genome.fa.s1956.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1956
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  98760

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 101 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
825--850	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
803--870	33	2.1	32	91	2	109	30	14	19	35	1.92
1918--1972	21	2.7	21	80	5	69	34	12	14	38	1.84
2025--2342	55	5.6	56	78	8	302	23	26	22	27	2.00
2025--2292	110	2.4	113	84	3	344	23	27	23	26	2.00
3205--3259	21	2.7	21	77	5	60	36	12	12	38	1.82
3311--3336	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
5690--5826	52	2.6	52	83	10	181	30	26	10	32	1.91
8101--8127	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
13369--13393	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
13456--13480	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
13489--13616	52	2.5	52	93	3	215	34	17	17	30	1.93
20483--20531	1	49.0	1	79	0	53	89	6	2	2	0.62
20857--20888	1	32.0	1	100	0	64	100	0	0	0	0.00
21831--22344	62	8.3	62	94	1	802	23	29	16	30	1.96
21831--22412	62	9.3	61	92	2	700	23	29	15	30	1.96
22228--22682	70	6.4	70	81	12	427	21	33	12	32	1.91
22494--22701	35	5.9	34	85	10	249	19	34	12	34	1.88
22494--22701	37	5.9	35	85	10	271	19	34	12	34	1.88
22686--22750	33	1.9	34	96	3	123	27	36	18	16	1.93
22516--22734	105	2.1	102	82	9	255	21	35	12	30	1.91
22762--23831	49	21.7	49	83	7	1278	24	26	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22762--23831	101	10.8	101	91	4	1344	24	26	17	31	1.97
23499--23769	92	2.9	92	94	1	452	25	24	19	30	1.98
23683--24066	67	6.7	55	72	14	264	24	23	14	36	1.93
23848--23949	49	2.1	49	86	0	141	25	22	16	35	1.95
23683--24077	171	2.3	171	93	1	673	24	24	14	36	1.93
24807--24873	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
24827--24851	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
24914--24938	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
24947--25074	52	2.5	52	93	3	215	34	17	17	30	1.93
28719--28743	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
28699--28764	32	2.0	33	94	2	116	34	12	16	36	1.86
28805--28829	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
28838--28966	52	2.5	52	96	0	231	35	17	17	29	1.93
37193--37248	8	7.0	8	86	11	71	83	14	1	0	0.72
37194--37247	14	3.4	16	82	12	60	85	12	1	0	0.69
37195--37236	7	5.6	7	91	8	57	85	14	0	0	0.59
37195--37247	23	2.3	23	87	9	72	84	13	1	0	0.69
37194--37249	18	3.2	17	83	11	69	85	12	1	0	0.67
38204--38407	62	3.4	62	85	6	273	25	26	20	26	1.99
38240--38407	55	2.9	57	85	10	225	26	26	21	25	1.99
38431--38963	55	9.4	54	75	10	386	26	26	22	25	2.00
38238--38814	211	2.7	211	81	8	598	26	26	21	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38431--38968	110	4.7	110	78	6	477	26	26	22	25	2.00
39928--40248	55	5.6	55	78	10	306	23	27	23	25	2.00
40352--40452	40	2.5	41	74	8	98	21	27	13	36	1.92
41216--41536	55	5.6	55	80	10	315	23	26	22	26	2.00
41634--41727	42	2.3	40	81	7	100	19	29	10	40	1.85
42395--42449	21	2.7	21	75	5	60	34	10	14	40	1.81
42502--42825	110	2.8	114	82	7	363	23	26	23	26	2.00
42502--42822	55	5.6	59	80	7	297	23	26	23	26	2.00
43790--44110	55	5.6	58	81	9	340	23	27	22	26	2.00
44209--44302	42	2.3	40	81	7	100	19	29	10	40	1.85
44970--45024	21	2.7	21	75	5	60	34	10	14	40	1.81
45077--45397	55	5.6	59	79	8	290	23	26	23	26	2.00
46242--46285	21	2.0	21	82	4	52	36	11	11	40	1.77
46249--46303	21	2.7	21	75	5	60	34	10	14	40	1.81
46356--46679	110	2.8	113	81	7	343	24	26	22	27	2.00
46356--46679	55	5.6	57	79	8	277	24	26	22	27	2.00
47628--47948	55	5.6	56	81	8	326	23	27	23	26	2.00
48808--48862	21	2.7	21	75	5	60	34	10	14	40	1.81
48915--49113	55	3.6	55	82	4	240	25	27	22	24	2.00
48915--49238	110	2.8	118	80	9	314	24	26	22	26	2.00
49012--49238	61	3.8	60	78	6	187	25	26	22	26	2.00
49334--49427	42	2.3	40	81	7	100	19	29	10	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50203--50537	55	5.8	59	82	6	322	23	27	22	26	1.99
50614--50707	42	2.3	40	81	7	100	18	29	10	41	1.84
51381--51435	21	2.7	21	80	5	69	34	12	14	38	1.84
53870--54003	52	2.6	52	85	5	191	31	26	10	32	1.90
53937--54133	107	1.8	108	82	1	252	26	27	15	29	1.96
54014--54238	79	2.8	79	82	5	294	25	28	15	30	1.96
58909--59049	31	4.4	30	77	11	129	29	24	12	32	1.93
59455--59562	52	2.1	52	87	0	153	33	13	14	37	1.86
59527--59564	20	1.9	20	100	0	76	36	10	10	42	1.74
59610--59673	32	2.0	33	87	3	94	40	14	15	29	1.86
60807--60854	21	2.3	21	100	0	96	35	20	12	31	1.90
62097--62135	20	1.9	20	84	5	51	33	0	25	41	1.56
63403--63454	21	2.6	19	77	19	52	21	17	1	59	1.47
63418--63475	21	2.8	20	81	5	71	22	25	0	51	1.48
65511--65620	52	2.1	52	81	0	130	32	13	16	37	1.88
65553--65793	114	2.1	114	90	0	374	30	13	17	39	1.87
65581--65844	114	2.3	113	81	5	273	32	13	15	37	1.87
68918--68967	13	4.3	13	72	27	58	38	18	12	32	1.87
68918--68986	33	2.1	33	91	5	113	37	18	11	31	1.87
69015--69067	19	2.7	20	85	2	63	37	16	13	32	1.88
69976--70035	20	3.0	20	77	2	66	33	13	11	41	1.80
70048--70200	20	7.8	20	69	13	102	32	13	12	41	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69965--70182	72	2.9	73	87	7	312	31	13	11	43	1.81
81142--81172	15	2.1	15	100	0	62	41	6	12	38	1.69
83003--83104	9	10.9	9	72	17	75	81	10	3	3	0.95
83003--83104	18	5.4	19	76	13	88	81	10	3	3	0.95
83011--83103	29	3.1	29	76	18	84	81	9	4	4	0.95
83006--83103	13	7.8	12	70	15	56	81	10	4	4	0.95
83003--83103	31	3.2	31	74	12	91	82	9	3	3	0.93
83271--83746	61	7.9	60	84	5	520	25	26	19	29	1.98
83752--84071	41	7.5	41	72	8	185	21	24	13	40	1.89
83751--83921	45	3.9	44	77	8	141	19	26	12	42	1.86
87074--87194	51	2.4	52	83	2	147	33	24	12	28	1.92
87146--87433	79	3.6	79	79	5	287	28	25	13	33	1.93
90942--91041	48	2.1	48	100	0	200	31	17	27	25	1.97

Tables:   1

The End!