genome.fa.s237.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold237
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  136383

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1381--1444	15	4.4	15	78	9	53	1	18	1	78	0.92
1383--1441	18	3.1	18	85	7	64	1	18	1	77	0.93
1381--1444	22	3.0	21	86	6	76	1	18	1	78	0.92
1403--1444	4	11.2	4	80	14	54	0	21	0	78	0.75
1411--1444	7	4.7	7	89	7	50	0	23	0	76	0.79
1510--1558	2	25.0	2	80	12	57	6	46	0	46	1.27
6852--6889	16	2.4	16	86	4	51	26	0	5	68	1.11
6852--6894	16	2.7	15	82	10	50	27	0	4	67	1.10
7813--7865	23	2.3	23	83	6	63	64	9	5	20	1.44
10400--10441	10	4.2	10	84	0	57	38	33	0	28	1.58
11544--11606	32	1.9	32	83	3	81	25	11	19	44	1.83
11641--11691	20	2.5	20	90	0	75	31	15	13	39	1.87
11679--11703	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
12485--12533	16	3.1	15	78	21	55	55	16	8	20	1.66
14162--14199	13	2.9	13	88	0	58	36	18	13	31	1.89
14458--14522	20	3.3	20	65	26	57	35	12	10	41	1.78
14459--14538	39	2.1	39	100	0	160	35	12	12	40	1.81
20395--20457	32	1.9	33	90	3	101	23	12	20	42	1.86
21610--21645	13	2.8	13	88	12	56	0	11	2	86	0.68
24530--24573	22	2.0	22	82	13	54	75	4	0	20	0.98
24924--24976	24	2.3	23	78	15	56	49	5	7	37	1.55
25218--25259	21	2.0	21	81	9	50	54	2	4	38	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26101--26182	39	2.1	39	81	4	94	46	24	3	25	1.69
26194--26327	38	3.5	38	84	7	157	44	16	5	33	1.70
28227--28251	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
28207--28271	33	2.0	32	85	11	87	30	16	15	36	1.90
28301--28385	19	4.7	19	77	18	92	36	15	16	31	1.90
28321--28398	13	7.2	12	68	29	59	35	16	16	30	1.92
28323--28416	32	2.9	32	92	4	145	37	14	17	30	1.90
34540--34911	151	2.5	149	81	5	426	33	8	8	48	1.65
36352--36996	79	8.2	79	79	5	520	35	11	24	28	1.91
36663--36976	159	2.0	160	82	8	390	34	12	25	27	1.92
37781--37837	20	2.8	21	81	2	71	38	14	14	33	1.85
38756--38864	53	2.1	53	91	0	173	33	33	2	31	1.72
43356--43484	51	2.5	51	91	2	206	43	11	18	26	1.84
43400--43527	20	5.8	20	72	21	96	40	10	17	30	1.84
45332--45398	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
45352--45376	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
45440--45464	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
45473--45593	52	2.3	52	91	0	206	36	18	16	28	1.92
59474--59612	51	2.7	51	93	0	224	40	12	20	27	1.88
60182--60212	10	3.0	10	95	4	53	9	9	38	41	1.71
60491--60528	20	1.9	20	89	10	60	39	2	23	34	1.69
62836--63380	270	2.0	272	92	2	909	34	15	13	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67806--67830	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
69791--69830	20	1.9	21	85	10	55	7	35	45	12	1.70
70275--70338	13	4.9	13	82	0	74	39	18	10	31	1.86
70275--70338	26	2.5	26	97	0	119	39	18	10	31	1.86
70666--70690	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
70646--70712	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
70753--70777	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
70786--70914	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94
84735--84832	1	98.0	1	75	0	88	87	12	0	0	0.54
84733--84832	5	20.2	5	81	9	116	87	13	0	0	0.56
84735--84832	16	6.2	16	89	10	157	87	12	0	0	0.54
85959--85988	12	2.5	12	94	0	51	33	20	13	33	1.91
86203--86494	29	9.7	30	75	12	181	28	28	15	27	1.96
86203--86344	61	2.4	57	83	5	160	29	28	18	23	1.98
86374--86447	34	2.1	35	82	7	89	20	25	10	43	1.84
86421--86544	28	4.3	29	83	9	139	37	30	15	16	1.90
86562--86842	48	5.9	47	82	7	309	26	24	17	31	1.97
86659--86847	92	2.0	95	87	4	276	27	23	16	32	1.96
86748--86972	67	3.9	55	75	15	181	24	25	14	36	1.93
86748--86889	53	2.7	52	82	7	169	26	24	14	34	1.94
87666--87732	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
87686--87710	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87773--87797	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
91442--91488	20	2.3	20	85	10	60	14	4	4	76	1.09
91706--91863	52	3.0	54	77	7	178	32	14	27	24	1.94
92045--92228	28	6.5	28	81	6	210	23	16	27	32	1.96
95474--95548	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
95471--95548	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
96076--97247	32	38.2	32	91	4	1450	17	17	34	30	1.94
96076--97247	254	4.8	254	89	5	1451	17	17	34	30	1.94
96076--97249	95	12.8	86	90	4	879	17	17	34	30	1.93
98470--98515	13	3.4	13	87	6	65	2	2	8	86	0.72
105978--106052	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
105975--106052	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
111062--111125	20	3.2	20	61	12	51	42	4	12	40	1.64
111054--111139	39	2.2	39	97	2	163	51	4	9	34	1.55
111380--111404	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
111432--111462	10	3.1	10	95	0	53	19	25	9	45	1.81
114692--114876	79	2.3	78	82	5	203	40	12	20	26	1.88
114881--115369	79	6.2	78	76	8	366	27	21	12	38	1.90
114914--115262	160	2.2	160	80	8	374	28	22	10	38	1.87
114882--115373	239	2.1	239	80	8	558	27	22	12	37	1.90
117230--117281	19	2.7	19	90	3	77	36	17	15	30	1.91
117266--117292	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117247--117311	32	2.0	32	88	8	96	41	16	15	26	1.88
119401--119507	20	5.4	20	74	12	96	30	27	2	39	1.71
119407--119519	60	1.9	60	87	3	165	27	27	2	42	1.69
121348--121372	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
127499--127529	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
127574--127678	19	5.7	19	79	15	105	39	17	16	27	1.90
127633--127659	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
127614--127678	32	2.0	32	90	3	103	40	16	16	26	1.90
133689--133737	23	2.1	24	85	11	66	32	0	4	63	1.13
134056--134085	12	2.5	12	88	0	51	26	10	3	60	1.45

Tables:   1

The End!