genome.fa.s2206.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2206
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  137678

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86--116	2	16.0	2	93	6	55	48	0	0	51	1.00
3237--3287	23	2.3	22	83	6	66	37	3	7	50	1.50
5181--5268	29	3.0	30	83	5	99	57	13	13	14	1.65
5693--5717	7	3.6	7	100	0	50	32	16	24	28	1.96
6188--6217	6	5.0	6	100	0	60	33	33	0	33	1.58
9896--9928	2	16.5	2	100	0	66	51	48	0	0	1.00
11131--11161	15	2.1	15	93	0	53	6	41	0	51	1.27
15019--15044	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
17261--17305	21	2.1	22	88	8	67	55	4	17	22	1.60
19108--19138	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
21153--21232	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
21218--21256	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
21378--21424	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
21380--21422	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
23799--23824	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
27716--28012	153	1.9	154	80	4	341	41	19	13	25	1.88
27806--28094	155	1.9	154	81	3	357	39	19	13	28	1.89
28779--28817	20	2.0	20	85	10	53	56	17	2	23	1.53
29330--29374	17	2.6	17	86	6	56	71	4	0	24	1.05
29347--29375	6	5.0	6	91	8	51	68	0	0	31	0.89
29347--29375	11	2.5	12	94	5	51	68	0	0	31	0.89
29489--29528	21	2.0	20	85	9	55	62	5	2	30	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30826--31169	66	5.3	66	72	8	229	46	13	23	17	1.82
30828--31074	131	1.9	132	80	9	299	45	13	24	17	1.84
31999--32111	59	1.9	60	90	3	185	52	22	9	15	1.72
31999--32096	30	3.3	29	68	19	85	54	21	10	14	1.69
33067--33297	79	2.9	77	78	4	239	32	13	27	27	1.94
33235--33333	51	1.9	51	85	4	137	35	11	21	32	1.88
33237--33350	51	2.2	51	82	3	131	33	13	22	30	1.92
33354--33409	28	2.0	28	89	0	85	32	16	28	23	1.96
36582--36660	41	2.0	41	87	7	117	41	7	26	24	1.81
36692--36873	42	4.2	42	75	9	170	40	14	27	18	1.89
36844--37026	61	3.0	62	89	5	293	29	19	25	25	1.99
36910--37203	155	1.9	152	84	6	396	25	18	28	26	1.98
37071--37253	55	3.3	56	84	3	235	22	18	27	30	1.97
36852--37326	206	2.3	205	84	6	605	26	18	28	26	1.98
43454--43516	17	3.7	17	100	0	126	19	4	33	42	1.72
48719--48744	4	6.5	4	100	0	52	76	0	0	23	0.78
50369--50483	51	2.3	51	83	10	155	30	8	27	33	1.87
50473--50535	27	2.3	27	86	8	83	33	14	26	25	1.94
50607--50720	51	2.2	50	83	4	138	33	7	28	30	1.86
53026--53117	20	4.6	20	91	2	141	44	13	14	28	1.82
55069--55127	20	3.0	20	94	0	100	38	8	16	35	1.80
55208--55287	32	2.5	32	87	2	117	31	15	13	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59909--60898	508	2.0	508	86	2	1400	27	18	15	37	1.92
68372--68450	28	2.8	28	82	3	88	25	16	32	25	1.96
68433--68603	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
68586--68661	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
71127--71152	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
71106--71172	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
71192--71259	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
71214--71238	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
71195--71257	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
71295--71372	21	3.8	21	84	8	106	33	12	15	38	1.85
71295--71372	41	1.9	41	86	5	113	33	12	15	38	1.85
72068--72758	55	12.4	54	87	6	888	21	20	29	28	1.98
72123--72212	26	3.3	26	66	19	67	20	18	33	27	1.96
72573--72658	26	3.2	26	67	20	77	17	18	34	29	1.94
73670--73736	1	67.0	1	75	0	53	0	5	7	86	0.70
73670--73737	15	4.7	14	82	10	75	0	5	8	85	0.75
73670--73736	16	4.1	16	84	5	71	0	5	7	86	0.70
73696--73737	14	2.9	14	96	3	75	0	7	7	85	0.73
86185--86355	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
86338--86413	27	2.8	28	84	6	93	22	21	32	23	1.98
88877--88902	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
88856--88922	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88942--89009	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
88964--88988	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88945--89007	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
89045--89122	21	3.8	21	86	8	115	32	12	16	38	1.87
89045--89122	41	1.9	41	89	5	122	32	12	16	38	1.87
89537--89592	27	2.1	27	100	0	112	25	32	10	32	1.90
94509--94568	1	60.0	1	76	0	57	88	10	0	1	0.59
94509--94568	15	4.0	14	85	14	84	88	10	0	1	0.59
94516--94565	20	2.6	19	84	12	66	88	10	0	2	0.61
94509--94566	31	1.9	31	92	3	100	87	10	0	1	0.60
96112--96233	32	3.9	31	80	7	147	29	32	20	17	1.95
96342--96460	60	2.0	60	88	3	177	22	22	11	42	1.86
96402--96566	51	3.2	52	80	3	190	22	21	16	39	1.92
96399--96566	52	3.2	52	81	1	185	22	21	16	39	1.92
96476--96847	176	2.1	176	96	0	690	20	23	18	37	1.94
97453--97505	21	2.6	21	79	5	65	37	11	15	35	1.83
108698--108761	33	1.9	33	87	6	94	35	15	10	37	1.83
108789--108813	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
112194--112328	51	2.6	52	83	1	182	42	14	15	26	1.86
112383--112421	20	2.0	20	89	0	60	30	20	10	38	1.86
116818--117159	157	2.2	155	80	2	380	40	20	14	23	1.90
120165--120204	18	2.1	20	86	9	57	50	0	5	45	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124196--124252	20	2.8	21	83	2	71	35	15	14	35	1.88
125868--125920	20	2.6	21	72	6	54	28	16	15	39	1.89
133121--133179	22	2.5	24	81	8	68	57	15	0	27	1.38
133232--133278	21	2.2	21	84	3	58	59	4	2	34	1.29
133853--133879	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
133853--133921	33	2.1	33	88	0	102	33	10	17	39	1.83
135508--135544	3	12.3	3	88	0	56	37	0	32	29	1.58

Tables:   1

The End!