genome.fa.s2037.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2037
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  186353

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1548--1573	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6127--6232	2	52.5	2	85	5	133	45	1	4	48	1.34
6768--6824	25	2.2	25	84	12	71	75	0	19	5	0.99
8123--8331	50	4.2	50	93	0	328	30	22	18	29	1.97
12722--12913	50	3.8	50	93	1	314	28	22	18	31	1.97
13703--13756	29	2.0	26	85	10	72	38	3	1	55	1.28
13853--13892	15	2.5	16	88	8	55	57	0	0	42	0.98
14061--14098	18	2.1	18	85	9	51	55	0	0	44	0.99
14682--14724	23	1.9	22	85	4	59	55	13	0	30	1.39
15048--15086	19	2.1	18	85	4	51	0	35	0	64	0.94
15379--15404	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
15413--15456	11	4.0	11	93	0	79	56	9	9	25	1.59
15707--15736	15	1.9	16	93	6	53	0	23	0	76	0.78
18020--18062	19	2.3	19	88	4	61	51	0	0	48	1.00
18464--18499	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
19505--19541	19	2.1	17	90	10	56	45	0	0	54	1.00
27292--27698	32	12.8	32	86	2	554	20	19	28	31	1.97
27652--27813	85	1.9	85	96	0	297	22	18	31	27	1.97
27799--28086	27	10.3	28	82	7	307	31	14	29	24	1.94
27806--28086	55	5.0	55	84	3	348	32	14	28	24	1.94
27806--28087	113	2.5	113	89	2	419	32	14	28	24	1.94
29408--29452	23	1.9	24	86	4	65	4	11	11	73	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36459--36533	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
36456--36533	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
38167--38223	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
43447--43472	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
45548--45590	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
49958--50002	22	2.1	21	84	8	56	22	15	6	55	1.63
49947--50002	21	2.7	21	75	13	62	23	14	7	55	1.63
52215--52240	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
56160--56235	20	3.8	19	75	6	80	40	10	13	35	1.79
56157--56235	40	2.0	39	87	2	113	40	11	12	35	1.79
57838--57876	21	1.9	20	85	15	53	35	23	2	38	1.68
60201--60226	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
60211--60267	19	3.0	20	84	7	82	33	15	17	33	1.92
60312--60341	13	2.3	13	94	0	51	36	20	13	30	1.90
60297--60361	33	2.0	33	81	6	78	36	15	15	32	1.89
62463--62507	13	3.5	13	81	0	63	26	24	4	44	1.72
67551--67623	29	2.6	30	82	8	82	31	16	6	45	1.74
67564--67626	30	2.2	29	78	18	78	31	14	7	46	1.73
72719--72793	20	3.8	20	78	7	89	40	13	13	33	1.83
72716--72793	40	2.0	39	87	2	111	39	14	12	33	1.84
73382--75108	28	60.4	28	83	8	1009	24	16	30	28	1.97
73382--74463	116	9.3	112	83	8	961	21	18	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74389--75080	55	12.6	55	85	3	806	29	14	31	24	1.94
74275--75081	55	14.6	55	84	5	785	28	14	31	25	1.95
76121--76151	11	2.9	11	95	4	55	0	0	16	83	0.64
76440--76485	23	2.0	24	86	4	67	4	13	10	71	1.27
83643--83686	22	1.9	23	81	9	54	34	2	9	54	1.44
83724--83778	23	2.4	23	78	6	58	34	7	10	47	1.66
85740--85798	24	2.4	25	86	8	86	44	11	15	28	1.82
88177--88210	17	2.0	17	94	0	59	38	0	0	61	0.96
90196--90245	20	2.5	20	100	0	100	34	14	12	40	1.82
101610--101652	14	3.0	14	83	6	59	46	0	0	53	1.00
101616--101652	13	2.5	16	83	16	53	43	0	0	56	0.99
104888--104925	19	1.9	21	89	10	62	39	0	5	55	1.23
104913--104997	26	3.1	28	77	9	77	31	2	10	55	1.47
110690--110745	29	1.9	29	88	0	85	39	5	7	48	1.54
110882--110951	28	2.4	29	81	11	83	55	2	0	41	1.14
115164--115208	15	2.9	15	83	3	54	53	0	0	46	1.00
115392--115505	37	3.0	35	77	13	102	53	1	0	43	1.17
117170--117217	3	16.0	3	95	0	87	64	0	2	33	1.05
117535--117569	3	11.7	3	93	0	61	31	0	2	65	1.07
122997--123069	31	2.4	31	90	0	110	27	15	23	34	1.94
123851--123875	10	2.5	10	100	0	50	32	0	0	68	0.90
124608--124646	13	2.8	14	88	7	53	66	5	5	23	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124663--124989	163	2.0	164	87	3	480	43	11	15	28	1.83
125599--125645	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
130726--130800	20	3.8	20	78	0	87	33	13	13	40	1.83
130726--130803	40	2.0	39	87	2	111	33	12	14	39	1.84
135327--135421	28	3.3	29	73	14	81	46	10	14	28	1.78
139581--139618	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
143047--143073	13	2.1	13	100	0	54	51	0	0	48	1.00
143558--143637	40	2.0	40	90	0	124	38	5	8	47	1.56
144289--144359	21	3.5	22	74	24	66	54	1	0	43	1.08
144300--144359	20	3.1	19	75	20	52	53	1	0	45	1.10
144287--144388	55	1.9	55	84	9	140	53	0	0	44	1.13
144760--144821	3	20.7	3	96	0	115	32	1	0	66	1.02
144998--145055	23	2.3	25	77	11	66	43	0	0	56	0.99
145568--145632	15	4.4	14	73	19	51	44	0	1	53	1.09
145575--145634	30	2.0	30	87	6	86	43	0	1	55	1.10
151431--151460	14	2.1	14	100	0	60	13	0	26	60	1.34
151937--151974	13	2.7	14	88	8	51	21	7	10	60	1.54
154103--154141	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
154894--155076	38	4.8	38	93	1	278	30	14	27	27	1.95
159300--159325	12	2.2	12	100	0	52	30	7	23	38	1.83
159581--159723	38	3.8	38	91	0	232	30	15	27	26	1.96
159645--159763	38	2.8	43	72	18	104	26	16	31	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162354--162410	30	2.0	27	86	10	78	70	3	0	26	1.03
162815--162870	22	2.5	22	77	11	69	30	8	17	42	1.80
163010--163079	22	3.2	22	83	0	77	38	10	12	38	1.77
163169--163238	28	2.5	28	81	4	88	38	10	7	44	1.65
163383--163442	14	4.4	14	76	21	65	40	8	0	51	1.32
163383--163462	41	2.0	41	85	9	110	40	7	1	51	1.38
163526--163596	25	2.7	25	82	6	70	36	8	4	50	1.52
163525--163578	28	2.0	27	89	7	83	35	5	5	53	1.48
165979--166150	78	2.2	77	79	12	181	38	18	13	29	1.90
171734--171801	19	3.9	18	71	23	65	38	14	10	36	1.81
171738--171800	32	2.0	32	90	0	99	36	15	11	36	1.84
171971--171998	13	2.2	13	100	0	56	21	32	7	39	1.80
177751--177969	63	3.5	63	82	1	260	45	15	20	18	1.86
177757--177930	32	5.5	32	67	17	112	44	16	21	17	1.86
177863--177944	32	2.6	31	72	16	78	48	17	15	18	1.81
178655--179883	165	7.4	166	86	3	1561	31	10	7	50	1.66
180932--180957	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
180912--180975	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
181698--181723	12	2.2	12	100	0	52	50	7	0	42	1.31
183511--183549	13	3.0	13	92	0	60	35	12	17	33	1.88
185609--185639	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80

Tables:   1

The End!