genome.fa.s2340.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2340
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  223142

Tables:   1   2   3   

This is table  2  of  3  ( 248 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
119764--120373	87	7.0	87	88	0	869	28	18	25	27	1.98
120374--121049	33	20.9	33	76	10	603	38	13	28	19	1.90
120375--121069	192	3.6	193	83	7	792	37	13	29	19	1.90
120473--121069	286	2.1	280	84	9	803	38	13	28	19	1.89
121024--121098	28	2.7	27	86	11	116	25	16	34	24	1.95
121079--121359	32	8.9	31	79	9	248	34	13	28	23	1.92
121153--121359	63	3.3	63	81	10	251	36	13	28	22	1.91
121147--121362	95	2.3	96	85	3	310	37	12	27	22	1.91
122617--122665	22	2.2	22	85	7	64	0	4	12	83	0.77
122634--122678	21	2.2	20	84	4	54	4	8	8	77	1.10
122614--122679	34	1.9	34	81	9	80	3	6	10	80	1.00
125314--125352	19	2.1	19	95	0	69	20	23	28	28	1.99
130130--130190	20	3.1	19	79	9	68	44	13	11	31	1.79
131966--132091	49	2.6	49	91	1	200	33	21	27	17	1.96
132255--133291	28	35.8	28	80	8	538	24	16	29	29	1.96
132403--132982	214	2.8	203	82	8	657	21	17	29	31	1.96
132837--133390	28	20.0	28	85	4	475	28	14	29	26	1.95
137031--137088	18	3.4	18	68	22	61	27	13	13	44	1.82
137030--137098	33	2.1	33	100	0	138	24	15	17	42	1.88
139538--139777	97	2.5	97	90	2	367	29	13	29	27	1.94
143845--143884	14	3.0	14	92	7	66	82	10	0	7	0.84
143863--143920	8	6.4	9	79	16	59	79	8	1	10	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
143863--143920	17	3.2	18	82	9	73	79	8	1	10	1.01
144645--144772	64	2.0	65	84	1	168	29	37	19	13	1.90
148485--148613	52	2.5	52	93	0	222	27	18	19	34	1.95
148485--148630	52	2.8	52	84	8	190	28	17	19	33	1.95
148677--148740	19	3.7	19	74	23	77	37	17	12	32	1.87
148676--148739	32	2.0	32	96	0	119	35	17	12	34	1.87
148696--148720	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
149556--150218	43	14.1	49	85	7	764	30	17	26	25	1.97
149565--150221	92	7.1	91	85	9	812	30	17	26	25	1.97
149880--149950	24	3.2	24	61	19	62	28	19	25	26	1.99
149899--149966	21	3.2	21	62	25	52	27	17	27	26	1.98
149877--149945	22	3.2	22	62	25	56	30	17	26	26	1.97
150055--150122	22	3.1	22	62	26	54	30	20	25	23	1.98
150248--150522	34	8.1	35	84	4	343	39	10	30	18	1.86
150248--150536	66	4.3	68	84	6	356	39	11	30	18	1.86
150523--150736	31	7.0	30	77	14	206	28	16	30	24	1.97
150499--150736	122	1.9	124	84	7	324	27	16	30	24	1.97
150531--150737	61	3.4	61	89	4	301	27	17	29	25	1.97
154315--154538	78	2.8	79	79	2	272	34	15	23	26	1.94
156237--156294	24	2.3	27	82	14	70	5	29	22	43	1.75
156958--157051	17	5.8	16	75	16	79	18	2	5	74	1.11
156958--157057	9	11.2	9	78	12	82	17	2	6	75	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157059--157108	15	3.3	15	78	13	57	24	4	0	72	1.02
158536--158577	20	2.1	20	91	8	68	30	0	11	57	1.35
160617--160656	21	1.9	21	84	0	53	40	0	2	57	1.12
160954--160986	2	16.5	2	93	0	57	48	0	0	51	1.00
161137--161173	14	2.6	14	86	0	56	48	0	0	51	1.00
161787--161828	15	2.9	14	77	19	50	61	0	0	38	0.96
161897--161941	10	4.1	12	88	8	53	37	0	6	55	1.26
161905--161949	10	4.5	10	86	13	58	33	0	6	60	1.23
163621--163689	32	2.3	30	83	11	88	36	2	5	55	1.39
163680--163720	5	8.4	5	82	12	50	34	0	0	65	0.93
163678--163744	17	3.5	19	82	12	75	31	1	1	65	1.10
167483--167530	14	3.3	15	77	11	55	50	8	6	35	1.58
168732--168837	46	2.3	45	81	10	110	63	5	2	28	1.31
168729--168842	57	2.0	56	81	5	131	62	5	2	29	1.31
169371--169409	20	1.9	21	89	5	62	53	0	5	41	1.23
169836--169891	23	2.5	23	75	13	62	55	1	1	41	1.21
169794--169895	13	8.0	14	70	19	53	57	0	0	40	1.12
169896--169938	16	2.6	16	77	3	50	44	0	0	55	0.99
172534--172580	23	2.0	23	84	8	60	38	0	0	61	0.96
172529--172574	14	3.1	15	81	9	58	41	0	0	58	0.98
173620--173733	11	10.2	11	73	17	69	61	0	2	35	1.16
173626--173683	17	3.3	17	75	13	55	67	0	1	31	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
173648--173700	26	2.0	26	88	3	79	64	1	3	30	1.22
173702--173794	20	4.4	20	72	16	57	54	0	3	41	1.16
173609--173780	67	2.5	68	75	14	176	59	1	2	36	1.20
174579--174634	18	3.4	16	75	15	53	55	1	0	42	1.10
174594--174634	16	2.4	17	84	15	50	58	2	0	39	1.11
174607--174662	23	2.5	24	82	8	64	60	1	1	35	1.17
174607--174655	23	2.2	24	85	10	68	61	0	0	38	0.96
175554--175588	13	2.6	13	95	4	61	28	2	0	68	1.04
175865--175919	22	2.4	24	73	17	62	52	0	1	45	1.11
176134--176208	20	3.6	21	78	10	66	54	1	1	42	1.17
176165--176209	22	2.0	22	86	0	63	55	0	0	44	0.99
177743--177781	17	2.2	18	86	9	53	35	2	0	61	1.10
177970--178014	16	2.8	16	80	9	56	35	4	4	55	1.40
178033--178078	16	2.9	16	76	0	56	36	13	2	47	1.54
178261--178312	17	3.1	17	81	10	63	42	0	1	55	1.10
178283--178363	21	3.6	22	76	17	69	46	0	0	53	1.00
178292--178377	27	3.0	28	73	14	79	51	0	0	48	1.00
178270--178337	17	3.7	17	73	19	57	45	0	0	54	0.99
178332--178379	16	3.1	15	76	8	51	54	0	0	45	0.99
178984--179032	24	2.0	24	84	4	62	51	0	0	48	1.00
179122--179221	8	11.8	8	72	16	51	62	0	1	37	1.02
179137--179240	22	5.0	21	73	18	76	59	0	1	38	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
179116--179220	25	4.2	24	74	23	78	60	0	0	38	1.03
180215--180267	23	2.3	23	83	0	61	49	5	7	37	1.55
180349--180378	12	2.6	11	90	10	51	46	0	0	53	1.00
181116--181159	14	3.1	14	73	0	52	43	0	4	52	1.22
181559--181602	23	1.9	23	86	9	63	43	0	0	56	0.99
183200--183270	22	3.1	23	76	15	67	49	0	0	50	1.00
187520--187544	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
187721--187757	16	2.3	16	85	0	56	43	2	0	54	1.14
188423--188471	22	2.2	23	85	10	66	46	0	0	53	1.00
191450--191481	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
191647--191694	22	2.2	22	85	14	64	58	4	0	37	1.18
191633--191702	24	2.9	23	72	19	63	58	5	0	35	1.22
192700--192764	10	6.9	9	81	13	53	72	1	1	24	1.02
192705--192753	11	4.6	11	82	7	57	73	0	2	24	0.94
192702--192752	19	2.7	19	82	8	68	74	0	1	23	0.92
192702--192754	21	2.8	18	78	15	63	73	0	1	24	0.93
192789--192825	19	1.9	19	88	0	56	70	2	0	27	1.01
193097--193144	16	3.1	15	72	21	53	45	0	0	54	0.99
193095--193159	32	2.0	33	93	3	114	44	0	0	55	0.99
193095--193143	14	3.2	14	74	20	53	46	0	0	53	1.00
193102--193216	16	7.2	17	68	23	56	40	0	0	60	0.97
193107--193205	28	3.5	30	73	14	77	39	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195445--195489	20	2.2	21	81	18	60	53	0	4	42	1.21
195839--195888	15	3.4	14	79	15	57	48	0	0	52	1.00
195843--195891	10	5.0	10	75	20	50	48	0	0	51	1.00
195832--195901	29	2.4	29	73	22	74	48	0	0	51	1.00
196111--196150	19	2.1	19	86	9	55	40	2	2	55	1.27
196553--196594	22	1.9	22	85	9	59	59	11	0	28	1.33
196854--196909	29	1.9	29	85	0	76	26	7	3	62	1.38
197264--197300	18	2.0	19	89	5	58	62	5	5	27	1.39
198515--198540	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
199231--199281	20	2.6	20	79	11	61	50	1	0	47	1.12

Tables:   1   2   3