genome.fa.s2189.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2189
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  173662

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8573--8597	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
8651--8707	19	3.3	19	72	27	72	33	19	12	35	1.89
8645--8707	32	2.0	32	100	0	126	34	19	11	34	1.87
8670--8694	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14381--14454	27	2.7	27	93	0	121	18	18	39	22	1.93
15613--15676	32	2.0	33	90	3	103	43	14	12	29	1.81
15895--15960	32	2.1	32	100	0	132	40	18	10	30	1.84
23612--23692	39	2.0	40	85	2	110	34	6	25	33	1.81
24319--24382	20	3.7	18	74	25	66	43	15	12	28	1.83
24337--24362	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
24319--24382	32	2.0	33	93	3	112	43	15	12	28	1.83
26602--26661	19	3.1	19	75	13	59	30	13	13	43	1.82
27859--28624	64	11.9	64	82	5	773	30	33	15	19	1.94
27872--28624	96	7.8	95	80	7	702	30	33	16	19	1.94
27872--28624	32	23.5	31	79	8	629	30	33	16	19	1.94
28708--29371	52	12.9	52	75	6	393	26	22	13	36	1.92
28689--29395	104	6.9	103	74	9	501	26	22	14	37	1.92
28803--29342	156	3.5	153	76	8	481	26	22	13	36	1.92
30017--30075	20	2.8	20	84	5	73	37	13	13	35	1.84
31034--31087	22	2.5	22	93	0	90	18	20	12	48	1.81
34592--34714	52	2.4	52	81	6	135	26	23	8	41	1.82
38493--38531	16	2.3	17	86	8	53	33	0	0	66	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39550--39582	15	2.1	16	88	5	50	30	0	3	66	1.06
39729--39785	17	3.2	17	73	9	51	42	0	1	56	1.10
39740--39777	20	1.9	20	84	10	51	47	0	2	50	1.15
41402--41433	2	16.5	2	93	6	57	53	0	0	46	1.00
42328--42364	19	1.9	20	88	5	58	64	0	0	35	0.94
43542--43593	20	2.6	20	84	0	68	34	13	11	40	1.81
44504--44542	20	1.9	21	89	5	62	23	10	10	56	1.63
46341--46461	54	2.3	52	82	7	145	33	15	20	29	1.94
60290--60335	21	2.1	22	84	8	58	45	0	2	52	1.13
61746--61820	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
61746--61823	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
62730--62786	23	2.5	23	97	0	105	15	10	10	63	1.52
65020--65064	13	3.5	13	84	9	56	88	6	4	0	0.61
65020--65064	12	3.8	12	85	2	56	88	6	4	0	0.61
65033--65066	12	2.9	12	95	4	61	85	14	0	0	0.60
74802--74871	26	2.7	26	86	6	88	82	10	4	2	0.90
74802--74845	9	5.0	9	80	5	54	86	9	2	2	0.75
74803--74871	14	5.2	13	79	8	68	84	8	4	2	0.86
76089--77191	28	38.6	28	87	4	1490	28	32	18	21	1.96
77799--77873	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
77799--77876	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
78783--78837	23	2.5	21	86	11	83	16	12	9	61	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78789--78837	23	2.1	23	96	0	89	14	10	8	67	1.42
82284--82347	31	2.1	32	91	5	105	57	0	4	37	1.19
82630--83027	210	1.9	212	89	3	624	51	5	6	36	1.51
92314--92545	32	7.5	32	81	9	169	20	18	29	31	1.96
92316--92515	63	3.2	64	76	7	178	20	18	29	32	1.96
92317--92559	95	2.6	92	80	7	235	22	17	29	30	1.96
92480--92878	29	14.0	29	80	3	319	26	16	27	29	1.97
92480--92871	57	6.9	57	79	5	303	26	16	27	29	1.96
92480--92881	170	2.3	172	83	5	508	26	16	27	29	1.97
92889--92950	27	2.3	27	83	2	81	41	14	20	22	1.89
92902--92979	27	2.9	27	86	1	93	37	14	23	25	1.92
97304--97421	51	2.3	51	86	2	157	34	12	23	28	1.92
99719--99806	20	4.4	19	84	8	113	40	14	15	28	1.87
99719--99806	40	2.2	40	89	0	140	40	14	15	28	1.87
104404--104428	10	2.5	10	100	0	50	52	8	0	40	1.31
107710--107752	13	3.2	14	81	18	56	65	0	0	34	0.93
115126--115169	16	2.8	15	82	6	52	56	0	4	38	1.20
115044--115329	149	1.9	153	86	5	413	59	4	5	30	1.40
115296--115329	18	1.9	17	94	5	59	64	0	0	35	0.94
115292--115345	9	6.3	9	75	8	51	64	0	0	35	0.94
115306--115360	25	2.2	26	83	9	69	69	1	0	29	0.99
115292--115389	22	4.5	21	68	22	51	66	2	1	30	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115270--115414	13	10.8	13	65	21	52	65	1	3	29	1.17
116366--116393	13	2.2	13	100	0	56	42	0	0	57	0.99
116454--116492	17	2.4	17	91	4	62	41	7	0	51	1.31
117613--117649	17	2.1	18	90	5	58	43	8	0	48	1.32
118810--118850	18	2.3	18	87	8	57	36	4	0	58	1.20
117926--122154	412	10.4	410	77	9	3520	41	6	7	43	1.59
116897--122129	805	6.5	811	76	12	4005	41	6	7	43	1.59
119554--119599	23	1.9	25	86	8	69	36	0	2	60	1.09
120780--120831	24	2.2	24	82	6	61	38	0	1	59	1.08
121191--121232	21	2.0	22	90	4	68	45	2	0	52	1.13
120594--122135	417	3.7	423	78	9	1385	42	6	7	44	1.57
118306--122213	826	4.8	813	76	11	3087	41	6	7	44	1.59
126472--126585	20	5.6	20	77	6	111	30	15	14	39	1.87
133651--133693	22	1.9	23	85	4	61	67	4	18	9	1.36
134966--135072	27	4.0	27	87	0	142	27	29	12	30	1.92
135814--135847	18	1.9	18	88	5	52	52	0	0	47	1.00
139223--139691	154	3.0	154	93	1	803	39	6	9	44	1.62
139758--139822	16	4.2	16	74	16	57	55	1	9	33	1.41
140582--140646	32	2.0	33	84	3	87	23	10	20	46	1.81
141462--141490	15	1.9	15	100	0	58	17	20	20	41	1.90
144721--144749	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
146827--146858	16	2.1	16	94	5	57	12	0	0	87	0.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
147512--147542	15	2.1	15	93	0	53	67	9	0	22	1.19
147855--147884	12	2.5	12	100	0	60	50	0	0	50	1.00
147864--147929	34	1.9	34	82	11	82	43	1	1	53	1.19
149295--149354	23	2.5	24	81	5	68	46	1	0	51	1.10
151962--151991	10	3.0	10	90	0	51	86	0	13	0	0.57
153857--153886	13	2.4	12	89	10	51	83	0	13	3	0.77
154042--154098	19	3.0	19	80	16	57	49	0	3	47	1.18
154050--154099	19	2.7	18	87	9	66	52	0	2	46	1.12
154290--154330	13	2.9	14	82	10	57	80	2	2	14	0.92
155327--155374	24	2.1	22	84	7	60	37	0	0	62	0.95
155562--155613	21	2.7	19	83	13	70	40	3	0	55	1.18
157441--157466	13	2.0	13	100	0	52	84	0	0	15	0.62
158262--158286	1	25.0	1	100	0	50	0	0	0	100	0.00
166259--166353	33	2.9	33	96	0	181	51	12	8	27	1.68
167747--167795	20	2.5	19	80	9	53	34	2	0	63	1.06
167808--167862	16	3.5	15	73	22	51	47	1	0	50	1.11
167816--167878	32	2.0	32	90	6	101	42	1	0	55	1.09
167763--167886	17	7.0	18	66	27	61	43	1	0	54	1.09
168201--168268	33	2.0	34	91	8	113	47	1	1	50	1.19
168215--168267	16	3.2	16	73	5	61	50	0	0	49	1.00
168276--168319	13	3.3	13	81	12	54	50	0	4	45	1.22
168307--168363	29	1.9	30	92	3	98	49	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168324--168372	21	2.3	21	75	3	53	51	0	0	48	1.00
168520--168574	2	27.5	2	96	0	101	47	0	1	50	1.11
169172--169220	18	2.8	18	81	9	57	67	4	4	24	1.26
169617--169716	33	3.0	33	86	1	137	19	22	11	48	1.79
171916--171950	3	12.0	3	93	6	63	31	0	0	68	0.90
173150--173201	2	26.0	2	100	0	104	50	0	0	50	1.00

Tables:   1

The End!