genome.fa.s2403.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2403
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  150165

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
531--585	25	2.1	25	90	6	83	47	0	0	52	1.00
1367--1432	23	2.8	24	77	11	64	57	0	1	40	1.08
1386--1419	12	2.7	13	90	4	52	58	0	0	41	0.98
1387--1467	27	3.1	27	80	10	96	55	1	0	43	1.07
3766--3858	32	2.9	31	73	10	89	21	15	23	39	1.91
3755--3821	16	4.2	16	83	7	73	20	16	25	37	1.93
3836--3947	53	2.1	53	80	8	129	21	14	26	37	1.92
4697--4770	16	4.6	16	75	14	62	16	10	27	45	1.80
5064--5151	19	4.5	21	70	25	68	40	0	1	57	1.06
5901--5935	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
8492--8549	13	4.0	13	74	23	53	34	15	15	34	1.89
13130--13335	103	2.0	103	94	0	358	34	18	14	32	1.91
14203--14256	20	2.7	20	91	0	81	27	16	11	44	1.82
15202--15248	22	2.1	23	84	11	62	25	21	10	42	1.85
27338--27385	10	4.5	10	84	7	51	81	10	4	4	0.97
28588--29111	28	18.2	29	81	8	554	29	30	16	24	1.97
28588--29111	57	9.1	57	83	6	594	29	30	16	24	1.97
29974--30050	20	3.8	20	79	6	93	33	15	11	38	1.84
32286--32310	7	3.6	7	100	0	50	12	0	16	72	1.13
38030--38075	24	2.0	23	83	12	58	71	0	2	26	0.97
38403--38435	17	1.9	17	93	0	57	0	24	0	75	0.80
38397--38443	10	5.2	9	80	17	53	0	21	0	78	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39547--39649	45	2.2	45	79	10	109	28	22	31	18	1.97
39729--40263	32	17.5	32	87	8	506	20	17	30	30	1.96
39674--40282	64	9.9	64	85	6	601	21	17	30	30	1.96
39674--40282	157	4.0	153	83	6	607	21	17	30	30	1.96
39827--40303	86	5.3	85	83	10	374	20	18	31	29	1.96
39859--40323	114	3.9	114	81	9	328	21	18	30	29	1.97
40311--41090	27	28.4	27	90	2	1130	28	14	33	23	1.94
40311--41090	82	9.5	81	90	1	1130	28	14	33	23	1.94
40166--41094	27	33.6	28	85	7	868	27	14	32	24	1.95
52715--52789	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
52715--52792	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
64732--64767	13	2.9	12	92	8	63	91	8	0	0	0.41
65998--67134	31	36.4	28	83	11	686	30	34	18	16	1.94
66001--67267	32	40.2	31	82	12	1049	30	33	18	17	1.94
66215--66287	37	1.9	38	88	2	112	31	31	13	23	1.93
66186--66311	65	1.9	67	90	3	202	30	32	15	22	1.94
66097--66553	151	3.0	155	77	12	403	29	33	17	19	1.95
66336--67267	32	28.8	32	84	10	1115	31	34	18	15	1.92
67795--67869	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
67795--67872	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
71143--71173	14	2.2	14	100	0	62	45	0	6	48	1.28
81571--81597	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81583--81679	20	4.7	20	74	17	74	30	17	14	37	1.90
81601--81732	53	2.7	49	82	14	150	32	16	15	34	1.91
81647--81766	53	2.3	53	97	0	222	33	12	17	36	1.87
81674--81732	20	3.0	20	82	0	64	35	13	18	32	1.90
90366--90419	19	2.8	19	82	2	54	31	12	18	37	1.89
90449--90513	33	2.0	33	90	0	103	38	15	13	32	1.87
91948--91996	21	2.5	20	80	6	55	46	0	22	30	1.52
98395--98449	19	2.8	20	86	5	76	38	14	16	30	1.89
98434--98461	13	2.2	13	100	0	56	42	14	14	28	1.84
98416--98480	32	2.0	33	87	3	96	43	12	15	29	1.83
103307--103441	68	2.0	68	88	2	200	44	11	3	40	1.59
105155--105429	144	1.9	144	82	5	342	41	7	6	43	1.60
107539--107586	25	1.9	25	83	8	62	18	12	16	52	1.75
112466--112503	20	2.0	19	85	10	51	10	13	2	73	1.19
113221--113250	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
114004--114510	141	3.6	141	86	4	682	34	10	9	45	1.72
116064--116532	73	6.5	73	82	5	531	53	14	2	30	1.53
116064--116530	145	3.2	144	84	5	577	53	14	2	30	1.53
116412--116464	25	2.1	27	86	10	76	64	11	0	24	1.26
119787--119837	20	2.6	19	87	12	68	35	17	13	33	1.89
119869--119924	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
120061--120117	22	2.6	22	97	0	105	42	7	12	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120542--120688	68	2.2	68	92	0	240	30	23	4	41	1.73
122181--122216	18	1.9	19	88	5	56	63	13	0	22	1.29
128182--128235	20	2.7	20	85	5	65	37	18	12	31	1.89
128264--128319	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92
128304--128330	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
133408--133435	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
133361--133495	72	1.9	72	87	3	200	44	11	3	40	1.59
135205--135479	144	1.9	144	82	5	351	42	7	6	43	1.59
135926--135973	19	2.3	21	79	20	64	62	0	0	37	0.95
137599--137646	25	1.9	25	83	8	62	18	12	16	52	1.75
143008--143100	40	2.3	40	96	0	168	37	5	12	44	1.66
143029--143096	21	3.3	21	67	29	65	33	2	14	48	1.59
143337--143390	20	2.7	20	100	0	108	29	18	18	33	1.95
143374--143403	13	2.3	13	100	0	60	33	16	13	36	1.88
144159--144658	139	3.6	140	82	7	581	35	9	9	45	1.69
146212--146679	73	6.5	71	80	8	489	52	14	2	30	1.53
146559--146611	25	2.1	27	86	10	76	64	11	0	24	1.26
147041--147187	68	2.2	67	81	4	161	40	3	2	54	1.29
149933--149983	20	2.6	19	87	12	68	35	17	13	33	1.89
150015--150070	19	2.9	19	91	2	85	35	16	17	30	1.92

Tables:   1

The End!