genome.fa.s2498.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2498
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  149366

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2525--2594	27	2.5	28	86	2	88	24	34	21	20	1.97
2582--2752	52	3.3	51	79	5	200	30	25	10	32	1.90
2732--2813	28	2.9	28	83	7	96	24	32	17	25	1.96
2416--2805	211	1.8	211	88	2	604	29	27	13	30	1.94
3785--3809	13	1.9	13	100	0	50	72	20	0	8	1.10
3787--3831	23	2.0	23	87	8	67	75	20	0	4	0.97
3799--3922	16	8.2	15	70	17	71	80	14	2	2	0.91
3802--3894	5	18.8	5	71	20	54	79	17	0	3	0.86
3802--3919	13	8.8	13	72	14	71	81	13	2	2	0.90
3785--3886	32	3.0	35	74	20	108	76	18	0	4	0.96
3836--3919	1	84.0	1	74	0	60	85	9	3	1	0.76
3830--3957	18	6.7	18	73	20	84	78	14	2	4	1.02
3836--3907	20	3.7	19	80	12	76	86	11	1	1	0.71
3803--3879	31	2.4	31	82	4	91	79	16	0	3	0.88
3996--4068	22	3.1	22	70	14	56	71	17	0	10	1.14
4095--4135	21	1.9	21	90	5	64	70	17	0	12	1.16
4960--5000	21	1.9	22	90	5	66	21	17	17	43	1.87
14707--14745	16	2.4	16	78	0	51	82	7	10	0	0.86
14706--14777	24	2.8	24	82	16	83	79	9	11	0	0.95
14707--14768	33	1.9	33	86	3	90	80	9	9	0	0.90
15778--15925	27	5.2	27	80	10	170	20	37	13	29	1.91
15832--16326	34	14.9	34	78	10	490	19	33	12	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15750--16292	165	3.4	160	83	10	653	20	34	12	32	1.90
16330--16589	33	8.1	32	85	5	328	28	32	18	20	1.96
16328--16591	64	4.1	65	86	3	372	28	32	18	20	1.96
16328--16593	97	2.7	95	87	4	388	28	32	18	20	1.96
16592--16692	49	2.1	49	88	0	148	24	22	16	35	1.95
17085--17110	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
18729--18763	12	2.9	12	86	0	52	37	0	40	22	1.55
23294--23332	13	3.0	13	92	0	60	28	17	15	38	1.91
24952--24994	22	2.0	20	86	8	59	13	9	13	62	1.53
25893--25945	19	2.7	20	85	8	72	39	18	13	28	1.88
26699--26984	49	5.8	49	81	7	305	24	24	17	32	1.97
26851--26940	43	2.1	43	93	0	153	26	24	17	31	1.97
26799--26984	92	2.0	94	91	3	304	25	24	17	32	1.97
26894--27031	52	2.6	52	83	3	168	25	23	15	34	1.95
28001--28025	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
28948--28988	21	1.9	22	90	5	66	21	17	17	43	1.87
37288--37377	43	2.1	43	93	0	153	28	17	12	41	1.86
37521--37577	27	2.2	26	78	9	62	33	0	28	38	1.57
38129--38169	21	2.0	21	85	9	57	41	9	7	41	1.66
38288--38312	13	1.9	13	100	0	50	40	16	8	36	1.77
38268--38330	33	1.9	32	87	3	90	33	15	12	38	1.86
38379--38415	13	2.8	13	91	0	56	35	13	18	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39477--39618	71	2.0	71	93	2	241	36	23	11	27	1.90
39550--39643	47	2.0	47	93	0	161	36	23	13	26	1.92
43890--43915	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
44396--44432	10	3.6	10	92	7	65	32	0	0	67	0.91
44387--44439	21	2.6	21	82	11	74	37	0	0	62	0.96
44432--44490	21	2.9	21	85	7	77	40	1	0	57	1.09
44432--44474	14	2.8	16	82	17	63	37	0	0	62	0.95
44425--44492	27	2.7	25	84	6	84	41	1	0	57	1.08
45419--45455	11	3.3	11	88	7	56	2	13	2	81	0.92
46735--46760	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
46759--46821	33	1.9	32	84	12	83	34	17	12	34	1.88
47024--47076	22	2.5	22	81	9	56	43	9	7	39	1.65
47475--47520	22	2.1	21	88	11	67	34	26	4	34	1.76
47496--47556	30	2.1	30	81	3	70	34	19	6	39	1.78
55805--55899	43	2.2	44	89	10	144	37	10	4	47	1.58
58207--58267	32	1.9	32	100	0	122	32	1	13	52	1.50
58279--58323	15	2.7	18	80	19	62	60	0	0	40	0.97
58445--58504	24	2.6	23	69	21	54	53	5	0	41	1.23
59082--59111	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
59238--59268	15	2.0	16	93	6	55	54	0	6	38	1.26
60272--60313	11	3.8	11	78	12	50	73	0	26	0	0.83
60262--60316	20	2.6	21	73	23	53	70	0	27	1	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60762--60802	5	7.8	5	84	10	55	82	0	17	0	0.66
60761--60802	16	2.6	16	88	0	66	83	0	16	0	0.65
60762--60802	11	3.9	10	87	9	55	82	0	17	0	0.66
60749--60802	6	9.7	6	76	11	53	79	1	18	0	0.82
64618--64660	17	2.6	16	85	7	59	76	2	16	4	1.05
64619--64666	17	2.9	16	80	17	53	75	2	18	4	1.07
65570--65649	40	2.0	39	90	2	124	28	23	22	25	1.99
66350--66374	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
66359--66497	20	6.9	19	67	16	77	32	17	17	33	1.93
71484--71948	79	5.9	79	84	4	550	32	13	26	27	1.94
71876--72052	51	3.5	51	79	8	141	34	11	24	29	1.90
74345--74521	20	8.8	19	71	20	105	42	14	15	26	1.86
74365--74434	33	2.1	33	91	0	113	42	11	17	28	1.83
74345--74451	53	2.0	53	85	7	146	42	12	15	28	1.83
76996--77021	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
79395--79441	21	2.3	21	76	23	55	44	4	17	34	1.68
79562--79587	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
79573--79651	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
81666--81696	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
83500--83544	21	2.1	21	84	8	56	22	22	4	51	1.66
85746--85771	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
89513--89551	20	1.9	21	89	5	62	35	12	12	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89585--89640	19	2.9	19	83	2	58	35	14	14	35	1.86
90195--90250	22	2.5	22	88	5	78	23	35	1	39	1.65
92131--92156	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
95894--95925	15	2.1	15	94	0	55	46	6	12	34	1.67
98349--98417	33	2.1	33	84	10	88	39	18	10	31	1.84
98446--98497	19	2.7	20	90	3	79	34	19	15	30	1.93
98465--98530	32	2.0	33	85	8	91	36	19	15	28	1.92
102256--102306	20	2.5	21	87	3	77	35	19	5	39	1.76
103475--103808	110	3.0	112	84	5	471	41	8	11	38	1.72
106481--106572	20	4.5	20	88	2	130	40	11	17	30	1.86
110230--110254	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
116180--116205	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
116408--116432	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
123922--123984	33	1.9	32	87	9	92	39	14	12	33	1.84
126248--126295	23	2.0	24	84	11	64	62	18	4	14	1.47
127123--127178	21	2.7	21	81	15	71	17	26	1	53	1.54
129915--129939	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
129895--129961	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
130003--130027	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
130036--130159	52	2.4	52	94	1	214	35	18	17	28	1.94
134298--134324	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
144018--144123	1	106.0	1	77	0	77	85	8	3	1	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144018--144123	19	5.2	20	76	6	99	85	8	3	1	0.78
144018--144116	40	2.5	39	80	15	105	85	8	4	2	0.78
145488--145854	29	12.7	29	79	11	362	31	26	17	23	1.97
145482--145871	87	4.5	86	86	7	476	32	27	16	23	1.96
145482--145871	27	13.6	27	76	12	248	32	27	16	23	1.96
145924--146013	43	2.1	43	87	8	130	27	23	20	28	1.99
146138--146248	51	2.1	53	83	8	115	23	25	15	36	1.94
145968--146518	169	3.3	170	89	6	829	23	25	14	36	1.93
147420--147534	49	2.3	50	85	8	155	34	17	16	31	1.92

Tables:   1

The End!