genome.fa.s2449.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2449
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  81665

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 95 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
352--683	124	2.7	125	83	10	374	43	1	2	52	1.23
644--717	27	2.8	26	78	13	80	45	0	4	50	1.20
487--712	114	2.0	111	83	11	280	45	1	2	50	1.24
855--901	22	2.1	22	88	7	69	61	0	2	36	1.08
1500--1553	27	1.9	29	82	14	69	48	3	0	48	1.19
1921--1990	19	3.8	20	75	19	71	48	0	0	51	1.00
1917--1990	26	2.7	26	80	15	87	47	0	0	52	1.00
1928--1990	18	3.4	20	81	12	73	49	0	0	50	1.00
2025--2056	13	2.5	13	94	0	55	46	0	0	53	1.00
1915--2061	54	2.7	55	74	13	135	42	1	2	54	1.20
2010--2055	18	2.5	18	85	3	56	43	0	0	56	0.99
2327--2358	16	2.1	15	94	5	55	37	3	12	46	1.57
10305--10339	17	2.1	17	94	0	61	60	25	0	14	1.35
11628--12016	153	2.5	153	81	3	433	40	16	15	27	1.88
14369--14525	67	2.4	67	82	5	176	49	14	19	17	1.80
14439--14876	66	6.6	67	80	6	430	43	13	21	21	1.87
14495--14598	34	3.1	34	70	20	110	43	12	22	22	1.86
14507--14875	197	1.9	198	87	1	553	43	12	21	21	1.86
14502--14876	131	2.9	130	82	4	432	43	13	21	21	1.86
14786--14986	108	1.9	108	83	8	266	45	13	20	20	1.85
14720--15050	174	1.9	174	85	3	452	44	13	21	20	1.86
14913--15063	66	2.3	66	81	2	187	45	13	21	19	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15564--15914	75	4.7	74	75	11	277	43	11	15	28	1.83
15628--15940	76	4.1	76	78	8	302	43	12	17	26	1.84
15624--15940	152	2.1	151	83	8	387	44	11	17	26	1.83
15647--15989	76	4.6	75	76	4	181	44	14	15	26	1.84
16281--16468	60	3.1	60	78	7	202	45	19	16	18	1.85
17275--17723	112	3.9	112	76	12	388	36	10	15	36	1.83
18309--18355	18	2.6	18	80	6	51	10	12	8	68	1.40
23556--23648	47	2.0	47	95	0	168	60	4	15	20	1.52
25213--25589	154	2.4	153	80	3	414	42	16	16	24	1.88
26050--26109	31	1.9	31	89	0	93	51	16	6	25	1.68
26315--26344	11	2.6	12	89	10	53	26	0	0	73	0.84
27107--27144	18	2.1	18	100	0	76	44	15	5	34	1.69
27245--27278	5	6.8	5	100	0	68	82	0	0	17	0.67
35727--35855	52	2.5	52	93	0	222	28	17	17	36	1.93
35864--35888	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
35931--36028	19	5.8	18	67	28	72	37	16	11	34	1.84
35929--36026	32	3.0	32	90	1	160	36	16	11	35	1.84
36869--37257	43	8.1	52	75	16	206	34	16	22	26	1.95
37038--37106	22	3.2	22	64	32	58	30	18	21	28	1.97
36940--37302	43	8.0	43	82	11	440	31	17	23	26	1.97
36883--37297	92	4.5	92	90	3	611	32	17	23	26	1.96
37297--37564	33	8.2	33	89	4	411	20	17	33	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37290--37564	65	4.3	65	88	4	414	20	17	33	29	1.95
37290--37564	97	2.8	95	89	7	428	20	17	33	29	1.95
37546--37667	36	3.5	33	77	14	111	31	10	35	22	1.89
37546--37849	34	9.1	35	77	12	245	30	12	36	21	1.90
37579--37819	31	7.4	31	77	14	172	29	12	36	21	1.90
37601--37855	98	2.6	96	83	5	311	30	12	36	20	1.90
37583--37827	132	1.9	127	87	7	359	30	12	36	20	1.90
37732--37854	61	2.0	61	95	0	219	31	13	34	20	1.91
37766--37825	27	2.2	27	90	0	93	28	13	38	20	1.90
37846--38040	31	6.3	30	74	9	151	28	16	30	24	1.97
37852--38040	61	3.0	62	87	4	265	29	16	29	24	1.97
38984--39038	26	2.1	26	83	6	67	0	14	7	78	0.96
39289--39329	18	2.3	18	91	4	66	0	0	12	87	0.53
39289--39329	13	3.1	14	89	6	59	0	0	12	87	0.53
39289--39333	15	2.9	16	81	18	67	0	0	13	86	0.57
39300--39339	18	2.1	18	86	9	53	2	2	10	85	0.80
44704--44884	52	3.5	52	96	0	335	28	17	18	35	1.94
44893--44917	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
44962--45022	19	3.5	19	75	25	80	39	16	11	32	1.84
44979--45048	13	4.9	13	80	19	86	34	15	14	35	1.88
44962--45035	32	2.3	32	100	0	148	37	16	12	33	1.85
44979--45068	45	2.0	46	95	2	164	34	16	13	35	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45400--45515	51	2.3	51	96	0	214	35	10	25	28	1.89
45502--45573	28	2.6	28	86	0	99	31	16	26	25	1.96
45529--45766	79	3.0	79	76	4	262	32	12	26	28	1.92
45529--45746	81	2.7	81	79	4	226	32	12	26	28	1.93
47365--47423	16	3.7	16	76	0	55	15	13	28	42	1.85
47559--47600	19	2.2	19	83	8	50	33	0	0	66	0.92
47627--47664	18	2.1	18	90	0	58	50	0	2	47	1.15
48322--48351	16	1.9	15	93	6	51	26	16	3	53	1.59
49327--49379	15	3.1	18	73	18	58	60	1	0	37	1.08
49316--49377	17	3.8	16	72	17	56	58	1	0	40	1.08
49779--49817	4	9.5	4	83	5	51	25	0	5	69	1.09
49813--49889	25	3.3	23	75	10	75	54	1	1	42	1.16
49979--50015	16	2.3	17	86	9	51	54	0	5	40	1.24
50614--50665	20	2.5	21	93	3	88	40	11	17	30	1.85
50614--50685	21	3.5	19	85	14	83	38	12	18	30	1.87
53140--53242	52	2.0	51	82	1	125	29	25	8	36	1.86
53183--53449	79	3.4	78	76	6	277	31	24	8	35	1.85
53261--53514	79	3.2	80	74	8	259	29	25	9	35	1.88
53183--53560	159	2.4	158	84	3	474	29	25	9	35	1.87
65169--66364	611	2.0	612	94	0	2126	33	16	16	33	1.92
67269--67355	32	2.7	32	81	0	93	13	13	26	45	1.81
67500--67586	31	2.9	31	73	19	76	41	2	1	55	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69271--69338	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
69273--69335	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
69292--69316	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
71759--72096	51	6.4	52	69	13	201	30	25	12	31	1.92
72026--72204	80	2.2	82	86	2	272	28	27	14	29	1.95
72165--72236	28	2.6	28	88	0	99	22	34	19	23	1.96
72080--72315	108	2.2	106	83	5	278	25	29	16	27	1.97

Tables:   1

The End!