genome.fa.s2178.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2178
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  184922

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16608--16663	20	2.8	19	89	5	76	42	16	12	28	1.84
16715--16776	32	1.9	33	90	3	99	41	12	14	30	1.83
20821--20851	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
22961--23162	79	2.6	79	83	1	226	30	16	28	24	1.97
23114--23185	28	2.6	28	86	0	90	25	19	33	22	1.97
23174--23561	52	7.4	52	69	14	192	31	13	25	28	1.94
23265--23394	51	2.5	52	81	1	154	36	14	22	26	1.93
23068--23563	263	1.9	263	88	4	750	31	14	26	27	1.94
23379--23449	27	2.6	28	84	13	94	21	22	33	22	1.97
25921--25946	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
25900--25966	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
25986--26085	19	5.9	18	73	26	103	38	15	12	35	1.84
26008--26064	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
25989--26083	32	3.0	32	98	0	181	36	15	12	34	1.86
27263--27300	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
27418--27463	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
29852--29877	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
29834--29897	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
31425--31473	13	4.2	13	70	24	54	34	16	16	32	1.91
31425--31493	34	2.1	32	89	10	104	33	15	15	34	1.90
31562--31586	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
34058--34095	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40219--40243	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
40199--40266	33	2.1	33	88	2	102	36	16	13	33	1.87
46370--46408	13	3.0	13	88	0	60	30	15	15	38	1.88
46847--46889	20	2.1	21	91	4	70	16	41	32	9	1.80
48901--48925	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
48881--48948	33	2.1	33	88	2	102	35	14	14	35	1.87
49886--49935	13	4.2	13	71	23	56	36	16	16	32	1.90
51326--51554	106	2.1	107	80	5	257	24	14	30	30	1.95
51581--51872	106	2.8	105	82	6	304	23	14	30	30	1.95
51206--51840	286	2.2	287	91	0	1022	25	13	29	31	1.94
51875--52110	115	2.1	113	80	4	260	36	11	23	28	1.90
62878--62989	3	37.3	3	90	0	134	33	7	0	58	1.31
63464--64683	622	2.0	599	85	5	1615	35	12	12	39	1.80
65197--65245	23	2.1	23	88	0	71	40	18	14	26	1.89
65956--65980	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
65935--65999	33	2.0	32	88	8	96	30	15	15	38	1.88
65965--66021	19	3.0	20	82	7	73	31	15	19	33	1.93
66066--66095	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
66053--66115	33	1.9	33	87	6	92	36	14	15	33	1.88
67339--67364	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
69580--69624	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
71428--71458	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73537--73562	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
76121--76146	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
82317--82366	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
83474--84294	423	1.9	423	99	0	1615	28	27	18	25	1.98
84494--84549	22	2.6	21	86	5	76	35	7	19	37	1.79
85138--85162	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
85147--85184	20	1.9	19	94	5	67	36	15	18	28	1.92
85214--85238	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
89457--89484	13	2.2	13	100	0	56	32	17	14	35	1.90
89508--89602	20	4.7	19	77	10	82	30	17	13	37	1.89
90246--90566	129	2.5	129	90	1	489	29	23	12	34	1.92
90328--90436	50	2.2	51	88	1	157	32	22	11	33	1.91
90456--90621	51	3.3	51	88	2	246	30	26	12	30	1.92
90605--90681	28	2.8	27	86	7	93	23	27	18	31	1.97
90668--90781	51	2.2	51	82	0	129	28	30	11	29	1.92
90719--90935	79	2.7	78	79	2	229	28	26	12	32	1.93
93221--93245	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
93198--93265	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
93319--93368	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
95584--95624	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
95756--95793	13	2.9	13	100	0	76	31	15	21	31	1.94
100308--100341	3	11.3	3	87	0	50	26	35	0	38	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100308--100341	9	3.8	9	96	0	59	26	35	0	38	1.57
101948--101972	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
101925--101992	33	2.1	33	88	2	102	32	14	17	35	1.91
102046--102095	20	2.5	20	86	0	64	38	16	16	30	1.90
102916--102942	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
112886--113048	32	5.0	31	74	13	123	23	31	14	30	1.94
112886--113135	64	3.9	64	77	11	244	24	31	14	30	1.94
112894--113306	34	12.9	34	74	13	256	22	32	14	30	1.94
112890--113177	130	2.2	132	85	7	385	23	31	14	30	1.94
112891--113306	61	6.5	64	77	13	271	22	32	14	31	1.93
113151--113271	27	4.2	27	77	13	125	19	35	14	29	1.92
112992--113285	61	4.7	63	79	8	280	22	33	13	29	1.93
113373--114305	49	19.0	49	81	7	1000	24	24	17	33	1.96
113514--113581	22	3.1	22	62	19	52	26	25	17	30	1.97
113373--114319	101	9.6	101	90	2	1214	23	24	17	33	1.96
114376--114487	53	2.1	52	80	8	120	20	23	16	39	1.92
115300--115324	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
115333--115458	52	2.4	52	94	0	234	35	18	19	26	1.94
121171--121195	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
126069--126343	79	3.5	78	79	2	275	44	12	16	27	1.83
126099--126233	39	3.4	40	76	3	139	45	11	16	25	1.81
145824--145891	15	4.4	16	80	10	63	82	7	7	2	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145835--145893	17	3.3	17	75	11	55	83	5	8	3	0.91
145838--145894	19	2.9	19	81	2	60	80	5	10	3	0.98
146858--147425	61	9.0	60	78	9	510	27	26	17	28	1.98
146857--147384	183	2.8	182	80	6	585	27	25	18	28	1.98
149045--149711	159	4.2	160	81	5	687	26	25	13	34	1.93
149045--149743	78	8.8	79	78	8	598	27	24	13	34	1.93
152082--152107	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
156582--156626	3	15.0	3	90	0	72	28	33	0	37	1.58
158264--158334	20	3.6	20	77	7	74	39	16	14	29	1.88
158431--158470	20	2.0	21	90	5	64	35	7	7	50	1.59
158431--158482	19	2.7	18	78	18	52	34	7	5	51	1.54
166055--166107	20	2.7	20	82	2	72	35	18	11	33	1.87
166945--166970	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
167593--167652	30	2.0	30	100	0	120	30	26	6	36	1.82
167636--167721	38	2.3	38	100	0	172	29	27	9	33	1.88
167726--167769	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
169574--169612	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
171691--171721	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
173525--173569	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
175498--175583	36	2.6	30	75	22	84	32	25	11	30	1.91
176013--176065	20	2.7	20	79	2	63	33	18	11	35	1.87
176902--176927	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177433--177473	22	2.0	21	85	9	57	34	9	12	43	1.75
179838--179868	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
179913--179968	19	2.9	19	89	2	76	35	17	14	32	1.90
179953--179994	13	2.9	14	83	16	59	40	14	16	28	1.88
179934--179994	29	2.0	29	87	9	86	40	14	16	27	1.88
180488--180513	13	2.0	13	100	0	52	53	15	0	30	1.42
180542--180623	40	2.0	40	92	0	137	29	29	2	39	1.70
180544--180612	19	3.5	19	71	7	66	26	34	2	36	1.71
182287--182326	22	1.9	19	85	14	53	50	0	20	30	1.49

Tables:   1

The End!