genome.fa.s2309.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2309
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  135274

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4992--5050	27	2.2	27	96	0	109	27	44	1	27	1.64
9852--9894	22	2.0	22	95	0	77	30	13	16	39	1.87
14432--14456	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
15076--15101	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
15058--15121	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
15560--15627	37	1.9	35	88	8	102	33	10	25	30	1.89
15881--15919	13	2.9	13	85	7	51	28	2	0	69	1.02
20069--20094	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
21179--21209	6	5.2	6	96	0	53	61	0	0	38	0.96
21439--21479	2	20.5	2	85	9	57	48	2	2	46	1.28
22085--22113	15	1.9	15	100	0	58	55	17	6	20	1.65
22678--22813	34	4.0	34	95	0	236	20	0	38	41	1.53
22671--22863	56	3.2	56	73	16	188	20	0	37	41	1.53
22735--22859	13	10.9	11	68	24	64	20	0	40	40	1.52
22780--22835	22	2.5	22	97	0	103	19	0	41	39	1.52
22746--22864	56	2.1	56	96	0	220	19	0	39	41	1.51
23347--23393	21	2.2	21	84	0	58	25	0	8	65	1.20
24821--24861	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
25832--25869	2	19.5	2	89	5	60	50	2	0	47	1.15
26059--26099	3	13.7	3	100	0	82	68	0	0	31	0.90
26413--26440	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
26981--27018	19	2.0	20	89	5	60	63	10	0	26	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27227--27273	24	2.0	23	84	8	60	25	2	2	70	1.10
29676--29718	16	2.9	15	86	6	52	37	0	2	60	1.10
29984--30035	19	2.7	20	74	17	56	40	1	0	57	1.10
30016--30042	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
30019--30057	20	2.0	20	84	0	51	30	0	2	66	1.05
33821--33863	22	2.0	22	95	0	77	27	6	25	39	1.81
35359--35387	14	2.0	15	93	6	51	75	6	3	13	1.13
35376--35419	16	2.6	17	82	7	54	70	0	0	29	0.88
36313--36405	31	3.3	27	74	17	82	66	0	1	32	0.99
36384--36445	18	3.1	20	70	13	56	54	0	0	45	0.99
36402--36483	27	3.1	27	71	5	69	56	0	1	42	1.07
36313--36482	8	20.9	8	69	18	86	61	0	1	37	1.04
36827--36894	22	3.0	21	74	14	64	45	0	0	54	0.99
36829--36888	20	3.0	20	76	11	68	45	0	0	55	0.99
37085--37137	18	2.9	18	77	5	61	47	3	0	49	1.19
37632--37705	9	7.7	9	71	18	51	67	0	4	28	1.09
37621--37705	18	4.5	19	73	23	72	67	0	3	29	1.08
38363--38391	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
38604--38657	18	3.1	18	70	24	53	37	1	0	61	1.07
38750--38829	24	3.5	22	78	15	74	45	0	0	55	0.99
39046--39209	61	2.7	62	86	6	228	54	4	0	40	1.26
42540--42573	16	2.1	16	88	0	50	23	2	0	73	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43125--44241	42	25.8	43	75	10	837	38	18	30	11	1.87
43146--44234	132	8.4	132	81	8	904	38	18	30	11	1.87
43146--44281	221	5.2	221	84	4	1239	38	18	30	11	1.87
56789--56819	16	2.0	15	93	6	53	19	0	3	77	0.90
57967--58000	16	2.1	16	88	0	50	26	0	0	73	0.83
57969--58014	15	3.0	15	84	6	56	28	0	0	71	0.86
58424--58485	9	7.1	9	74	20	60	37	0	1	61	1.06
58425--58484	16	3.5	17	77	16	61	38	0	1	60	1.07
58447--58510	16	3.9	16	73	15	51	42	0	0	57	0.98
58496--58573	15	5.9	13	73	18	63	41	0	0	58	0.98
58420--58533	18	7.0	15	69	23	54	42	0	0	57	1.05
58444--58571	39	3.3	39	72	15	106	41	0	0	58	0.98
58447--58565	52	2.3	50	77	17	118	41	0	0	58	0.98
59245--59284	19	2.2	18	90	4	62	47	0	0	52	1.00
59625--59691	33	2.0	34	82	8	84	52	2	1	43	1.25
63020--63046	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
63582--63645	25	2.7	24	76	18	62	42	0	1	56	1.09
63753--63780	3	9.3	3	100	0	56	32	0	32	35	1.58
63932--63973	5	8.4	5	100	0	84	40	0	0	59	0.97
65516--65565	2	25.0	2	95	0	91	50	0	2	48	1.12
67902--68061	6	27.5	6	93	6	285	0	16	50	33	1.45
71080--71107	13	2.2	13	100	0	56	39	7	28	25	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
73265--73295	12	2.6	12	94	0	53	41	0	3	54	1.16
73555--73602	17	2.8	18	87	9	57	58	0	2	39	1.10
73568--73602	17	2.1	17	100	0	70	60	0	0	40	0.97
73657--73728	34	2.1	36	82	15	89	51	1	1	45	1.18
73663--73752	37	2.6	33	77	11	83	52	2	2	43	1.26
75576--75619	17	2.9	15	86	10	54	36	0	2	61	1.09
76941--76988	23	2.1	23	88	7	71	47	10	4	37	1.57
80957--81018	22	2.8	22	83	16	83	33	0	0	66	0.92
80954--81018	23	2.8	24	86	9	98	35	0	0	64	0.94
81075--81101	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
87000--87027	5	5.6	5	100	0	56	17	0	0	82	0.68
87154--87270	16	7.3	16	67	25	61	38	0	0	61	0.96
87157--87239	34	2.3	37	91	8	136	39	0	0	60	0.97
87185--87272	17	5.2	18	68	14	62	39	0	0	60	0.97
87171--87285	16	7.0	17	72	16	82	40	0	0	59	0.98
87202--87297	27	3.3	27	73	24	72	42	0	0	57	0.98
87889--87927	20	1.9	21	89	5	62	41	0	0	58	0.98
87894--87947	23	2.3	23	78	6	56	44	0	0	55	0.99
92208--92253	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
93730--93756	13	2.1	13	100	0	54	92	0	7	0	0.38
95292--95340	19	2.3	23	76	20	61	32	2	8	57	1.40
95297--95337	21	2.0	21	86	9	59	36	2	4	56	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97153--97193	22	1.9	21	90	5	64	53	0	0	46	1.00
97449--97521	31	2.3	33	86	11	100	56	1	2	39	1.22
99978--100170	79	2.4	79	83	8	257	34	15	25	25	1.94
101661--101718	21	2.8	21	92	2	91	50	36	10	3	1.54
105684--105713	14	2.1	15	93	6	53	36	6	13	43	1.70
105692--105745	15	3.7	15	77	5	56	35	11	12	40	1.79
105703--105768	29	2.3	29	81	5	71	31	12	12	43	1.78
106624--106666	2	22.0	2	90	4	70	46	0	0	53	1.00
108158--108182	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
108682--108707	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
108664--108727	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
114233--114636	202	2.0	202	100	0	808	36	16	17	29	1.93
115027--115092	20	3.7	20	73	26	83	24	18	12	45	1.83
115046--115117	13	6.0	13	74	23	77	27	18	13	40	1.88
115027--115104	33	2.4	33	100	0	156	25	17	12	43	1.85
115239--115285	22	2.3	20	82	10	60	36	17	4	42	1.68
117541--117594	20	2.7	20	88	5	74	40	18	14	25	1.89
117666--117691	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
117648--117711	33	2.0	33	90	3	103	42	17	14	26	1.87
120283--120446	82	2.0	81	93	1	283	38	9	6	45	1.64
121892--121939	20	2.3	20	85	3	69	58	0	0	41	0.98
122400--122426	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
122969--123002	6	5.8	6	93	3	52	52	8	35	2	1.47
124694--124725	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
126348--126407	17	3.6	17	78	14	63	76	0	5	18	0.96
126332--126407	36	2.1	36	83	11	95	73	0	7	18	1.06
126348--126409	20	3.1	20	79	9	56	77	0	4	17	0.94
126906--126936	15	2.0	16	93	6	55	64	9	12	12	1.50
127071--127114	15	2.9	15	79	0	52	45	31	20	2	1.64
127122--127180	31	1.9	31	89	0	91	45	30	20	3	1.67
127076--127180	15	6.5	15	68	13	66	44	31	20	3	1.69
127132--127180	16	3.1	16	79	5	64	44	30	20	4	1.70

Tables:   1   2