genome.fa.s2147.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2147
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  101772

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251--302	22	2.4	22	72	18	54	53	0	0	46	1.00
245--289	15	3.1	15	81	15	51	60	0	0	40	0.97
8292--8352	27	2.2	28	82	8	79	54	1	0	44	1.10
8307--8374	27	2.6	27	83	4	77	63	0	4	32	1.14
8581--8622	12	3.4	13	83	9	52	35	0	7	57	1.26
9835--9887	20	2.6	21	87	3	72	26	1	3	67	1.17
9835--9896	21	3.0	21	85	2	72	29	1	3	66	1.17
12861--12915	2	27.5	2	100	0	110	49	0	0	50	1.00
16519--16577	10	5.8	10	74	18	50	35	0	0	64	0.94
16485--16576	22	3.6	27	75	22	74	38	0	0	61	0.96
16520--16563	22	2.0	23	95	4	81	31	0	0	68	0.90
16520--16562	12	3.7	12	78	15	54	30	0	0	69	0.88
16654--16789	20	6.7	20	69	17	84	43	0	0	55	1.10
16727--16777	14	3.4	14	75	19	57	45	0	0	54	0.99
16723--16775	18	3.2	17	75	17	58	45	0	0	54	0.99
16723--16769	15	3.0	15	72	22	51	44	0	0	55	0.99
16691--16785	10	9.3	10	68	16	61	44	0	0	55	0.99
16824--16870	10	5.0	10	80	15	55	38	2	0	59	1.09
16826--16864	14	2.9	14	84	3	53	38	0	0	61	0.96
16827--16862	19	1.9	18	94	5	63	36	0	0	63	0.94
17807--17862	27	2.0	26	83	10	67	32	10	1	55	1.45
18171--18206	17	2.1	17	89	0	54	55	0	2	41	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18620--18657	20	1.9	19	89	5	58	63	5	0	31	1.17
18658--18706	21	2.4	19	78	18	53	51	6	2	40	1.38
21551--21615	29	2.4	26	71	19	62	49	0	0	50	1.00
21788--21923	9	16.0	8	69	25	61	40	0	0	58	1.09
21782--21844	22	2.9	22	76	7	65	42	0	1	55	1.09
21786--21900	8	13.2	9	68	26	70	42	0	0	55	1.11
21786--21844	20	3.4	18	80	17	63	40	0	1	57	1.09
21847--21923	24	3.2	24	87	12	97	38	1	0	59	1.06
21889--21934	13	3.7	13	77	16	53	32	0	0	67	0.91
22492--22551	29	2.0	29	81	15	70	51	8	1	38	1.42
25459--25504	15	3.0	15	76	17	58	67	6	21	4	1.32
25462--25509	16	3.2	15	77	16	55	72	6	16	4	1.20
26026--26057	2	16.5	2	93	6	57	46	0	0	53	1.00
26071--26109	20	2.0	20	85	10	53	43	0	0	56	0.99
26029--26168	27	4.9	29	71	19	73	40	1	2	56	1.20
26024--26168	11	13.6	11	67	23	62	39	1	2	57	1.19
26097--26140	19	2.4	18	80	3	61	38	0	0	61	0.96
26285--26347	22	3.0	21	74	17	51	44	1	0	53	1.10
26325--26375	18	3.0	18	81	18	65	47	0	0	52	1.00
26342--26395	28	1.9	28	81	7	65	44	0	0	55	0.99
27458--27513	28	1.9	29	85	7	78	41	0	1	57	1.09
28025--28065	22	1.9	22	95	5	75	51	7	0	41	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31438--31471	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
31471--31515	2	22.5	2	100	0	90	51	0	48	0	1.00
32846--32894	11	4.7	11	76	21	52	32	0	2	65	1.04
32953--33018	23	2.9	22	70	14	53	43	1	3	51	1.26
32993--33036	15	2.9	16	84	15	58	47	0	0	52	1.00
33109--33246	10	14.1	10	68	20	62	42	0	1	55	1.14
33106--33158	19	2.9	19	83	8	58	35	1	1	60	1.19
33154--33234	26	3.2	25	78	16	78	48	0	1	50	1.08
32962--33224	137	1.9	136	85	3	359	44	1	1	52	1.23
33123--33248	50	2.6	48	77	16	120	42	0	0	56	1.05
33168--33248	25	3.2	24	75	15	74	43	0	1	55	1.07
33673--33848	5	35.8	5	64	20	61	39	0	0	59	1.02
33670--33833	20	8.7	18	71	22	83	39	0	0	60	1.01
34091--34125	18	2.0	17	88	5	52	71	0	0	28	0.86
34099--34141	17	2.5	18	82	17	56	65	0	2	32	1.06
34095--34140	18	2.8	17	78	21	53	67	0	2	30	1.03
34331--34392	30	2.1	30	81	6	72	38	3	1	56	1.25
35378--36230	426	2.0	426	94	0	1490	28	20	10	40	1.86
41599--41746	65	2.3	65	82	4	156	35	14	12	37	1.84
44618--44655	11	3.3	12	82	10	53	36	5	0	57	1.21
46188--46212	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
46221--46348	52	2.5	52	98	0	247	35	18	18	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50192--50244	27	2.0	27	88	0	79	45	3	0	50	1.19
50941--50985	21	2.2	21	88	4	65	35	6	13	44	1.70
51193--51221	15	1.9	15	100	0	58	20	0	0	79	0.74
51515--51551	17	2.2	16	90	4	56	43	0	0	56	0.99
51597--51638	16	2.6	16	85	7	59	54	2	0	42	1.13
51903--51930	13	2.2	13	100	0	56	14	10	21	53	1.70
53463--53567	55	1.9	55	88	3	158	21	22	26	28	1.99
53713--53803	16	5.6	16	68	11	51	38	0	1	60	1.04
53712--53784	16	4.6	16	71	8	60	42	0	1	56	1.08
53766--53816	19	2.7	19	80	14	70	31	0	0	68	0.90
53766--53821	18	3.1	18	78	14	69	32	0	0	67	0.91
53780--53865	30	2.8	30	80	5	91	36	0	0	63	0.94
54434--54477	18	2.3	18	84	7	61	61	0	0	38	0.96
54439--54473	18	2.0	18	94	5	63	68	0	0	31	0.90
54471--54531	23	2.8	20	77	20	59	54	0	1	44	1.10
54537--54579	20	2.2	20	87	8	61	62	0	0	37	0.95
54620--54689	31	2.3	31	92	0	113	21	24	20	34	1.97
54620--54718	31	3.2	31	85	4	103	24	24	20	31	1.98
55248--55296	14	3.8	13	74	20	50	44	0	2	53	1.12
55237--55297	24	2.7	24	80	14	76	42	0	1	55	1.09
55629--55676	20	2.3	22	82	13	66	41	2	0	56	1.11
55887--55918	9	3.8	9	84	16	50	18	0	0	81	0.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68283--68325	14	3.0	14	82	3	50	30	0	0	69	0.88
68960--69003	20	2.1	20	87	8	61	25	4	2	68	1.20
71073--71191	33	3.4	34	76	8	96	57	0	0	40	1.10
71414--71479	11	5.9	11	79	10	62	31	3	1	63	1.19
71429--71469	12	3.4	12	83	10	57	29	0	0	70	0.87
71419--71479	23	2.7	23	80	12	72	31	1	1	65	1.12
72330--72370	3	13.7	3	85	10	57	36	2	60	0	1.10
80778--80813	17	2.2	17	90	5	56	47	13	19	19	1.83
80826--80899	22	3.3	22	71	14	78	29	24	17	28	1.97
80814--80906	46	2.0	46	100	0	186	30	23	15	31	1.95
80814--80884	24	3.0	24	68	15	76	29	25	15	29	1.96
82579--82623	18	2.5	17	78	7	54	46	2	2	48	1.26
83328--83450	16	7.9	15	69	13	70	56	8	1	33	1.38
83385--83444	29	2.0	30	90	3	95	60	1	0	38	1.07
83670--83711	20	2.3	17	88	12	57	42	0	0	57	0.99
83701--83725	13	1.9	13	100	0	50	56	0	4	40	1.18
83818--83886	16	4.2	17	71	17	56	50	0	0	49	1.00
84290--84338	16	3.1	15	80	8	62	59	0	0	40	0.98
84290--84344	17	3.4	17	75	25	64	60	0	0	40	0.97
87303--87374	18	3.8	17	73	21	54	44	0	0	55	0.99
87299--87398	20	5.3	18	69	18	69	40	0	0	60	0.97
87329--87398	26	2.8	25	80	16	67	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88089--88121	14	2.3	15	90	10	52	36	0	0	63	0.95
88829--88877	24	1.9	24	84	12	62	51	0	0	48	1.00
89236--89283	15	3.3	15	77	11	55	54	0	2	43	1.12
89407--89473	11	6.0	11	71	22	59	58	0	0	41	0.98
89412--89470	14	4.0	14	75	12	64	59	0	0	40	0.97
89403--89465	31	2.1	30	93	3	108	60	0	0	39	0.97
89403--89458	20	2.7	21	81	13	71	58	0	0	41	0.98
89413--89482	31	2.2	31	82	2	77	61	1	1	35	1.14
91034--91100	21	3.3	21	87	4	93	62	0	1	35	1.04
93296--93351	16	3.6	15	83	9	76	46	5	0	48	1.25

Tables:   1   2