genome.fa.s1955.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1955
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  140969

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2469--2534	20	3.3	19	84	14	73	86	10	1	1	0.71
2467--2548	21	4.0	20	79	9	85	82	13	1	2	0.82
2469--2542	10	7.3	10	75	18	55	83	12	1	2	0.81
2467--2550	36	2.3	35	80	11	98	83	13	1	2	0.81
2468--2534	1	67.0	1	75	0	53	86	10	1	1	0.70
2501--2550	14	3.5	15	84	15	70	84	14	0	2	0.72
3803--4300	28	17.1	28	80	11	502	29	30	17	22	1.97
3803--4277	147	3.3	146	87	5	667	29	30	17	22	1.96
3803--4300	203	2.4	200	83	6	574	29	30	17	22	1.97
4365--4534	48	3.5	48	90	0	241	21	27	14	35	1.93
4399--4473	23	3.2	23	62	20	55	20	32	12	36	1.89
5176--5252	20	3.8	20	82	0	100	29	12	14	42	1.83
5235--5351	51	2.3	51	84	0	144	31	15	10	42	1.80
5166--5376	71	3.0	68	73	15	221	29	15	12	42	1.84
5321--5439	20	5.6	20	72	18	105	30	16	11	41	1.84
10197--10251	18	2.7	20	75	18	60	56	0	0	43	0.99
11933--11965	16	2.0	17	88	5	50	48	6	0	45	1.27
12697--12801	51	2.1	51	96	0	192	20	12	20	45	1.83
13507--13561	27	2.1	26	83	10	67	45	0	1	52	1.11
14324--14372	26	1.9	26	83	4	64	48	20	10	20	1.78
18026--18058	13	2.5	13	95	0	57	42	6	42	9	1.61
18105--18174	24	2.8	24	80	10	70	44	20	10	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18131--18203	27	2.7	28	82	4	87	43	20	8	27	1.80
22618--22643	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
22598--22661	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
23266--23345	38	2.0	40	83	4	101	35	25	5	35	1.78
23350--23393	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
25194--25232	13	3.0	13	96	0	69	38	12	15	33	1.85
27304--27341	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
29144--29188	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
31399--31424	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
31379--31442	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
32621--32710	27	3.5	25	84	4	74	48	21	4	25	1.68
32643--32715	27	2.7	27	91	0	119	47	20	6	24	1.74
34472--34503	15	2.1	15	100	0	64	62	0	0	37	0.95
35688--36205	165	3.2	164	81	7	617	33	8	14	43	1.76
36373--36663	156	1.9	155	86	0	420	26	14	18	40	1.89
36405--36725	156	2.1	156	80	7	357	28	13	18	40	1.88
39881--39956	28	2.7	29	85	6	102	28	21	28	21	1.98
39943--40056	51	2.2	51	93	0	192	34	10	23	31	1.89
39998--40454	79	5.8	78	72	14	344	32	12	26	28	1.93
40259--40376	51	2.3	52	88	2	175	33	12	24	28	1.92
40387--40506	51	2.4	51	82	0	150	32	15	24	28	1.95
40248--40532	130	2.2	130	83	3	340	35	13	24	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40264--40566	130	2.3	130	81	2	338	34	12	23	28	1.92
42921--42975	20	2.8	20	88	5	76	41	14	16	27	1.87
43623--43702	42	1.9	42	87	10	119	41	15	25	18	1.89
43636--43780	45	3.5	38	73	18	114	36	15	27	20	1.93
43749--44137	61	6.5	61	82	7	401	28	19	26	25	1.99
43757--44136	122	3.2	115	83	5	454	27	20	26	26	1.99
43947--44136	55	3.3	55	82	9	254	25	20	25	28	1.99
43821--44558	329	2.3	323	86	5	1018	25	19	28	26	1.99
44155--44457	55	5.4	55	87	6	376	22	21	28	28	1.99
44385--44573	100	2.0	95	85	11	260	25	16	31	25	1.96
45548--45600	16	3.1	17	81	8	63	1	3	7	86	0.75
45548--45598	21	2.4	22	83	9	61	1	3	7	86	0.77
45549--45587	13	2.9	14	85	14	55	0	2	10	87	0.65
45550--45600	25	2.0	26	84	7	68	1	3	7	86	0.77
58037--58148	51	2.2	51	88	3	163	35	11	21	31	1.89
58088--58281	107	1.8	106	87	6	293	32	11	26	29	1.92
58133--58207	28	2.7	29	85	8	102	25	14	32	28	1.95
57966--58254	158	1.8	158	89	3	456	33	13	24	28	1.93
58088--58441	186	1.9	187	90	1	568	32	12	25	28	1.93
58317--58390	28	2.6	29	78	6	98	25	20	29	24	1.99
58159--58352	79	2.4	78	82	5	237	31	12	28	27	1.93
58249--58442	107	1.8	108	85	3	275	31	14	25	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58375--58492	50	2.3	51	87	7	168	32	12	25	29	1.93
58366--58682	130	2.4	131	85	2	451	35	12	24	27	1.92
58503--58622	51	2.4	51	84	0	150	32	15	25	26	1.95
63085--63139	23	2.4	23	100	0	110	60	12	12	14	1.60
63955--64007	20	2.6	20	85	8	72	33	18	9	37	1.83
65048--65401	154	2.3	154	81	3	406	25	13	18	41	1.88
65332--65654	155	2.1	153	81	5	364	25	17	17	40	1.91
67275--67464	47	4.0	47	83	3	193	22	10	21	45	1.82
72247--72299	13	4.5	13	71	26	55	35	16	13	33	1.88
72247--72315	33	2.1	33	89	5	104	36	18	13	31	1.89
72344--72418	20	3.8	20	85	3	107	37	17	13	32	1.88
72404--72430	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
81052--81083	13	2.5	13	94	0	55	37	12	15	34	1.85
81128--81183	19	2.9	19	89	2	76	37	17	14	30	1.90
81168--81194	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
89365--89418	20	2.7	20	88	8	74	42	12	12	31	1.81
92274--92299	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
96884--96921	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78
100992--101017	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
101813--102085	96	2.8	97	86	3	347	28	24	9	37	1.86
101819--102128	97	3.2	96	82	6	349	28	26	9	36	1.87
102914--102968	19	2.8	19	86	10	76	32	12	18	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102914--102967	20	2.8	20	88	8	76	31	12	18	37	1.89
102996--103049	20	2.7	19	88	11	74	31	14	18	35	1.91
104636--104669	9	3.8	9	88	11	52	44	0	26	29	1.55
111151--111215	24	2.7	24	92	0	112	33	10	24	30	1.90
111877--111929	13	4.5	13	71	26	55	32	13	15	39	1.85
111861--111929	33	2.1	33	89	5	104	30	13	17	39	1.87
113652--113697	17	2.7	17	78	18	51	36	0	6	56	1.25
113877--113936	20	3.2	20	70	25	58	30	0	5	65	1.14
114724--114830	35	3.1	35	80	10	128	35	9	17	37	1.82
115301--115358	31	1.9	30	85	3	80	43	5	25	25	1.75
115401--115489	32	2.8	32	75	14	85	47	13	17	21	1.82
115437--115500	16	4.0	16	73	18	53	43	12	21	21	1.86
124639--124853	110	2.0	111	84	5	285	42	9	9	38	1.69
124732--124779	20	2.5	20	82	3	53	60	6	4	29	1.40
125222--125281	27	2.2	27	96	0	111	20	21	10	48	1.78
126227--126327	51	2.0	51	84	3	132	41	7	20	29	1.81
128285--128337	20	2.7	20	82	5	63	32	16	11	39	1.85
128637--128671	17	2.1	16	89	5	52	37	31	0	31	1.58
130053--130081	7	4.1	7	100	0	58	13	13	13	58	1.63
131182--131209	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
131209--131233	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
132952--132995	19	2.2	21	88	8	65	43	0	0	56	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132994--133037	21	2.1	21	87	8	63	61	0	0	38	0.96
133098--133133	19	1.9	19	94	5	65	52	0	0	47	1.00
133098--133133	6	5.8	6	93	6	63	52	0	0	47	1.00
134549--134586	15	2.5	15	83	12	51	65	2	0	31	1.06
135093--135121	15	2.0	15	93	6	51	37	13	0	48	1.43
135760--135849	46	2.0	48	82	12	118	43	5	1	50	1.33
135920--135949	15	1.9	16	93	6	53	33	10	10	46	1.71
136552--136599	24	2.1	23	85	11	64	56	2	0	41	1.11
136549--136603	24	2.3	25	78	15	62	56	1	0	41	1.10
137513--137558	24	1.9	24	82	8	58	60	6	6	26	1.46

Tables:   1   2