genome.fa.s2513.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2513
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  89163

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4804--4834	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
4783--4847	33	2.0	33	87	6	96	36	13	15	33	1.87
4878--4935	19	3.1	18	83	11	80	32	15	15	36	1.89
4919--4945	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
4900--4964	32	2.0	32	84	3	85	40	15	15	29	1.88
7844--8062	79	2.8	79	80	6	264	33	14	24	27	1.94
7998--8115	51	2.3	51	82	0	137	28	14	28	27	1.95
7917--8433	131	4.0	131	81	3	548	34	13	25	27	1.93
8047--8195	80	1.9	80	84	2	201	31	14	26	27	1.95
8133--8246	51	2.2	51	88	0	165	33	13	24	28	1.93
7918--8433	128	4.0	128	80	5	518	34	12	25	27	1.93
8251--8373	51	2.4	50	81	9	133	33	13	26	26	1.94
18594--18625	13	2.4	13	94	5	55	84	12	3	0	0.74
19602--20663	59	18.3	59	87	4	1286	25	27	20	25	1.99
20222--20365	29	5.2	29	61	16	79	26	31	20	21	1.98
21435--21485	19	2.7	19	96	0	93	31	11	17	39	1.86
21537--21562	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
24024--24100	27	2.8	27	84	5	93	22	32	19	25	1.97
24063--24232	80	2.1	79	81	5	191	26	30	13	29	1.94
24166--24333	52	3.3	51	80	4	185	30	26	10	32	1.89
24346--24529	79	2.3	79	78	5	194	23	27	16	32	1.96
34399--34449	17	2.9	17	78	18	52	84	9	5	0	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34401--34448	13	3.5	13	88	11	62	83	10	6	0	0.81
35434--36672	59	21.3	59	88	4	1586	25	27	21	25	1.99
36457--36538	28	3.0	28	63	8	69	30	24	20	24	1.99
37491--37541	19	2.7	19	93	0	84	31	9	17	41	1.82
37573--37629	21	2.8	21	81	2	71	24	14	12	49	1.77
39974--40071	51	1.9	51	88	12	148	31	21	10	36	1.87
40029--40253	79	2.9	78	84	7	278	26	28	14	30	1.95
40187--40354	52	3.3	51	81	4	203	30	29	9	30	1.89
40342--40413	28	2.6	28	86	4	92	22	36	19	22	1.95
40367--40548	79	2.3	78	82	2	222	23	28	17	31	1.97
51023--51102	10	7.5	10	78	15	81	82	13	2	1	0.83
51023--51102	13	6.3	12	73	12	63	82	13	2	1	0.83
51030--51102	33	2.2	33	80	2	85	80	15	2	1	0.89
52466--52818	29	12.3	28	83	3	382	32	30	15	21	1.95
52466--52816	57	6.1	57	89	1	495	32	31	15	20	1.94
52465--52823	172	2.1	172	87	1	513	31	31	15	21	1.94
52466--52816	115	3.1	114	89	0	504	32	31	15	20	1.94
52795--52884	32	2.8	32	84	1	117	22	32	12	33	1.91
52925--53025	35	2.9	34	88	4	139	19	29	13	36	1.91
53005--53074	30	2.4	29	85	4	97	35	30	17	17	1.92
53109--53274	49	3.4	49	79	6	169	27	26	15	30	1.96
53086--53274	95	1.9	97	84	6	249	26	25	15	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53285--53415	50	2.7	50	85	4	169	20	22	20	35	1.96
54222--54307	19	4.7	19	73	20	76	36	15	16	32	1.90
54264--54288	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
54245--54315	32	2.2	32	97	0	133	33	14	16	35	1.89
55868--55893	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
55850--55913	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
58113--58162	21	2.3	21	80	10	57	56	4	18	22	1.58
62201--62246	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
64356--64381	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
64338--64401	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
70401--70425	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
70434--70553	52	2.3	52	92	4	199	34	18	17	30	1.94
73679--73716	13	2.9	13	88	0	58	31	18	13	36	1.89
74158--74199	20	2.1	20	90	0	66	19	45	26	9	1.80
76204--76228	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
76317--76342	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
76297--76364	33	2.1	32	86	8	93	35	16	14	33	1.89
79148--79711	286	2.0	285	92	0	948	24	22	18	34	1.96
80553--80609	22	2.6	22	88	0	87	36	12	22	28	1.90
81688--81770	13	6.3	13	78	17	75	83	4	10	1	0.86
81710--81768	31	1.9	30	80	13	59	84	5	10	0	0.76
81710--81762	16	3.4	16	82	7	65	84	5	9	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81710--81770	15	4.1	15	77	8	70	85	4	9	0	0.74
82932--83102	87	2.0	85	80	8	195	22	22	12	42	1.87
83118--83409	88	3.3	87	79	4	309	20	24	16	38	1.92
82950--83286	44	7.7	44	70	12	156	21	23	15	40	1.90
82951--83268	132	2.4	130	75	7	311	20	22	15	40	1.90
83356--83547	88	2.2	86	79	7	199	20	25	13	41	1.88
87271--87395	52	2.4	52	93	0	205	27	17	18	36	1.93
87271--87415	52	2.8	51	87	4	193	28	17	18	35	1.94
87404--87428	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
87493--87517	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
88572--88639	21	3.1	21	64	22	50	29	19	27	23	1.98
88398--89085	43	14.8	45	76	16	572	30	17	26	25	1.97
88438--89082	92	7.0	92	83	8	789	29	17	26	25	1.98
88615--89080	141	3.3	140	82	11	601	29	17	26	26	1.98
89080--89163	32	2.7	32	90	1	134	20	20	33	26	1.97

Tables:   1

The End!