genome.fa.s2375.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2375
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  210449

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
370--979	319	1.9	324	93	5	1060	26	16	16	40	1.90
2091--2217	52	2.4	52	88	5	186	34	18	16	29	1.93
5100--5140	21	2.0	21	95	0	73	56	4	17	21	1.60
6555--6613	13	5.0	13	76	19	67	35	15	13	35	1.87
6532--6634	33	3.1	33	91	2	163	35	16	12	34	1.87
6596--6633	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
6703--6729	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
6684--6748	33	2.0	32	90	3	103	44	12	15	27	1.82
15370--15425	19	2.9	19	86	2	76	35	16	16	32	1.90
15410--15436	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
15391--15455	33	2.0	32	87	3	94	41	13	16	27	1.87
22646--22673	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
37978--38706	28	25.4	28	80	6	721	30	32	16	20	1.94
37978--38680	57	12.2	57	88	4	923	30	32	16	20	1.95
37967--38706	144	5.1	145	85	5	959	30	32	16	20	1.94
38769--39063	50	6.0	49	81	5	299	24	25	15	33	1.95
38777--39063	99	2.9	97	80	4	306	24	25	16	33	1.96
39813--39869	19	3.3	19	72	27	72	29	12	19	38	1.88
39831--39857	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
39813--39888	32	2.4	32	90	0	116	32	13	17	36	1.88
39928--39955	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
45378--45548	29	6.0	29	73	9	127	38	7	22	32	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51889--51914	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
54135--54179	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
55982--56012	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
58017--58096	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
58083--58121	13	3.0	13	96	0	69	30	15	20	33	1.94
58244--58290	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
58246--58288	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
60667--60692	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
62242--62340	36	2.9	35	81	11	111	29	28	12	30	1.93
62771--62817	20	2.3	20	92	0	76	34	21	12	31	1.91
62884--62909	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
63005--63048	22	2.1	21	91	8	72	38	9	6	45	1.63
64671--64695	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
64683--64735	20	2.6	21	84	3	72	39	13	16	30	1.87
64767--64834	33	2.1	32	86	2	91	36	16	16	30	1.90
66415--66450	9	4.0	9	88	0	54	38	0	33	27	1.57
66416--66463	21	2.3	22	78	10	55	35	2	33	29	1.69
73463--73487	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
73475--73527	20	2.6	21	84	3	72	39	13	16	30	1.87
73560--73610	20	2.6	19	84	3	57	45	17	11	25	1.83
76177--76210	7	4.9	7	85	0	50	38	0	2	58	1.13
76975--77039	33	2.0	32	87	3	94	30	15	13	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77005--77059	19	2.8	20	91	2	85	32	14	18	34	1.91
83073--83098	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
85586--85643	19	3.1	18	85	11	80	36	15	15	32	1.89
85559--85621	32	1.9	33	90	3	101	31	15	12	39	1.85
85587--85642	20	2.8	20	89	7	80	33	16	16	33	1.91
87519--87543	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
87500--87561	32	1.9	33	90	3	99	38	14	16	30	1.88
88205--88244	21	1.9	22	90	10	66	35	22	0	42	1.54
90580--90608	13	2.1	14	93	6	51	41	13	20	24	1.89
94500--94540	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
94580--94650	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
94620--94756	53	2.6	53	96	1	247	37	18	17	27	1.93
94847--94897	13	3.9	13	97	0	93	31	15	19	33	1.93
100095--100120	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
102339--102383	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
104186--104216	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
106293--106331	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
106452--106498	21	2.3	20	82	10	60	31	19	4	44	1.70
108882--108907	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
110179--110219	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
110259--110329	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
110299--110435	53	2.6	53	95	1	238	37	17	17	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114683--114733	21	2.5	20	78	15	59	62	3	9	23	1.42
118632--118670	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
120370--120394	11	2.3	11	100	0	50	24	16	8	52	1.70
120787--120812	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
120769--120832	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
123010--123054	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
126854--126933	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
126919--126957	13	3.0	13	92	0	60	33	17	15	33	1.92
129494--129519	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
131682--131712	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
136374--136399	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
138006--138031	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
137988--138052	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
140128--140162	17	2.1	17	100	0	70	34	17	11	37	1.85
140148--140172	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
142184--142213	12	2.5	12	94	0	51	53	13	0	33	1.40
144648--144706	3	19.7	3	96	0	109	64	0	1	33	1.04
146522--146551	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
154012--154064	21	2.7	20	80	8	63	32	16	13	37	1.88
155626--155665	2	20.0	2	94	0	71	50	2	0	47	1.14
155799--155891	31	3.0	31	90	0	141	33	26	16	23	1.95
155777--155891	31	3.6	31	82	5	99	32	25	17	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156737--156786	21	2.4	22	80	10	59	40	6	4	50	1.46
162969--163002	2	17.0	2	93	0	59	50	2	0	47	1.16
163420--163445	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
164187--164291	38	2.8	38	83	0	147	35	20	19	24	1.96
164187--164325	38	3.7	37	76	9	120	35	21	17	25	1.95
164295--164414	31	3.9	31	84	2	152	31	26	16	25	1.96
164928--164969	22	1.9	23	85	9	61	61	7	2	28	1.35
167562--167659	48	2.0	49	82	9	121	44	0	1	54	1.07
168898--168945	18	2.8	17	78	12	53	70	0	0	29	0.87
168903--168941	16	2.4	16	83	8	53	71	0	0	28	0.86
168911--168957	22	2.1	23	88	4	69	68	2	2	27	1.13
168989--169039	20	2.4	22	83	9	61	62	15	7	13	1.52
169539--169582	18	2.4	18	84	0	61	22	2	6	68	1.25
172752--172802	22	2.5	21	72	12	52	45	0	1	52	1.12
172760--172811	22	2.3	22	75	18	54	46	0	1	51	1.12
173243--173274	2	16.0	2	93	0	55	50	3	0	46	1.17
173974--174013	21	1.9	21	90	10	64	60	0	0	40	0.97
174466--174518	26	2.0	26	96	0	97	39	24	13	22	1.90
175727--175756	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
176921--176958	20	2.0	20	84	5	51	60	7	10	21	1.54
178566--178651	32	2.6	33	76	10	95	36	15	15	33	1.88
178586--178662	32	2.4	33	80	6	86	35	14	14	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178706--178860	34	4.6	34	74	10	131	30	12	17	39	1.87
178835--178925	33	2.7	35	80	13	116	40	13	7	38	1.73
178706--178892	68	2.8	66	79	11	209	32	13	14	39	1.85
179670--179733	33	2.0	32	84	3	83	28	15	18	37	1.92
179775--179826	21	2.5	21	81	9	63	28	17	15	38	1.90
182491--182516	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
188458--188483	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
188438--188501	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
190327--190360	17	1.9	18	88	5	52	8	5	0	85	0.75
190699--190777	16	4.8	16	76	11	70	2	13	1	82	0.84

Tables:   1   2