Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold2194
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 22080
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Found at i:2190 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2119--2198 Score: 72
Period size: 20 Copynumber: 3.8 Consensus size: 20
2109 AATGTCCAAA
2119 ATGTATCGATACATGTTTT-T
1 ATGTATCGATACAT-TTTTCT
* *
2139 GTGTATCGATACATTTGGAAATTCA
1 ATGTATCGATACATTT-----TTCT
2164 ATGTATCGATACATTTTTCT
1 ATGTATCGATACATTTTTCT
*
2184 TTGTATCGATACATT
1 ATGTATCGATACATT
2199 GTATCGATAC
Statistics
Matches: 49, Mismatches: 5, Indels: 12
0.74 0.08 0.18
Matches are distributed among these distances:
19 2 0.04
20 30 0.61
24 2 0.04
25 15 0.31
ACGTcount: A:0.28, C:0.12, G:0.15, T:0.45
Consensus pattern (20 bp):
ATGTATCGATACATTTTTCT
Found at i:2202 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2184--2221 Score: 60
Period size: 13 Copynumber: 3.0 Consensus size: 13
2174 ACATTTTTCT
2184 TTGTATCGATACA
1 TTGTATCGATACA
2197 TTGTATCGATAC-
1 TTGTATCGATACA
*
2209 CTGTATCGATACA
1 TTGTATCGATACA
2222 GGGGGATTAT
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
12 11 0.48
13 12 0.52
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.16, T:0.37
Consensus pattern (13 bp):
TTGTATCGATACA
Found at i:2215 original size:12 final size:13
Alignment explanation
Indices: 2185--2221 Score: 58
Period size: 12 Copynumber: 2.9 Consensus size: 13
2175 CATTTTTCTT
*
2185 TGTATCGATACAT
1 TGTATCGATACAC
2198 TGTATCGATAC-C
1 TGTATCGATACAC
2210 TGTATCGATACA
1 TGTATCGATACA
2222 GGGGGATTAT
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 1, Indels: 2
0.88 0.04 0.08
Matches are distributed among these distances:
12 11 0.50
13 11 0.50
ACGTcount: A:0.30, C:0.19, G:0.16, T:0.35
Consensus pattern (13 bp):
TGTATCGATACAC
Found at i:2384 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 2341--2386 Score: 58
Period size: 21 Copynumber: 2.2 Consensus size: 20
2331 AAATCTTTTG
2341 CAAAATACTTGTTTTTCACTT
1 CAAAATACTTGTTTTTCAC-T
*
2362 CAAATTACTTCGTTTTTCA-T
1 CAAAATACTT-GTTTTTCACT
2382 CAAAA
1 CAAAA
2387 CCAGCATCAA
Statistics
Matches: 22, Mismatches: 2, Indels: 3
0.81 0.07 0.11
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.23
21 9 0.41
22 8 0.36
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (20 bp):
CAAAATACTTGTTTTTCACT
Found at i:4817 original size:32 final size:33
Alignment explanation
Indices: 4774--4837 Score: 94
Period size: 32 Copynumber: 2.0 Consensus size: 33
4764 TAGCCAAACT
* **
4774 TGTATCGATACACAAAGTA-TGTATCGATACAA
1 TGTATCCATACACAAAAAATTGTATCGATACAA
4806 TGTATCCATACACAAAAAATTGTATCGATACA
1 TGTATCCATACACAAAAAATTGTATCGATACA
4838 TTGGCTTGTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 1
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 16 0.57
33 12 0.43
ACGTcount: A:0.42, C:0.17, G:0.12, T:0.28
Consensus pattern (33 bp):
TGTATCCATACACAAAAAATTGTATCGATACAA
Found at i:6153 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6128--6178 Score: 63
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 21
6118 ACCCTTGAAT
*
6128 GTATCGATACACTT-TGTACA
1 GTATCGATACACTTATGCACA
6148 GTATCGAT--ACTTAATGCACA
1 GTATCGATACACTT-ATGCACA
6168 GTATCGATACA
1 GTATCGATACA
6179 TTGTATCGAT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 1, Indels: 6
0.79 0.03 0.18
Matches are distributed among these distances:
18 4 0.15
20 21 0.81
22 1 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.20, G:0.16, T:0.31
Consensus pattern (21 bp):
GTATCGATACACTTATGCACA
Found at i:6186 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 6168--6192 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
6158 TTAATGCACA
6168 GTATCGATACATT
1 GTATCGATACATT
6181 GTATCGATACAT
1 GTATCGATACAT
6193 GACCAAATGT
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (13 bp):
GTATCGATACATT
Found at i:6205 original size:20 final size:21
Alignment explanation
Indices: 6180--6232 Score: 65
Period size: 20 Copynumber: 2.6 Consensus size: 21
6170 ATCGATACAT
*
6180 TGTATCGATACATG-ACCA-AA
1 TGTATCGATACATGCA-AAGAA
*
6200 TGTATCGATACTTGCAAAGAA
1 TGTATCGATACATGCAAAGAA
6221 TGTATCGATACA
1 TGTATCGATACA
6233 GGTGATTGGT
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 3
0.82 0.09 0.09
Matches are distributed among these distances:
20 14 0.50
21 14 0.50
ACGTcount: A:0.38, C:0.17, G:0.17, T:0.28
Consensus pattern (21 bp):
TGTATCGATACATGCAAAGAA
Found at i:6310 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 6292--6317 Score: 52
Period size: 13 Copynumber: 2.0 Consensus size: 13
6282 TACACACAAT
6292 ATGTATCGATACA
1 ATGTATCGATACA
6305 ATGTATCGATACA
1 ATGTATCGATACA
6318 TCCCAAAATG
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 13 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.15, G:0.15, T:0.31
Consensus pattern (13 bp):
ATGTATCGATACA
Found at i:6334 original size:33 final size:32
Alignment explanation
Indices: 6274--6337 Score: 92
Period size: 33 Copynumber: 2.0 Consensus size: 32
6264 CTTAACTGTT
*
6274 TGTATCAATACACACAATATGTATCGATACAA
1 TGTATCAATACACACAAAATGTATCGATACAA
* *
6306 TGTATCGATACATCCCAAAATGTATCGATACA
1 TGTATCAATACA-CACAAAATGTATCGATACA
6338 TTGGCTTGTA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 3, Indels: 1
0.88 0.09 0.03
Matches are distributed among these distances:
32 11 0.39
33 17 0.61
ACGTcount: A:0.41, C:0.20, G:0.11, T:0.28
Consensus pattern (32 bp):
TGTATCAATACACACAAAATGTATCGATACAA
Found at i:8906 original size:21 final size:25
Alignment explanation
Indices: 8868--8921 Score: 62
Period size: 24 Copynumber: 2.2 Consensus size: 25
8858 ATTAAAAATA
8868 ATAATAATATGAAGATT-AATTAAT-
1 ATAATAATA-GAAGATTAAATTAATG
8892 ATAATAATA-AA-ATTAAAATTAATG
1 ATAATAATAGAAGATT-AAATTAATG
8916 ATAATA
1 ATAATA
8922 TATATATATA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 0, Indels: 6
0.82 0.00 0.18
Matches are distributed among these distances:
21 3 0.11
22 2 0.07
23 7 0.26
24 15 0.56
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.06, T:0.35
Consensus pattern (25 bp):
ATAATAATAGAAGATTAAATTAATG
Found at i:8912 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 8865--8923 Score: 75
Period size: 27 Copynumber: 2.1 Consensus size: 28
8855 AATATTAAAA
* *
8865 ATAATAATAATATGAAGATTAAT-TAAT
1 ATAATAATAAAATGAAAATTAATATAAT
*
8892 ATAATAATAAAATTAAAATTAATGATAAT
1 ATAATAATAAAATGAAAATTAAT-ATAAT
8921 ATA
1 ATA
8924 TATATATATA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 3, Indels: 2
0.84 0.09 0.06
Matches are distributed among these distances:
27 20 0.74
29 7 0.26
ACGTcount: A:0.59, C:0.00, G:0.05, T:0.36
Consensus pattern (28 bp):
ATAATAATAAAATGAAAATTAATATAAT
Found at i:10027 original size:4 final size:4
Alignment explanation
Indices: 10018--10066 Score: 89
Period size: 4 Copynumber: 12.2 Consensus size: 4
10008 ATATCATTTG
*
10018 TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAG TAAA TAAA
1 TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA TAAA
10066 T
1 T
10067 TTATTGATTA
Statistics
Matches: 43, Mismatches: 2, Indels: 0
0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
4 43 1.00
ACGTcount: A:0.71, C:0.00, G:0.02, T:0.27
Consensus pattern (4 bp):
TAAA
Found at i:10969 original size:798 final size:775
Alignment explanation
Indices: 7079--12253 Score: 7481
Period size: 763 Copynumber: 6.7 Consensus size: 775
7069 TTATCTTTCA
* *
7079 AAAATTTATGATGACTTTCAAGCTTC-AAGTCGACGAACTCCAAGCAACTAATTTCCCTCGGGTT
1 AAAATTTCTGATGACTTTCAAGTTTCAAAGTCGACGAACTCCAAGCAACTAATTTCCCTCGGGTT
* *
7143 TCCAAGCAAGTTCTATTCATTTTACCTAGATTTTTTTGTGAACAATCGCAATCACTTTCTTTTCC
66 TCCATGCAAGTTCTATTCATTGTACCTAGATTTTTTTGTGAACAATCGCAATCACTTTCTTTTCC
* * * *
7208 TGGGGCCTTAACGAGGTAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATC-GACACGGTTATGGACAA
131 TGGGCCCTTAACGGGGTAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATCAG-TACGGTTATGGACGA
*
7272 GATTAAAAGTATATTTAAATAAGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAACATGAA
195 GATTAAAAGTATATTTAAATAAGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATATGAA
*
7337 GGTTAATTAATATAATGATAAAATTAAAATTAATGATAATATATGTATATATATATATTTAAATT
260 GATTAATTAATATAATGATAAAATTAAAATTAATG-------A--TA-ATATATATATTTAAATT
* * *
7402 TAATTATAACTAGAACTAAATTTCCGCTTCGTTGGAGGTTTAATTTTTTATAATTTTTAATTATT
315 TAATTATAACTAGAACTAAATTCCCGCTTCGTTGGGGGTTCAATTTTTTATAATTTTTAATTATT
*
7467 AATAAAAAATAATATAAAATTTAATTTTATTAAGTAATAATTACATATTTAAATTTTTTATTTCA
380 AATAAAAAATAATATAAAATTTAATTTTATTAAGTAATAATTATATATTTAAATTTTTTATTTCA
7532 AAAAAGATATAAAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTTGATCAATTTCTTTAAATACATTATT
445 AAAAAGATATAAAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTTGATCAATTTCTTTAAATACATTATT
* *
7597 TAAAAATAAAATAAATAAATTTATTTTTTTTAAAAAAATTTATTGAGCTGATCAGTTACGAATCT
510 T-AAAATAAAAT--A-AAATTTATTTTTTTAAAAAAAATTTATTGAGCTGATCGGTTACGAATCT
* ** * *
7662 TAAATCGATATGCAAGTTAGCGTACAAACAAACCTATTAAATATATCA-T--T---T--GT--A-
571 TAAATCGATATGAAAGTTAGTATACAAACCAACCTATTAAATATATCATTCGTAAATAAATAAAT
* * *
7716 AATAAATAAA-CAAATTTATTGATTAATTTTCTT-CTAAGCAATTCGAGTGTGAATCCTAAATCG
636 AATAAATAAAGCAAATTTATTGATTAATTTTTTTACTAAGCAATTCGAGTTTGAATCTTAAATCG
* ** *
7779 ATATGCTAGTCAATGCACGAATCAATCTCTTTATACATATATTAAAAATTTTTAAATATTTAATA
701 ATATGCTAGTCAATGCACGGATCAATCTCTTTATATTTATATTAAAATTTTTTAAATATTTAATA
*
7844 TTTTAAATTT
766 TTTTAAATTC
* * * *
7854 GAAATTTCTGATGACTTTCAAGTTTCAAAGTCGACGAAC-ACATTGCAACTATTTTCCCTCGGGT
1 AAAATTTCTGATGACTTTCAAGTTTCAAAGTCGACGAACTCCA-AGCAACTAATTTCCCTCGGGT
* * *
7918 TTCCATGCAAGTTCTATTCATTTTACCTAGA-TTTTTTGTGAACAATCGCACTCACTTTC-CTTC
65 TTCCATGCAAGTTCTATTCATTGTACCTAGATTTTTTTGTGAACAATCGCAATCACTTTCTTTTC
** * * * * * * *
7981 CTGGGGCCCTTAGTGGTGTTGGAGCCAGCCAGCTA-GCCC-TTCAAATC-GATACGATTATGAAC
130 CT-GGGCCCTTAACGGGGTAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATCAG-TACGGTTATGGAC
8043 GAGATTAAAA-TATATTTAAATAAGTA-TGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATATT
193 GAGATTAAAAGTATATTTAAATAAGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATA-T
*
8106 G-AGATTAATTAATATAATGATAAAATTAAAATTAAGGATAATATATATATATATTTAAATTTAA
257 GAAGATTAATTAATATAATGATAAAATTAAAATT-A--ATGATA-ATATATATATTTAAATTTAA
** *
8170 TTATAACTAGAACTAAATTTTCGCTTCGTTGGGGGTTTAATTTTTTATAATTTTTAATTATTAAT
318 TTATAACTAGAACTAAATTCCCGCTTCGTTGGGGGTTCAATTTTTTATAATTTTTAATTATTAAT
*
8235 -AAAAATAATATAAAA-TTAATTTTATTAAGTAATAATTATACATTTAAATTTTTTATTTCAAAA
383 AAAAAATAATATAAAATTTAATTTTATTAAGTAATAATTATATATTTAAATTTTTTATTTCAAAA
8298 AAGATATAAAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTTGATCAATTTCTTTAAATACATTATTTAA
448 AAGATATAAAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTTGATCAATTTCTTTAAATACATTATTT-A
* * * *
8363 AAATAAAATAAATTTATTTATTTTTTTGAAAAAAATTTATTAAACTGATCGATTACGAATCTTAA
512 AAATAAAATAAA---ATTTATTTTTTTAAAAAAAATTTATTGAGCTGATCGGTTACGAATCTTAA
* ** *
8428 ATCGATATGCAAGTTAGCGTACAAACCAACCTATTAAATATATCATT--T--CTAAAT--A-AAT
574 ATCGATATGAAAGTTAGTATACAAACCAACCTATTAAATATATCATTCGTAAATAAATAAATAAT
* * *
8486 AAATAAA-CAAATTTATTGATTAGTTTTTTT-CTAAGCAATTCGAGTGTGAATCCTAAATCGATA
639 AAATAAAGCAAATTTATTGATTAATTTTTTTACTAAGCAATTCGAGTTTGAATCTTAAATCGATA
* * * * * *
8549 TGCTAATTAATGCACGAATCAAT-TCTTT-TATTCAAGTATTAAAATTTATTAAATATTTAAGAT
704 TGCTAGTCAATGCACGGATCAATCTCTTTATATT-TA-TATTAAAATTTTTTAAATATTTAATAT
8612 TTTAAATTC
767 TTTAAATTC
* * * * * *
8621 GAAATTTCTGATGACTTTCGAGTTTAAAAGTCGACGAACACCAAGCAACTATTTTCCCTCGAGTT
1 AAAATTTCTGATGACTTTCAAGTTTCAAAGTCGACGAACTCCAAGCAACTAATTTCCCTCGGGTT
8686 TCCATGCAAGTTCTATTCAATT-TACCTAGATTTTTTTGTGAACAATCGCAATCACTTTCTTTTC
66 TCCATGCAAGTTCTATTC-ATTGTACCTAGATTTTTTTGTGAACAATCGCAATCACTTTCTTTTC
** * *
8750 CTGGGGATCTTATCGGGGTAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATCTA-CACGGTTATGGAC
130 CT-GGGCCCTTAACGGGGTAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATC-AGTACGGTTATGGAC
8814 GAGATTAAAAGTATATTTAAATAAGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATATG
193 GAGATTAAAAGTATATTTAAATAAGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATATG
*
8879 AAGATTAATTAATATAATAATAAAATTAAAATTAATGATAATATATATATATATATTTCAATTTA
258 AAGATTAATTAATATAATGATAAAATTAAAATTAATGATAATATATATAT-T-TA----AATTTA
* *
8944 ATTATAACTAGAACTAAATTCCCGCTTTGTTGGGGGTTTAATTTTTTATAATTTTTAATTATTAA
317 ATTATAACTAGAACTAAATTCCCGCTTCGTTGGGGGTTCAATTTTTTATAATTTTTAATTATTAA
* *
9009 TAAAAAATAATATAAAACTTAATTTTATTAATTAATAATTATATATTTAAATTTTTTATTTCAAA
382 TAAAAAATAATATAAAATTTAATTTTATTAAGTAATAATTATATATTTAAATTTTTTATTTCAAA
* * * * *
9074 AAAGATGTAAAATTTAAATCAATTTAAGGGTTAATATTGATTAATTTCTTTAAATACATTATTT-
447 AAAGATATAAAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTTGATCAATTTCTTTAAATACATTATTTA
* * * * *
9138 AAA-AAAAT-AAATTTATTTTCTTAAAAAAAA-TTATTAAGCTAATCGGTTAAGAATCTTAGATC
512 AAATAAAATAAAATTTATTTTTTTAAAAAAAATTTATTGAGCTGATCGGTTACGAATCTTAAATC
* * ** * * **
9200 AATGTGAAAGTTAGCGTACAAACAAACCTATTAAATATTTCATTCCAAAATAAATAAATAAT---
577 GATATGAAAGTTAGTATACAAACCAACCTATTAAATATATCATTCGTAAATAAATAAATAATAAA
9262 TAAAG-AAATTTATTGATTAATTTTTTTACTAAGCAATTCGAGTTTGAATCTTAAATCGATATGC
642 TAAAGCAAATTTATTGATTAATTTTTTTACTAAGCAATTCGAGTTTGAATCTTAAATCGATATGC
*
9326 TAGTCAATGCACGGATCAATCT-TTGTATATTTATATTAAAATTTTTTAAATGTTTAATATTTTA
707 TAGTCAATGCACGGATCAATCTCTT-TATATTTATATTAAAATTTTTTAAATATTTAATATTTTA
9390 AATTC
771 AATTC
* *
9395 AAATTTTCTAATGACTTTCAAGTTTCAAAGTCGACGAACTCCAAGCAACTAATTTCCCTCGGGTT
1 AAAATTTCTGATGACTTTCAAGTTTCAAAGTCGACGAACTCCAAGCAACTAATTTCCCTCGGGTT
*
9460 TCCATGCAAGTTCTATTCATTGTACCTAGATTTTTTTGTGTACAATCGCAATCACTTTCTTTTCC
66 TCCATGCAAGTTCTATTCATTGTACCTAGATTTTTTTGTGAACAATCGCAATCACTTTCTTTTCC
9525 TGGTGCCCTT-ACGGGGTAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATCAGTA-GGTTATGGACGA
131 TGG-GCCCTTAACGGGGTAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATCAGTACGGTTATGGACGA
* *
9588 TATTAAAAGTATATTTGAATAAGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATATGAA
195 GATTAAAAGTATATTTAAATAAGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATATGAA
*
9653 GATTAATTAATAT-ATGCT-AAATTAAAATTAATGACAATATATAATATATATTTAAATTTAATT
260 GATTAATTAATATAATGATAAAATTAAAATTAATG---ATA-AT-ATATATATTTAAATTTAATT
* * *
9716 ATAACTAGAACAAAATTTCCCGC-TCGTT-GGGGTTCAA-TTTTTAGAATTGTTAA-TATTAATA
320 ATAACTAGAACTAAA-TTCCCGCTTCGTTGGGGGTTCAATTTTTTATAATTTTTAATTATTAATA
*
9777 AAAAATAATATAAAA-TTAATTTTATTAACTAATAATTATATATTTAAATTTTTTATTTCAAAAA
384 AAAAATAATATAAAATTTAATTTTATTAAGTAATAATTATATATTTAAATTTTTTATTTCAAAAA
*
9841 AGATATAAAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTCGATCAAATTTCTTTAAATACATTATTTAA
449 AGATATAAAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTTGATC-AATTTCTTTAAATACATTATTT-A
** *
9906 AAATAAAATAAATAATTT-TTTTTAAAAAAAAAATTTATTGAGTTGATCGGTTACGAATCTTAAA
512 AAATAAAAT-AA-AATTTATTTTTTTAAAAAAAATTTATTGAGCTGATCGGTTACGAATCTTAAA
* * *
9970 TCGATGTGCAAGTTAGTATACAAACCAACCTATTAAATATATCATTTGTAAATAAATAAATAAAT
575 TCGATATGAAAGTTAGTATACAAACCAACCTATTAAATATATCATTCG------------TAAAT
*
10035 AAATAAATAAATAAATAAATAAGTAAATAAATTTATTGATTAATTTTTTTACTAAGCAATTCGAG
628 AAATAAAT-AATAAAT--A-AAG----CAAATTTATTGATTAATTTTTTTACTAAGCAATTCGAG
*
10100 TTTGAATCTTAAATCGATATGCTAGTCAATGCACAGATCAATCTCTTTATATTTATATTAAAATT
685 TTTGAATCTTAAATCGATATGCTAGTCAATGCACGGATCAATCTCTTTATATTTATATTAAAATT
*
10165 TTTTAAATGTTTAATATTTTAAATTC
750 TTTTAAATATTTAATATTTTAAATTC
* * *
10191 AAAATTCCTGATGACTTTCAAGTTTCAAAGTCGACGGACTCCAAGCAACTAATTTCCCTCGTGTT
1 AAAATTTCTGATGACTTTCAAGTTTCAAAGTCGACGAACTCCAAGCAACTAATTTCCCTCGGGTT
* *
10256 TCTATGCAAGTTCTATTCATTGTACCTAGATTTTTTTGTGAACAATCGCAATCACTTTGTTTTCC
66 TCCATGCAAGTTCTATTCATTGTACCTAGATTTTTTTGTGAACAATCGCAATCACTTTCTTTTCC
*
10321 TAGGGCCCTTAACGGGGTAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATCAGTACGGTTATAGACGA
131 T-GGGCCCTTAACGGGGTAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATCAGTACGGTTATGGACGA
* *
10386 GATTAAAAGTATATTTAAATAAGTAATGGCATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATATGAA
195 GATTAAAAGTATATTTAAATAAGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATATGAA
10451 GATTAATTAATATAATGATAAAATTAAAATTAATGATAATATATATATTTAAATTTAATTATAAC
260 GATTAATTAATATAATGATAAAATTAAAATTAATGATAATATATATATTTAAATTTAATTATAAC
10516 TAGAACTAAATTCCCGCTTCGTTGGGGGTTCAATTTTTTATAATTTTTAATTATTAATAAAAAAT
325 TAGAACTAAATTCCCGCTTCGTTGGGGGTTCAATTTTTTATAATTTTTAATTATTAATAAAAAAT
10581 AATATAAAATTTAA-TTTATTAAGTAATAATTATATATTTAAATTTTTTATTTCAAAAAAGATAT
390 AATATAAAATTTAATTTTATTAAGTAATAATTATATATTTAAATTTTTTATTTCAAAAAAGATAT
*
10645 AAAATTTAAATCAATTTAAAAGTTAGTGTTGATCAATTTCTTTAAATACATTATTTAAAATAAAA
455 AAAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTTGATCAATTTCTTTAAATACATTATTTAAAATAAAA
*
10710 TAAATAAGTTTATTTTTTTTAAAAAAATTTATTGAGCTGATCGGTTACGAATCTTAAATCGATAT
520 T-AA-AA-TTTATTTTTTTAAAAAAAATTTATTGAGCTGATCGGTTACGAATCTTAAATCGATAT
* *
10775 GGAAGTTAGTATACAAACCAACCTATTAAATATATCATTTGTAAATAAATAAATAGATAAATAAA
582 GAAAGTTAGTATACAAACCAACCTATTAAATATATCATTCGTAAATAAATAAATA-ATAAAT--A
10840 TAAGCAAATTTATTGATTAATTTTTTTACTAAGCAATTCGAGTTTGAATCTTAAATCGATATGCT
644 -AAGCAAATTTATTGATTAATTTTTTTACTAAGCAATTCGAGTTTGAATCTTAAATCGATATGCT
10905 AGTCAATGCACGGATCAATCTCTTTATATTTATATTAAAATTTTTTAAATATTTAATATTTTAAA
708 AGTCAATGCACGGATCAATCTCTTTATATTTATATTAAAATTTTTTAAATATTTAATATTTTAAA
10970 TTC
773 TTC
* *
10973 AAAATTTCTGATGACTTTCAAATTTCAAAGTCGACGAACACCAAGCAACT-ATTTCCCTC-GG-T
1 AAAATTTCTGATGACTTTCAAGTTTCAAAGTCGACGAACTCCAAGCAACTAATTTCCCTCGGGTT
*
11035 TCCATGCAAGTTCTATTCATTGGTACCTAGATTTTTTTGTGAACAATTGC-ATCACTTTCTTTTC
66 TCCATGCAAGTTCTATTCATT-GTACCTAGATTTTTTTGTGAACAATCGCAATCACTTTCTTTTC
* * *
11099 CTGAGGCCCTTAAC-GGATAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATCGGTACAGTTAATGGAC
130 CTG-GGCCCTTAACGGGGTAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATCAGTACGGTT-ATGGAC
*
11163 GAGATTAAAAGTATATTTAAAT-AGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATGTG
193 GAGATTAAAAGTATATTTAAATAAGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATATG
* *
11227 -AGATTAATTAATATAATGATAAAATT-AAATTAATGACAATATATATATATTTAAATTTAATAA
258 AAGATTAATTAATATAATGATAAAATTAAAATTAATGA-TA-ATATATATATTTAAATTTAATTA
* * * *
11290 TAACTATAACTAAATTCCCGCTTCGGTGGGGGTTTAA-TTTTTATAGTTTTTAATTATTAATAAA
321 TAACTAGAACTAAATTCCCGCTTCGTTGGGGGTTCAATTTTTTATAATTTTTAATTATTAATAAA
* * *
11354 AAATAATATAAAATTTAGTTTTATTAAGTAATAATTATATATCTAAATTTTTTATTTCAAAGAAG
386 AAATAATATAAAATTTAATTTTATTAAGTAATAATTATATATTTAAATTTTTTATTTCAAAAAAG
* *
11419 ATATAAAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTTGATCAATTTCTTTAAAAAAATTATTTAAAAT
451 ATATAAAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTTGATCAATTTCTTTAAATACATTATTTAAAAT
* * *
11484 ACAAT-AAATTTATTTTTTTAAAAAAAATTTATTTAGCT-ATCGGTTACAAATCTTAAATCGATA
516 AAAATAAAATTTATTTTTTTAAAAAAAATTTATTGAGCTGATCGGTTACGAATCTTAAATCGATA
*
11547 TGTAAGTTAGTATACAAACCAACCTATTAAATATATCATTCGTAAATAAATAAATAATAAATAAA
581 TGAAAGTTAGTATACAAACCAACCTATTAAATATATCATTCGTAAATAAATAAATAATAAATAAA
11612 -CAAATTTATTGA-TAATTTTTTTACTAAGCAATTCGAGTTTGAATCTTAAATCGATATG---GT
646 GCAAATTTATTGATTAATTTTTTTACTAAGCAATTCGAGTTTGAATCTTAAATCGATATGCTAGT
* * * *
11672 CAATGCACGGATCAATCTCTTTATATTTAAATAAAAAATTTTCAAATATTTAATATTTTAAATTC
711 CAATGCACGGATCAATCTCTTTATATTTATATTAAAATTTTTTAAATATTTAATATTTTAAATTC
* *
11737 -AAATTTCTGATGACTTTCAAGTTTC-AAGTTGACGAACTCCAAGCAACTAATTTCTCTCGGGTT
1 AAAATTTCTGATGACTTTCAAGTTTCAAAGTCGACGAACTCCAAGCAACTAATTTCCCTCGGGTT
*
11800 TCCATGCAAGTTCTATTCATTGTACCTAGATTTTTTTGTGAACAATCGCAATCACTTTCTTATCC
66 TCCATGCAAGTTCTATTCATTGTACCTAGATTTTTTTGTGAACAATCGCAATCACTTTCTTTTCC
* * *
11865 TTGGG-CCTTAACGGGATAAGAG-CAGCCAACTACTCCCTTTCAGATC-GCTACGGTTATGGCCG
131 -TGGGCCCTTAACGGGGTAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATCAG-TACGGTTATGGACG
11927 AGATTAAAAGTATATTTAAATAAGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATATGA
194 AGATTAAAAGTATATTTAAATAAGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATATGA
11992 AGATTAATTAATATAATGATAAAATTAAAATTAATGAT-A-ATATATATTTAAATTTAATTATAA
259 AGATTAATTAATATAATGATAAAATTAAAATTAATGATAATATATATATTTAAATTTAATTATAA
12055 CTAGAACTAAATTCCCGCTTCGTTGGGGGTTCAATTTTTTATAATTTTTAATTATTAATAAAAAA
324 CTAGAACTAAATTCCCGCTTCGTTGGGGGTTCAATTTTTTATAATTTTTAATTATTAATAAAAAA
* *
12120 TAATAAAAAATTTAATTTTATTAAGTAATAATTATATATTTTAATTTTTTATTTCAAAAAAGATA
389 TAATATAAAATTTAATTTTATTAAGTAATAATTATATATTTAAATTTTTTATTTCAAAAAAGATA
* *
12185 TAAAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTTGCTCAATTTTTTTAAATACATTATTTAAAAATAA
454 TAAAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTTGATCAATTTCTTTAAATACATTATTT-AAAATAA
12250 AATA
518 AATA
12254 TGTTAGGATC
Statistics
Matches: 4038, Mismatches: 241, Indels: 252
0.89 0.05 0.06
Matches are distributed among these distances:
760 2 0.00
761 1 0.00
762 75 0.02
763 412 0.10
764 196 0.05
765 243 0.06
766 63 0.02
767 263 0.07
768 55 0.01
769 141 0.03
770 50 0.01
771 110 0.03
772 203 0.05
773 251 0.06
774 254 0.06
775 163 0.04
776 94 0.02
777 174 0.04
778 246 0.06
779 73 0.02
780 28 0.01
781 9 0.00
782 172 0.04
784 12 0.00
785 4 0.00
786 26 0.01
788 1 0.00
790 1 0.00
791 3 0.00
794 7 0.00
795 39 0.01
796 280 0.07
797 87 0.02
798 277 0.07
799 8 0.00
800 15 0.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.11, G:0.11, T:0.39
Consensus pattern (775 bp):
AAAATTTCTGATGACTTTCAAGTTTCAAAGTCGACGAACTCCAAGCAACTAATTTCCCTCGGGTT
TCCATGCAAGTTCTATTCATTGTACCTAGATTTTTTTGTGAACAATCGCAATCACTTTCTTTTCC
TGGGCCCTTAACGGGGTAGGAGCCAGCCAACTACTCCCTTTCAGATCAGTACGGTTATGGACGAG
ATTAAAAGTATATTTAAATAAGTAGTGACATTAGTTTTAATATTAAAAATAATAATAATATGAAG
ATTAATTAATATAATGATAAAATTAAAATTAATGATAATATATATATTTAAATTTAATTATAACT
AGAACTAAATTCCCGCTTCGTTGGGGGTTCAATTTTTTATAATTTTTAATTATTAATAAAAAATA
ATATAAAATTTAATTTTATTAAGTAATAATTATATATTTAAATTTTTTATTTCAAAAAAGATATA
AAATTTAAATCAATTTAAGAGTTAGTGTTGATCAATTTCTTTAAATACATTATTTAAAATAAAAT
AAAATTTATTTTTTTAAAAAAAATTTATTGAGCTGATCGGTTACGAATCTTAAATCGATATGAAA
GTTAGTATACAAACCAACCTATTAAATATATCATTCGTAAATAAATAAATAATAAATAAAGCAAA
TTTATTGATTAATTTTTTTACTAAGCAATTCGAGTTTGAATCTTAAATCGATATGCTAGTCAATG
CACGGATCAATCTCTTTATATTTATATTAAAATTTTTTAAATATTTAATATTTTAAATTC
Found at i:12042 original size:23 final size:23
Alignment explanation
Indices: 11997--12054 Score: 64
Period size: 23 Copynumber: 2.5 Consensus size: 23
11987 TATGAAGATT
11997 AATTAATATAATGATAAAATTAA
1 AATTAATATAATGATAAAATTAA
* *
12020 AATTAATGATAAT-ATATATTTAA
1 AATTAAT-ATAATGATAAAATTAA
*
12043 ATTTAATTATAA
1 AATTAA-TATAA
12055 CTAGAACTAA
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 3, Indels: 4
0.81 0.08 0.11
Matches are distributed among these distances:
23 24 0.80
24 6 0.20
ACGTcount: A:0.55, C:0.00, G:0.03, T:0.41
Consensus pattern (23 bp):
AATTAATATAATGATAAAATTAA
Found at i:12655 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 12637--12661 Score: 50
Period size: 13 Copynumber: 1.9 Consensus size: 13
12627 ACAGCAAGTA
12637 TGTATCGATACAG
1 TGTATCGATACAG
12650 TGTATCGATACA
1 TGTATCGATACA
12662 CAAAAAATTG
Statistics
Matches: 12, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
13 12 1.00
ACGTcount: A:0.32, C:0.16, G:0.20, T:0.32
Consensus pattern (13 bp):
TGTATCGATACAG
Found at i:14914 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 14881--14925 Score: 56
Period size: 21 Copynumber: 2.1 Consensus size: 21
14871 TTGCAAGTTG
*
14881 AAATAAAGAAGTTGGCTAATGA
1 AAATAAAGAAGTTAGCTAA-GA
*
14903 AAATAATG-AGTTAGCTAAGA
1 AAATAAAGAAGTTAGCTAAGA
14923 AAA
1 AAA
14926 ATGAAAACTT
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 2, Indels: 2
0.84 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
20 5 0.24
21 9 0.43
22 7 0.33
ACGTcount: A:0.53, C:0.04, G:0.20, T:0.22
Consensus pattern (21 bp):
AAATAAAGAAGTTAGCTAAGA
Found at i:16749 original size:15 final size:15
Alignment explanation
Indices: 16729--16759 Score: 53
Period size: 15 Copynumber: 2.1 Consensus size: 15
16719 TAAAAATGTC
*
16729 CAAAATGAGGAAGCT
1 CAAAATGAAGAAGCT
16744 CAAAATGAAGAAGCT
1 CAAAATGAAGAAGCT
16759 C
1 C
16760 CAAACGAAAT
Statistics
Matches: 15, Mismatches: 1, Indels: 0
0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
15 15 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.16, G:0.23, T:0.13
Consensus pattern (15 bp):
CAAAATGAAGAAGCT
Found at i:18845 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 18775--18853 Score: 68
Period size: 20 Copynumber: 3.6 Consensus size: 20
18765 AATGTCCAAA
*
18775 ATGTATCGATACATGTTTCT
1 ATGTATCGATACATTTTTCT
* *
18795 GTGTATCGATACATCTGGAAAATTCT
1 ATGTATCGATACAT-T-----TTTCT
18821 ATGTATCGATACATTTTTCT
1 ATGTATCGATACATTTTTCT
*
18841 TTGTATCGATACA
1 ATGTATCGATACA
18854 GGGTGATTAT
Statistics
Matches: 47, Mismatches: 6, Indels: 12
0.72 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
20 29 0.62
25 1 0.02
26 17 0.36
ACGTcount: A:0.28, C:0.15, G:0.15, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
ATGTATCGATACATTTTTCT
Found at i:18998 original size:21 final size:21
Alignment explanation
Indices: 18974--19020 Score: 55
Period size: 21 Copynumber: 2.3 Consensus size: 21
18964 AAATCTTTTG
18974 CAAAAT-ACTT-GTTTTTCACTT
1 CAAAATAACTTCGTTTTTCA--T
18995 C-AAATAACTTCGTTTTTCAT
1 CAAAATAACTTCGTTTTTCAT
19015 CAAAAT
1 CAAAAT
19021 CAGCATCAAA
Statistics
Matches: 23, Mismatches: 0, Indels: 6
0.79 0.00 0.21
Matches are distributed among these distances:
20 6 0.26
21 9 0.39
22 8 0.35
ACGTcount: A:0.34, C:0.19, G:0.04, T:0.43
Consensus pattern (21 bp):
CAAAATAACTTCGTTTTTCAT
Found at i:19017 original size:20 final size:19
Alignment explanation
Indices: 18976--19018 Score: 52
Period size: 20 Copynumber: 2.2 Consensus size: 19
18966 ATCTTTTGCA
18976 AAATACTTGTTTTTCACTTC
1 AAATACTTGTTTTTCAC-TC
18996 AAATAACTTCGTTTTTCA-TC
1 AAAT-ACTT-GTTTTTCACTC
19016 AAA
1 AAA
19019 ATCAGCATCA
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 0, Indels: 4
0.84 0.00 0.16
Matches are distributed among these distances:
20 9 0.43
21 4 0.19
22 8 0.38
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.05, T:0.44
Consensus pattern (19 bp):
AAATACTTGTTTTTCACTC
Found at i:21397 original size:12 final size:12
Alignment explanation
Indices: 21380--21404 Score: 50
Period size: 12 Copynumber: 2.1 Consensus size: 12
21370 CGATAGCAAT
21380 ATGTATCGATAC
1 ATGTATCGATAC
21392 ATGTATCGATAC
1 ATGTATCGATAC
21404 A
1 A
21405 CAAAAATTGT
Statistics
Matches: 13, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
12 13 1.00
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.16, T:0.32
Consensus pattern (12 bp):
ATGTATCGATAC
Done.