genome.fa.s248.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold248
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  125214

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6--9971	476	21.1	474	81	4	10374	31	18	13	35	1.90
10482--10548	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
11006--11031	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
10986--11049	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
13016--13174	84	1.9	84	83	7	207	25	19	3	50	1.64
13569--13610	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
14702--14768	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
15303--15367	33	2.0	33	84	0	85	44	15	12	27	1.82
15683--17376	475	3.6	470	83	5	2088	32	17	12	37	1.88
17694--17718	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
17706--17758	20	2.6	21	76	8	56	39	15	15	30	1.87
23974--24011	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
24398--24442	20	2.1	22	88	8	67	24	48	22	4	1.68
24651--24721	23	3.0	24	76	12	92	29	19	19	30	1.97
25843--25886	21	2.0	21	82	4	52	36	4	27	31	1.77
26567--26592	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
26549--26612	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
27291--30420	475	6.6	476	81	3	3508	31	18	13	36	1.90
27291--30420	947	3.3	942	85	3	3950	31	18	13	36	1.90
30671--30737	36	1.9	35	88	11	102	28	25	13	32	1.93
31196--31221	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
31176--31239	32	2.0	33	84	3	85	29	14	15	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33333--33379	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
34813--34854	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
35947--36013	36	1.9	35	88	11	102	28	25	13	32	1.93
36452--36503	19	2.7	20	84	6	70	28	13	17	40	1.87
36452--36509	19	3.0	18	80	12	62	25	12	20	41	1.87
37831--37921	46	2.0	46	88	0	137	34	14	12	39	1.83
40372--40462	46	2.0	46	91	0	146	34	15	12	38	1.84
40418--44168	476	8.0	476	80	5	3903	31	18	13	35	1.90
43757--44612	435	2.0	435	94	0	1489	30	19	14	34	1.92
47152--49594	476	5.1	475	81	4	2646	32	18	13	36	1.89
51158--51225	33	2.1	32	88	2	100	32	11	19	36	1.88
51306--51330	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
59930--59955	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
59908--59975	33	2.1	33	86	2	93	32	13	17	36	1.89
60035--60059	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
60462--65066	159	29.0	159	65	11	993	31	18	13	36	1.90
60370--65235	475	10.2	476	82	3	5273	31	18	13	36	1.90
70206--70324	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
70239--70314	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
70230--70315	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
70221--70291	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
71938--74009	473	4.4	474	81	5	2258	33	19	12	35	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71938--73998	947	2.2	945	82	4	2499	33	19	12	34	1.89
73621--74428	419	1.9	416	83	4	1043	32	18	12	36	1.88
75463--76268	419	1.9	415	83	3	1046	30	18	13	36	1.90
75880--77674	474	3.8	471	82	4	1925	31	18	13	35	1.90
77301--78106	419	1.9	415	83	3	1035	31	18	13	37	1.89
77718--79512	475	3.8	472	82	4	1913	31	18	13	35	1.90
79139--79944	419	1.9	415	84	2	1051	31	17	13	37	1.89
79556--81365	474	3.8	474	81	4	1911	31	18	13	36	1.90
80991--81765	400	1.9	396	81	3	937	31	18	13	36	1.90
81387--83171	475	3.8	472	81	4	1893	31	18	13	35	1.90
82798--83603	419	1.9	415	84	2	1051	31	17	13	37	1.89
83215--85010	475	3.8	474	82	4	1914	31	18	13	35	1.90
84649--85423	400	1.9	396	82	3	955	31	18	13	36	1.90
86459--87233	419	1.9	415	85	3	1081	32	18	12	37	1.88
86876--88685	474	3.8	473	82	4	1993	31	19	13	35	1.90
88299--89104	419	1.9	415	84	2	1051	31	18	13	36	1.89
88716--90523	475	3.8	472	84	3	2023	31	19	13	35	1.91
94465--94489	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
94531--94596	19	3.8	19	77	22	90	36	18	12	33	1.88
94552--94576	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
94533--94595	32	2.0	32	100	0	126	34	19	12	33	1.89
95342--95779	92	4.5	98	81	7	378	30	17	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95336--95868	49	11.1	49	74	10	364	31	16	25	26	1.97
95336--95811	141	3.3	142	81	7	457	31	17	25	25	1.97
95728--95798	21	3.3	21	67	18	65	29	18	23	28	1.98
95875--96269	28	13.7	29	81	8	355	19	18	30	31	1.96
95875--96269	85	4.6	86	80	8	385	19	18	30	31	1.96
95929--96303	30	13.0	30	81	7	300	20	17	30	31	1.96
95973--96277	115	2.6	115	90	2	468	19	17	31	31	1.95
97740--97850	1	111.0	1	69	0	69	0	2	11	84	0.77
97741--97832	43	2.1	44	90	6	143	1	1	14	83	0.76
97742--97836	35	2.7	33	81	18	113	1	1	13	84	0.74
97740--97850	54	2.1	53	86	8	154	0	2	11	84	0.77
97739--97835	44	2.2	43	90	7	151	1	2	13	83	0.79
105668--105793	52	2.4	52	97	0	234	27	19	17	34	1.95
105668--105813	52	2.8	52	92	2	213	29	19	17	33	1.95
105883--105978	19	5.7	19	73	26	108	37	18	12	31	1.88
105868--105978	32	3.5	32	98	0	213	36	18	12	32	1.88
105869--105959	13	6.1	13	71	26	65	37	17	13	31	1.88
106822--107315	49	10.1	49	78	10	485	31	17	26	25	1.97
106822--107310	141	3.4	142	84	4	577	30	17	26	25	1.97
106884--107253	92	3.9	92	81	9	349	29	18	26	25	1.98
107358--107713	28	12.4	29	80	10	335	19	16	30	33	1.94
107357--107713	85	4.2	86	84	6	381	19	16	30	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107426--107713	115	2.5	115	92	1	461	19	16	30	32	1.94
107463--107742	30	9.7	29	81	7	196	20	17	31	31	1.95
109194--109302	1	109.0	1	70	0	74	0	4	9	85	0.78
109185--109288	28	4.0	27	77	16	112	0	2	11	84	0.78
109194--109301	52	2.1	53	88	8	161	0	4	9	85	0.78
109194--109302	49	2.3	48	85	3	139	0	4	9	85	0.78
109185--109287	9	10.9	9	77	13	91	0	2	11	84	0.78
109185--109302	56	2.1	56	84	10	154	0	4	10	84	0.79
122291--122409	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
122324--122399	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
122315--122400	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
122306--122376	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52

Tables:   1

The End!