Tandem Repeats Finder Program written by: Gary Benson Program in Bioinformatics Boston University Version 4.09 Sequence: Scaffold2441 Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000 Pmatch=0.80,Pindel=0.10 tuple sizes 0,4,5,7 tuple distances 0, 29, 159, 1000 Length: 47802 ACGTcount: A:0.30, C:0.18, G:0.15, T:0.37 Found at i:1169 original size:477 final size:476 Alignment explanation
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CTTAAGAGTCTCCATTCTT-TTCGAGGTT-GGGAGCTAATAA-CACATTCCCTTCG-TTAGGATA 131 -ATAAAAGTCTCCATT-TTCTTCGAGATTAGGAAGC-AA-AAGCATATTCCTTTCGATTAGGATA * * * * * ** 35382 CATGACATTGATGCTTTGGTTTTGCAAGAAAACGTTTTCTTTCCACCATTTTTGATAGAGGTAAA 192 CATGGCATTGATGCTTTGG-TGTGCAAGAAAATGTGTTCTTTCCACCGTTTTTGATAGAAATAAA * * * 35447 GTTTGTCTCTTAAATAAGACAAACATGAATTGCCATGCTAATCCCCATTCTTTTCGTGATTAGGC 256 GTTTGTCTCTTAAATAAGACAAACAAGAATTGTCATGCTAATCCCCATTCTTTTCATGATTAGGC * * * * * 35512 ACCATAAACTTTGTCTTCTCATAAAGATACACGATATTGATGCTTTGGTTTTGAAAGAAAGGCTT 321 ACCATAAACTTTGTCTTCTCATAAGGATACACTATATTAATGCTTTGGTTTCGTAAGAAAGGCTT * * * * 35577 TCTTGCCACCAAATTTTGAAAAGTCTAAGTTCGTTCCTCAAATGAGACAAATGAGGATTCTAGTA 386 TCTTGCCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAATGAGACAAACGAGGATTCTAGTA * * * 35642 ATGATCTTCAATCTTTTTGTGATTAG 451 ATGAACTTCATTCATTTTGTGATTAG * * * * * * ** 35668 GCAGTATAAAAACATTCTCCTCATTAGTATAAACGATATTCA-AGATTTTC--TTCTGCACGAAA 1 GCACTATAAACACATTCTCTTCATTAGGATAAACGATATTGATTG-TTTTCTTTTCTG-TTG-AA * * ** * 35730 ATCTTTTCTTTGCCCTATTTTCCTTTGTATCAAAATTC-TCCCTT-AATATGACAAGCATTAATT 63 ATCTTTTCTTTGCACTGTTTTCCTTAATATCAAAATTCTTCCCTTAAATATGACAAGCATCAATT * * * * * 35793 CGTAT-AAGGTCTCCATTTTTTTCGAGATTAGG-AGCAAGAAACATATTCCCTTC--TTAGGATA 128 CTTATAAAAGTCTCCATTTTCTTCGAGATTAGGAAGCAA-AAGCATATTCCTTTCGATTAGGATA * * * * 35854 CATGACATTGTATGC-TGGGTGTCGCAAGAAAATGTGTTCTTCTTCCACCG-CTTTGATAGAAGT 192 CATGGCATTG-ATGCTTTGGTGT-GCAAGAAAATGTGTTC-T-TTCCACCGTTTTTGATAGAAAT * 35917 AAAG-TTGTCTCTTAAATAAAGACAAACATGAA-TGTCATGCTAATCCCCATTCTTTTCATGATT 253 AAAGTTTGTCTCTTAAAT-AAGACAAACAAGAATTGTCATGCTAATCCCCATTCTTTTCATGATT * * * * 35980 AGGCACCATAAACTTCGTCTTACTCGTAAGGATACACTGATATGAA-GCTTTCGGTTTTGTAATG 317 AGGCACCATAAACTTTGTCTT-CTCATAAGGATACACT-ATATTAATGCTTT-GGTTTCGTAA-G * * * * 36044 -AAGGACTTTTTTGTC-CCAA-TTTTGT-AAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAGTGAGACTAACGAGG 378 AAAGG-CTTTCTTGCCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAATGAGACAAACGAGG * 36105 A-TCTAGTAGTG-ACTTCATTCATTTTGTGATTAAGG 442 ATTCTAGTAATGAACTTCATTCATTTTGTGATT-A-G * * * * ** 36140 GCACTATAATACA-ATTCTCCTTAACTTATGATGAACAATATT-A-AATTTTCTTTTGCCTAG-T 1 GCACTATAA-ACACATTCT-CTTCA-TTAGGATAAACGATATTGATTGTTTTCTTTT--CT-GTT * * * * 36201 -AAATCTTTTCTTTGCACT-ATTTCC-TAATATC-AAATGC-T-CCTTAATTATGACAAGCATCG 60 GAAATCTTTTCTTTGCACTGTTTTCCTTAATATCAAAATTCTTCCCTTAAATATGACAAGCATCA ** * * * * * * * 36260 ATT-TTCGAAAGGTCTCTATTCT-TTCGAGATT-GGGAGCTAAGAA-CACATTCCCTTC-TTTAG 125 ATTCTTATAAAAGTCTCCATTTTCTTCGAGATTAGGAAGC-AA-AAGCATATTCCTTTCGATTAG * * * * * * 36320 GATGCATGACATTGATGCTTTGGTGTCGCAAGAAAATGTTTTCTTTACACAGTTTTTGATAGAAG 188 GATACATGGCATTGATGCTTTGGTGT-GCAAGAAAATGTGTTCTTTCCACCGTTTTTGATAGAAA * * * * 36385 CAAAGTTTGTCTTTTAAAAAAGACAAACATA-AATTGTCATGCTAATCCCTATTCTTTTCATGAT 252 TAAAGTTTGTCTCTTAAATAAGACAAACA-AGAATTGTCATGCTAATCCCCATTCTTTTCATGAT * * 36449 TAGGCACCATAAACTTTGT-TTCTCATAAGGATACA-TGATATTGACGCTTTGGTTTCGTAAGAA 316 TAGGCACCATAAACTTTGTCTTCTCATAAGGATACACT-ATATTAATGCTTTGGTTTCGTAAGAA * * * * * * 36512 AGGCTTTCTTGTCACCAGTATCTATAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAATGAGACAAACGAAGATT 380 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TTTCTTTTGCATGGAAATCTTTTCTTTGCTCTATTTTCATTAATTTC-AAATTCATCCCTTAATT 66 TTTCTTTTCCATTGAAATCTTTTCTTTGCCCTATTTTCCTTAATATCAAAATTCATCCCTTAAAT * * * * * * * * 43576 ACGATAAGCATCGATTCTCGTAAGAGTCTCCATTCTTTTCGAGATTG-GGAGCTAAGAA-CACAT 131 ATGACAAGCATCAATTCTCATAAAAGTCTCCACTCTTTTCAAGATTGAGAAGC-AA-AAGCACAT * * * * 43639 TCCCTTCATTAGGATACATGACATTGATGCTTTAGTGTTGCAAGAAAAAGTTTTCTTTCCACCGT 194 TCCCTTCATTAGGATACATGACATTGATGCTTTGGTATCGCAAGAAAATGTTTTCTTTCCACCGT * * * * * * * * * 43704 TTTTGATTGAAGTAAAGTTTGTCTGTTAGATAGGACAAACAAGAATAGTCACGCTAGTCCCCATT 259 TTTTGATAGAAGTAAAGTTTGTCTCTTAAATAAGACAAACATGAATTGTCATGCTAATCCCCACT * * * 43769 CTTTTCACAATTAGGCACCATAAACATTGTCTTCTCATAA-GATACAGGATATTGATGCTTTGGT 324 CTTTTCACGATTAGGCACCATAAACTTTGTCTTCTCATAAGGATACACGATATTGATGCTTTGGT * * * 43833 TTCGTAAGAAAGGCTTTCTTACCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCATACCTCAAATGAGACA 389 TTCGTAAGAAAGGCTTTCTTGCCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAATGAGACA 43898 AACGAGGATTCTAGTAATGATCT 454 AACGAGGATTCTAGTAATGATCT ** * * * 43921 TCA-TCATTTTGTGAAAAGGCACTATAAACACATTCTCCTTAATAGGATAAATGATATTAACGAT 1 TCATTCATTTTGTGATTAGGCACTATAAACACATTCTCCTCATTAGGATAAACGATATTAACGAT 43985 TTTCTTTTCCATTGAAATCTTTTCTTTGCCCTATTTTCCTTAATATCAAAATTCATCCCTTAAAT 66 TTTCTTTTCCATTGAAATCTTTTCTTTGCCCTATTTTCCTTAATATCAAAATTCATCCCTTAAAT * * * 44050 ATGACAAGCATCAATTCTCATAAAAGTCTCCGCTCTTTCCAAGATTGAAAAGCAAAAGCACATTC 131 ATGACAAGCATCAATTCTCATAAAAGTCTCCACTCTTTTCAAGATTGAGAAGCAAAAGCACATTC ** * * 44115 AATTCATTAGGATACATGACATTGATAG-TTTGGAATCGCAAGAAAA-GTTTTTCTTTCCACCAT 196 CCTTCATTAGGATACATGACATTGAT-GCTTTGGTATCGCAAGAAAATG-TTTTCTTTCCACCGT * 44178 TTTTGATAGAAGTAAAGTTTGTCTCTTAAATAAGAC-AACATGAATTGTCATGCCAATCCCCACT 259 TTTTGATAGAAGTAAAGTTTGTCTCTTAAATAAGACAAACATGAATTGTCATGCTAATCCCCACT * * * * 44242 CTTTTCACGACTAGGCACCACAAACTTTGGCTTCTCATAAGGATTCACGATATTGATGCTTTGGT 324 CTTTTCACGATTAGGCACCATAAACTTTGTCTTCTCATAAGGATACACGATATTGATGCTTTGGT * * 44307 TTCGTAAGAAAGGCTTTCTTGCCACCAACTTTTGTAAAGTCTAAATTCGTGCCTCAAATGAGACA 389 TTCGTAAGAAAGGCTTTCTTGCCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAATGAGACA 44372 AACGAGGATTCTAGTAATGATCT 454 AACGAGGATTCTAGTAATGATCT * * 44395 TCATTCATTTTGTGATTAGGGACTATAAACACATTCTCCTCTTTAGGATAAACGATATTAACGAT 1 TCATTCATTTTGTGATTAGGCACTATAAACACATTCTCCTCATTAGGATAAACGATATTAACGAT * * * * 44460 TTTCTTTTTCCCTTGAAA-CTTTTCTTTGCCCTGTTTTCCTTAATATCAAAATTCGTGCCTTAAA 66 TTTC-TTTTCCATTGAAATCTTTTCTTTGCCCTATTTTCCTTAATATCAAAATTCATCCCTTAAA * * * * * 44524 TACGACAAGCATCAATTCTCAAAAAAGTCCCCACCCTTTTCAAGATT-----G-ATAAGCA-A-- 130 TATGACAAGCATCAATTCTCATAAAAGTCTCCACTCTTTTCAAGATTGAGAAGCAAAAGCACATT * * ** * 44580 ------A-TAGGATACATGACATTAATGCTTTGGTATCGCAAGAAAAGGTTTTCTTTCTGCCATT 195 CCCTTCATTAGGATACATGACATTGATGCTTTGGTATCGCAAGAAAATGTTTTCTTTCCACCGTT * 44638 TTTGATAGAAGT-AAGTTTGTCTCTTAAATAAGACAAACATGAATTGTCAGGCTAATCCCCACTC 260 TTTGATAGAAGTAAAGTTTGTCTCTTAAATAAGACAAACATGAATTGTCATGCTAATCCCCACTC * * 44702 TTTTCACGATTAGGCACCATAAACGTTGTCTTCTCATAAGGATACACGATATCGATGCTTTGGTT 325 TTTTCACGATTAGGCACCATAAACTTTGTCTTCTCATAAGGATACACGATATTGATGCTTTGGTT * * ** * 44767 TCATAAGAAAGGCTTTCTTGCCACCAATTTCTACAAAGTCTAAGCTCGTGCCTCAAATGAGACAA 390 TCGTAAGAAAGGCTTTCTTGCCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAATGAGACAA 44832 ACGAGGATTCTAGTAATGATCT 455 ACGAGGATTCTAGTAATGATCT * * 44854 TCATTCATTTTGTGATTAGGCACTATAAACACATTCTCCTCAGTAGGATAAATGATATTAACGAT 1 TCATTCATTTTGTGATTAGGCACTATAAACACATTCTCCTCATTAGGATAAACGATATTAACGAT * 44919 TTT-TTTT-GATTGAAATCTTTTCTTTGCCCTATTTTCCTTAATATCAAAATTCATCCCTTAAAT 66 TTTCTTTTCCATTGAAATCTTTTCTTTGCCCTATTTTCCTTAATATCAAAATTCATCCCTTAAAT * * * 44982 ATGACAATCATCAATTCTCATAAAAGTCTCCGCTCTTTTCAAGATTGAGAAGCAAAAGCACATGC 131 ATGACAAGCATCAATTCTCATAAAAGTCTCCACTCTTTTCAAGATTGAGAAGCAAAAGCACATTC * * * * * * 45047 CCTTTATTAGGATACATGACATTGACGTTTTGGAATCGCAACAAAA-GTTTTCTTTCCATCGTTT 196 CCTTCATTAGGATACATGACATTGATGCTTTGGTATCGCAAGAAAATGTTTTCTTTCCACCGTTT * * * * * * 45111 TTGATAGAA-TAAAGTATATTTCTTAAATAAGATAAACACGAATTGTCATGCCAATCCCCACTCT 261 TTGATAGAAGTAAAGTTTGTCTCTTAAATAAGACAAACATGAATTGTCATGCTAATCCCCACTCT * * 45175 TTTCACGATTAGGCACCATAAACTTTGTCTTCTCATAGGGATACACGATATTGATGCGTTGGTTT 326 TTTCACGATTAGGCACCATAAACTTTGTCTTCTCATAAGGATACACGATATTGATGCTTTGGTTT * * * * * * * * * 45240 TGTAAGAAAAGCTTTATTGCCACTAATTTTTGTAAAGTCGAAGTTCGTGGCTTAAATAAGGCAAA 391 CGTAAGAAAGGCTTTCTTGCCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAATGAGACAAA * 45305 CGAGGATTCCAGTAATGATCT 456 CGAGGATTCTAGTAATGATCT * * 45326 TC-TTCCATTTTGTGATTTGGCACTATAAACACATTCTCCTCATTAGGAT-AACGATATTGACGA 1 TCATT-CATTTTGTGATTAGGCACTATAAACACATTCTCCTCATTAGGATAAACGATATTAACGA * * * * * * 45389 TTTTTCCTTTGCATTGAAAACTTTTCTTTGCCTTATTTTCCTTAATATCGAAATTCAGCCCTTAA 65 -TTTTCTTTTCCATTGAAATCTTTTCTTTGCCCTATTTTCCTTAATATCAAAATTCATCCCTTAA * * * * 45454 TTATGACAAGCAT-AGATTCTTC-TAAGAGTCTCCAATCTTTTCGAGATTTG-GAA-CTAAGAA- 129 ATATGACAAGCATCA-ATTC-TCATAAAAGTCTCCACTCTTTTCAAGA-TTGAGAAGC-AA-AAG * * * * * 45514 CACATTCCCTTCATCAGGATACAAGACATTGATGCTATGGTATCGCAAGAAAA-GATTTCCTTCC 189 CACATTCCCTTCATTAGGATACATGACATTGATGCTTTGGTATCGCAAGAAAATG-TTTTCTTTC * * * * * ** * 45578 CACTGTTTTTTATAGAAGTAAAGTTTATCACCTAAATAAGACAAACAAT-AATACTCATGCTAGT 253 CACCGTTTTTGATAGAAGTAAAGTTTGTCTCTTAAATAAGACAAAC-ATGAATTGTCATGCTAAT * * * * * 45642 CCCCATTCTTTTCACGATTAGGCAGCATAAACATCGTCTTCTCATAAGGATACACAATATTGATG 317 CCCCACTCTTTTCACGATTAGGCACCATAAACTTTGTCTTCTCATAAGGATACACGATATTGATG * * * * 45707 CTTTGG-TTCGTAGGAAAGGCTTTCTTGCCACCAATTTCTGCAAAGTCTAAGTTCGTGCCCCAAA 382 CTTTGGTTTCGTAAGAAAGGCTTTCTTGCCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAA 45771 TGAGACAAACGAGGATTCTAGTAATGATCT 447 TGAGACAAACGAGGATTCTAGTAATGATCT * * * * 45801 TCATTCATTTT-TGATTAGGCACTATAAACACATTCTCCTCAGTAGGATGAATGATACTAACGAT 1 TCATTCATTTTGTGATTAGGCACTATAAACACATTCTCCTCATTAGGATAAACGATATTAACGAT * 45865 TTT-TTTTTCATTGAAATCTTTT-TTTGCCCTATTTTCCTTAATATCAAAATTCATCCCTTAAAT 66 TTTCTTTTCCATTGAAATCTTTTCTTTGCCCTATTTTCCTTAATATCAAAATTCATCCCTTAAAT * 45928 ATGACAATCATCAATTCTCATAAAAGTCTCCACTCTTTTCAAGATTGAGAAGCAAAAGCACATTC 131 ATGACAAGCATCAATTCTCATAAAAGTCTCCACTCTTTTCAAGATTGAGAAGCAAAAGCACATTC * * * * 45993 CTTTTATTAGGATACATGACATTGATTGCTTTGGAATCGCAAGAAAAGGTTTTCTTTCCACCGTT 196 CCTTCATTAGGATACATGACATTGA-TGCTTTGGTATCGCAAGAAAATGTTTTCTTTCCACCGTT * * * * 46058 ATTGATAGAAGTAAAGTTTGTCTCTTAAATAAGGCAAACATGAATTGTCATGCTAATCCCCTCCC 260 TTTGATAGAAGTAAAGTTTGTCTCTTAAATAAGACAAACATGAATTGTCATGCTAATCCCCACTC * * * * 46123 TTTTCACGATTAGGCATCATAAAATTTGTCTTCTCATAAGGATACACGATATTGACGCTTTGGAT 325 TTTTCACGATTAGGCACCATAAACTTTGTCTTCTCATAAGGATACACGATATTGATGCTTTGGTT * * * 46188 TCGTAAGAAAGGCTTTCTTGCCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCGAAGGAGGCAA 390 TCGTAAGAAAGGCTTTCTTGCCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAATGAGACAA * * 46253 ACGAGGATTCTAGTAAAGATCC 455 ACGAGGATTCTAGTAATGATCT * * * * 46275 TCATTCATTTTGTGATTAAGCACTATAATCACATTCTCCTCATTAGGATAAACGATATTGATGAT 1 TCATTCATTTTGTGATTAGGCACTATAAACACATTCTCCTCATTAGGATAAACGATATTAACGAT * * * * * 46340 TTTCTTTTCCATTGAAATCTTTTCTTTGCACTGTTTTACATAATATCAAAATTCATCCCATAAAT 66 TTTCTTTTCCATTGAAATCTTTTCTTTGCCCTATTTTCCTTAATATCAAAATTCATCCCTTAAAT * * * * 46405 ATGACAAGCATCAATTCTCGTGAAAGTCTCCACTCTTTTCGAGATTGGGAAGCAAAAGCACATTC 131 ATGACAAGCATCAATTCTCATAAAAGTCTCCACTCTTTTCAAGATTGAGAAGCAAAAGCACATTC * * * * * * * 46470 CCTTTATTAAGATACCTGACATAGATGCTTTGGTGTTGCAAGAAAATGTTTTCTTTCCACTGTTT 196 CCTTCATTAGGATACATGACATTGATGCTTTGGTATCGCAAGAAAATGTTTTCTTTCCACCGTTT * * * 46535 TTCATAGAA--AAAGTTTGTCTCTTAAATAAGACAAACGTGAATTGTTCATGCTAATCCCCATTC 261 TTGATAGAAGTAAAGTTTGTCTCTTAAATAAGACAAACATGAATTG-TCATGCTAATCCCCACTC * * 46598 TTTTCATGATTAGGCACCATAAGCTTTGTCTTCTCATAAGGATACACGATATTGATGCTTTGGTT 325 TTTTCACGATTAGGCACCATAAACTTTGTCTTCTCATAAGGATACACGATATTGATGCTTTGGTT * 46663 TCGTAACAAAGGCTTTCTTGCCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAATGAGACAA 390 TCGTAAGAAAGGCTTTCTTGCCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAATGAGACAA * 46728 ACGAGGATCCTAGTAATGATCT 455 ACGAGGATTCTAGTAATGATCT * * 46750 TCATTCTTTTTGTGATTAGGCACTATAAACACATTCTCCTCATTAGGATAAACGATATTCACGAT 1 TCATTCATTTTGTGATTAGGCACTATAAACACATTCTCCTCATTAGGATAAACGATATTAACGAT * * * * * * * * 46815 TTTCTTTTGCATAGAAATCTTTTTTTTTCCCCTATTTTCCCTAATATCGAAATTCATCGCTTAAT 66 TTTCTTTTCCATTGAAATC-TTTTCTTTGCCCTATTTTCCTTAATATCAAAATTCATCCCTTAAA * * * * * ** * 46880 TATGACAAGCATCGATTCTCGTAAGAGTATCCATTCCTTTTTGAGATTG-GGAGCTAAGAA-CAC 130 TATGACAAGCATCAATTCTCATAAAAGTCTCCACT-CTTTTCAAGATTGAGAAGC-AA-AAGCAC * * * * * 46943 ATT-CCTTCATTAGGATACCTAACA-TCATGCTTTGGCATCGCAAGAAAATGTTTTCTTT-CACT 192 ATTCCCTTCATTAGGATACATGACATTGATGCTTTGGTATCGCAAGAAAATGTTTTCTTTCCACC * * 47005 GTTTTTTATAGAA-AAAAGTTTGTCTCTTAAATAAGAC-AACATGAATTGTCATGCTAATCCCCA 257 GTTTTTGATAGAAGTAAAGTTTGTCTCTTAAATAAGACAAACATGAATTGTCATGCTAATCCCCA * * * * 47068 -TTTTTTCATGATTAGGCACCATAAACTTTGTCTTCTCGTAAGGATACACGATATTGATGTTTTG 322 CTCTTTTCACGATTAGGCACCATAAACTTTGTCTTCTCATAAGGATACACGATATTGATGCTTTG * * * * 47132 GTTTCATAAGAAAGGCTTTTTTGCCACCAATTTTTGT-AAGTCGAAGTTCGTGCCTTAAATGAGA 387 GTTTCGTAAGAAAGGCTTTCTTGCCACCAATTTTTGTAAAGTCTAAGTTCGTGCCTCAAATGAGA * 47196 C-AA--A--A--CTAGTAATGATGT 452 CAAACGAGGATTCTAGTAATGATCT * * * * * 47214 TCATTCTTTTTGTGATTAGGCACTATAAACACATTCTCCTCATTAGTATAAAACGAT-CTCACAA 1 TCATTCATTTTGTGATTAGGCACTATAAACACATTCTCCTCATTAGGAT-AAACGATATTAACGA * * * * 47278 TTTTCTTTT-GAGTGGAAATCTTTTCTTTGCCCTATTTTCCCTAATATCAAAATTCATCCGTTAA 65 TTTTCTTTTCCA-TTGAAATCTTTTCTTTGCCCTATTTTCCTTAATATCAAAATTCATCCCTTAA * * * * * 47342 ATATGACAAGCATCGATTCTCATAAGAGTCTCCATTCTTTT-GAGATTG-GGAGCTAAGAA-CAC 129 ATATGACAAGCATCAATTCTCATAAAAGTCTCCACTCTTTTCAAGATTGAGAAGC-AA-AAGCAC * * * * * 47404 ATTCCTTTCATTAAGATACCTGACATTGATGCTTTAGTGTCGCAAAGAAAATGTTTTCT 192 ATTCCCTTCATTAGGATACATGACATTGATGCTTTGGTATCGC-AAGAAAATGTTTTCT 47463 CTTAAATAAA Statistics Matches: 5251, Mismatches: 580, Indels: 178 0.87 0.10 0.03 Matches are distributed among these distances: 456 6 0.00 457 88 0.02 458 23 0.00 459 291 0.06 460 2 0.00 461 24 0.00 462 24 0.00 463 92 0.02 464 97 0.02 465 7 0.00 466 1 0.00 468 2 0.00 469 6 0.00 470 3 0.00 471 103 0.02 472 461 0.09 473 570 0.11 474 1312 0.25 475 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