genome.fa.s2466.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2466
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  145712

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1191--1261	29	2.5	29	79	6	74	4	25	0	70	1.05
1215--1276	23	2.6	24	78	19	67	3	29	0	67	1.06
1220--1270	23	2.3	22	86	10	68	3	29	0	66	1.09
1199--1295	19	5.4	19	70	14	55	3	27	1	68	1.11
4486--4598	34	3.2	34	72	18	95	24	10	24	39	1.87
4453--4608	72	2.2	71	79	9	172	25	12	21	41	1.87
4611--4759	34	4.3	34	81	5	111	33	6	22	36	1.81
4493--4658	75	2.3	72	84	5	199	27	10	23	39	1.87
4537--4687	75	2.0	75	80	5	171	30	7	23	37	1.84
4626--4826	105	1.9	104	83	7	255	31	6	22	39	1.81
4664--4820	34	4.5	34	81	6	154	31	7	21	40	1.80
6671--6726	21	2.7	21	94	0	94	44	14	14	26	1.83
7859--7911	20	2.7	20	77	16	56	37	3	0	58	1.16
9700--9741	22	2.0	21	90	4	66	40	4	4	50	1.45
11556--11662	22	4.9	22	72	2	81	35	12	3	48	1.58
11620--11662	21	2.0	21	90	4	68	30	13	4	51	1.62
14269--14309	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
16539--16590	21	2.5	20	78	9	59	23	3	3	69	1.22
17952--18029	21	3.7	21	89	1	111	34	8	16	39	1.80
18066--18162	19	5.8	18	69	27	79	36	12	17	34	1.87
18067--18169	32	3.2	32	97	0	188	34	12	18	33	1.89
18086--18142	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18186--18227	21	2.0	21	100	0	84	42	9	19	28	1.82
18214--18239	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
20746--20917	51	3.4	50	87	5	229	27	29	13	30	1.94
20848--21228	79	4.9	78	83	4	464	26	26	14	33	1.94
20848--21228	155	2.4	155	91	3	593	26	26	14	33	1.94
21162--21328	51	3.3	49	83	1	163	26	25	15	32	1.96
21208--21328	51	2.4	51	90	0	188	27	27	15	29	1.96
22833--22881	25	1.9	25	87	4	71	75	2	0	22	0.90
23946--23985	20	2.0	20	95	0	71	47	5	12	35	1.63
23968--24046	39	2.0	39	85	0	104	43	3	11	41	1.59
24262--24389	67	1.9	66	85	4	177	38	9	19	32	1.84
24395--24595	94	2.2	93	82	4	235	44	7	14	32	1.75
27132--27187	20	2.8	20	94	0	94	39	10	10	39	1.75
31040--32307	27	44.2	28	87	5	802	22	16	34	26	1.95
30994--31816	32	27.5	31	87	4	767	18	18	33	28	1.95
30994--31969	64	16.6	58	84	7	789	20	17	33	28	1.96
31799--32372	82	7.0	82	89	1	857	29	13	33	23	1.93
31799--32372	27	21.0	27	88	2	817	29	13	33	23	1.93
40415--40489	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
40412--40489	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
45744--45795	20	2.7	20	90	3	79	30	19	19	30	1.96
45739--45795	19	2.9	19	86	2	78	31	19	17	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45840--45870	13	2.4	13	94	0	53	32	16	16	35	1.91
45824--45890	33	2.0	33	86	11	93	34	13	19	32	1.91
51232--51294	32	1.9	33	90	3	101	28	17	12	41	1.86
51259--51315	19	2.9	19	86	2	78	33	15	15	35	1.90
51360--51390	13	2.4	13	94	0	53	32	16	16	35	1.91
51344--51410	33	2.0	33	86	11	93	34	13	19	32	1.91
52536--52870	167	2.0	167	90	3	523	40	16	17	25	1.90
54851--55175	79	4.1	79	78	4	289	33	14	25	26	1.95
55132--55207	28	2.7	28	87	0	107	26	22	30	21	1.99
55052--55456	101	3.9	105	80	11	256	31	13	27	27	1.94
55191--55456	51	5.2	50	88	6	374	30	10	27	30	1.91
55187--55456	101	2.7	101	94	0	459	30	11	28	30	1.91
57758--57831	20	3.7	19	78	7	76	43	12	17	27	1.84
57847--57876	13	2.3	13	94	0	51	40	16	16	26	1.90
61155--61200	18	2.6	18	83	10	58	41	0	0	58	0.98
61398--61423	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
61586--61612	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
68708--68749	16	2.6	17	81	11	61	42	0	0	57	0.99
69059--69092	16	2.1	16	94	0	59	61	0	2	35	1.11
74891--75115	52	4.3	51	82	6	265	21	13	29	35	1.92
74891--75115	104	2.2	104	84	4	294	21	13	29	35	1.92
83413--83443	16	1.9	16	93	0	53	22	9	9	58	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83917--83974	30	1.9	30	89	3	89	27	0	0	72	0.85
83927--83980	25	2.2	25	86	6	74	22	0	0	77	0.76
87373--87471	45	2.2	45	87	0	144	27	1	16	55	1.47
87401--87501	45	2.2	45	81	6	116	29	1	14	53	1.52
89778--89835	19	3.1	18	83	11	80	34	13	17	34	1.89
89779--89834	20	2.8	20	86	7	80	32	14	17	35	1.90
89866--89930	33	2.0	33	84	6	87	36	13	15	33	1.87
97503--97527	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
97483--97549	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
97623--97751	52	2.5	52	93	0	222	34	17	17	30	1.94
102765--103362	34	18.8	33	75	17	411	20	33	13	32	1.92
102770--103296	90	5.6	90	77	13	425	20	33	13	32	1.91
102896--103326	61	6.8	62	81	11	450	20	34	13	31	1.92
103000--103362	100	3.7	98	82	8	425	19	33	13	33	1.91
103364--103507	32	4.5	32	80	3	166	29	31	16	21	1.95
103498--103685	43	3.8	49	75	12	163	26	25	15	32	1.96
103705--104530	49	17.0	49	82	9	928	24	25	17	33	1.96
103715--104472	92	7.9	93	85	8	736	24	25	17	32	1.97
103715--104472	193	3.9	193	84	9	853	24	25	17	32	1.97
104106--104472	141	2.6	140	89	4	555	25	23	17	32	1.97
104390--104729	52	6.1	54	72	13	208	25	24	13	37	1.92
104485--104611	67	1.9	68	88	1	193	23	25	11	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105368--105392	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
105454--105478	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
105487--105663	52	3.4	52	95	0	309	35	16	19	28	1.94
108730--108780	20	2.5	20	87	6	68	37	13	17	31	1.89
110076--110184	50	2.2	50	86	6	159	35	11	22	29	1.90
112658--112771	50	2.3	51	89	3	178	43	13	14	28	1.83
113483--113684	41	4.8	41	83	4	215	39	14	23	22	1.91
113671--113842	61	2.7	63	81	7	206	28	15	26	29	1.96
113942--114124	41	4.4	42	78	9	160	40	16	21	20	1.91
114111--114399	59	4.7	60	83	5	296	26	17	27	28	1.98
114187--114471	59	4.7	59	82	3	293	28	17	26	28	1.97
114117--114426	120	2.5	121	78	10	326	27	17	27	27	1.97
118541--118694	83	1.9	83	81	2	193	37	12	15	35	1.85
125726--125833	54	2.0	54	88	0	162	44	13	9	32	1.76
125982--126031	20	2.5	20	83	6	57	30	16	12	42	1.84
125866--126081	113	1.9	113	82	4	267	29	15	15	38	1.89
128719--128775	20	2.8	20	89	5	80	33	12	7	47	1.68
133519--133740	80	2.8	81	80	1	257	28	25	10	35	1.89
133518--133765	80	3.1	80	77	8	236	28	24	10	36	1.89
136581--136627	17	2.7	18	78	21	55	48	2	4	44	1.34
140742--140774	9	3.3	10	87	12	50	27	0	3	69	1.03
141397--141458	27	2.3	27	82	2	79	41	12	0	45	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141397--141470	27	2.7	27	79	8	69	41	12	0	45	1.41
144121--144204	23	3.7	23	71	15	59	40	1	1	57	1.14
145588--145620	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00

Tables:   1

The End!