genome.fa.s2129.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2129
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  75229

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
232--1045	171	4.8	171	83	8	901	24	20	28	27	1.99
232--1045	109	7.2	111	78	11	664	24	20	28	27	1.99
232--1045	55	14.3	55	79	11	692	24	20	28	27	1.99
2133--2203	1	71.0	1	77	0	70	1	1	8	88	0.63
2140--2203	33	1.9	33	93	6	112	1	0	9	89	0.56
2133--2200	21	3.3	21	86	8	86	1	1	8	88	0.65
4755--5320	285	2.0	284	95	0	1006	22	22	21	33	1.97
14600--14877	51	5.3	51	72	11	249	32	14	27	26	1.94
14703--14772	28	2.5	29	88	6	108	27	17	31	24	1.97
14863--14933	29	2.6	28	89	8	103	28	18	29	23	1.98
14576--14943	158	2.3	159	90	4	586	32	14	27	26	1.94
14886--15297	79	5.2	78	80	5	393	30	14	26	28	1.95
14887--15296	155	2.6	153	80	8	427	30	14	26	28	1.95
15231--15399	51	3.3	51	77	6	139	31	12	26	29	1.93
17725--17750	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
18051--18331	55	5.0	55	81	8	307	25	21	26	26	1.99
18954--19259	55	5.5	55	81	8	323	25	20	26	27	1.99
19936--20095	55	2.9	54	88	1	230	24	20	30	25	1.99
19886--20095	110	1.9	112	83	9	275	25	20	29	25	1.99
18073--22081	935	4.2	934	90	3	5554	27	19	26	26	1.99
20879--21183	55	5.4	54	81	7	315	24	19	26	30	1.98
20818--21183	110	3.2	117	81	7	437	25	19	25	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21606--21825	119	1.9	116	81	9	266	37	15	25	21	1.92
21809--22167	55	6.3	55	83	8	384	24	20	26	28	1.99
19938--22473	991	2.6	990	93	0	4320	27	19	25	27	1.99
21809--22167	110	3.1	114	83	8	453	24	20	26	28	1.99
23226--23251	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
25577--25602	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
29505--29549	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
31768--31793	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
32566--32981	55	7.4	55	85	5	469	23	20	28	27	1.99
33329--33461	55	2.4	55	93	0	230	21	22	27	28	1.99
32756--33923	572	2.0	573	90	1	1849	24	20	25	29	1.99
34182--34544	55	6.4	55	79	8	345	24	20	27	27	1.99
34878--34934	22	2.7	21	82	15	73	35	15	12	36	1.85
37214--37322	40	2.7	40	81	2	130	40	12	23	22	1.89
37289--37744	145	3.2	145	78	4	444	44	12	22	20	1.84
37733--37846	40	2.9	40	80	1	122	45	11	20	22	1.83
38040--38146	40	2.7	40	80	0	106	49	11	18	20	1.78
38510--38607	40	2.4	40	79	6	108	47	10	20	21	1.79
38847--39123	145	1.9	145	81	1	340	43	12	22	21	1.86
39246--39373	40	3.2	40	81	4	141	43	12	21	21	1.86
38914--39605	185	3.8	185	75	5	515	45	11	22	20	1.83
39404--39529	40	3.2	40	77	8	114	47	9	22	20	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39464--39962	145	3.4	145	76	5	344	47	12	20	18	1.81
39739--39847	40	2.7	39	81	4	119	48	16	18	16	1.81
39788--40286	184	2.7	182	76	8	481	45	13	20	20	1.84
40247--40331	39	2.2	40	82	6	102	42	11	24	21	1.86
40208--40686	144	3.3	144	77	7	407	43	12	22	21	1.86
40208--40762	288	1.9	288	78	5	602	43	11	22	22	1.85
40950--41033	40	2.1	40	88	4	125	44	7	22	26	1.78
40978--41307	145	2.3	145	79	6	346	45	11	21	21	1.84
41078--41768	185	3.8	183	73	10	504	45	13	20	20	1.84
41634--41730	40	2.5	40	86	1	124	50	14	15	19	1.78
41673--41987	143	2.2	145	77	3	323	46	12	22	18	1.82
42551--42693	40	3.5	40	83	2	144	46	8	22	23	1.79
42584--42713	40	3.3	39	78	8	136	48	9	20	22	1.77
42925--43053	40	3.2	41	81	6	131	44	14	21	18	1.86
43034--43098	33	2.0	33	84	3	87	53	12	15	18	1.72
43231--43329	40	2.5	40	85	1	137	45	7	21	26	1.77
43384--43473	40	2.2	40	92	0	144	44	15	23	16	1.86
43528--43657	40	3.2	40	79	4	145	46	13	19	20	1.84
43384--43715	184	1.8	184	81	6	413	44	13	21	19	1.85
43833--43927	40	2.4	40	75	7	102	49	10	15	24	1.76
43762--44112	185	1.9	185	79	5	397	45	11	20	22	1.83
47274--47325	20	2.6	19	85	11	61	36	19	11	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54093--54126	16	2.1	16	100	0	68	11	14	23	50	1.76
55596--55634	19	2.1	19	95	0	69	41	15	23	20	1.90
57353--57517	51	3.3	51	88	4	253	43	13	15	27	1.85
57860--57962	39	2.6	39	85	1	134	48	7	21	22	1.75
57860--57988	40	3.2	40	84	2	161	47	9	20	22	1.79
57939--58195	105	2.4	104	81	3	284	43	12	23	20	1.85
58806--58895	40	2.2	40	80	3	101	46	14	21	17	1.83
58557--58914	143	2.5	143	80	4	398	43	13	24	18	1.86
62087--62532	171	2.7	166	84	4	533	48	10	9	31	1.70
62845--62997	83	1.8	83	80	8	186	41	17	20	20	1.91
65102--65138	18	2.1	19	90	10	60	2	16	0	81	0.81
67059--67084	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
67034--67104	32	2.1	36	87	10	105	32	15	16	35	1.91
67184--67208	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67167--67229	33	1.9	32	87	3	90	30	15	20	33	1.94
67750--67938	95	2.0	92	93	5	326	29	26	1	42	1.62
69273--69345	20	3.7	20	88	5	103	16	26	39	17	1.91

Tables:   1

The End!