genome.fa.s2.2.7.7.80.10.50.1000.18.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  5794061

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   

This is table  18  of  38  ( 4457 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2796319--2796570	140	1.8	139	86	2	371	46	13	1	38	1.54
2796947--2796984	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
2797955--2798003	20	2.4	21	86	3	64	44	2	8	44	1.45
2798020--2798104	38	2.2	38	97	0	161	47	9	2	41	1.49
2798020--2798114	38	2.5	38	93	3	147	45	8	2	44	1.46
2798750--2798788	19	2.1	19	100	0	78	53	10	10	25	1.66
2800386--2800418	17	1.9	17	93	0	57	33	24	15	27	1.95
2801532--2801571	13	3.1	13	77	0	53	42	10	12	35	1.76
2807787--2807842	19	2.9	19	86	2	67	33	14	19	32	1.92
2808204--2808254	13	3.8	13	79	10	59	52	0	0	47	1.00
2809751--2809804	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
2809853--2809884	13	2.5	13	94	0	55	40	12	15	31	1.85
2810453--2810485	16	2.0	17	88	5	50	39	18	3	39	1.66
2817972--2818036	33	2.0	33	85	11	89	36	15	13	33	1.87
2818068--2818120	19	2.7	20	88	2	72	37	16	15	30	1.90
2822363--2822413	19	2.6	19	81	3	66	37	13	19	29	1.90
2822363--2822409	20	2.4	20	82	3	60	36	14	19	29	1.92
2831112--2831136	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2834652--2834681	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
2834721--2834891	86	2.0	86	94	0	297	37	14	16	32	1.88
2834816--2834866	19	2.6	20	78	6	59	41	13	13	31	1.84
2834855--2834944	13	7.8	13	68	26	78	42	15	14	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2834864--2834984	20	6.8	20	75	24	144	43	14	14	26	1.85
2834855--2834964	33	3.3	33	100	0	220	42	15	14	27	1.86
2834970--2834994	13	1.9	13	100	0	50	40	12	16	32	1.84
2836370--2836408	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2839458--2839554	33	3.0	33	96	1	178	37	12	16	34	1.86
2839478--2839535	13	3.9	13	73	26	53	37	13	15	32	1.87
2839458--2839573	19	6.7	18	74	24	99	36	12	16	35	1.86
2839612--2839664	20	2.7	20	96	0	97	26	16	15	41	1.88
2839652--2839751	52	1.9	52	97	0	191	34	17	18	31	1.93
2841897--2841940	21	2.2	19	84	15	54	45	15	15	22	1.85
2842933--2843017	19	4.7	19	79	19	110	40	11	11	36	1.79
2842970--2842997	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
2842951--2843016	33	2.0	33	94	2	116	39	12	12	36	1.80
2843801--2843869	21	3.2	20	67	25	52	28	15	26	28	1.96
2843756--2844033	48	5.8	47	80	8	294	31	17	24	26	1.97
2844053--2844309	30	8.5	30	76	8	157	25	15	30	28	1.96
2844116--2844184	35	2.0	34	85	2	93	39	11	28	20	1.87
2844198--2844311	57	2.0	58	89	1	176	18	18	33	29	1.95
2845162--2845228	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
2845182--2845206	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2847856--2847896	14	3.0	14	92	3	66	0	2	12	85	0.70
2847856--2847896	13	3.1	13	89	10	57	0	2	12	85	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2847847--2847894	18	2.5	19	90	6	71	0	2	14	83	0.74
2847848--2847896	25	2.0	25	83	0	62	0	2	14	83	0.73
2847847--2847895	19	2.6	19	78	18	57	0	2	14	83	0.73
2849595--2849625	14	2.2	14	100	0	62	22	12	16	48	1.80
2853565--2853590	10	2.6	10	100	0	52	92	0	7	0	0.39
2854602--2854910	112	2.7	112	82	2	352	34	14	12	37	1.85
2855341--2855654	86	3.6	87	78	5	229	24	19	13	42	1.87
2855497--2855751	89	2.9	88	79	5	237	24	18	13	44	1.85
2856052--2856775	60	12.1	60	78	4	565	17	15	19	47	1.82
2857909--2858146	66	3.6	67	78	6	202	17	22	14	45	1.84
2857938--2858146	66	3.2	65	79	4	217	17	23	13	44	1.85
2858180--2858322	64	2.2	64	80	7	148	18	23	10	47	1.79
2858102--2858493	168	2.3	169	79	4	407	19	22	11	46	1.81
2858470--2858617	65	2.3	66	81	5	167	22	20	11	45	1.83
2858538--2858734	109	1.8	108	83	1	259	21	23	11	43	1.85
2859595--2859647	20	2.7	20	84	0	70	39	13	13	33	1.83
2862978--2863084	47	2.3	47	90	0	160	36	13	14	35	1.85
2862996--2863083	27	3.5	26	70	20	80	34	13	13	38	1.84
2863025--2863103	20	3.6	20	71	21	68	35	10	12	41	1.77
2862995--2863096	47	2.2	47	96	0	186	35	11	12	40	1.80
2866063--2866097	18	1.9	18	94	0	61	20	17	37	25	1.94
2866395--2866419	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2866428--2866608	52	3.5	52	97	0	335	34	18	17	28	1.94
2870727--2870753	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
2880431--2880529	1	99.0	1	77	0	81	86	7	4	2	0.75
2880431--2880515	29	2.9	29	86	6	109	87	5	4	2	0.75
2880433--2880526	40	2.4	40	85	8	122	86	7	4	2	0.78
2880430--2880529	29	3.6	27	79	12	105	86	8	4	2	0.78
2882033--2882085	27	2.0	27	92	0	88	33	33	16	15	1.90
2881970--2882380	30	13.9	29	74	12	205	29	28	16	26	1.97
2882183--2882370	88	2.1	89	92	3	306	32	26	16	23	1.96
2882183--2882352	58	2.8	60	83	6	200	32	25	17	24	1.97
2882325--2882421	33	3.2	28	74	20	88	24	28	13	32	1.93
2882183--2882381	91	2.2	88	90	2	281	31	27	17	23	1.97
2882354--2882780	141	3.0	141	82	7	569	20	34	12	33	1.90
2882354--2882739	70	5.5	69	81	8	467	20	33	11	34	1.89
2882355--2882757	105	3.8	102	75	15	315	20	33	11	33	1.89
2882808--2883378	49	11.7	49	84	6	725	24	25	17	32	1.97
2882808--2883547	98	7.3	100	87	6	895	24	25	16	33	1.96
2883161--2883334	43	3.9	43	81	8	222	26	24	18	29	1.98
2883108--2883378	92	2.9	92	93	1	452	25	24	18	32	1.97
2883249--2883316	22	3.1	22	62	19	52	26	25	17	30	1.97
2883293--2884535	170	7.3	170	98	0	2387	24	24	14	37	1.93
2885262--2885328	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2885282--2885306	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2886119--2886186	27	2.5	27	85	2	82	25	29	22	23	1.99
2886174--2886342	52	3.2	52	79	8	175	30	24	12	33	1.92
2886007--2886344	104	3.2	103	69	15	267	30	25	11	32	1.92
2886327--2886398	28	2.6	28	84	4	83	25	29	19	26	1.99
2886005--2886402	212	1.9	212	88	3	604	28	26	12	31	1.93
2898865--2898922	19	2.9	18	78	14	53	82	8	8	0	0.84
2899932--2900542	55	11.0	54	83	8	692	27	28	20	23	1.99
2900243--2900387	26	5.3	26	63	18	71	28	31	18	21	1.97
2899932--2900542	110	5.5	110	86	7	779	27	28	20	23	1.99
2900842--2900939	21	4.7	21	85	7	119	36	11	16	35	1.84
2900975--2901042	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2900996--2901020	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2900977--2901039	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2901082--2901107	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2901062--2901128	33	2.0	33	88	0	98	26	14	14	43	1.85
2903639--2903809	52	3.3	51	76	8	159	30	25	11	32	1.91
2903472--2903809	104	3.2	101	71	11	284	30	25	12	31	1.92
2903792--2903868	28	2.7	30	86	7	99	23	31	19	25	1.98
2903470--2903873	212	1.9	212	86	4	582	28	26	13	32	1.93
2905823--2905953	52	2.5	52	92	0	226	29	17	17	35	1.93
2906024--2906092	32	2.1	33	91	2	113	36	18	11	33	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2906048--2906072	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2906502--2906564	33	1.9	33	93	0	108	33	14	19	33	1.91
2906501--2906563	20	3.5	19	70	28	57	33	14	19	33	1.91
2906588--2906685	22	4.7	22	66	19	75	33	19	18	28	1.95
2906552--2906687	61	2.2	61	100	0	272	32	19	18	30	1.95
2907764--2907788	11	2.3	11	100	0	50	32	0	8	60	1.26
2909824--2909853	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
2912237--2912301	31	2.1	31	85	5	87	49	0	21	29	1.50
2916057--2916129	20	3.6	20	81	3	101	35	13	19	31	1.91
2916057--2916151	41	2.3	42	96	1	174	40	12	17	29	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38