Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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*
131 TTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATTTG
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391 TGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATTAAACGAAAAT
*
453 AAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGATAAAATTCACC
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648 TTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATG-AAAATTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGA
651 TTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAATTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGA
*
712 TAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTCTGAATATTCA-ATTTTTTAT
716 TAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTCTGAATATTCATCTTTTTTAT
776 TTGAGATTGGCCCTA-ATTGCACTTTTT
781 TTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTT
803 CTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAA-TC
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66 ATGAAAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTT
932 TTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATGTG
131 TTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATGTG
997 AGAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTC-AAAACCAAATGGAATTTATGAAAACTGA
196 AGAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTATGAAAACTGA
1061 -TTGATGGTAA-TAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAATA-TTTGTCG
261 TTTGATGGTAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAATATTTTGTCG
1123 AAAATTTTACGAGC-AAGAATTTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAAATCACATATTGG
326 AAAATTTTACGAGCAAAGAA-TTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAAATCACATATTGG
1187 ATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATTAAACGAAAA
390 ATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATTAAACGAAAA
1252 T-AAATTAAAAAAATATGGTATTTATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGATAAAATTCAC
455 TAAAATTAAAAAAATATGGTATTTATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGATAAAATTCAC
*
1316 CAATTGACACCTTTTGATAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTAATTTTTCAG
520 CAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTAATTTTTCAG
1381 GGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAATTTATCGAG
585 GGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAATTTATCGAG
* *
1446 TTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAATAATTTGACCGTGATATCAT-TGCAAAG
650 TTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAATTTGACCGTGATATCATCCGCAAAG
*
1510 ATAGTTTTCAAAATTTCACAATTAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTCTGAATACTCATC-TTTT
715 ATAG-TTTCAAAATTTCACAA-TAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTCTGAATATTCATCTTTTT
1574 TATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCAC-TTTT
778 TATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTT
1604 C-TTCACATGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAAC
1 CTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATTTG-AAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAAT-AAAAAAC
1668 TCATGAAAATG-ATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTA-TTGAT-AAT
64 TCATGAAAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAAT
1730 TTTTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGT-ATG
129 TTTTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATG
1794 TGAGAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTATGAAAACT
194 TGAGAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTATGAAAACT
*
1859 GATTTGATGGTAATTAAATGATAATATTTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACGAAAAATATTTTG
259 GATTTGATGGTAATTAAATGATAATA-TTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAATATTTTG
1924 TCG-AAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAAATCACATATT
323 TCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAAATCACATATT
1988 GGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATTAAACGAA
388 GGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATTAAACGAA
2053 AATAAAATTAAAAAAATATGGTATTTATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGATAAAATTC
453 AATAAAATTAAAAAAATATGGTATTTATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGATAAAATTC
2118 ACCAATTGACACC-TTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTAATTTTTC
518 ACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTAATTTTTC
2182 AGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAATTTATCG
583 AGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAATTTATCG
* **
2247 AGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAATAATTTGACCGTGATATCATTTGCAA
648 AGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAATTTGACCGTGATATCATCCGCAA
*
2312 AGATAGTTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTTCTGAATATTCAACTTT
713 AGATAG-TTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAA-TTTTTTCTGAATATTCATCTTT
2377 TTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTT
776 TTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTT
2410 CTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAAATAAAAAAA
1 CTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATTTG-AAAACGGGAAAATTTTAAGG-AAAAAAAT-AAAAAA
2475 CTCATGAAAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAA
63 CTCATGAAAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAA
2540 TTTTT-AAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAAT
128 TTTTTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAAT
2604 GTGAGAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTC-AAAACCAAATGGAATTTATGAAAAC
193 GTGAGAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTATGAAAAC
2668 TGATTTGATGGT-ATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACT-AAAATATTTTG
258 TGATTTGATGGTAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAATATTTTG
2731 TCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATTGCAAAATGGATTC-AAATCACATAT
323 TCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGA-TGCAAAATGGATTCAAAATCACATAT
2795 TGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATTAAACG-
387 TGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATTAAACGA
2859 AAATAAAATTAAAAAAATATGGTATTTATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGATAAAATT
452 AAATAAAATTAAAAAAATATGGTATTTATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGATAAAATT
2924 CACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTAATTTTT
517 CACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTAATTTTT
2989 CAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAATTTATC
582 CAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAATTTATC
3054 GAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAATTTGACCGTGATATCATCCGCA
647 GAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAATTTGACCGTGATATCATCCGCA
*
3119 AAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTCTGAATATTCAAC-TTT
712 AAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTCTGAATATTCATCTTTT
* *
3183 TTATCTGAGATTGGCCCTAAAATTGGCACTTTTT
777 TTATTTGAGATTGGCCCT-AGATT-GCACTTTTT
3217 CTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAAACGGGAAAATTTTAAGG-AAAAAAT-AAAAACT
1 CTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATTTG-AAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAACT
3280 CATGAAAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTA-TTGATAAATT
65 CATGAAAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATT
3344 TTTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATGT
130 TTTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATGT
*
3409 GAGAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTATGAAAACGG
195 GAGAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTATGAAAACTG
3474 ATTTGATGGTAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAATATTTTGTC
260 ATTTGATGGTAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAATATTTTGTC
3539 GAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAAATCACATATTGG
325 GAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAAATCACATATTGG
3604 ATGAAATATT-ACTTCTAAATT-AAG-AAATAAATTTATACAATTTTATGATAAATTAAACGAAA
390 ATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAA-TTTATGATAAATTAAACGAAA
3666 ATAAAATTAAAAAAATATGGTATTTATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGATAAAATTCA
454 ATAAAATTAAAAAAATATGGTATTTATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGATAAAATTCA
3731 CC-ATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTAA-TTTTCA
519 CCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTAATTTTTCA
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584 GGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAATTTATCGA
3859 GTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAATTTGACCGTGATATCATCCGCAAA
649 GTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAATTTGACCGTGATATCATCCGCAAA
*
3924 GATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTCTGAATATTCAACTTTTTT
714 GATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTCTGAATATTCATCTTTTTT
*
3989 ATTTGAGATTGGCCCTAAAATTGCACTTTTT
779 ATTTGAGATTGGCCCT-AGATTGCACTTTTT
4020 CTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAAC-GGAAAATTTTAAGGAAAATAAA-ATAAAAAC
1 CTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAA-AAATA-AAAAAC
*
4083 TCATGAAAAATGAATGAATC--TGAAAA-TGATTTAATATG--TTAAATAATAGAATTTGATAAA
64 TCATG-AAAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAA
* * * *
4143 TTTTTATATTTTTAAA-CC-TGAAAATCCTCATGAAAAAAATTA-TAGAAAG-AAACCTCGTCAT
128 TTTTTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAAT
* * * *
4204 TTGAAAACGAGAGGAA-TCCAAAAGAAAAATCATT-ACT-AGAAACCAAATGGAATTTATCAAAA
193 GTGAGAACGAGAGGAATTCCAAAAG-AAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTATGAAAA
* *
4266 CTGATTTGATGGGATATTAAATGATAATATTTGACTAATTTTGATGTTTTG-AACTAAAAATATT
257 CTGATTTGATGGTA-ATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATG-TTTGAAACTAAAAATATT
*
4330 TTGTCGAAAATTTTACGAGAAAAG-ATTTCATTCAAGAGTGATGCAAAAAT-GATTCAAAAT-AC
320 TTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTC-AGAGTGATGC-AAAATGGATTCAAAATCAC
* *
4392 ATATTGAGATGACATATTAACTTC-AAATTAAAG-AAATAAATTTTATAAAATTTATGATAAATT
383 ATATTG-GATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAA-TTTATACAATTTATGATAAATT
* * * *
4455 -AACGAAAAT-AAATAACAAAAAATATGGTA-TAATAATATCGTG-AAAATTAAAAATTAATTGA
446 AAACGAAAATAAAATTA-AAAAAATATGGTATTTATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGA
4516 T-AAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTT
510 TAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTT
4580 AATTTTTCA-GGCATGTATTAGCATAAAAACCTCAGTAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTC
575 AATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCA-TAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTC
* *
4644 -A-TTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTCAAAATGAATAAGTTTGACCGTGATA
639 AATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAA-AAATTTGACCGTGATA
*
4707 TCATTCCGCAAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTTCTGAG
703 TCA-TCCGC-AAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAA-TTTTTTCTGAA
* *
4772 TATTCATCTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTCGATTGTACTTTTT
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4816 CTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAACT
1 CTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAAT-AAAAAACT
4881 CATGAAAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATT
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130 TTTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATGT
5009 GAGAACGAGAGGAATTCCAAAAG-AAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTATGAAAACTG
195 GAGAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTATGAAAACTG
5073 ATTTGATGGTAATTAAATGATAATATTTGAATAA-TTTGATGTTTGAAACTAAAAATATTTTGTC
260 ATTTGATGGTAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAATATTTTGTC
5137 GAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAAATCACATATTGG
325 GAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAAATCACATATTGG
5202 ATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATT-AACGAAAA
390 ATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATTAAACGAAAA
*
5266 TAAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGATAAAATTCAC
455 TAAAATTAAAAAAATATGGTATTTATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGATAAAATTCAC
5331 CAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTAATTTTTCAG
520 CAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTAATTTTTCAG
5396 GGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAATTTATCGAG
585 GGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAATTTATCGAG
5461 TTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAATTTGACCGTGATATCATCCGCAAAG
650 TTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAATTTGACCGTGATATCATCCGCAAAG
5526 ATAGTTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTT-AAAATTAATTTTTTTCTGAATATTCATCTTTTT
715 ATAG-TTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAA-TTTTTTCTGAATATTCATCTTTTT
5590 TATTTGAGATTGGCCCT-GATTGCACTTTTT
778 TATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTT
5620 CTTTCACATGCATGTGCAAGAAAA-TTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAA-TC
1 CTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAACTC
*
5683 AGGAAAATGAATGAATC-TTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTT
66 ATGAAAATGAATGAATCTTTGAAAACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTATTTGATAAATTT
5747 TTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTA
131 TTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTA
Statistics
Matches: 4821, Mismatches: 70, Indels: 190
0.95 0.01 0.04
Matches are distributed among these distances:
793 53 0.01
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Consensus pattern (808 bp):
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TTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAACTTCGTAATGTG
AGAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTATGAAAACTGA
TTTGATGGTAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAATATTTTGTCG
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TGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATTAAACGAAAAT
AAAATTAAAAAAATATGGTATTTATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGATAAAATTCACC
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GCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAATTTATCGAGT
TTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAAATTTGACCGTGATATCATCCGCAAAGA
TAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTCTGAATATTCATCTTTTTTAT
TTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTT
Done.