genome.fa.s255.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold255
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  220819

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66--100	17	2.0	18	88	5	54	22	5	0	71	1.07
65--114	20	2.4	22	77	16	61	26	6	0	68	1.13
2868--2901	17	2.1	17	88	5	52	41	17	8	32	1.80
5417--5511	35	2.6	37	78	6	97	54	2	3	40	1.28
5512--5566	25	2.3	25	78	6	69	52	0	0	47	1.00
5546--5574	7	4.1	7	100	0	58	58	0	0	41	0.98
8050--8109	30	2.0	30	90	0	93	26	11	18	43	1.84
11158--11199	12	3.3	12	90	6	57	66	2	2	28	1.16
11823--11867	23	2.0	23	86	0	63	62	11	6	20	1.50
14238--14263	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
14981--15052	36	2.0	36	97	0	135	40	23	2	33	1.69
16835--16872	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
18952--18982	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
23045--23070	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
24739--24799	30	2.0	30	100	0	122	50	9	13	26	1.72
29721--29777	30	1.9	30	92	0	96	31	21	19	28	1.97
32148--32174	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
32360--32394	14	2.4	15	90	4	54	74	5	20	0	1.02
32426--32483	22	2.4	25	83	16	70	72	1	18	6	1.16
32426--32486	24	2.5	26	81	10	74	70	1	19	8	1.21
33711--33756	24	2.0	24	82	4	58	56	4	0	39	1.19
34436--34538	51	2.0	51	94	0	179	30	4	22	42	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35205--35255	2	26.0	2	96	4	95	0	50	0	49	1.00
36256--36297	18	2.3	18	91	0	66	42	4	2	50	1.36
37037--37075	20	2.0	20	84	0	51	51	7	7	33	1.59
39194--39247	20	2.6	21	85	2	65	38	9	18	33	1.83
40392--40452	8	7.6	8	80	14	63	83	1	1	13	0.79
40392--40453	10	5.9	10	78	17	63	82	1	1	14	0.83
40511--40560	15	3.3	15	72	10	57	68	4	16	12	1.35
42008--42180	79	2.2	79	83	4	215	28	26	13	31	1.94
50455--51605	28	40.5	28	81	8	735	26	15	31	27	1.96
50444--51076	58	10.8	61	81	8	269	22	17	30	30	1.96
51051--51571	27	19.0	27	82	5	519	29	14	31	24	1.94
51051--51602	165	3.3	163	83	3	658	30	14	30	24	1.94
52924--52965	16	2.5	17	76	7	50	2	14	14	69	1.30
56104--56130	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
56180--56233	20	2.7	20	85	5	65	33	11	16	38	1.84
57718--57744	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
57774--57840	33	2.0	33	91	5	109	37	13	16	32	1.88
57788--57820	13	2.5	13	95	0	57	36	15	15	33	1.88
59620--59670	21	2.4	21	93	0	84	50	13	27	7	1.69
64003--64027	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
66503--66542	13	2.9	14	88	7	64	37	15	12	35	1.85
66574--66647	20	3.7	20	100	0	148	33	14	20	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68907--69437	28	18.5	28	81	5	569	23	17	30	28	1.97
68907--69437	117	4.6	112	86	4	627	23	17	30	28	1.97
70682--70760	1	79.0	1	78	0	77	5	1	5	88	0.67
70683--70758	35	2.2	34	88	6	109	5	1	5	88	0.69
86673--87009	78	4.3	77	76	8	315	29	23	9	37	1.86
86678--87009	156	2.1	156	82	6	404	29	23	9	37	1.87
86900--87121	112	2.0	113	86	6	317	31	19	8	40	1.82
86843--87199	191	1.9	193	82	4	454	29	21	9	39	1.85
87014--87248	80	3.0	78	79	8	251	28	23	10	37	1.87
88346--88546	59	3.4	59	74	10	185	29	9	10	49	1.69
88452--88539	29	3.0	29	75	8	97	27	7	14	50	1.71
88464--88585	59	2.1	59	81	6	140	29	11	13	45	1.78
88840--88934	41	2.3	41	85	5	129	42	14	11	31	1.82
89072--89120	2	24.5	2	100	0	98	0	48	0	51	1.00
90823--90875	18	3.1	18	67	25	51	64	1	26	7	1.31
90811--90875	33	2.0	33	93	0	112	63	3	27	6	1.33
90811--90861	15	3.2	15	73	24	50	62	3	29	3	1.31
91741--92137	51	7.6	51	72	4	290	29	26	11	32	1.92
91858--91934	28	2.8	28	83	0	82	23	33	19	23	1.97
91741--92137	52	7.6	51	71	8	269	29	26	11	32	1.92
91743--92247	262	1.9	262	95	0	902	28	26	13	31	1.93
92150--92384	79	3.0	78	78	8	251	25	27	14	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93372--93468	43	2.3	42	84	8	117	37	14	17	30	1.90
96397--96442	22	2.0	23	88	12	69	52	0	4	43	1.21
97332--97375	23	2.0	23	81	4	54	29	15	11	43	1.82
98774--98799	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
98752--98817	32	2.0	33	91	8	107	27	12	15	45	1.81
101346--101383	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
103464--103494	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
107541--107593	22	2.6	21	91	8	83	26	11	13	49	1.75
108095--108160	27	2.3	29	82	10	84	36	1	6	56	1.34
108199--108243	14	3.2	14	77	0	54	26	11	0	62	1.29
111199--111237	11	3.5	11	82	0	51	5	20	7	66	1.36
111809--111851	16	2.7	16	82	10	52	30	2	6	60	1.35
113822--113875	16	3.4	16	79	5	65	44	24	14	16	1.85
113814--113876	32	2.0	32	90	6	101	41	23	15	19	1.90
114349--114423	21	3.5	21	82	7	105	46	18	8	26	1.77
114340--114428	44	2.0	44	100	0	178	44	17	12	24	1.83
114526--114564	11	3.5	11	83	16	53	53	2	0	43	1.14
114810--114857	17	2.9	17	81	3	53	43	8	0	47	1.33
118869--118992	62	2.0	62	98	0	239	41	13	18	25	1.87
119493--120265	383	2.0	383	99	0	1537	35	13	16	33	1.89
124700--124741	17	2.5	17	92	0	75	40	0	2	57	1.12
124750--124812	12	5.1	12	75	9	56	69	3	1	25	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129910--129935	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
129975--130029	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
130085--130141	21	2.7	21	100	0	114	36	21	10	31	1.87
130145--130191	18	2.6	18	83	12	60	19	0	0	80	0.70
130148--130191	23	2.0	22	86	4	61	18	0	0	81	0.68
131856--132494	55	11.4	55	86	4	877	24	20	27	27	1.99
131990--132071	26	2.9	29	66	23	84	19	20	30	29	1.97
131856--132494	170	3.8	171	91	3	993	24	20	27	27	1.99
132354--132439	27	3.1	27	62	15	68	23	18	30	27	1.98
133473--133535	29	2.2	29	86	11	85	0	4	9	85	0.72
133483--133536	12	4.4	12	88	11	74	0	3	11	85	0.73
133483--133536	25	2.2	25	90	9	85	0	3	11	85	0.73
133473--133536	18	3.6	17	76	12	65	0	4	10	84	0.76
145632--145657	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
145697--145751	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
145807--145863	21	2.7	21	100	0	114	36	21	10	31	1.87
145867--145913	18	2.6	18	83	12	60	19	0	0	80	0.70
145870--145913	23	2.0	22	86	4	61	18	0	0	81	0.68
151207--151250	21	2.1	21	87	8	63	25	15	0	59	1.37
153428--153452	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
153793--153825	16	2.1	16	88	11	50	39	9	3	48	1.50
168534--168584	20	2.6	20	84	3	68	43	17	13	25	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168582--168627	20	2.3	20	92	0	74	23	23	26	26	2.00
168685--168732	23	2.2	23	85	7	64	37	6	4	52	1.46
168685--168745	21	2.8	22	79	13	65	37	9	3	49	1.52
177225--177425	93	2.2	93	99	0	393	36	13	15	33	1.87
177411--177435	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
188350--188392	21	2.0	21	95	0	77	46	0	27	25	1.53
192654--192705	13	3.5	13	73	26	50	34	19	13	32	1.90
192662--192725	19	3.7	19	76	23	86	35	18	12	32	1.89
192654--192724	32	2.2	32	100	0	142	35	19	12	32	1.90
193063--193135	20	3.7	19	81	7	67	30	16	17	35	1.92

Tables:   1   2