genome.fa.s250.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold250
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  185408

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91--116	13	2.0	13	100	0	52	46	0	0	53	1.00
131--193	31	2.0	31	96	0	117	41	7	6	44	1.59
607--648	22	1.9	22	85	0	57	47	7	2	42	1.43
1810--1870	28	2.2	28	82	5	79	49	3	0	47	1.18
3651--4118	233	2.0	232	92	0	774	43	14	8	33	1.76
7448--7602	80	1.9	80	80	5	179	32	12	26	29	1.92
7552--7630	28	2.9	27	83	7	106	25	17	32	24	1.97
7481--7709	108	2.1	110	85	4	304	31	13	28	26	1.93
7587--7739	82	1.9	83	87	4	229	33	11	28	26	1.92
7588--8033	81	5.5	77	78	7	285	32	10	28	28	1.91
7767--8055	81	3.6	80	79	6	303	32	10	28	29	1.89
9409--9445	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
10295--10333	19	2.0	20	85	9	55	10	12	7	69	1.37
13939--14107	32	5.3	32	99	0	329	34	21	12	31	1.90
13966--14086	13	7.9	13	71	28	80	33	20	13	32	1.91
14952--15061	49	2.2	49	85	3	150	34	18	22	24	1.96
14990--15134	69	2.0	72	86	5	206	31	15	27	25	1.95
15063--15355	49	6.0	49	82	8	355	33	16	25	24	1.96
15118--15335	92	2.3	94	84	6	278	32	18	24	24	1.97
15063--15350	141	2.0	147	89	4	444	32	17	25	25	1.96
15372--15703	29	11.5	29	86	5	433	18	16	33	31	1.94
15372--15698	57	5.7	57	88	5	444	18	16	33	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15372--15706	87	3.9	87	93	1	541	19	16	33	31	1.94
17147--17177	12	2.7	12	95	5	55	0	0	19	80	0.71
24020--24050	11	2.8	11	90	0	53	74	0	0	25	0.82
24243--24268	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
26070--26200	52	2.5	53	78	8	142	30	25	9	34	1.88
26188--26259	28	2.6	28	84	4	83	23	34	18	23	1.96
26216--26447	79	2.9	79	79	4	261	27	27	13	31	1.94
26134--26338	107	1.9	108	83	1	268	27	26	15	30	1.96
38726--38821	1	96.0	1	72	0	66	85	10	4	0	0.73
38726--38821	11	8.7	11	76	13	99	85	10	4	0	0.73
38726--38821	34	2.8	35	81	10	103	85	10	4	0	0.73
39880--40715	55	14.5	55	81	10	904	26	28	21	23	1.99
39880--40765	61	15.3	59	85	5	990	26	28	21	24	1.99
40279--40361	27	3.0	27	62	10	69	27	31	21	19	1.97
39910--40715	177	4.6	175	85	6	1043	26	28	21	23	1.99
41480--41509	11	2.7	11	94	0	51	73	0	0	26	0.84
41617--41679	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
41636--41660	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
41615--41687	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
43457--43486	10	2.8	11	90	10	53	20	0	6	73	1.05
44094--44225	50	2.6	51	81	3	167	30	25	9	34	1.88
44240--44419	79	2.3	78	81	7	195	26	28	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44160--44363	107	1.9	108	82	7	254	27	28	14	29	1.95
52654--52705	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
52662--52747	19	4.7	19	72	20	76	34	16	12	36	1.87
52654--52726	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
62297--62321	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
62374--62436	19	3.7	18	72	24	64	36	15	15	31	1.90
62366--62451	32	2.7	32	90	0	145	38	16	13	31	1.88
62393--62449	13	3.9	13	74	24	51	35	15	14	35	1.88
64650--64723	29	2.5	29	91	2	121	43	0	2	54	1.14
66814--66853	18	2.3	16	84	16	53	42	2	2	52	1.28
68171--68222	20	2.7	18	75	16	50	61	13	1	23	1.42
70330--70363	2	17.0	2	93	0	59	0	52	0	47	1.00
70366--70401	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
71015--71046	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
71513--71558	16	3.0	16	75	21	53	39	0	0	60	0.97
71516--71557	22	1.9	22	85	9	59	38	0	0	61	0.96
71513--71571	31	1.9	30	86	3	82	37	1	0	61	1.07
71515--71571	15	3.8	14	76	15	51	35	1	0	63	1.05
71513--71580	31	2.3	29	80	7	73	36	1	0	61	1.05
72176--72223	15	3.3	15	74	11	55	47	0	0	52	1.00
72311--72343	13	2.5	13	95	0	57	42	0	0	57	0.98
72323--72370	25	1.9	25	86	0	69	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72374--72409	18	2.0	18	88	0	54	47	2	0	50	1.15
72624--72682	19	3.1	19	72	15	59	52	1	0	45	1.10
73633--73670	12	3.1	12	85	7	58	57	7	0	34	1.28
81682--81723	17	2.5	17	84	3	50	14	4	21	59	1.53
82996--83029	16	2.1	16	94	0	59	41	0	0	58	0.98
85696--85875	60	3.0	59	82	5	211	7	20	31	41	1.79
85696--85878	30	6.1	30	77	9	140	7	20	31	40	1.80
86768--86805	3	13.0	3	94	5	69	34	0	0	65	0.93
87285--88615	42	31.6	42	73	5	680	33	17	29	19	1.95
87410--88615	84	14.3	84	79	5	896	33	17	29	19	1.95
87285--88576	126	10.2	125	74	7	790	33	17	29	19	1.95
87326--88615	421	3.1	420	80	3	1274	33	17	29	19	1.95
88594--88634	19	2.2	19	90	0	64	34	24	34	7	1.83
88555--88677	62	2.0	61	85	1	165	35	17	31	14	1.91
88616--88767	42	3.6	41	78	8	146	38	19	25	16	1.92
93637--93765	52	2.5	52	97	0	240	28	17	17	36	1.93
93774--93798	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
93859--93886	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
93843--93905	33	1.9	32	90	3	99	39	14	11	34	1.81
94854--95262	43	9.1	43	80	9	431	29	18	26	25	1.98
94808--95262	92	5.0	92	88	3	618	30	18	26	25	1.98
94808--95313	135	3.7	135	83	9	585	30	17	26	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95301--95467	32	5.3	32	87	7	243	16	18	35	29	1.93
95457--95576	36	3.4	36	81	10	140	34	11	32	21	1.90
95542--95600	29	2.0	30	90	3	93	27	15	32	25	1.95
97038--97085	1	48.0	1	78	0	51	0	4	6	89	0.58
97040--97084	9	4.9	9	91	5	63	0	4	6	88	0.61
110917--111045	52	2.5	52	93	0	222	31	17	16	34	1.92
111054--111078	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
111121--111185	33	2.0	32	87	3	94	40	13	10	35	1.80
123291--123515	30	7.4	30	79	9	208	6	19	31	42	1.77
123369--123503	61	2.2	60	88	1	189	8	19	31	40	1.81
123848--123880	16	2.1	16	94	0	57	12	21	27	39	1.88
124138--124175	19	2.0	19	94	0	67	50	10	21	18	1.76
124411--124445	3	11.3	3	87	6	52	28	2	0	68	1.04
126397--126450	27	2.0	28	88	3	83	24	11	12	51	1.72
126569--126609	22	2.0	22	85	9	59	43	0	4	51	1.23
133992--134042	21	2.5	21	81	9	61	39	17	15	27	1.90
140222--140259	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
142737--142793	13	4.8	13	75	20	63	35	17	14	33	1.90
142715--142811	33	2.9	32	90	6	124	37	18	14	29	1.91
142748--142811	20	3.5	20	72	27	79	35	18	15	29	1.92
142895--142943	13	4.2	13	70	24	54	32	16	16	34	1.91
145876--145915	19	2.1	19	100	0	80	22	5	10	62	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
148496--148862	155	2.4	155	75	7	359	28	14	18	37	1.91
150289--150321	16	2.1	16	94	0	57	6	6	3	84	0.84
154980--155015	2	18.0	2	100	0	72	50	0	50	0	1.00
158852--158877	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
158916--158991	21	3.7	21	78	3	100	28	15	11	43	1.83
158937--159009	20	3.6	20	77	3	92	31	17	13	36	1.89
158916--159009	41	2.3	41	100	0	188	29	17	12	40	1.86
161447--161485	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
161471--161549	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
163557--163594	15	2.5	15	91	0	58	13	21	15	50	1.78

Tables:   1   2