Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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*
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*
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* *
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*
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*
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*
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639 ATACTATTATTTAATTCATATTAAATCAGTTTTCA-AAGATTC-ATTCATTTTCATGA-TTTTTT
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701 ATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTTCAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAA-AGTG
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* *
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128 TATTTTTCTTACTAACACCTATGAGG-TTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAAATTAAGAATAT
*
997 TCAAAAGAAAA-ATC-CTTAGCA-TTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAA-TTTATTCAATTA
192 TCAAAAGAAAATATCTATTAGCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATTTTA-TCAATTA
*
1058 A-TTTGAA-TTTTCACGATATGAGAAATACC-TATTTTTTTAATTTTA-TTTCGTTTAA-TTATC
256 ATTTTGAATTTTTCACGATATGATAAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGTTTAATTTATC
*
1118 ATAAATTGGATAAA-TT-TTTTCTTTAATTTATGAAGTTAATATTTTCATCCAATATGTGATTTT
321 ATAAATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTA-GAAGTTAATA-TTTCATCCAATATGTGATTTT
* *
1181 GAATCCATTTTGCATCCACTCT-AATGAAATTCGTTGCTAGTAAAA-TTTCGACAAAATATTTTT
384 GAATCCATTTTGCAT-CACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAAATATTTTT
*
1244 AGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATT--CATCAAATCAGTTTTGATAAAT
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* * *
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513 TCCA-TT-TG-GTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAG
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575 TTTTCTTTCTAGTAA-TTTTTTTCATGAGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTA-AAAATTTATCA
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638 AATACTATTATTTAATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGATTTTTTAT
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703 TTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTTCAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAAAGTGCAA
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1600 AAAAATTAATTTTTAAATATCTTA-TGTGAAATTTTGAAAACTATCTTTGCGATGATATCACGGT
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1664 CAAATTTTTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATA
66 CAAA-TTTTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATA
1729 -TTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAAATTAAGAATATTCA
130 TTTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAAATTAAGAATATTCA
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195 AAAGAAAATATCTATTAGCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATTTTATCAATTAATTT
* *
1858 TGAA-TTTTCACGATATGATGAATACCATATTTTTTTAA-TTTATTTTCGTTTAATTT-TCCTAA
260 TGAATTTTTCACGATATGATAAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGTTTAATTTATCAT-A
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324 AATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATATGTGATTTTGAATC
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2046 TTCATCAAACATCCAAAAATTATTCAAATATTATCA-TTAA--A-CATCAAATCAGTTTTCATAA
450 TT--TCAAACAT-C-AAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTTTCATAA
2107 ATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGT
511 ATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGT
*
2172 TTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATGAGTAATTTTCATGGGTTTAAAATTTT-AAAATTTATTCAA
576 TTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATGAG-GATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAATTTA-TCAA
*
2236 ATACTATTATTTAATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAAATTTTC-TTCATTCATTTCATGAGTTT
639 ATACTATTATTTAATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAGA--TTCATTCA-T--TTTCATGA--TT
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697 TTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTTCAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAAA
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762 GTGCA--ATTAGGGCCAATCTCAAATAAAAA-ATGATATTCAGAA
*
2410 AAAAATTAATTTTTAAATATCTTATTGTGAAATTTTGAAAACTATCTTTGCAATGATATCACGGT
1 AAAAATTAATTTTTAAATATCTTATTGTGAAATTTTGAAAACTATCTTTGCGATGATATCACGGT
2475 CAAATTTTTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAA-TGACCGTCATA
66 CAAA-TTTTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATA
2539 TTTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAAATTAAGAATATTCA
130 TTTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAAATTAAGAATATTCA
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195 AAAGAAAATATCTATTAGCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATTTTATCAATTAATTT
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2733 ATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATATGTGATTTTGAATCC
325 ATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATATGTGATTTTGAATCC
2798 ATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAAATATTTTTAGTTTCA
390 ATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAAATATTTTTAGTTTCA
2863 AACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTTTCATAAATTCCATTT
455 AACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTTTCATAAATTCCATTT
2928 GGTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGTTTTCTTTCT
520 GGTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGTTTTCTTTCT
2993 AGTAATTTTTTTCATGAGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAATTTATCAAATACTATTATT
585 AGTAATTTTTTTCATGAGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAATTTATCAAATACTATTATT
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650 TAATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGATTTTTTATTTTTTTCCTTAA
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3212 AAAAATTAATTTTTAAATATCTTATTGTGAAATTTTGAAAACTATCTTTGCGGATGATATCACGG
1 AAAAATTAATTTTTAAATATCTTATTGTGAAATTTTGAAAACTATCTTTGC-GATGATATCACGG
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65 TCAAATTTTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATA
3342 TTTTT-TTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAAATTAAGAATATTCA
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195 AAAGAAAATATCTATTAGCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATTTTATCAATTAATTT
3470 TGAATTTTTCACGATATGATAAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGTTTAATTTATCAT-A
260 TGAATTTTTCACGATATGATAAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGTTTAATTTATCATAA
3534 ATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATATGTGATTTTGAATCC
325 ATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATATGTGATTTTGAATCC
3599 ATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAAATATTTTTAGTTTCA
390 ATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAAATATTTTTAGTTTCA
3664 AACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTTTCATAAATTCCATTT
455 AACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTTTCATAAATTCCATTT
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520 GGTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGTTTTCTTTCT
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585 AGTAATTTTTTTCATGAGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAATTTATCAAATACTATTATT
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650 TAATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGATTTTTTATTTTTTTCCTTAA
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778 TCTCAAATAAAAAATGATATTCAGAA
4011 AAAAATTAATTTTTAAATATCTTATTGTGAAATTTTG-AAACTATCTTTGCGGATGATATCACGG
1 AAAAATTAATTTTTAAATATCTTATTGTGAAATTTTGAAAACTATCTTTGC-GATGATATCACGG
4075 TCAAATTTTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATA
65 TCAAATTTTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATA
4140 TTTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCC
130 TTTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCC
Statistics
Matches: 3235, Mismatches: 40, Indels: 207
0.93 0.01 0.06
Matches are distributed among these distances:
788 31 0.01
789 41 0.01
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815 5 0.00
816 31 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.11, T:0.43
Consensus pattern (803 bp):
AAAAATTAATTTTTAAATATCTTATTGTGAAATTTTGAAAACTATCTTTGCGATGATATCACGGT
CAAATTTTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATAAATTGACCGTCATAT
TTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAAATTAAGAATATTCAA
AAGAAAATATCTATTAGCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATTTTATCAATTAATTTT
GAATTTTTCACGATATGATAAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGTTTAATTTATCATAAA
TTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATATGTGATTTTGAATCCA
TTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAAATATTTTTAGTTTCAA
ACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTTTCATAAATTCCATTTG
GTTTTTGAGTTAATGATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGTTTTCTTTCTA
GTAATTTTTTTCATGAGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAATTTATCAAATACTATTATTT
AATTCATATTAAATCAGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGATTTTTTATTTTTTTCCTTAAA
ATTTTCCCGTTTTCAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAAAGTGCAATTAGGGCCAATCT
CAAATAAAAAATGATATTCAGAA
Done.