genome.fa.s1962.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1962
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  152631

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4417--4724	55	5.3	59	85	8	372	25	26	22	26	2.00
4708--4926	43	5.2	42	76	15	204	19	26	14	39	1.90
4747--4926	86	2.1	86	83	10	226	18	27	13	40	1.89
5684--5733	13	3.5	13	78	19	55	36	14	18	32	1.90
5665--5729	17	4.0	16	79	20	73	35	12	16	35	1.87
5663--5733	30	2.3	31	92	4	117	36	12	16	33	1.87
8275--8422	52	2.9	51	76	12	142	29	24	12	33	1.92
8423--8760	156	2.2	157	90	3	531	26	24	15	33	1.95
8740--8861	52	2.4	50	83	8	140	27	27	14	30	1.95
8744--8861	50	2.3	51	80	11	134	27	27	14	30	1.95
10220--10261	22	1.9	22	95	0	75	40	14	11	33	1.82
16525--16598	20	3.6	20	83	3	76	32	17	12	37	1.87
19713--19767	28	2.0	28	89	7	85	38	18	20	23	1.93
19722--19875	79	1.9	79	85	6	213	36	12	22	28	1.91
19614--19843	107	2.2	106	83	6	277	33	16	23	26	1.95
19829--19925	51	1.9	51	82	0	122	37	8	21	32	1.83
19783--20022	130	1.8	130	83	3	313	35	12	24	28	1.91
22377--22430	20	2.7	20	97	0	99	44	12	14	27	1.82
22328--22465	69	2.0	69	85	4	188	42	13	18	26	1.86
23068--24203	61	18.7	62	84	6	1324	29	19	25	25	1.98
23055--24203	123	9.4	123	84	4	1358	29	19	25	25	1.98
28961--29031	28	2.6	27	86	8	90	28	19	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29093--29260	51	3.3	51	84	3	205	33	10	26	30	1.89
36806--36843	13	2.9	13	100	0	76	36	15	15	31	1.90
44865--44890	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
44847--44910	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
47112--47161	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
48959--48989	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
51015--51040	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
51161--51206	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
53581--53606	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
53563--53626	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
59323--59546	80	2.9	76	84	6	297	38	9	21	29	1.85
59330--59602	80	3.5	75	81	10	253	38	9	21	29	1.86
62070--62123	20	2.6	21	88	2	74	31	14	11	42	1.81
62610--63291	155	4.4	154	77	6	620	40	20	14	23	1.90
62612--63320	312	2.3	309	79	7	752	40	21	14	23	1.90
64667--64708	11	4.0	10	82	11	57	0	16	0	83	0.65
66766--67269	168	3.0	166	84	5	577	40	15	27	17	1.89
66747--67273	84	6.2	84	78	3	515	40	14	27	17	1.89
67666--67961	87	3.4	86	82	4	301	41	13	25	19	1.87
67674--67997	174	1.9	173	80	3	382	41	13	24	20	1.88
67674--68000	87	3.8	87	80	3	273	41	13	24	20	1.88
68303--68474	47	3.7	47	73	13	140	38	11	24	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68293--68473	93	1.9	93	89	0	281	38	11	25	25	1.89
68293--68522	93	2.5	93	83	1	228	38	11	25	24	1.89
68497--68694	36	5.7	36	75	8	176	40	10	26	23	1.86
68488--68694	35	5.9	35	78	5	152	40	10	26	23	1.86
69930--69980	20	2.5	21	90	3	77	33	17	7	41	1.79
70661--71087	52	8.2	52	78	2	347	34	14	25	25	1.94
70661--71091	53	8.3	52	76	4	278	33	14	25	25	1.94
70663--71091	105	4.1	104	74	5	373	34	14	25	25	1.94
71160--71349	27	6.9	27	83	5	245	16	18	28	35	1.93
71160--71382	113	2.0	113	98	0	428	17	17	29	34	1.94
71159--71322	86	1.9	86	93	0	283	17	18	28	35	1.94
71470--71571	32	3.2	32	84	5	134	24	18	23	33	1.97
71347--71586	124	1.9	126	82	1	304	21	20	26	31	1.98
71612--71721	29	3.8	29	79	7	107	27	10	35	27	1.89
71600--71721	58	2.1	58	81	6	140	28	9	34	27	1.89
73669--73709	19	2.2	19	90	0	64	17	4	12	65	1.42
73677--73713	18	2.0	19	94	5	67	16	5	10	67	1.38
73680--73721	19	2.2	19	83	8	50	19	4	11	64	1.44
76214--76647	157	2.8	154	76	6	392	24	15	20	39	1.91
75953--76647	156	4.5	156	75	6	513	24	17	20	38	1.93
85178--85391	112	1.9	113	85	2	297	34	15	13	35	1.87
86357--86389	16	2.1	16	100	0	66	42	0	24	33	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86540--86736	91	2.2	92	87	0	288	28	26	14	30	1.95
86443--86800	92	4.0	91	77	6	286	29	26	14	29	1.95
90302--90333	16	2.0	16	100	0	64	37	6	12	43	1.68
93150--93201	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
97887--98115	85	2.7	84	82	6	255	19	20	17	42	1.89
97887--98359	43	11.0	43	74	11	254	19	20	16	42	1.89
97889--98359	130	3.6	126	80	8	448	19	20	16	42	1.89
97994--98359	173	2.1	173	81	4	434	19	20	17	42	1.90
98474--98633	85	1.9	85	82	2	205	20	19	13	47	1.82
99834--100258	153	2.6	166	78	10	500	31	9	6	52	1.60
100862--100910	24	2.0	24	84	11	64	73	2	20	4	1.10
109964--110024	19	3.0	21	80	9	90	34	14	18	32	1.91
118362--118400	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
118521--118566	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
123351--123405	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81
123445--123470	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
123871--123896	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
123853--123916	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
124345--124886	272	2.0	272	99	0	1066	28	15	22	33	1.94
127788--127812	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
129764--129789	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
129746--129809	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132916--133302	52	7.4	51	69	13	196	30	24	12	33	1.92
132915--133038	54	2.4	51	82	6	142	33	20	11	34	1.88
133022--133096	27	2.7	27	89	6	107	24	33	20	22	1.97
133127--133302	52	3.4	52	82	7	221	30	26	11	31	1.91
133285--133359	28	2.6	31	84	12	90	24	32	18	25	1.97
132915--133412	264	1.9	263	88	2	757	28	25	13	32	1.93
133315--133519	79	2.6	79	82	1	232	24	30	16	28	1.97
145925--145998	1	74.0	1	72	0	58	86	12	1	0	0.63
145925--145998	31	2.4	30	84	8	96	86	12	1	0	0.63
145924--145991	14	5.0	13	85	7	91	85	14	0	0	0.60
145928--145990	9	6.9	9	82	13	67	85	14	0	0	0.59
146986--147887	59	15.5	59	90	3	1225	25	28	21	24	1.99
148643--148710	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
148664--148688	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
148645--148707	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
148750--148776	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
151228--151302	27	2.7	28	87	2	98	25	34	18	21	1.96
151286--151511	53	4.3	52	77	11	185	29	26	11	32	1.92
151494--151570	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96

Tables:   1

The End!