genome.fa.s2471.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2471
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  183824

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7457--7483	13	2.1	13	100	0	54	14	22	22	40	1.90
10896--10960	33	2.0	33	84	6	87	20	12	12	55	1.68
10953--11024	32	2.2	34	78	14	89	29	19	8	43	1.80
11078--11155	32	2.4	32	86	0	111	20	25	12	41	1.88
15477--15501	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
15455--15521	33	2.1	33	88	2	100	32	13	17	35	1.89
15553--15605	20	2.6	21	78	3	63	28	16	13	41	1.86
15593--15629	12	2.9	13	88	8	58	35	13	16	35	1.88
17592--17642	20	2.4	21	87	9	68	3	25	50	19	1.64
18280--18305	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
24244--24271	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
24323--24375	20	2.6	21	78	3	63	30	16	13	39	1.87
24363--24387	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
26562--26594	6	5.5	6	100	0	66	69	0	15	15	1.19
27107--27141	17	1.9	19	88	11	56	40	0	0	60	0.97
30469--30531	20	3.1	20	90	2	90	38	12	19	30	1.89
34470--34611	62	2.3	62	92	2	232	29	21	16	31	1.96
37234--37289	21	2.7	21	91	2	87	37	14	10	37	1.81
38794--38861	33	2.1	32	86	8	93	32	13	19	35	1.90
38934--38958	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
47508--47533	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
47486--47553	33	2.1	33	86	8	95	33	11	17	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
47586--47638	20	2.6	21	84	3	72	28	15	15	41	1.87
47626--47650	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
49782--49818	19	1.9	19	100	0	74	43	10	5	40	1.63
49830--49867	20	1.9	20	94	0	67	28	10	15	44	1.80
54256--54281	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
55865--55889	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
55937--55988	20	2.6	20	90	0	86	34	15	15	34	1.89
58139--58191	19	2.7	20	91	2	90	35	15	18	30	1.92
58180--58204	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
58161--58223	32	1.9	32	87	3	90	36	15	17	30	1.91
65399--65430	3	10.7	3	93	0	55	28	34	0	37	1.57
67090--67142	19	2.7	20	88	2	81	35	13	18	32	1.90
68074--68121	23	2.2	21	82	17	55	75	4	12	8	1.18
68867--68918	20	2.7	20	90	3	79	28	11	21	38	1.88
68952--69004	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
68992--69016	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
70795--70820	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
70976--71009	8	4.2	8	100	0	68	61	23	0	14	1.33
75309--75335	3	9.0	3	100	0	54	33	33	0	33	1.58
76979--77031	20	2.6	21	84	3	72	28	16	15	39	1.89
77019--77043	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
78528--78577	19	2.5	20	87	3	66	34	14	18	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
82276--82356	25	3.4	25	77	16	109	35	0	27	37	1.57
83302--83335	17	2.1	16	94	5	59	67	20	11	0	1.21
84757--84796	20	2.0	20	95	0	71	42	10	12	35	1.76
87228--87451	97	2.3	96	81	3	254	30	25	10	33	1.90
91090--91114	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
91183--91209	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
97370--97405	13	2.8	13	91	0	54	36	19	11	33	1.87
100822--100854	16	2.1	16	94	0	57	24	15	15	45	1.84
100856--100881	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
100961--101086	33	3.8	33	94	0	216	38	17	14	30	1.89
100961--100985	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
100974--101071	20	5.6	20	65	30	71	37	18	14	29	1.90
101478--102933	159	9.2	158	71	10	572	36	12	17	33	1.87
101433--103882	158	15.7	160	70	12	778	36	12	17	33	1.88
109660--109738	28	2.9	27	72	12	72	59	6	21	12	1.55
110921--111239	158	2.0	159	80	10	357	38	13	17	30	1.88
111650--111675	12	2.2	12	100	0	52	53	0	30	15	1.42
112821--113111	159	1.8	160	79	8	342	37	11	16	34	1.85
116866--116918	20	2.7	20	94	2	90	35	7	9	47	1.64
116945--117003	20	2.8	22	82	12	63	42	15	8	33	1.77
117030--117093	19	3.7	19	74	23	77	43	15	7	32	1.76
117013--117095	32	2.6	32	94	0	139	40	16	7	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117392--120040	158	16.8	157	70	11	950	37	11	17	33	1.86
117573--118161	156	3.8	152	78	9	469	38	12	16	32	1.87
117551--118624	313	3.4	314	76	6	852	38	12	17	32	1.87
118699--118753	27	2.0	28	92	3	94	27	10	18	43	1.83
121440--121720	144	2.0	144	84	2	377	29	15	22	32	1.95
125126--125225	51	2.0	51	84	4	130	32	26	8	34	1.85
125158--125407	79	3.2	80	80	4	276	30	26	12	30	1.92
125369--125437	29	2.4	28	83	4	84	24	27	15	31	1.96
125288--125519	107	2.2	107	83	5	299	28	26	13	31	1.94
125212--125590	186	2.0	187	81	3	442	28	26	12	31	1.93
125396--125644	79	3.1	79	85	1	320	28	25	12	33	1.93
125160--125651	265	1.9	266	84	5	674	29	26	12	32	1.92
125913--125964	22	2.4	20	73	17	50	13	1	17	67	1.32
128115--128189	27	2.7	27	84	12	100	22	32	18	26	1.97
128143--128346	79	2.6	79	88	0	302	25	27	15	30	1.96
140744--140813	16	4.5	16	78	7	74	85	10	1	2	0.76
140744--140815	21	3.5	20	80	12	76	86	9	1	2	0.74
140744--140815	28	2.6	27	82	8	92	86	9	1	2	0.74
140744--140832	28	3.2	28	81	10	87	84	7	5	2	0.85
140754--140832	37	2.2	36	86	6	106	84	7	6	1	0.82
140744--140815	1	72.0	1	73	0	54	86	9	1	2	0.74
141840--142077	94	2.5	94	91	1	361	26	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142002--142428	55	7.5	54	79	11	365	27	26	20	26	1.99
141994--142428	110	3.8	112	81	8	427	26	26	19	26	1.99
142024--142436	61	7.1	61	79	12	354	26	26	19	27	1.99
142398--142691	45	7.0	41	71	18	144	19	23	12	44	1.84
142398--142737	83	4.0	85	77	7	311	19	24	12	43	1.85
142431--142756	42	7.7	42	73	10	218	20	23	12	43	1.86
142427--142692	41	6.2	41	72	9	192	18	22	11	46	1.81
142778--143009	61	3.8	61	77	12	233	25	25	20	27	1.99
142984--143073	38	2.4	38	96	0	162	18	31	16	33	1.94
143016--143376	41	8.6	41	74	7	226	20	24	13	41	1.88
142218--143273	577	1.8	573	83	6	1371	22	25	15	36	1.93
142984--143376	82	4.7	81	75	11	282	20	25	13	40	1.89
146419--146515	51	1.9	51	87	8	144	34	23	7	35	1.83
146499--146554	28	2.0	29	85	3	78	23	28	16	32	1.96
146505--146575	28	2.6	27	86	8	90	22	29	16	30	1.96
146530--146783	79	3.2	77	85	4	328	25	27	16	31	1.96
149460--149509	25	1.9	25	84	8	64	64	0	0	36	0.94
156568--156612	4	12.0	4	81	9	51	57	0	0	42	0.98
156568--156612	22	2.0	23	95	4	83	57	0	0	42	0.98
158376--158420	20	2.2	20	96	0	81	31	24	15	28	1.96
158449--158504	19	2.9	19	81	2	67	35	12	17	33	1.88
163361--163434	20	3.7	19	82	7	94	40	14	13	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164995--165046	20	2.6	20	84	0	77	38	13	19	28	1.89
171147--171228	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
171211--171381	51	3.3	51	79	4	198	32	11	26	29	1.92
171364--171439	27	2.8	28	84	6	93	22	21	32	23	1.98
173908--173933	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
173887--173953	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
173970--174056	18	5.2	17	76	23	96	39	12	11	36	1.80
173992--174016	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
173974--174050	31	2.4	33	87	10	106	37	14	12	35	1.84
174093--174118	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2