genome.fa.s2270.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2270
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  214875

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1047--1071	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1119--1171	19	2.8	19	80	13	56	41	15	13	30	1.85
10891--10958	31	2.2	31	97	0	127	33	13	5	47	1.67
14615--15448	167	5.0	165	74	9	523	30	12	9	47	1.73
15131--15511	166	2.3	164	82	7	425	32	13	8	45	1.74
20327--20736	30	13.6	30	65	16	109	23	26	11	38	1.89
20321--20836	121	4.3	121	85	3	639	23	27	11	37	1.89
21805--22265	167	2.8	164	77	7	464	29	11	9	49	1.70
22917--22952	10	3.5	10	85	7	54	86	2	11	0	0.68
25372--25427	19	2.9	19	86	2	76	33	17	17	30	1.94
25412--25438	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
25424--25477	20	2.7	20	94	0	99	46	14	12	25	1.81
34163--34216	20	2.7	20	82	5	65	37	14	11	37	1.82
37083--37500	169	2.5	167	88	2	606	29	11	7	51	1.64
47455--47931	28	16.9	28	81	6	498	31	27	17	24	1.97
47456--47905	113	4.0	113	83	5	570	31	28	16	23	1.96
47934--48029	31	3.1	31	72	0	93	28	30	23	17	1.97
48636--49055	169	2.5	165	87	5	590	28	10	7	53	1.62
49028--49060	16	2.0	17	88	5	50	30	3	9	57	1.45
55863--55913	2	25.5	2	91	0	84	50	0	3	45	1.20
57072--57113	18	2.3	18	91	0	66	47	9	14	28	1.75
57301--57421	50	2.4	51	80	2	127	31	14	13	41	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57372--57450	31	2.5	32	87	2	115	30	17	15	36	1.91
60578--60633	19	2.8	20	84	12	80	35	16	16	32	1.90
60619--60645	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
60600--60661	32	1.9	33	90	3	99	41	14	14	29	1.85
61290--61335	22	2.1	22	91	0	74	6	26	4	63	1.38
67225--67250	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
72154--72179	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
74398--74442	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
78358--78393	13	2.8	13	95	0	63	33	19	13	33	1.91
78514--78560	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
78516--78558	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
80827--80879	20	2.6	21	87	3	72	37	13	18	30	1.89
80918--80943	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
89766--89823	27	2.1	27	80	0	62	37	27	13	20	1.91
90083--90156	13	5.6	13	73	17	55	32	13	17	36	1.89
90083--90156	26	2.8	27	75	19	84	32	13	17	36	1.89
90163--90934	28	27.2	28	83	4	778	29	29	17	24	1.97
90647--90972	28	11.2	32	75	10	140	29	29	16	24	1.96
92315--92340	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
94559--94603	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
98520--98555	13	2.8	13	95	0	63	33	19	13	33	1.91
98676--98722	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98678--98720	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
100989--101041	20	2.6	21	87	3	72	37	13	18	30	1.89
101080--101105	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
109925--109982	27	2.1	27	80	0	62	37	27	13	20	1.91
110242--110315	13	5.6	13	73	17	55	32	13	17	36	1.89
110242--110315	26	2.8	27	75	19	84	32	13	17	36	1.89
110322--111093	28	27.2	28	83	4	787	29	28	17	24	1.97
110806--111131	28	11.2	32	75	10	140	29	29	16	24	1.96
111999--112169	50	3.6	49	75	15	198	29	18	10	41	1.84
112007--112134	20	5.9	20	72	16	103	30	17	11	40	1.85
112007--112204	90	2.2	90	93	0	342	30	16	11	41	1.83
117032--117063	15	2.1	15	94	0	55	28	28	0	43	1.55
119244--119614	167	2.2	167	80	6	389	47	9	12	30	1.72
129203--129228	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
133879--133909	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
144324--144374	22	2.4	23	81	15	65	37	15	9	37	1.81
144317--144394	20	3.8	21	79	15	76	33	15	10	41	1.81
155275--155627	187	1.9	187	80	1	411	20	19	18	41	1.90
155192--155616	47	9.1	47	78	2	325	20	19	17	42	1.89
155201--155653	140	3.2	140	76	2	399	20	19	16	43	1.88
155746--155877	43	3.1	43	72	13	137	17	22	12	47	1.80
155748--155933	84	2.2	85	81	6	209	18	22	11	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158877--159258	141	2.7	142	84	4	475	35	10	10	43	1.74
160181--160245	33	2.0	33	84	6	87	36	13	15	33	1.87
161818--161851	9	3.8	9	84	0	50	50	0	20	29	1.49
166366--166415	21	2.4	22	83	9	61	32	20	0	48	1.50
168076--168127	23	2.3	23	89	0	77	32	5	21	40	1.77
168728--168790	32	1.9	33	87	9	94	30	15	12	41	1.85
168755--168811	19	2.9	19	84	2	69	35	15	14	35	1.88
175035--175105	31	2.3	30	83	7	81	40	15	22	21	1.90
176463--176620	44	3.6	43	73	10	138	39	11	23	25	1.88
176448--176695	89	2.8	89	85	1	320	41	10	23	25	1.86
181202--181233	17	1.9	16	93	6	55	37	12	18	31	1.88
183673--183731	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
185771--185801	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
187604--187648	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
189529--189587	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
192926--192963	10	3.8	10	92	0	58	21	31	10	36	1.87
192963--192988	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
195067--195122	21	2.7	21	88	0	76	67	0	14	17	1.22
197173--197217	20	2.2	21	84	11	58	15	11	20	53	1.72
198239--198279	22	2.0	21	85	9	57	43	9	4	41	1.59
198381--198443	32	1.9	32	87	3	90	30	17	14	38	1.89
198562--198602	13	3.2	13	82	0	55	31	19	14	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202146--202170	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
205067--205470	129	3.1	129	87	4	537	27	26	13	31	1.94
205275--205393	50	2.3	51	81	9	136	29	25	14	31	1.95
205325--205545	79	2.8	75	76	11	212	28	24	14	33	1.94
205067--205471	131	3.1	130	87	3	539	27	26	13	32	1.94
210560--210595	18	2.0	18	94	0	63	30	33	0	36	1.58
213085--213125	21	2.0	21	85	9	57	41	12	7	39	1.70
213164--213217	20	2.7	20	80	8	65	38	16	14	29	1.89
213206--213341	53	2.5	53	91	1	209	37	18	16	27	1.92
213365--213395	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
213383--213459	21	3.6	22	96	3	140	27	24	10	37	1.88
214400--214425	11	2.4	11	100	0	52	92	7	0	0	0.39

Tables:   1

The End!