genome.fa.s2003.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2003
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  169224

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
756--861	48	2.2	48	91	0	167	15	12	14	58	1.63
3543--3597	20	2.7	21	83	8	60	41	12	16	29	1.85
7517--7574	27	2.1	27	93	0	98	48	10	3	37	1.54
10855--10914	21	2.9	21	77	5	59	36	23	1	38	1.65
11185--11228	16	3.0	16	71	25	51	50	2	4	43	1.35
12397--12467	29	2.4	28	84	11	81	52	9	7	30	1.61
13422--13455	16	2.0	18	88	11	54	67	0	0	32	0.91
14191--14232	17	2.6	17	85	7	52	35	0	0	64	0.94
14186--14232	17	2.9	16	84	9	51	36	0	0	63	0.94
14576--14629	26	2.0	26	82	3	63	64	9	5	20	1.42
15269--15425	82	1.9	82	89	0	242	32	12	10	45	1.75
19624--19698	20	3.8	20	80	0	87	33	12	12	42	1.79
25306--25351	13	3.6	13	80	11	51	39	6	39	15	1.73
27892--27916	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
27985--28020	9	4.2	9	89	10	58	55	0	0	44	0.99
29477--29520	20	2.2	20	84	8	54	36	0	6	56	1.26
29490--29520	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
30260--30314	12	4.5	12	76	13	58	52	0	1	45	1.11
31220--31283	17	3.9	17	72	19	64	29	0	3	67	1.06
31224--31283	30	2.0	30	93	0	102	28	0	3	68	1.05
31520--31565	24	1.9	24	86	0	65	23	6	26	43	1.78
31618--31663	13	3.6	13	72	16	51	13	39	6	41	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36069--36128	24	2.4	26	80	5	70	26	3	21	48	1.66
37821--37845	3	8.3	3	100	0	50	0	32	32	36	1.58
38595--39033	216	2.0	216	92	0	736	29	21	16	32	1.96
38674--39385	360	2.0	359	85	2	982	29	22	15	31	1.95
38893--39158	144	1.8	144	84	1	363	29	25	13	31	1.94
38270--40879	576	4.5	576	96	0	4677	29	22	15	32	1.95
39037--39601	216	2.6	215	86	2	776	28	22	16	32	1.96
39250--39961	360	2.0	359	86	2	991	29	22	15	32	1.95
39469--39734	144	1.8	144	84	1	363	29	25	13	31	1.94
39613--40177	216	2.6	214	86	2	756	28	22	16	32	1.96
39826--40545	360	2.0	359	86	2	989	29	23	15	31	1.96
40045--40310	144	1.8	144	83	1	354	29	25	13	31	1.94
40189--40730	216	2.5	216	86	2	723	28	22	16	32	1.96
40621--40886	144	1.9	144	95	1	482	30	22	13	33	1.92
42720--42750	2	15.5	2	93	0	53	0	51	0	48	1.00
42750--42778	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
44095--44141	20	2.3	20	85	0	58	36	12	12	38	1.82
50162--50220	30	2.0	30	86	6	84	35	11	20	32	1.89
51596--51647	26	2.0	26	100	0	104	26	30	11	30	1.92
52878--52940	20	3.2	20	86	0	99	31	12	12	42	1.81
63127--63196	27	2.6	27	97	0	131	17	15	41	25	1.89
64425--64463	20	2.0	20	89	0	60	46	12	17	23	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65414--65451	20	1.9	20	100	0	76	31	15	13	39	1.86
65471--65522	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
66410--66569	39	3.9	39	72	15	115	27	20	24	28	1.99
66583--67428	49	17.9	49	80	9	875	32	17	25	24	1.97
66402--67428	92	11.0	92	84	8	1017	32	17	25	25	1.97
66878--66943	22	3.0	22	62	33	52	30	19	22	27	1.98
66869--66936	21	3.2	21	65	19	59	30	17	25	26	1.97
67427--67505	33	2.5	31	85	6	113	20	18	34	26	1.96
67559--67611	27	2.0	26	92	3	88	32	15	33	18	1.92
67499--67645	61	2.3	64	84	6	183	32	13	32	21	1.92
67499--67686	32	5.9	31	77	14	154	35	13	30	21	1.91
67593--67686	31	2.9	31	85	7	116	36	13	27	22	1.92
67605--67708	31	3.3	31	83	6	111	33	14	27	24	1.94
75425--75450	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
75437--75494	20	2.9	20	100	0	116	31	15	13	39	1.86
81774--81880	29	3.7	29	87	0	142	31	29	14	24	1.94
81882--82775	28	30.7	28	85	7	1086	28	30	18	22	1.97
81882--82774	59	15.3	57	88	4	1109	28	30	18	22	1.97
81882--82774	203	4.4	201	92	2	1376	28	30	18	22	1.97
83336--83413	20	3.9	20	75	0	75	34	11	11	42	1.77
83335--83410	40	1.9	40	88	0	116	35	11	13	39	1.81
91523--91551	15	1.9	15	100	0	58	34	13	17	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95461--95508	23	2.3	20	80	16	53	45	6	0	47	1.27
95467--95521	23	2.5	23	91	5	87	47	5	0	47	1.25
95470--95537	21	3.2	20	75	12	55	52	2	0	44	1.16
96220--96247	12	2.3	12	100	0	56	71	7	0	21	1.09
96218--96253	18	2.0	18	88	0	54	66	11	0	22	1.22
96516--96668	81	1.9	80	85	4	209	49	6	5	39	1.51
97337--97382	19	2.4	19	85	7	58	10	0	8	80	0.91
100601--100654	22	2.5	22	96	3	101	61	9	11	18	1.55
102791--103893	32	37.3	30	81	10	505	23	17	29	30	1.97
102766--103912	28	38.8	29	81	8	956	23	17	29	29	1.97
102879--104084	28	41.4	28	80	7	341	24	16	29	29	1.97
105871--105923	20	2.7	19	85	5	61	33	16	13	35	1.88
105957--106010	19	2.8	20	77	8	67	35	16	12	35	1.87
105994--106018	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
106564--106666	20	4.9	22	77	9	115	35	29	1	33	1.69
108380--108426	22	2.2	20	78	14	51	51	0	17	31	1.46
108547--108573	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
114742--114795	20	2.7	21	85	8	76	35	18	12	33	1.89
114828--114896	20	3.5	19	88	7	86	37	17	14	30	1.90
115332--115432	45	2.2	46	79	19	115	7	11	9	70	1.34
115358--115431	23	3.3	23	72	12	73	9	12	6	71	1.30
120345--120371	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120326--120390	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
120456--120486	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
120440--120506	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
128518--128658	37	3.8	37	91	4	230	37	2	28	31	1.72
129208--129234	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
129189--129253	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
129218--129275	19	2.9	19	87	5	80	32	15	17	34	1.91
130941--131638	79	8.9	79	80	4	700	33	14	25	26	1.94
130941--131628	157	4.4	158	82	5	741	33	14	25	26	1.95
133900--134037	50	2.8	48	83	5	159	43	13	15	27	1.84
134653--134689	15	2.5	15	86	0	56	10	21	27	40	1.86
137161--137204	22	1.9	23	86	9	63	81	13	0	4	0.83
137166--137209	15	3.0	15	76	3	54	86	9	0	4	0.70
137174--137232	9	5.8	10	74	21	52	79	10	1	8	1.00
140436--140600	77	2.1	77	88	0	240	50	13	10	25	1.72
141589--141638	26	1.9	26	100	0	100	56	28	0	16	1.41
143267--143306	2	20.0	2	94	0	53	42	0	7	50	1.30
143722--143757	16	2.2	16	95	0	63	58	0	2	38	1.13
144367--144417	2	25.0	2	84	4	66	43	1	5	49	1.38
144369--144486	31	4.0	31	72	14	106	38	2	11	48	1.52
145599--145715	46	2.6	45	82	6	139	35	17	2	45	1.62
146666--146720	17	3.4	16	78	14	51	36	1	1	60	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147094--147126	16	2.1	16	88	11	50	66	0	0	33	0.92
148218--148250	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
149705--149744	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
149879--150029	82	1.9	80	85	6	209	32	10	9	47	1.71
150029--150055	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
150665--150719	29	1.9	28	85	3	74	56	5	5	32	1.45
152028--152101	16	4.6	16	71	15	55	18	13	22	44	1.85
153186--153252	16	4.2	16	76	0	71	19	17	20	41	1.90
153175--153247	32	2.3	32	82	0	83	16	16	24	42	1.88
155736--155769	13	2.6	13	100	0	68	44	5	41	8	1.60

Tables:   1   2