genome.fa.s2510.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2510
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  69001

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1439--1515	18	5.0	15	75	18	52	83	7	5	3	0.91
1464--1515	11	4.7	11	85	4	70	88	11	0	0	0.52
1464--1515	1	52.0	1	76	0	50	88	11	0	0	0.52
2694--3112	34	12.7	32	82	7	171	21	32	13	31	1.93
2695--2808	31	3.7	29	83	8	129	25	28	16	28	1.97
2779--3531	34	22.1	33	84	9	885	20	33	12	34	1.90
2779--3531	103	7.3	101	85	8	940	20	33	12	34	1.90
2772--3531	69	11.2	66	83	9	885	20	33	12	34	1.90
3534--3669	33	4.2	32	86	5	193	27	37	17	17	1.92
3545--3670	65	1.9	65	90	3	200	27	35	19	17	1.94
3675--5852	49	44.6	49	89	1	3203	24	26	17	31	1.97
3675--5919	98	22.9	98	94	1	3659	24	26	17	31	1.97
5671--5808	43	3.1	43	91	5	204	25	26	18	28	1.98
5762--5900	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
6708--6807	33	3.0	33	92	0	155	36	11	14	39	1.81
6728--6785	13	3.9	13	73	26	53	37	13	15	32	1.87
6708--6772	20	3.6	20	71	26	72	38	10	15	35	1.82
6850--6874	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
11739--12080	52	6.5	53	70	17	205	29	26	12	31	1.92
11856--11923	27	2.5	27	85	2	82	26	29	22	22	1.99
12064--12140	28	2.8	28	87	0	100	23	33	19	23	1.97
11742--12147	212	1.9	212	89	3	629	28	27	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12094--12296	78	2.6	78	79	4	212	23	30	17	28	1.97
24707--24764	16	3.6	16	83	6	73	89	6	1	1	0.61
24707--24764	1	58.0	1	78	0	62	89	6	1	1	0.61
25779--25866	29	3.1	29	61	26	71	26	35	19	19	1.95
25749--26591	55	15.3	55	90	3	1238	28	30	20	20	1.97
26439--26519	26	2.9	29	68	17	71	28	33	17	20	1.95
26415--26497	26	3.1	26	65	19	62	33	32	16	16	1.92
27112--27179	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
27114--27176	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
27133--27157	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
27219--27244	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
27199--27265	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
29604--29945	52	6.5	53	70	17	205	29	26	12	31	1.92
29721--29788	27	2.5	27	85	2	82	26	29	22	22	1.99
29929--30003	28	2.7	27	83	6	87	25	32	18	24	1.97
29607--30012	212	1.9	212	88	4	622	28	26	13	31	1.94
29667--30079	107	3.9	107	72	15	264	27	26	15	30	1.96
29959--30141	78	2.3	79	82	2	208	23	27	16	31	1.96
34771--34819	21	2.3	21	92	0	80	32	16	14	36	1.89
36281--36520	97	2.5	97	90	0	390	28	13	29	28	1.94
39394--40516	28	38.8	28	79	9	899	24	17	28	30	1.97
40479--41332	55	15.6	55	82	5	872	30	14	31	23	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40479--41332	110	7.8	108	83	3	976	30	14	31	23	1.94
40479--41329	27	31.1	27	81	4	920	30	14	31	23	1.94
48648--48788	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
48777--48801	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
48868--48892	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
49782--49939	49	3.1	49	76	7	147	35	15	24	24	1.94
49711--50104	170	2.3	171	95	2	709	36	14	24	24	1.93
50019--50386	49	7.6	49	82	9	454	31	18	25	25	1.97
50018--50386	92	3.9	93	91	5	562	31	18	25	24	1.97
50379--50518	34	4.5	31	85	8	171	14	17	38	29	1.89
50379--50517	31	4.5	32	87	9	175	14	17	38	28	1.89
50520--50774	33	7.7	33	80	12	274	32	12	35	19	1.89
50689--50748	27	2.2	27	87	0	84	28	15	38	18	1.91
50757--50793	19	1.9	19	100	0	74	13	16	48	21	1.80
50722--50828	54	2.0	54	87	7	155	27	13	39	20	1.89
50776--50977	35	5.6	35	84	5	278	33	11	32	22	1.90
50774--50980	72	2.8	73	93	0	371	33	11	32	22	1.89
50957--51099	30	4.6	31	89	4	200	30	16	28	23	1.96
50915--51109	30	6.1	31	83	10	171	35	14	28	21	1.92
59259--59399	52	2.7	52	91	2	230	31	17	17	33	1.94
59388--59412	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
59479--59503	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60393--60550	49	3.1	49	76	7	147	35	15	24	24	1.94
60322--60715	170	2.3	171	95	2	709	36	14	24	24	1.93
60630--60997	49	7.6	49	82	9	454	31	18	25	25	1.97
60629--60997	92	3.9	93	91	5	562	31	18	25	24	1.97
60990--61129	34	4.5	31	85	8	171	14	17	38	29	1.89
60990--61128	31	4.5	32	87	9	175	14	17	38	28	1.89
61131--61385	33	7.7	33	80	12	274	32	12	35	19	1.89
61300--61359	27	2.2	27	87	0	84	28	15	38	18	1.91
61368--61404	19	1.9	19	100	0	74	13	16	48	21	1.80
61333--61439	54	2.0	54	87	7	155	27	13	39	20	1.89
61387--61588	35	5.6	35	84	5	278	33	11	32	22	1.90
61385--61591	72	2.8	73	93	0	371	33	11	32	22	1.89
61473--61707	31	7.1	31	81	10	186	33	13	31	22	1.93
61385--61630	73	3.5	71	87	9	330	35	11	31	21	1.89
61524--61711	61	2.9	63	83	7	202	33	14	29	22	1.94
67718--67780	28	2.2	29	82	5	74	31	15	31	20	1.94

Tables:   1

The End!