genome.fa.s2006.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2006
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  83871

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 89 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170--2248	29	2.9	27	78	16	74	48	2	6	43	1.42
2239--2323	20	4.5	19	70	17	61	40	0	0	60	0.97
2341--2383	2	21.5	2	100	0	86	51	0	0	48	1.00
2744--2789	22	2.2	20	85	14	58	71	0	17	10	1.13
3450--3494	22	2.0	24	86	8	67	64	0	24	11	1.26
3715--3750	16	2.2	16	90	9	56	50	2	0	47	1.15
3721--3768	20	2.3	22	86	13	66	54	2	0	43	1.12
4930--4986	22	2.5	23	91	8	98	35	0	3	61	1.13
5053--5108	25	2.2	25	84	9	69	32	0	3	64	1.11
5418--5495	27	3.0	25	81	10	79	20	7	20	51	1.72
6094--7103	505	2.0	505	99	0	2002	32	16	24	27	1.96
10461--10562	27	3.9	26	81	7	109	22	7	21	48	1.76
10468--10572	52	2.0	53	81	7	124	23	7	20	48	1.75
10628--10652	13	1.9	13	100	0	50	8	24	8	60	1.52
20076--20118	18	2.3	19	88	11	63	86	13	0	0	0.58
20070--20118	12	3.8	12	79	15	53	83	14	0	2	0.73
21503--21645	65	2.2	64	81	5	162	25	28	11	33	1.92
21428--21693	98	2.8	96	77	13	280	22	28	13	34	1.92
21440--21959	33	15.6	33	72	15	240	22	30	13	33	1.92
21736--21795	27	2.2	27	90	0	93	20	35	13	31	1.91
21708--21977	61	4.1	63	84	8	296	22	32	12	32	1.91
21708--21949	61	3.7	67	87	6	336	22	30	12	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21712--21959	34	7.5	33	70	16	158	22	31	12	33	1.91
21965--22059	33	2.9	33	96	0	172	30	30	18	20	1.96
22062--22392	49	6.8	48	83	2	394	26	24	17	32	1.97
22369--22411	19	2.3	19	91	0	68	23	20	23	32	1.98
22321--22459	67	2.1	68	91	1	226	25	20	20	33	1.97
22389--22794	49	8.4	49	81	11	412	24	23	18	33	1.97
22388--22742	141	2.5	143	90	1	554	24	23	18	33	1.97
22603--22840	52	4.6	52	82	5	268	24	23	15	35	1.94
22389--22794	101	4.2	97	82	9	422	24	23	18	33	1.97
24268--24301	16	2.1	17	88	5	52	55	23	11	8	1.63
27018--27052	18	2.0	18	88	5	54	42	0	17	40	1.49
28648--28678	6	5.2	6	100	0	62	0	16	0	83	0.64
32088--32124	17	2.2	17	100	0	74	59	5	16	18	1.55
31931--32263	172	1.9	172	100	0	666	43	10	17	28	1.82
32166--32290	63	2.0	63	98	0	241	30	12	18	38	1.88
32934--32988	20	2.8	20	82	0	74	38	14	14	32	1.87
33830--34342	28	18.0	28	83	4	544	23	16	29	30	1.97
43076--43101	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
45370--45538	51	3.3	51	82	0	203	27	24	13	34	1.92
45526--45598	28	2.6	28	89	4	112	21	31	20	26	1.98
45475--45754	109	2.6	107	82	3	328	27	25	15	32	1.95
45629--45707	28	2.8	27	77	12	72	25	29	21	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45691--45807	51	2.3	50	83	1	153	29	26	11	31	1.92
45740--45958	79	2.8	76	82	6	242	26	24	14	34	1.94
50820--50876	25	2.3	25	82	8	64	75	7	14	3	1.14
52102--52432	61	5.4	61	86	4	445	25	25	19	29	1.99
52102--52432	123	2.7	124	87	4	467	25	25	19	29	1.99
52408--52655	43	5.7	43	80	11	272	20	28	12	38	1.90
52408--52689	87	3.2	87	79	9	299	20	28	13	38	1.90
52668--53054	61	6.3	61	87	3	548	25	25	19	28	1.99
52665--53054	184	2.1	182	89	1	584	25	26	19	28	1.99
53229--53328	41	2.4	41	80	12	116	20	26	9	45	1.80
53909--53938	13	2.3	13	100	0	60	30	10	13	46	1.75
53954--54027	20	3.7	19	85	7	94	29	16	12	41	1.84
56321--56489	51	3.3	51	80	1	187	28	24	13	34	1.92
56478--56549	28	2.6	27	80	8	83	20	30	20	27	1.98
56484--56684	109	1.8	109	84	4	271	23	24	16	34	1.96
56641--56757	51	2.3	52	89	4	193	29	23	12	34	1.92
56742--56811	28	2.5	28	80	0	77	21	25	20	32	1.97
60188--60490	79	3.8	79	87	1	455	33	15	25	26	1.95
61858--62024	35	4.8	34	97	0	280	19	32	5	42	1.74
61899--61999	21	5.5	21	62	29	68	19	31	5	42	1.75
61858--62024	70	2.4	70	97	0	316	19	32	5	42	1.74
62030--62057	6	4.7	6	100	0	56	28	0	0	71	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62725--63097	61	6.2	61	79	10	389	27	20	25	26	1.99
62726--63048	122	2.6	121	93	1	522	29	20	24	25	1.99
62726--63097	122	3.1	118	88	5	468	27	20	25	26	1.99
62906--63949	209	4.9	212	74	11	774	26	19	27	26	1.99
63124--63411	122	2.4	119	87	9	408	25	20	27	26	1.99
63124--63434	55	5.3	60	83	9	369	24	21	27	26	1.99
63362--63600	94	2.5	94	92	1	399	25	20	28	24	1.99
63556--63742	55	3.3	56	80	8	193	28	17	25	28	1.98
63756--64245	116	4.2	114	81	9	514	25	20	27	26	1.99
63751--64212	171	2.7	169	86	5	644	25	20	27	26	1.99
63756--64241	55	8.4	61	83	9	472	24	20	27	26	1.99
68360--68441	28	2.9	27	80	10	78	26	17	31	24	1.97
68424--68555	52	2.5	51	81	3	165	33	10	25	31	1.90
68579--68648	27	2.6	27	84	6	79	22	21	31	24	1.98
68380--68760	211	1.8	211	87	2	577	32	13	25	28	1.93
71095--71157	33	1.9	33	86	0	90	44	17	12	25	1.84
71199--71225	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
71970--73189	55	22.3	55	91	4	1861	20	20	30	28	1.97
72044--73171	28	41.2	28	58	18	123	20	20	30	28	1.97
72735--72817	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
74172--74239	9	8.0	8	76	16	50	0	4	11	83	0.78
74172--74239	13	5.0	13	82	12	75	0	4	11	83	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74181--74236	11	5.4	10	74	21	53	0	3	10	85	0.71

Tables:   1

The End!