genome.fa.s2085.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2085
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  58155

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1769--1813	21	2.1	21	83	0	54	22	4	6	66	1.33
2560--2614	21	2.6	21	81	13	69	18	29	0	52	1.45
3206--3239	17	2.0	17	94	0	59	8	5	0	85	0.75
4067--4096	2	15.5	2	93	6	53	50	0	0	50	1.00
5003--5087	43	2.0	43	95	0	152	50	20	15	14	1.77
12981--13011	2	15.5	2	100	0	62	51	0	48	0	1.00
13350--13389	12	3.2	13	86	13	57	37	0	0	62	0.95
13554--13622	19	3.6	19	80	3	84	34	4	4	56	1.39
17487--17558	20	3.5	20	73	14	56	41	12	11	34	1.78
18378--18729	52	6.9	52	78	8	289	35	15	23	24	1.94
18397--18729	49	6.6	49	77	8	267	34	16	24	24	1.95
18390--18729	150	2.2	152	82	3	436	35	15	23	24	1.94
18832--19146	34	9.4	33	74	14	227	37	8	31	22	1.84
18907--18961	27	2.0	27	89	0	83	30	10	34	23	1.89
18827--19028	95	2.1	96	87	2	282	36	8	32	22	1.85
18935--19146	68	3.1	68	92	1	325	38	8	31	22	1.84
19151--19245	26	3.6	27	85	4	140	30	11	31	26	1.91
19139--19245	53	2.0	53	92	0	178	29	12	31	26	1.92
19215--19316	32	3.2	31	83	6	123	39	10	30	19	1.86
19346--19416	27	2.7	26	80	4	97	26	14	33	25	1.94
19504--19554	26	2.0	26	92	0	84	25	13	35	25	1.93
19187--20029	155	5.4	154	71	16	468	35	11	30	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19558--19617	27	2.2	27	75	0	66	41	11	26	20	1.86
19497--19643	61	2.4	61	80	2	170	36	10	33	19	1.87
19214--20002	34	24.9	32	71	15	391	36	11	30	21	1.89
19729--19864	26	5.0	26	79	11	139	30	13	33	22	1.93
19412--19823	225	1.9	214	89	5	635	36	12	30	20	1.90
19724--20209	53	8.5	53	74	12	222	34	12	30	23	1.91
19809--19871	32	2.0	32	93	0	108	34	12	31	20	1.90
19803--20002	70	2.9	69	81	3	228	39	10	29	21	1.86
19980--20210	26	8.7	27	79	12	171	31	12	29	26	1.93
19560--20108	249	2.2	246	82	6	652	36	11	30	21	1.89
19979--20210	79	2.9	80	83	6	285	31	12	29	26	1.93
19987--20210	53	4.2	53	85	1	279	31	12	29	26	1.93
20184--20293	34	3.3	34	80	11	127	36	11	30	21	1.90
21562--21587	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
22284--22327	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
24130--24155	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
24348--24373	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
27734--27857	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
27734--27877	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
27866--27890	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
27931--27997	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
27953--27977	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28996--29256	49	5.4	49	83	7	329	31	17	25	26	1.97
29366--29686	49	6.6	49	86	6	440	30	16	25	26	1.97
28872--29621	365	2.1	365	99	0	1473	32	16	25	26	1.96
29408--29678	140	1.9	140	93	0	461	30	16	25	26	1.97
29679--29767	30	3.0	30	74	19	96	16	16	35	30	1.92
29679--29773	27	3.3	27	80	12	100	15	16	35	31	1.91
29679--29806	57	2.2	60	84	4	163	20	17	32	28	1.96
29707--29832	30	4.3	29	85	7	139	23	17	29	30	1.97
29753--29836	29	2.8	30	89	3	134	27	20	23	28	1.99
31276--31382	1	107.0	1	75	0	79	1	1	10	85	0.74
31276--31382	17	6.2	17	84	10	105	1	1	10	85	0.74
31276--31359	9	9.3	9	81	14	102	1	0	11	86	0.62
31277--31378	28	3.9	26	79	15	104	1	1	10	85	0.76
31284--31382	16	6.4	15	78	13	87	2	2	10	85	0.75
31276--31381	29	3.3	32	79	14	121	1	1	10	85	0.74
31277--31383	23	4.7	23	72	2	90	1	1	11	85	0.77
41076--41102	10	2.7	10	100	0	54	77	22	0	0	0.76
45245--45385	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
45374--45398	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
45439--45505	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
45461--45485	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
46970--47334	30	12.3	29	75	9	238	28	28	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47029--47080	27	2.0	26	92	3	86	34	32	17	15	1.91
47179--47561	97	4.1	93	89	6	322	31	32	17	19	1.94
46966--47334	57	6.2	60	75	10	226	28	28	16	26	1.97
47322--47589	31	8.3	32	88	5	373	30	35	17	16	1.92
47325--47582	97	2.7	97	97	1	482	30	35	17	16	1.92
47322--47589	63	4.2	65	87	6	377	30	35	17	16	1.92
47582--48198	49	12.7	49	83	6	785	25	25	18	31	1.97
47628--48198	92	6.0	92	87	8	775	25	25	18	31	1.97
49125--49191	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
49145--49169	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
49145--49327	86	2.2	84	82	7	210	33	16	14	34	1.89
49231--49255	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
49264--49438	51	3.4	51	96	1	314	35	18	17	28	1.94
53999--54415	79	5.3	78	83	2	451	35	13	23	27	1.93
54008--54415	158	2.6	157	81	7	504	34	13	24	27	1.94
54354--54501	51	2.9	51	85	6	210	37	11	22	28	1.89
56852--56986	50	2.7	50	83	2	146	38	14	19	28	1.90

Tables:   1

The End!