genome.fa.s209.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold209
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  153494

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11848--11876	11	2.6	11	100	0	58	31	0	10	58	1.31
12397--12449	22	2.5	22	96	3	99	64	9	9	16	1.49
13361--13435	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
13358--13435	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
16149--16233	27	3.1	27	89	0	134	22	35	25	16	1.95
20142--20166	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
23846--23896	19	2.6	20	81	6	68	37	13	13	35	1.85
29156--30837	841	2.0	841	92	0	2794	33	17	12	36	1.88
33306--33330	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33754--33826	7	10.9	7	73	8	62	76	1	19	2	0.98
33729--33768	21	2.0	20	85	9	55	72	0	27	0	0.85
33731--33825	20	4.7	19	74	22	79	73	1	23	2	1.00
34351--34390	22	1.9	20	90	10	62	40	0	2	57	1.12
34351--34407	20	2.8	22	82	15	61	43	0	1	54	1.10
35153--35203	20	2.7	20	82	11	63	60	1	0	37	1.08
35172--35217	24	1.9	24	86	0	65	67	0	0	32	0.91
38833--38858	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
42762--42806	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
45014--45039	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
48468--48493	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
53008--53329	155	2.1	154	83	3	389	28	13	18	38	1.90
53375--53695	155	2.1	155	81	4	371	27	12	18	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54797--54914	58	2.1	57	88	1	173	34	12	16	35	1.87
55761--55815	15	3.5	16	73	19	53	3	12	1	81	0.89
55761--55825	29	2.2	30	88	2	96	4	12	3	80	0.99
55762--55800	19	2.1	19	90	0	60	2	12	2	82	0.89
55775--55815	18	2.2	19	86	4	57	2	14	0	82	0.76
59711--59757	20	2.3	20	88	0	67	36	8	12	42	1.74
59674--59809	72	1.9	70	84	3	182	30	13	11	44	1.78
61040--61072	16	2.1	16	88	11	50	15	3	0	81	0.80
61038--61078	18	2.2	19	86	4	57	14	2	2	80	0.92
63331--64191	28	30.5	28	80	4	804	27	28	17	25	1.97
64963--65128	20	7.8	20	71	14	116	30	13	13	42	1.83
65003--65170	51	3.5	51	75	17	214	28	16	12	42	1.84
64952--65202	91	2.8	91	94	0	430	29	15	13	42	1.85
65074--65248	71	2.5	69	80	10	203	30	17	12	39	1.87
65145--65199	20	2.8	20	77	0	65	34	14	12	38	1.84
73755--74409	27	24.2	26	83	5	673	26	31	13	28	1.94
73755--74409	54	12.1	54	85	2	832	26	31	13	28	1.94
73755--74409	81	8.1	81	87	2	841	26	31	13	28	1.94
73782--75323	56	27.8	56	77	9	860	27	29	16	26	1.96
74224--75323	28	39.2	28	79	7	869	28	29	16	25	1.97
75276--75351	32	2.5	31	87	6	118	28	32	15	22	1.95
76096--76161	20	3.3	20	69	0	60	34	15	10	39	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76206--76236	16	1.9	16	93	0	53	38	16	16	29	1.90
76189--76259	20	3.8	20	76	14	78	30	19	12	36	1.89
76085--76307	87	2.5	88	81	5	270	28	18	13	40	1.88
78131--78164	10	3.3	10	88	8	50	44	0	8	47	1.34
82124--82153	13	2.3	13	94	0	51	33	16	16	33	1.92
82139--82193	20	2.8	20	85	0	65	34	10	23	30	1.89
83772--83806	3	11.7	3	93	0	61	34	0	37	28	1.58
89021--89163	47	3.0	47	91	4	198	37	16	15	30	1.89
89057--89143	27	3.5	27	70	20	98	39	17	14	28	1.89
89086--89163	20	3.5	20	69	21	66	37	16	15	30	1.90
89153--89226	13	5.7	13	88	0	112	31	17	16	35	1.92
92764--93022	79	3.3	76	75	9	209	33	16	25	24	1.96
92839--93022	78	2.3	79	80	2	210	33	16	26	24	1.96
92978--93050	28	2.6	28	89	4	103	27	19	28	24	1.98
93034--93149	51	2.3	51	86	0	160	31	12	25	31	1.92
95581--95665	20	3.8	20	70	26	71	43	16	15	24	1.86
95554--95664	50	2.2	50	96	1	206	39	18	16	26	1.91
96298--96610	45	7.1	42	71	12	182	42	13	26	18	1.87
96337--96610	87	3.1	87	79	11	340	41	13	26	18	1.87
96333--96610	45	6.3	45	78	10	279	41	13	26	19	1.88
96648--96983	45	7.5	45	74	8	276	37	11	30	21	1.88
96417--96849	238	1.8	239	85	3	622	37	12	28	21	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
96652--96983	46	7.4	44	74	11	201	37	11	29	21	1.89
96652--96852	89	2.2	89	81	7	221	38	10	28	22	1.87
96654--96984	134	2.5	134	85	2	448	37	11	29	21	1.89
96975--98797	183	9.9	184	89	2	2482	29	18	26	25	1.98
96975--98798	122	14.9	124	87	2	2394	29	18	26	25	1.98
100922--100974	19	2.7	20	88	2	81	35	11	13	39	1.80
101008--101165	52	3.0	52	87	1	219	37	18	13	30	1.90
109740--109770	8	3.8	8	95	4	53	12	0	25	61	1.32
110414--110455	20	2.0	21	90	4	68	19	42	28	9	1.82
111831--111872	14	3.0	14	96	0	75	47	0	38	14	1.44
112489--112513	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
112595--112658	33	2.0	33	87	3	94	40	18	10	29	1.85
113833--113860	14	2.0	14	100	0	56	28	14	7	50	1.69
113925--113987	33	1.9	33	96	0	117	39	12	11	36	1.79
114162--114356	95	2.1	95	99	0	381	47	16	9	27	1.77
114915--115043	67	1.9	67	80	3	152	37	15	9	37	1.80
115233--115376	39	3.7	40	73	5	123	39	12	8	39	1.73
116862--116931	20	3.3	20	70	24	63	47	0	8	44	1.34
116881--116950	23	3.2	23	66	25	69	48	0	8	42	1.33
116862--116950	43	2.1	43	97	0	169	47	0	8	43	1.35
116984--117049	22	3.0	22	72	16	57	33	0	0	66	0.92
116988--117067	28	2.8	28	78	19	78	35	1	0	63	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117006--117067	28	2.2	28	86	11	83	37	1	0	61	1.06
121701--121893	91	2.1	93	85	5	259	31	17	13	38	1.88
124306--124549	81	3.0	81	82	7	275	29	24	13	32	1.93
128320--128344	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
128300--128363	33	2.0	32	93	3	110	28	12	20	39	1.89
128300--128363	19	3.6	19	72	25	68	28	12	20	39	1.89
128396--128447	20	2.6	20	84	0	68	30	17	13	38	1.88
128435--128459	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
130437--130476	20	2.0	21	90	5	64	7	27	45	20	1.78
130740--130780	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
130898--130987	13	6.9	13	85	0	126	34	15	15	34	1.89
130898--130987	26	3.5	26	100	0	180	34	15	15	34	1.89
137066--137131	20	3.7	20	73	26	83	30	12	18	39	1.87
137086--137144	13	5.0	13	71	23	58	33	13	16	35	1.88
137064--137164	33	3.1	33	97	1	186	31	12	17	37	1.88
137197--137247	20	2.5	20	87	0	66	31	13	15	39	1.87
139571--139896	156	2.1	155	82	5	390	39	19	15	25	1.91
142104--142131	9	3.1	9	100	0	56	57	0	0	42	0.99
143789--143815	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
143865--143918	20	2.7	20	88	11	76	33	14	16	35	1.90
146068--146136	34	2.0	35	97	2	131	28	17	5	47	1.70
148452--148494	21	2.0	21	86	8	61	39	11	9	39	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148532--148602	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
148572--148708	53	2.6	53	95	1	238	37	17	17	27	1.92
148732--148770	10	4.0	10	86	3	53	25	30	5	38	1.78
148732--148770	20	2.0	20	95	5	71	25	30	5	38	1.78
148819--148857	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
149326--149392	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92

Tables:   1

The End!