genome.fa.s2446.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2446
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  94522

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5720--5784	14	4.6	14	88	7	80	84	7	7	0	0.77
6768--7555	55	14.3	55	91	4	1170	28	30	20	20	1.98
7006--7094	29	3.2	29	67	20	89	28	33	19	19	1.96
7035--7289	26	9.3	26	62	18	81	29	31	19	20	1.97
8149--8186	13	3.2	13	82	17	55	78	0	5	15	0.91
8188--8244	21	2.7	21	94	0	96	31	10	17	40	1.84
8300--8367	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
8321--8345	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
8302--8364	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
8407--8432	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8387--8453	33	2.0	33	88	0	98	26	14	14	43	1.85
10900--10981	28	2.9	28	80	7	87	25	31	15	26	1.96
12109--12161	21	2.5	22	82	11	67	75	5	3	15	1.13
12113--12161	20	2.4	20	86	10	64	77	4	4	14	1.06
13410--13450	22	1.9	21	85	14	57	51	12	9	26	1.70
14919--15229	130	2.4	130	81	9	341	33	13	27	26	1.93
15188--15264	28	2.8	28	90	4	111	24	16	32	25	1.96
15246--15363	51	2.3	51	84	7	150	30	11	27	29	1.92
17684--17757	20	3.7	19	87	7	103	41	13	16	28	1.86
17776--17801	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
19428--20046	326	1.9	326	98	0	1193	26	21	25	27	1.99
22806--22926	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22806--22946	52	2.7	52	85	4	187	29	17	19	34	1.94
22935--22959	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
23001--23083	33	2.4	35	84	8	116	40	10	12	36	1.77
23038--23103	20	3.7	20	69	26	74	34	13	12	39	1.82
23023--23100	33	2.4	33	100	0	156	33	11	12	42	1.79
23893--24019	67	1.9	68	81	4	159	39	11	24	25	1.88
24032--24644	49	12.7	49	85	5	840	30	18	26	25	1.98
24721--24791	35	2.1	35	89	2	108	39	8	28	23	1.84
24799--24885	27	3.1	29	82	8	99	19	18	33	28	1.95
24866--25416	34	17.5	34	75	14	406	29	14	35	20	1.92
24861--25416	65	8.8	62	77	16	368	30	14	35	20	1.92
24832--25420	222	2.7	216	85	8	765	29	14	34	21	1.93
24832--25327	155	3.2	153	82	10	541	29	14	34	21	1.93
25451--25846	31	12.7	31	74	8	286	29	16	28	25	1.97
25451--25741	94	3.1	94	92	4	457	30	16	28	24	1.97
25451--25847	30	12.8	30	74	12	309	29	16	28	24	1.97
26799--26830	16	2.0	16	93	0	55	0	6	9	84	0.78
33957--34077	52	2.3	52	94	0	206	29	16	17	36	1.92
33958--34097	52	2.7	52	85	4	167	30	16	18	34	1.93
35150--35760	49	12.7	49	85	5	804	30	18	26	25	1.98
35797--36059	30	8.7	30	78	9	182	25	15	30	28	1.96
35820--35911	35	2.7	35	83	5	116	38	10	29	21	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38621--38657	18	2.0	19	89	5	58	78	2	18	0	0.87
38716--38758	20	2.2	20	100	0	86	48	4	23	23	1.69
39996--40043	22	2.2	22	100	0	96	37	43	4	14	1.65
41212--41237	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
41194--41257	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
42126--42192	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
45815--45864	24	2.3	20	74	25	57	36	4	12	48	1.59
45823--45872	24	2.1	24	100	0	100	32	8	12	48	1.69
46561--46586	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
46543--46606	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
47044--47110	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
48484--48678	82	2.4	81	80	8	200	33	23	7	36	1.82
54232--54289	27	2.3	25	80	11	73	56	1	0	41	1.09
54240--54292	27	2.0	27	88	7	81	58	0	0	41	0.98
55207--55239	15	2.1	16	88	5	50	21	0	3	75	0.93
55682--55722	20	2.0	20	86	9	57	43	0	2	53	1.13
55706--55737	15	2.2	14	94	5	55	65	0	0	34	0.93
56409--56456	12	3.3	15	83	16	50	41	0	2	56	1.11
56388--56485	35	2.9	34	77	18	96	41	0	2	56	1.11
56407--56485	34	2.3	36	83	12	96	40	0	2	56	1.12
67328--67361	2	17.0	2	87	0	50	55	0	0	44	0.99
67328--67357	12	2.5	12	100	0	60	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67942--67972	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
71454--71503	19	2.6	19	84	12	75	44	4	4	48	1.40
71683--71739	19	3.0	19	82	7	71	33	0	12	54	1.38
71751--71797	21	2.4	19	82	10	58	42	6	0	51	1.27
71956--72029	21	3.6	21	68	15	55	44	2	4	48	1.35
72010--72059	14	3.9	13	80	16	52	60	0	2	38	1.09
72476--72608	5	27.2	5	66	15	64	54	0	2	43	1.12
72509--72560	16	3.1	17	75	10	54	48	0	0	51	1.00
73493--73540	24	2.0	24	88	4	71	43	0	2	54	1.12
73933--73994	16	3.9	16	75	8	63	48	27	11	12	1.76
73916--73996	32	2.5	32	71	0	81	44	27	12	16	1.83
74161--74192	14	2.3	15	84	15	50	56	0	0	43	0.99
74167--74194	14	2.0	14	100	0	56	57	0	0	42	0.99
74921--74968	16	3.0	16	93	0	78	37	0	0	62	0.95
74927--74979	16	3.3	16	84	5	54	39	1	1	56	1.21
75089--75139	21	2.5	20	81	12	59	37	3	7	50	1.50
75592--75630	10	3.9	10	79	0	51	53	0	7	38	1.30
75636--75689	25	2.1	26	86	10	76	53	0	0	46	1.00
76367--76437	24	3.0	24	73	6	74	50	0	0	49	1.00
79801--79843	20	2.1	21	86	4	61	51	0	0	48	1.00
82343--82392	2	24.5	2	95	4	91	50	0	2	48	1.12
82803--82833	15	2.1	14	94	5	53	45	12	9	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90550--90587	20	1.9	20	84	10	51	26	5	7	60	1.46
91069--91135	30	2.2	31	91	5	109	23	17	11	46	1.82
92765--92827	33	1.9	32	83	3	81	31	15	12	39	1.85
92794--92856	19	3.3	18	81	12	81	38	15	12	33	1.86
92885--92917	13	2.5	13	90	0	57	36	15	15	33	1.88

Tables:   1

The End!