genome.fa.s2300.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2300
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  160161

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 104 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713--738	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
777--853	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
798--870	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
777--870	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
1489--1551	33	1.9	32	96	3	117	44	25	4	25	1.73
3344--3382	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
5455--5485	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
9545--9570	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
9609--9685	21	3.8	20	78	3	91	28	15	11	44	1.82
9630--9702	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
9609--9702	41	2.3	41	96	0	170	29	17	12	40	1.86
13938--14841	27	32.9	27	85	2	1070	25	31	14	28	1.95
13936--15197	28	45.6	28	84	4	1050	26	31	15	27	1.95
13936--14859	82	11.2	82	85	3	1084	25	31	14	28	1.95
13936--14841	138	6.6	137	85	2	1102	25	31	14	28	1.95
14727--15293	197	2.9	196	86	4	741	28	28	17	24	1.98
14606--15293	56	12.3	56	80	6	549	27	30	17	25	1.97
16157--16255	20	4.8	20	81	3	99	33	16	13	37	1.87
17089--17143	22	2.5	22	100	0	110	14	23	9	52	1.70
21189--21226	19	1.9	19	89	5	58	71	0	5	23	1.07
21462--21582	24	5.1	24	81	4	147	61	1	4	32	1.24
21462--21582	46	2.6	48	90	2	192	61	1	4	32	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27379--27405	4	6.8	4	100	0	54	51	0	0	48	1.00
28545--28584	3	13.3	3	94	0	71	0	65	0	35	0.93
30209--30244	8	4.6	8	93	6	65	0	11	0	88	0.50
32320--32382	33	1.9	33	83	6	83	41	0	0	58	0.98
32336--32387	27	1.9	27	88	7	79	38	0	0	61	0.96
32344--32388	19	2.4	19	85	7	56	37	0	0	62	0.96
32559--32601	17	2.4	17	84	7	59	37	0	0	62	0.95
33832--33869	15	2.5	15	83	12	51	50	0	0	50	1.00
35511--35551	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
36423--36465	22	2.2	19	84	16	52	62	0	0	37	0.95
36829--36872	23	2.0	22	86	13	63	38	0	0	61	0.96
37714--37752	12	3.2	12	88	0	51	46	7	28	17	1.76
40516--40541	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
40498--40562	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
44618--44648	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
46729--46766	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
46878--46918	21	1.9	22	90	5	66	26	17	4	51	1.65
46878--46923	21	2.2	20	81	11	58	32	17	4	45	1.68
49323--49348	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
49305--49369	32	2.0	32	87	6	94	43	15	13	27	1.85
51444--51517	33	2.2	35	81	15	93	56	0	0	43	0.99
51445--51537	14	6.3	14	69	13	62	55	1	0	43	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51518--51607	38	2.4	38	82	15	102	52	2	0	45	1.13
51557--51614	24	2.5	24	85	2	73	48	0	0	51	1.00
51577--51611	17	2.0	18	88	5	54	45	0	0	54	0.99
54356--54380	12	2.1	12	100	0	50	52	8	16	24	1.70
56034--56083	22	2.2	24	82	7	59	52	6	2	40	1.38
56539--56613	35	2.1	35	100	0	150	16	9	36	38	1.80
56647--56682	17	2.1	17	89	0	54	0	16	0	83	0.65
57622--57668	17	3.1	17	71	25	50	42	2	0	55	1.12
60140--60253	56	2.0	56	100	0	228	41	7	14	36	1.74
61619--61643	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
63107--63131	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
63140--63259	52	2.3	52	97	0	222	35	18	17	29	1.94
71511--71539	14	2.1	14	100	0	58	27	6	24	41	1.80
71881--71931	15	3.3	15	83	5	57	27	13	3	54	1.56
73988--74018	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
74085--74135	19	2.6	20	87	9	70	41	15	15	27	1.88
76208--76292	43	2.0	42	90	2	134	45	5	7	41	1.55
77625--77741	57	2.1	57	96	0	216	34	3	23	39	1.71
78696--78739	21	2.1	21	86	0	61	36	15	13	34	1.87
80925--80991	31	2.2	31	97	0	125	43	13	16	26	1.85
82523--82619	40	2.5	39	83	5	115	30	12	18	38	1.88
82521--82658	39	3.6	38	77	6	127	32	11	18	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82723--82836	39	2.9	38	74	17	99	35	7	21	36	1.80
84466--84495	13	2.3	13	100	0	60	80	0	20	0	0.72
91765--91791	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
94953--95024	12	6.5	11	75	16	53	40	1	47	11	1.48
94943--95022	42	1.9	42	92	0	133	43	1	46	8	1.42
94982--95052	33	2.2	33	92	0	115	40	1	46	11	1.48
94943--95031	42	2.1	42	87	0	124	44	1	43	10	1.45
100308--100368	26	2.4	25	76	13	61	62	3	0	34	1.12
101199--101248	15	3.4	15	83	5	66	52	0	2	46	1.12
103027--103078	17	3.1	17	77	0	59	59	0	1	38	1.08
104476--104510	18	1.9	18	88	11	54	48	0	0	51	1.00
104486--104532	14	3.3	14	79	5	58	44	0	2	53	1.12
110338--110542	50	4.1	50	86	0	286	31	21	20	26	1.98
113057--113131	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
113057--113134	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
118424--118728	50	6.1	50	88	3	418	32	18	19	29	1.96
118440--118724	149	1.9	150	89	3	450	31	18	20	30	1.96
120295--120598	50	6.1	50	84	1	376	32	19	18	28	1.96
125995--126041	2	23.5	2	100	0	94	48	0	0	51	1.00
128176--128224	13	4.2	13	75	24	63	36	18	12	32	1.88
128176--128245	34	2.1	33	86	7	97	34	17	12	35	1.88
128294--128320	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
130768--130796	13	2.2	13	100	0	58	41	17	13	27	1.87
134710--134749	21	1.9	21	84	0	53	25	15	5	55	1.60
136957--137095	63	2.2	63	92	0	224	30	17	19	31	1.95
137083--137109	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
138656--138706	20	2.6	19	84	6	66	37	17	17	27	1.93
148567--148610	22	2.0	22	82	8	54	31	4	4	59	1.38
148587--148716	53	2.4	52	85	8	147	35	8	1	54	1.40
148621--148721	53	1.9	53	96	4	188	36	7	0	55	1.29
148632--148718	26	3.3	26	76	4	104	35	8	0	56	1.29
148698--148726	15	1.9	15	100	0	58	44	6	0	48	1.29
153266--153300	17	2.1	17	89	5	54	80	0	20	0	0.72
154308--154361	20	2.6	21	77	11	58	33	0	0	66	0.92
155700--155732	15	2.1	16	94	5	59	51	0	0	48	1.00
156666--156696	16	1.9	16	93	0	53	32	0	6	61	1.21
158424--158499	20	3.8	20	75	6	82	31	13	14	40	1.84
158508--158570	21	3.0	21	90	6	94	34	15	14	34	1.88

Tables:   1

The End!