Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2028
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1 AATATGTGATTTTGAATCCATTTTGCATCAACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCG
1 AATATGTGATTTTGAATCCATTTTGCATC-ACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCG
66 ACAAAATATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTCCCATCAAATC
65 ACAAAATATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTCCCATCAAATC
*
131 AGTTTTGATAAATTCCATTTGGTTTTT-AGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTT-TCA
130 AGTTTTCATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTC-
194 AATTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATGAGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAA
194 AATTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATGAGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAA
259 ATTTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGA
259 ATTTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGA
324 GTTTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTTCAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAA
324 GTTTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTTCAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAA
389 AAAGTGCAATTAGGGCCAATCTCAAATAAAAAAGTTGAATATTCAGAAAAAAATTAATTTTTAAA
389 AAAGTGCAATTAGGGCCAATCTCAAATAAAAAAGTTGAATATTCAGAAAAAAATTAATTTTTAAA
454 TATCTTATTGTGAAATTTTGAAACTATCTTTGCGGATGATATCACGGTCAAATTTTTCA-TTTTA
454 TATCTTATTGTGAAATTTTGAAACTATCTTTGCGGATGATATCACGGTCAAA-TTTTCATTTTTA
518 AGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACACC
518 AGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACACC
583 TATGAGG-TTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAAATTAAGAATATTCAAAAGAAAATATCTATTA
583 TATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAAATTAAGAATATTCAAAAGAAAATATCTATTA
647 GCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATTTTATCAATTAATTTTGAATTTTTCACGATAT
648 GCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATTTTATCAATTAATTTTGAATTTTTCACGATAT
712 GATGAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGTTTAATTTATTAAATTGTATAAATTTATTTTC
713 GATGAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGTTTAATTTATTAAATTGTATAAATTTATTTTC
777 TTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCC
778 TTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCC
804 AATATGTGATTTTGAATCCATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGA
1 AATATGTGATTTTGAATCCATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGA
869 CAAAATATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTCCCATCAAATCA
66 CAAAATATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTCCCATCAAATCA
934 GTTTTCATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTC-A
131 GTTTTCATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCAA
998 TTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATGAGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAAT
196 TTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATGAGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAAT
1063 TTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGAGT
261 TTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGAGT
1128 TTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTTCAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAA
326 TTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTTCAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAA
1193 AGTGCAATTAGGGCCAATCTC-AATAAAAAAGTTGAATATTCAGAAAAAAATTAATTTTTAAATA
391 AGTGCAATTAGGGCCAATCTCAAATAAAAAAGTTGAATATTCAGAAAAAAATTAATTTTTAAATA
1257 TCTTA-TGTGAAATTTTGAAACTATCTTTGCGGATGATATCACGGTCAAATTTTCATTTTTAAGA
456 TCTTATTGTGAAATTTTGAAACTATCTTTGCGGATGATATCACGGTCAAATTTTCATTTTTAAGA
1321 ATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACACCTAT
521 ATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACACCTAT
1386 GAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAAATTAAGAATATTCAAAAGAAAATATCTATTAGCA
586 GAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAAATTAAGAATATTCAAAAGAAAATATCTATTAGCA
1451 TTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATTTTATCAATTAATTTTGAATTTTTCACGATATGAT
651 TTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATTTTATCAATTAATTTTGAATTTTTCACGATATGAT
1516 GAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGTTTAATTTATCATAAATTGTATAAATTTATTTTCT
716 GAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGTTTAATTTAT--TAAATTGTATAAATTTATTTTCT
1581 TTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCC
779 TTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCC
1607 AATATGTGATTTTGAATCCATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGA
1 AATATGTGATTTTGAATCCATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGA
1672 CAAAATATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATT-CCATCAAATCA
66 CAAAATATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTCCCATCAAATCA
1736 GTTTTCATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCAC
131 GTTTTCATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCT--C
1801 AATTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATGAGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAA
194 AATTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATGAGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAA
1866 ATTTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGA
259 ATTTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGA
1931 GTTTTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTTCAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGA
324 G-TTTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTTCAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGA
*
1996 AAAAGTGCAATCTAGGGCCAATCTCAAATAAAAAAGATGAATATTCAG-AAAAAATTAATTTTTA
388 AAAAGTGCAAT-TAGGGCCAATCTCAAATAAAAAAGTTGAATATTCAGAAAAAAATTAATTTTTA
2060 AATATCTTATTGTGAAATTTTGAAACTATCTTTGCGGATGATATCACGGTCAAATTTTCATTTTT
452 AATATCTTATTGTGAAATTTTGAAACTATCTTTGCGGATGATATCACGGTCAAATTTTCATTTTT
2125 AAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACAC
517 AAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACAC
2190 CTATGAGGTTTTTATG
582 CTATGAGGTTTTTATG
Statistics
Matches: 1387, Mismatches: 2, Indels: 21
0.98 0.00 0.01
Matches are distributed among these distances:
799 6 0.00
800 121 0.09
801 213 0.15
802 416 0.30
803 229 0.17
804 3 0.00
805 130 0.09
806 74 0.05
807 38 0.03
808 157 0.11
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (804 bp):
AATATGTGATTTTGAATCCATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGA
CAAAATATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTCCCATCAAATCA
GTTTTCATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCAA
TTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATGAGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAAT
TTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGAGT
TTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTTCAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAA
AGTGCAATTAGGGCCAATCTCAAATAAAAAAGTTGAATATTCAGAAAAAAATTAATTTTTAAATA
TCTTATTGTGAAATTTTGAAACTATCTTTGCGGATGATATCACGGTCAAATTTTCATTTTTAAGA
ATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACACCTAT
GAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAAATTAAGAATATTCAAAAGAAAATATCTATTAGCA
TTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATTTTATCAATTAATTTTGAATTTTTCACGATATGAT
GAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGTTTAATTTATTAAATTGTATAAATTTATTTTCTTT
AATTTAGAAGTTAATATTTCATCC
Done.