genome.fa.s2152.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2152
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  115387

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 82 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
587--949	158	2.3	155	79	4	370	32	17	12	36	1.88
949--1445	157	3.2	156	77	8	400	30	17	11	40	1.85
1185--1593	158	2.6	158	78	6	398	28	17	14	39	1.89
14520--14586	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
14542--14566	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
15790--15906	52	2.2	52	90	3	182	30	17	17	34	1.93
15925--15991	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
15947--15971	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
16760--16886	67	1.9	68	85	4	177	39	11	24	24	1.89
16890--17267	92	4.1	92	92	1	594	31	17	25	25	1.97
16841--17262	43	8.8	49	79	11	414	31	17	24	26	1.97
17262--17532	33	8.2	33	87	3	393	21	16	33	27	1.95
17529--17727	34	5.9	34	82	5	235	33	13	32	20	1.91
22977--23053	32	2.4	32	95	0	136	27	19	19	33	1.96
23115--23139	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
28266--28328	19	3.6	19	76	24	84	36	19	15	28	1.92
28284--28341	13	4.0	13	76	23	62	37	17	15	29	1.90
28266--28361	32	3.0	32	95	1	165	38	18	14	28	1.90
30561--30610	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
34507--34532	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
34653--34698	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
37082--37107	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37064--37127	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
38549--38612	29	2.2	30	81	10	80	14	15	7	62	1.53
46488--46516	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
46504--46556	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
46591--46640	20	2.5	20	87	3	66	40	18	12	30	1.86
52572--52597	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
52923--52963	22	2.0	20	86	13	57	31	21	4	41	1.74
54646--54689	21	2.0	21	86	4	61	36	2	29	31	1.70
57680--57710	13	2.4	13	94	0	53	41	12	12	32	1.81
57755--57810	19	2.9	19	81	2	67	37	14	17	30	1.90
58893--58947	20	2.8	20	85	0	74	32	10	14	41	1.81
58985--59022	20	1.9	20	94	0	67	31	13	13	42	1.82
58896--59035	73	1.9	73	85	2	192	30	15	12	41	1.84
59005--59082	29	2.6	29	85	4	111	30	19	8	41	1.82
70641--70799	81	2.0	81	98	0	309	29	25	16	27	1.97
72762--72809	18	2.7	18	90	3	80	83	12	4	0	0.79
72762--72863	9	12.8	8	74	11	68	80	12	3	2	0.96
72829--72863	15	2.3	15	95	0	61	82	14	0	2	0.77
75919--75944	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
75935--75987	20	2.6	21	87	3	72	41	13	16	28	1.86
76039--76063	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
77662--77692	9	3.4	9	95	0	53	38	0	35	25	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82684--82736	20	2.5	21	84	12	72	26	49	20	3	1.66
84054--84091	19	2.0	19	100	0	76	42	0	36	21	1.53
84117--84157	21	1.9	21	85	5	55	29	2	34	34	1.71
84711--84739	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
84727--84779	20	2.6	21	90	3	81	41	15	16	26	1.88
84831--84855	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
87570--87752	99	1.8	100	80	2	224	32	16	25	25	1.96
87714--87861	39	3.6	39	71	15	125	25	16	29	29	1.96
87841--88198	49	7.9	48	70	15	267	28	17	25	27	1.98
87665--88195	88	6.0	88	84	3	663	28	17	25	28	1.98
87659--88204	180	3.1	178	85	4	717	28	17	25	27	1.97
88195--88641	34	13.8	33	79	10	417	36	14	31	18	1.90
88466--88573	27	3.7	27	78	15	126	28	14	33	23	1.94
88361--88607	61	4.0	60	86	7	318	35	14	31	19	1.91
88521--89000	30	15.5	30	81	11	404	33	14	30	22	1.93
88582--89000	62	6.8	60	80	8	391	33	14	30	22	1.94
94070--94114	21	2.1	21	83	4	54	35	2	26	35	1.69
95625--95655	16	1.9	16	93	0	53	35	9	0	54	1.33
100357--100411	20	2.8	20	83	5	67	36	12	10	40	1.79
100440--100495	19	2.9	19	83	2	76	39	14	16	30	1.88
100480--100506	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
101558--101633	27	2.8	26	80	6	71	51	6	10	31	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107264--107384	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
107264--107404	52	2.7	51	87	4	203	30	17	18	34	1.94
107393--107417	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
107482--107506	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
107460--107526	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
108118--108661	170	3.2	171	87	4	715	37	14	24	23	1.92
108575--109769	49	24.7	49	83	5	1437	30	17	25	25	1.97
108575--109769	196	6.2	196	92	3	1808	30	17	25	25	1.97
109817--110907	34	32.6	34	79	12	1140	31	13	33	21	1.92
109854--110910	266	4.0	266	97	1	1963	31	13	33	21	1.92
110889--111059	32	5.7	27	78	11	99	24	18	31	25	1.98
110914--111059	63	2.3	60	85	10	188	24	19	30	25	1.98
110914--111059	32	4.7	31	83	12	183	24	19	30	25	1.98
111060--111089	15	2.0	15	93	0	51	10	0	0	90	0.47
112737--112796	21	2.9	22	80	7	72	33	16	8	41	1.78
113486--113523	18	2.1	19	85	14	53	73	0	21	5	1.02

Tables:   1

The End!