80	6	235	31	27	18	21	1.97
104441--104700	58	4.4	58	82	5	292	31	27	18	22	1.97
104439--104702	88	3.0	85	86	3	321	31	28	18	21	1.97
104707--105001	49	6.0	49	81	10	325	25	25	16	32	1.96
104799--104891	43	2.2	43	98	0	177	26	25	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104801--104869	22	3.2	22	62	25	56	26	26	17	30	1.97
104753--104944	92	2.0	95	92	4	318	26	25	16	32	1.96
104845--104998	52	2.9	53	80	6	186	24	24	16	35	1.94
105807--105873	33	2.0	33	85	0	89	35	11	11	40	1.79
105827--105851	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
105914--105938	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
105947--106070	52	2.4	52	91	1	196	34	18	17	29	1.94
112423--112961	42	12.7	42	76	5	415	17	29	20	33	1.95
112411--112793	85	4.5	84	76	6	360	16	29	19	34	1.94
112423--112961	127	4.2	126	81	4	598	17	29	20	33	1.95
113486--113532	24	1.9	25	86	4	69	63	0	2	34	1.06
113526--113575	24	2.1	24	85	7	66	66	2	0	32	1.03
113793--113886	14	7.1	14	72	16	83	23	20	9	46	1.79
113801--113887	28	3.1	27	76	12	95	24	20	11	43	1.85
113754--113887	51	2.5	53	82	9	166	25	20	10	43	1.84
114282--114365	33	2.5	33	83	5	98	46	9	22	21	1.80
118925--118968	18	2.4	20	75	21	51	31	0	2	65	1.05
119412--119450	18	2.2	18	90	4	62	48	0	0	51	1.00
120379--120482	32	3.4	29	75	11	102	46	0	4	49	1.23
123823--123847	12	2.1	12	100	0	50	36	16	16	32	1.90
123805--123868	31	2.0	32	90	3	103	40	15	14	29	1.86

Tables:   1

The End!