genome.fa.s2102.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2102
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  149720

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9150--9282	22	5.9	23	81	10	150	84	12	3	0	0.74
9151--9282	36	3.7	35	76	15	130	84	12	3	0	0.74
9147--9281	45	2.8	45	83	9	155	83	13	2	0	0.75
9154--9279	11	11.9	11	74	13	61	83	13	3	0	0.77
9149--9264	1	116.0	1	72	0	88	86	10	3	0	0.69
10721--10775	29	2.0	29	85	7	78	27	30	16	25	1.96
10751--10937	60	3.0	59	75	13	180	20	34	13	32	1.91
10981--11106	65	2.0	64	84	4	164	30	33	16	19	1.94
10981--11084	32	3.2	32	87	4	145	29	32	17	20	1.95
11099--11388	49	5.9	49	77	12	288	25	26	16	31	1.97
11099--11410	43	6.5	45	74	16	229	25	26	16	31	1.97
11184--11381	52	3.8	52	80	5	215	25	26	15	31	1.96
11184--11381	107	1.9	106	90	3	319	25	26	15	31	1.96
11408--11930	31	16.9	31	89	3	716	33	14	27	24	1.94
11413--11927	155	3.3	155	92	1	849	34	14	27	23	1.94
18257--18328	33	2.2	33	92	2	119	38	18	11	31	1.85
18821--18851	13	2.4	13	88	0	53	35	12	16	35	1.87
18916--18947	13	2.5	13	94	0	55	40	12	12	34	1.81
18897--18961	32	2.0	33	88	8	98	41	13	13	30	1.84
21356--21381	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
21441--21493	20	2.6	21	82	8	65	28	15	16	39	1.89
21481--21505	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21515--21553	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
30135--30160	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
30113--30180	33	2.1	32	89	8	102	32	14	19	33	1.92
30282--30320	20	2.0	19	90	5	60	28	10	25	35	1.89
40391--40422	16	2.0	16	100	0	64	37	6	25	31	1.81
41129--41182	19	2.7	21	88	11	87	31	18	16	33	1.93
50659--50858	29	6.9	28	78	10	170	27	30	12	30	1.92
50749--50860	28	4.0	28	84	4	136	28	33	12	25	1.92
50929--51087	29	5.3	29	76	7	142	29	30	16	23	1.97
50929--51105	60	3.0	58	74	10	153	28	29	16	24	1.97
51103--51284	52	3.5	52	78	4	161	25	22	16	35	1.95
54752--54780	13	2.2	13	100	0	58	27	13	17	41	1.87
55141--55178	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
55493--55547	21	2.7	20	75	10	58	52	1	0	45	1.11
55498--55556	32	1.9	30	93	6	100	54	1	0	44	1.10
56497--56565	33	2.1	33	86	5	95	36	20	11	31	1.88
56596--56648	19	2.7	19	88	2	70	37	16	11	33	1.85
65308--65361	20	2.7	21	88	8	85	35	16	12	35	1.87
67134--67228	38	2.5	38	79	3	111	37	21	20	21	1.94
67665--67707	22	2.0	22	81	9	52	0	44	2	53	1.13
71184--71367	93	2.0	93	96	0	341	33	16	16	34	1.91
71440--71472	16	2.1	16	94	0	57	15	39	12	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72972--73058	36	2.4	36	79	11	97	40	1	1	57	1.14
72997--73066	19	3.9	17	73	12	61	42	1	1	54	1.18
75001--75038	18	2.1	18	85	9	51	60	0	2	36	1.11
75095--75144	23	2.2	24	79	13	61	66	2	0	32	1.03
77350--77388	21	1.9	20	94	5	69	35	15	12	35	1.86
77447--77507	19	3.5	19	75	25	80	32	11	19	36	1.88
77466--77490	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
77447--77522	32	2.4	32	95	0	134	32	13	18	35	1.89
77561--77588	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
77541--77606	33	2.0	33	88	5	98	30	16	13	39	1.87
79507--79559	20	2.6	21	85	8	74	28	13	16	41	1.86
79507--79565	20	3.0	19	85	7	73	25	11	20	42	1.86
81560--81602	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
82036--82072	13	2.8	13	91	0	56	32	13	18	35	1.90
84153--84183	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
85367--85407	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
85447--85517	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
85487--85623	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
85647--85677	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
85665--85716	21	2.4	21	96	3	95	26	25	9	38	1.86
90285--90309	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
91937--91977	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92017--92087	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
92057--92193	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
92217--92247	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
92235--92286	21	2.4	21	96	3	95	26	25	9	38	1.86
96855--96879	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
98508--98548	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
98588--98658	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
98628--98764	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
98788--98818	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
98806--98857	21	2.4	21	96	3	95	26	25	9	38	1.86
102850--102875	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
102830--102894	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
107286--107311	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
107266--107329	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
107382--107436	20	2.8	20	88	5	76	29	12	16	41	1.85
109410--109456	20	2.3	20	92	0	76	12	27	42	17	1.85
113911--113936	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
113891--113954	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
120944--120969	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
121440--121515	19	3.8	20	72	6	57	75	0	19	5	1.00
121445--121526	29	2.8	29	80	10	96	74	0	20	4	1.00
121474--121526	14	3.6	16	71	21	53	77	0	18	3	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122620--122686	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
123241--123296	21	2.6	22	94	5	105	37	10	25	26	1.88
124755--124780	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
124737--124800	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
124835--124872	20	1.9	20	88	0	58	42	10	10	36	1.74
125817--125842	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
125797--125860	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
127623--127699	40	1.9	40	97	0	145	35	16	18	29	1.93
128342--128370	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
136472--136528	16	3.3	17	78	9	62	87	7	5	0	0.66
136472--136517	1	46.0	1	82	0	56	91	4	4	0	0.51
141454--141622	53	3.3	52	76	10	186	33	11	26	29	1.91
141605--141680	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
144147--144172	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
144126--144192	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
144212--144279	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
144234--144258	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
144215--144277	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
144335--144391	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
145754--145807	19	2.8	19	83	5	74	3	3	5	87	0.76
145751--145804	28	2.0	28	85	10	76	1	3	7	87	0.74
145748--145806	1	59.0	1	75	0	55	1	3	6	88	0.69

Tables:   1

The End!