genome.fa.s2543.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2543
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  160039

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
335--386	24	2.2	24	82	0	59	28	0	1	69	0.99
357--387	5	6.4	5	92	7	55	19	0	0	80	0.71
341--387	19	2.5	19	79	10	51	27	0	0	72	0.85
357--387	14	2.1	15	94	5	55	19	0	0	80	0.71
7061--7111	2	26.0	2	92	4	77	45	0	3	50	1.20
7196--7251	23	2.6	21	80	8	67	14	10	1	73	1.18
7203--7245	23	1.9	22	90	4	68	18	13	0	67	1.23
7205--7264	21	3.2	19	74	25	56	20	11	0	68	1.20
12357--12390	14	2.4	14	95	0	59	50	8	2	38	1.49
15019--15058	20	2.0	20	85	4	55	62	7	0	30	1.23
15178--15355	72	2.5	72	83	3	216	55	7	1	35	1.38
15960--16067	16	7.2	16	77	15	90	53	0	0	45	1.06
15964--16022	10	5.5	11	71	15	52	55	0	0	44	0.99
15948--16030	32	2.6	32	84	5	107	55	0	1	43	1.07
20220--20254	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
27193--27228	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
27248--27279	17	1.9	16	93	6	55	75	0	25	0	0.81
27244--27290	21	2.3	20	85	10	60	76	0	23	0	0.78
27250--27305	15	3.7	15	73	21	55	75	0	25	0	0.81
27438--27483	12	3.9	12	85	5	58	17	0	10	71	1.13
27438--27481	23	1.9	23	85	0	61	18	0	9	72	1.10
30474--30519	19	2.4	18	82	7	56	15	2	8	73	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34117--34699	88	6.7	88	77	6	544	38	12	17	31	1.87
34193--34343	81	1.9	81	85	0	212	37	13	18	29	1.90
34128--34698	176	3.3	172	82	5	652	38	12	16	31	1.87
36568--36720	79	1.9	79	86	0	216	33	9	26	30	1.88
36681--36752	28	2.6	29	84	6	94	29	18	29	23	1.97
36707--37067	79	4.6	78	93	2	569	29	14	28	27	1.95
37023--37094	27	2.6	27	86	6	92	20	18	33	27	1.96
36944--37175	107	2.2	108	85	5	319	27	15	28	28	1.96
36865--37332	185	2.5	186	92	1	760	28	14	28	28	1.95
37051--37256	78	2.6	79	84	6	267	27	14	29	28	1.95
37208--37283	27	2.8	28	88	9	104	21	19	34	25	1.96
39729--39778	21	2.5	21	87	6	68	36	16	10	38	1.82
40417--40520	42	2.5	39	77	13	109	42	9	28	19	1.82
40521--40636	42	2.7	42	80	6	110	43	15	20	20	1.88
40661--40826	61	2.8	60	85	3	208	24	16	30	27	1.97
40660--40846	61	3.2	58	80	7	175	23	17	29	28	1.97
41126--41207	27	3.0	27	60	3	65	24	21	25	28	1.99
40870--41475	110	5.2	110	86	7	644	25	21	28	25	1.99
40866--41479	61	10.5	60	90	4	790	25	21	28	25	1.99
42455--42511	16	3.5	16	90	9	89	0	1	10	87	0.61
42455--42511	1	57.0	1	75	0	51	0	1	10	87	0.61
42455--42511	17	3.5	17	90	7	91	0	1	10	87	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42462--42508	6	8.5	6	88	11	66	0	0	12	87	0.55
52827--52853	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
56206--56326	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
56206--56346	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
56335--56359	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
56425--56449	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
56403--56469	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
57301--58228	49	18.9	49	89	4	1386	31	17	26	23	1.97
57301--58228	199	4.7	197	92	3	1437	31	17	26	23	1.97
58235--58271	19	1.9	19	94	0	65	16	16	45	21	1.84
58254--58912	34	19.7	33	81	13	726	32	12	33	21	1.91
58254--58912	70	9.8	66	88	7	735	32	12	33	21	1.91
58697--58884	62	3.0	62	92	0	306	32	13	32	21	1.92
58828--58945	30	3.8	31	84	4	121	31	16	28	22	1.96
59884--59915	16	2.0	16	93	0	55	0	6	9	84	0.78
60156--60225	13	5.5	13	81	5	90	0	0	11	88	0.51
60156--60225	1	70.0	1	76	0	68	0	0	11	88	0.51
67098--67218	52	2.3	52	94	0	215	29	18	17	34	1.94
67098--67238	52	2.7	51	87	4	203	31	17	17	33	1.94
67227--67251	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67317--67341	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
67295--67361	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69454--69904	79	5.7	79	87	2	559	31	14	27	27	1.95
69856--69928	27	2.7	27	85	6	94	21	20	34	23	1.97
72338--72363	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
78609--78868	50	5.2	50	88	1	360	31	20	18	28	1.97
83032--83291	50	5.2	50	86	1	360	32	20	18	28	1.96
84272--84568	152	2.0	152	98	0	576	31	16	22	29	1.96
85482--85525	2	22.0	2	95	0	79	50	2	0	47	1.13
88424--88452	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
89693--89736	21	2.0	22	83	16	56	45	11	6	36	1.67
89814--89853	20	2.0	20	85	9	55	35	2	0	62	1.09
90603--90650	23	2.0	24	88	4	71	18	4	8	68	1.31
90609--90663	24	2.3	23	81	9	65	16	1	12	69	1.28
91848--91872	12	2.1	12	100	0	50	32	0	8	60	1.26
92336--92379	21	2.0	22	91	4	72	38	11	13	36	1.81
98767--98804	20	2.0	20	89	5	60	23	18	0	57	1.40
98766--98808	20	2.3	18	81	14	52	27	16	0	55	1.41
101290--101358	20	3.5	20	80	4	77	39	13	8	39	1.75
103465--103516	5	10.2	5	82	17	63	42	0	1	55	1.10
104169--104201	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
105864--105900	19	1.9	19	88	0	56	59	5	0	35	1.20
105901--105938	20	1.9	20	84	10	51	50	5	2	42	1.39
106329--106372	3	14.7	3	100	0	88	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
108533--108573	22	1.9	22	85	5	57	17	4	9	68	1.35
108535--108586	23	2.3	22	81	18	63	15	1	11	71	1.23
116323--116443	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
116323--116463	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
116452--116476	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
116541--116565	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
117507--118081	49	11.9	49	83	5	715	31	17	25	25	1.97
117516--118081	98	5.9	96	89	2	806	31	18	25	25	1.97
118074--118152	32	2.5	31	90	8	124	17	15	37	29	1.90
118224--119042	33	24.7	33	81	11	823	32	12	35	19	1.89
118134--119046	127	6.8	131	82	11	824	32	12	35	20	1.89
118607--119016	37	11.8	34	84	9	503	32	11	35	20	1.88
119979--120021	22	2.0	22	82	13	54	60	2	16	20	1.46
121224--121270	21	2.2	21	85	7	60	29	4	8	57	1.48
124452--124489	20	1.9	19	89	5	58	10	15	13	60	1.59
125263--125316	20	2.7	20	76	0	54	42	16	9	31	1.80
127427--127483	5	11.2	5	83	16	73	42	0	1	56	1.10
130807--130845	18	2.1	19	85	4	53	43	2	0	53	1.14
131506--131530	13	1.9	13	100	0	50	52	8	8	32	1.60
131887--131934	22	2.2	22	84	0	60	27	4	4	64	1.30
131901--131934	11	3.1	11	82	0	50	29	0	2	67	1.05
132135--132179	22	2.1	22	91	4	74	28	8	0	62	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
133174--133226	15	3.9	13	83	9	54	32	1	0	66	1.03
133174--133219	15	3.1	15	84	6	58	30	2	0	67	1.03
133210--133267	24	2.4	24	74	5	64	43	0	0	56	0.99
133336--133361	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
137276--137323	20	2.3	21	85	3	62	27	2	14	56	1.50
137276--137327	21	2.5	20	87	3	68	26	1	13	57	1.47
138756--138868	20	5.7	21	67	22	64	54	0	0	44	1.06
138724--138886	79	2.0	80	91	3	267	54	0	3	41	1.22
142609--142654	15	3.1	15	75	15	51	41	10	2	45	1.51
146113--146169	19	2.9	21	80	15	77	31	14	19	35	1.91

Tables:   1   2