genome.fa.s1973.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold1973
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  177569

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3410--3666	138	1.9	137	87	0	379	39	13	12	35	1.81
4408--4463	6	9.2	6	75	24	55	0	19	0	80	0.71
4408--4474	11	5.6	11	83	13	62	0	20	0	79	0.74
4408--4473	24	2.8	23	84	11	80	0	21	0	78	0.75
5039--5431	166	2.4	166	77	9	376	50	9	11	29	1.70
5039--5384	164	2.1	165	78	8	357	50	8	11	30	1.67
6368--6405	17	2.3	17	90	4	60	0	15	0	84	0.63
6368--6409	18	2.4	18	88	4	59	0	16	0	83	0.65
6981--7377	166	2.4	165	82	4	467	49	9	11	29	1.70
13221--13306	9	9.6	9	72	16	54	4	16	32	46	1.67
14723--14891	79	2.1	79	83	2	214	33	14	23	28	1.94
14776--14943	79	2.1	79	80	6	180	32	16	23	27	1.96
14800--15311	130	4.0	127	85	5	566	33	12	24	29	1.91
14878--14994	51	2.3	51	83	0	135	31	15	25	27	1.96
14926--15072	79	1.9	79	85	5	208	31	14	26	27	1.95
15008--15124	51	2.3	50	85	7	155	32	11	23	32	1.90
14838--15311	129	3.7	129	87	3	591	34	12	24	28	1.92
15132--15252	51	2.4	51	87	6	183	32	11	26	29	1.91
17661--17794	50	2.7	50	89	3	200	39	16	18	25	1.91
18911--20099	42	28.1	42	73	6	528	38	15	27	17	1.91
18911--20099	84	14.0	84	75	6	664	38	15	27	17	1.91
20676--20724	21	2.3	21	86	6	64	30	18	14	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28315--28371	30	1.9	30	89	7	89	5	28	8	57	1.50
28354--28408	29	2.0	28	82	10	69	14	20	12	52	1.73
28887--28942	20	2.7	21	80	5	69	30	14	12	42	1.82
28907--28960	20	2.7	19	82	8	63	31	12	11	44	1.78
29458--30283	31	26.6	31	73	6	530	17	23	29	29	1.97
29458--30283	62	13.3	62	77	4	639	17	23	29	29	1.97
38820--39024	30	6.6	31	79	10	177	34	14	28	21	1.93
38813--39023	32	6.8	32	80	7	247	33	14	29	22	1.93
38820--39023	95	2.2	94	88	2	304	34	14	28	22	1.93
38813--39027	62	3.4	64	84	8	239	33	13	29	22	1.93
48119--48144	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
48628--48655	13	2.2	13	100	0	56	39	21	0	39	1.54
51421--51475	19	2.8	20	75	8	58	32	14	9	43	1.77
57497--57798	165	1.8	166	84	2	419	40	11	9	38	1.74
58140--58212	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
58158--58233	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
58140--58233	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
58272--58297	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
62671--62840	83	2.0	83	100	0	340	44	3	27	24	1.70
63712--63784	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
63730--63805	21	3.7	21	78	3	91	40	11	17	30	1.85
63712--63805	41	2.3	41	96	0	170	38	12	18	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63844--63869	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
65340--65401	9	6.5	10	73	14	51	3	16	0	80	0.83
65330--65402	36	2.1	36	85	7	98	5	16	0	78	0.94
65350--65402	13	4.3	13	73	20	51	3	13	0	83	0.79
65340--65402	12	5.4	11	75	19	56	3	15	0	80	0.83
73300--73345	13	3.7	13	83	11	53	0	23	0	76	0.79
73676--74286	164	3.7	164	79	6	637	48	10	12	28	1.73
73808--74351	166	3.3	161	75	11	516	50	10	11	27	1.71
76015--76059	23	2.0	23	87	8	67	42	20	4	33	1.72
79290--79341	20	2.7	20	82	11	63	40	17	15	26	1.89
79365--79436	10	7.0	10	75	6	63	25	29	6	38	1.82
79980--80046	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
82274--83546	425	3.0	425	99	0	2501	33	21	15	29	1.94
84005--84030	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
86227--86252	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
88471--88515	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
90319--90349	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
92427--92452	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
95011--95036	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
98055--98110	19	2.9	19	89	2	76	35	16	16	32	1.90
98076--98140	32	2.0	33	88	8	98	41	12	15	30	1.84
99533--99777	34	7.3	34	78	14	249	20	35	11	32	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99561--99752	61	3.0	60	82	13	206	20	34	11	33	1.89
99595--99648	27	2.0	27	92	0	90	22	40	14	22	1.90
99623--99757	35	3.9	34	83	9	164	19	31	11	37	1.88
99628--99777	71	2.1	70	85	6	196	20	34	11	34	1.88
99762--99831	33	2.1	35	91	5	117	25	38	15	20	1.92
99831--101015	49	24.8	49	84	7	1467	24	26	17	30	1.97
99972--101019	92	11.0	92	89	5	1364	24	26	17	30	1.97
101911--101935	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
101999--102023	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
102032--102155	52	2.4	52	90	4	189	34	16	18	29	1.94
105618--105852	127	1.9	127	88	0	362	41	16	22	20	1.90
105620--105852	44	5.4	43	72	11	165	41	16	21	20	1.90
106173--106297	51	2.4	52	77	9	148	28	12	15	43	1.83
107929--107954	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
110521--110559	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
112633--112673	15	2.7	15	84	3	55	17	19	17	46	1.85
116718--116770	19	2.7	20	85	8	72	28	13	18	39	1.88
116718--116776	19	3.0	18	80	14	64	25	11	22	40	1.88
124613--124638	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
129648--129704	28	2.1	27	83	9	71	28	14	29	28	1.95
133082--133192	31	3.5	31	85	1	150	30	13	14	41	1.84
138728--138752	12	2.1	12	100	0	50	8	8	24	60	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141444--141489	23	2.0	24	91	4	76	0	23	0	76	0.79
141439--141491	23	2.4	23	81	6	65	0	22	1	75	0.90
142907--143349	153	2.9	149	79	7	446	34	9	6	48	1.62
143647--143698	12	4.6	11	76	11	52	75	3	1	19	1.06
144157--144508	148	2.4	148	79	8	362	27	20	18	33	1.96
147899--147944	17	2.7	17	83	10	58	86	4	4	4	0.77
147899--147943	16	2.7	16	86	6	54	86	4	4	4	0.78
147969--148008	16	2.4	16	91	8	62	77	0	15	7	0.98
148257--148291	10	3.5	10	84	0	52	77	0	14	8	0.99
149429--149482	20	2.7	20	94	2	90	38	11	16	33	1.84
149541--149614	20	3.7	20	82	13	89	31	22	12	33	1.91
149560--149761	93	2.2	93	90	0	323	30	18	14	36	1.90
151330--151386	13	3.9	13	74	24	51	36	12	17	33	1.87
151343--151405	19	3.7	18	72	24	64	34	11	17	36	1.85
151329--151413	32	2.7	32	94	0	152	34	11	17	36	1.86
155670--155816	53	2.8	50	77	10	141	29	23	5	41	1.76
157472--157544	37	2.0	37	86	5	105	24	28	5	41	1.77
157394--157643	117	2.1	117	82	7	287	22	23	12	42	1.87
157507--157729	82	2.7	80	78	6	216	21	21	13	43	1.86
160354--160394	16	2.7	15	88	11	57	78	0	0	21	0.76
165807--166812	155	6.5	155	80	6	932	39	20	16	23	1.92
165807--166787	156	6.3	155	81	5	980	39	20	16	23	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168253--168303	12	4.0	13	80	10	52	3	17	0	78	0.90
168916--169483	165	3.5	162	81	7	559	53	7	10	28	1.62
170842--171193	139	2.5	140	82	5	372	42	13	11	32	1.80
172110--172146	12	3.2	11	88	11	56	0	13	0	86	0.57
172110--172146	13	3.0	13	88	7	51	0	13	0	86	0.57
172110--172149	21	2.0	20	95	5	71	0	17	0	82	0.67
172622--172661	21	2.0	20	85	5	53	65	12	0	22	1.26
175870--175923	20	2.7	20	97	0	99	38	11	16	33	1.84
175959--175987	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87

Tables:   1

The End!