genome.fa.s2484.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2484
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  85290

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 66 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3689--3737	24	2.1	24	85	7	66	0	18	2	79	0.83
5500--5526	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
7827--7876	21	2.4	21	83	9	59	50	0	18	32	1.47
7834--7876	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
10808--10832	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
10932--10957	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
10914--10977	33	2.0	32	90	3	101	39	20	14	26	1.90
20210--20338	52	2.5	52	94	0	231	28	18	17	35	1.93
20326--20351	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
20394--20465	19	3.7	19	92	1	108	40	18	9	31	1.83
21276--21904	52	13.1	49	80	12	689	31	18	26	23	1.97
21389--21909	43	11.1	44	79	12	440	30	18	27	23	1.98
21276--21904	197	3.3	196	87	4	908	31	18	26	23	1.97
21539--21899	92	3.9	92	92	1	560	30	18	26	25	1.98
21904--21977	33	2.2	33	80	4	87	22	18	32	25	1.97
21992--22691	33	21.2	33	80	6	559	32	14	34	19	1.91
21978--22657	131	5.2	130	82	8	643	32	14	33	19	1.91
21980--22703	194	3.7	197	82	8	771	32	14	33	19	1.91
30969--31097	52	2.5	52	94	0	231	29	18	17	34	1.94
31106--31130	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
31188--31237	20	2.5	20	96	3	93	38	20	10	32	1.85
33918--33984	33	2.1	32	82	2	80	31	20	14	32	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34044--34095	20	2.7	20	90	3	79	38	21	13	26	1.90
38566--38621	19	2.9	19	81	2	58	35	14	17	32	1.90
43762--44151	53	7.4	54	71	14	201	28	25	12	33	1.92
43767--44265	264	1.9	263	87	2	725	28	26	13	32	1.93
56690--56735	5	9.8	5	86	13	71	82	17	0	0	0.67
57724--58193	55	8.3	58	84	10	543	26	29	20	23	1.99
57960--58044	26	3.2	26	64	15	64	30	35	18	15	1.92
58989--59056	19	3.9	18	76	23	83	35	11	16	36	1.85
59010--59034	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
58991--59053	32	2.0	32	96	0	117	34	12	17	34	1.88
59096--59121	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
59076--59142	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
59657--59685	10	3.0	10	95	5	51	79	20	0	0	0.74
61577--61652	27	2.8	28	82	6	93	25	31	19	23	1.98
61460--61858	105	3.8	103	71	14	267	29	26	12	32	1.92
61471--61858	54	7.4	53	71	12	210	29	25	12	32	1.92
61841--61917	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
61468--61968	265	1.9	265	90	2	810	28	26	13	31	1.94
61872--62026	79	2.0	80	85	6	217	27	27	14	30	1.95
64329--64374	20	2.2	21	81	14	51	32	0	0	67	0.91
64590--64631	17	2.5	17	80	11	50	47	0	0	52	1.00
66682--66732	19	2.7	20	78	6	61	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67546--67571	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
67610--67685	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
67631--67703	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
67610--67703	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
68321--68385	33	2.0	33	100	0	130	47	24	3	24	1.66
70179--70217	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
70203--70281	20	3.7	20	73	20	79	46	16	11	25	1.80
72295--72325	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
76381--76406	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
76445--76520	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
76466--76538	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
76445--76538	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
76931--76963	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
77198--77250	17	2.9	18	83	11	63	30	0	1	67	1.01
77941--77995	28	2.0	28	85	0	74	41	0	0	58	0.98
79946--79987	3	14.3	3	80	5	50	28	0	2	69	1.01
81710--81750	2	20.5	2	100	0	82	0	48	0	51	1.00
82193--82377	93	2.0	94	93	1	318	28	16	12	42	1.85
84225--84301	24	3.2	22	68	22	57	38	2	7	50	1.45
84229--84304	22	3.4	22	85	3	98	38	2	9	50	1.49
84725--84774	22	2.3	22	85	0	73	38	8	14	40	1.75
84849--84895	22	2.1	23	77	18	55	27	6	31	34	1.82

Tables:   1

The End!