Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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ATTTAGAGTTTAGGGTTTATA
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1675 TTTAAGGTTT-GGG
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* *
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*
1715 TTTATA-ATTTAGGG
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*
1729 TTTAGGGTTTAG
1 TTTAAGGTTTAG
1741 CATCTTGGGA
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TTTAAGGTTTAGGG
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1783 TTAAGGGTTA
1793 GGGTTTAGGGTCTGGGGTCT
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* *
1813 GGGTCTGGGGTCTGGGGTCT
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1 GGG
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GGGTTTAGGGTCTGGGGTCT
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1790 TTAGGGTTTA
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1 GGGTCTGGGGTCTG
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1 GGGTCTGGGGTCTG
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1 GGGTCTGGGGT
1838 TTCGGGTGTT
Statistics
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GGGTCTGGGGTCTG
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1783 TTAAGGGTTA
*
1793 GGGTTTA
1 GGGTTTG
*
1800 GGGTCTG
1 GGGTTTG
*
1807 GGGTCT-
1 GGGTTTG
*
1813 GGGTCTG
1 GGGTTTG
*
1820 GGGTCTG
1 GGGTTTG
*
1827 GGGTCTG
1 GGGTTTG
*
1834 GGGTTTC
1 GGGTTTG
1841 GGGTGTT-
1 GGGT-TTG
* *
1848 -CGTTTC
1 GGGTTTG
1854 GGGTTTG
1 GGGTTTG
1861 GGGTTT-
1 GGGTTTG
1867 GGGTTTG
1 GGGTTTG
1874 GGGTTTG
1 GGGTTTG
1881 GGGTTT-
1 GGGTTTG
1887 GGGTTTG
1 GGGTTTG
1894 GGGTTTG
1 GGGTTTG
1901 GGGTTTGG
1 GGGTTT-G
1909 GGGTTTTG
1 GGG-TTTG
*
1917 GGGGTTG
1 GGGTTTG
*
1924 GGGTTGG
1 GGGTTTG
1931 GTGGTTTTG
1 G-GG-TTTG
1940 GGTGTTTG
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1948 GGGTTTGG
1 GGGTTT-G
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*
1964 GGTTTTG
1 GGGTTTG
1971 GGG-TTG
1 GGGTTTG
1977 GGGTTT-
1 GGGTTTG
1983 -GG-TTG
1 GGGTTTG
*
1988 GTGTTTG
1 GGGTTTG
1995 GGGTTTG
1 GGGTTTG
*
2002 GGTTTTG
1 GGGTTTG
*
2009 GGGGTTG
1 GGGTTTG
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1 GGG-T--TTG
2026 GGGTTTG
1 GGGTTTG
*
2033 GGATCAGGTTG
1 GG----GTTTG
2044 GCGGTTTG
1 G-GGTTTG
2052 GGGTTTG
1 GGGTTTG
2059 GGGTTTG
1 GGGTTTG
2066 GGGTTTG
1 GGGTTTG
2073 GG
1 GG
2075 TTGTTTGGGT
Statistics
Matches: 229, Mismatches: 21, Indels: 50
0.76 0.07 0.17
Matches are distributed among these distances:
4 2 0.01
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GGGTTTG
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1839 TCGGGTGTTC
1849 GTTTCGG GTTTGGG GTTTGG GTTTGGG GTTTGGG GTTTGG GTTTGGG GTTTGGG
1 GTTT-GG GTTT-GG GTTTGG GTTT-GG GTTT-GG GTTTGG GTTT-GG GTTT-GG
* * *
1903 GTTTGGGG GTTTTGGG GGTTGG GGTTGG G--TGG TTTTGGG TGTTTGGG
1 GTTT--GG G-TTT-GG GTTTGG GTTTGG GTTTGG GTTT-GG -GTTT-GG
*
1950 GTTTGG G--T-G GTTTGG GTTTTGGG GTTGGG GTTT-G G-TTGG TGTTTGGG
1 GTTTGG GTTTGG GTTTGG G-TTT-GG GTTTGG GTTTGG GTTTGG -GTTT-GG
* * * * ** *
1997 GTTTGG GTTTTGGG GGTTGG GGTT-G GTTGGG GTTTGG GATCAG GTTGGCG
1 GTTTGG G-TTT-GG GTTTGG GTTTGG GTTTGG GTTTGG GTTTGG GTTTG-G
** *
2047 GTTTGGG GTTTGGG GTTTGGG GTTTGG G-TT-- GTTTGG GTTGTTT TTTTGG
1 GTTT-GG GTTT-GG GTTT-GG GTTTGG GTTTGG GTTTGG GTT-TGG GTTTGG
* * * *
2096 TTTTGG G--T-G GTTTAGG GTTTGGG GTTTTG GTTTAG G-TTGAG GGTTGG
1 GTTTGG GTTTGG GTTT-GG GTTT-GG GTTTGG GTTTGG GTTTG-G GTTTGG
* * *
2143 GTTAGG GTTTAGG GTTTTAGGG GTTTAGG GTTT-T GTTTAGG GTTTAG
1 GTTTGG GTTT-GG G-TTT--GG GTTT-GG GTTTGG GTTT-GG GTTTGG
*
2190 GTTTAGG GTTTTGG GTTTAGT GTTTAGG GTTTTAGG GTTTAGG GTTTAGG
1 GTTT-GG G-TTTGG GTTT-GG GTTT-GG G-TTT-GG GTTT-GG GTTT-GG
* * * *
2240 GTTTAGG GTTAGG GTTTAGG GGTTAG GTTTAG GTTT
1 GTTT-GG GTTTGG GTTT-GG GTTTGG GTTTGG GTTT
2276 TTAGGGTTTA
Statistics
Matches: 335, Mismatches: 43, Indels: 85
0.72 0.09 0.18
Matches are distributed among these distances:
3 5 0.01
4 9 0.03
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9 6 0.02
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GTTTGG
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2094 GGTTTTGGGT
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1 GGTTTAG
*
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1 GGTTTAG
*
2118 GGTTT-T
1 GGTTTAG
2124 GGTTTA-
1 GGTTTAG
*
2130 GGTTGAG
1 GGTTTAG
2137 GG-TT-G
1 GGTTTAG
2142 GG-TTAG
1 GGTTTAG
2148 GGTTTAG
1 GGTTTAG
2155 GGTTTTAGG
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2164 GGTTTAG
1 GGTTTAG
2171 GGTTT--
1 GGTTTAG
*
2176 TGTTTAG
1 GGTTTAG
2183 GGTTTA-
1 GGTTTAG
2189 GGTTTAG
1 GGTTTAG
*
2196 GGTTTTG
1 GGTTTAG
2203 GGTTTAG
1 GGTTTAG
*
2210 TGTTTAG
1 GGTTTAG
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1 GG-TTTAG
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1 GGTTTAG
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1 GGTTTAG
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1 GGTTTAG
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1 GGTTTAG
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1 GGTTTAG
*
2259 GGGTTA-
1 GGTTTAG
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1 GGTTTAG
*
2272 GTTTTTAG
1 G-GTTTAG
2280 GGTTTAG
1 GGTTTAG
2287 GG
1 GG
2289 GAGCTCGAAG
Statistics
Matches: 151, Mismatches: 14, Indels: 26
0.79 0.07 0.14
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5 9 0.06
6 31 0.21
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GGTTTAG
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2093 TGGTTTTGGG
*
2103 TGGTTTAGGGTTTGGGGTTT
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*
2123 TGGTTTA-GGTTGAGGG--T
1 TGGTTTAGGGTTTAGGGTTT
*
2140 TGGGTTAGGGTTTAGGGTTT
1 TGGTTTAGGGTTTAGGGTTT
*
2160 TAGGGGTTTAGGGTTT--TGTTT
1 T---GGTTTAGGGTTTAGGGTTT
*
2181 AGGGTTTA-GGTTTAGGGTTT
1 -TGGTTTAGGGTTTAGGGTTT
*
2201 TGGGTTTAGTGTTTAGGGTTT
1 T-GGTTTAGGGTTTAGGGTTT
2222 TAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTT
1 T--GGTTTAGGGTTTAGGGTTT
* * *
2244 AGGGTTAGGGTTTAGGGGTT
1 TGGTTTAGGGTTTAGGGTTT
* *
2264 AGGTTTAGGTTTTTAGGGTTT
1 TGGTTTAGG-GTTTAGGGTTT
2285 AGGGGAGCTC
Statistics
Matches: 132, Mismatches: 17, Indels: 25
0.76 0.10 0.14
Matches are distributed among these distances:
17 7 0.05
18 13 0.10
19 13 0.10
20 44 0.33
21 25 0.19
22 19 0.14
23 11 0.08
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TGGTTTAGGGTTTAGGGTTT
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2094 GGTTTTGGGT
*
2104 GGTTTAGGGTTTGG
1 GGTTTAGGGTTTAG
*
2118 GGTTT-TGGTTTA-
1 GGTTTAGGGTTTAG
*
2130 GGTTGAGGG-TT-G
1 GGTTTAGGGTTTAG
2142 GG-TTAGGGTTTAG
1 GGTTTAGGGTTTAG
2155 GGTTTTAGGGGTTTAG
1 GG-TTTA-GGGTTTAG
*
2171 GGTTT--TGTTTAG
1 GGTTTAGGGTTTAG
2183 GGTTTA-GGTTTAG
1 GGTTTAGGGTTTAG
*
2196 GGTTTTGGGTTTAG
1 GGTTTAGGGTTTAG
*
2210 TGTTTAGGGTTTTAG
1 GGTTTAGGG-TTTAG
2225 GGTTTAGGGTTTAG
1 GGTTTAGGGTTTAG
2239 GGTTTAGGG-TTAG
1 GGTTTAGGGTTTAG
*
2252 GGTTTAGGGGTTA-
1 GGTTTAGGGTTTAG
*
2265 GGTTTAGGTTTTTAG
1 GGTTTAGG-GTTTAG
2280 GGTTTAGGG
1 GGTTTAGGG
2289 GAGCTCGAAG
Statistics
Matches: 144, Mismatches: 14, Indels: 26
0.78 0.08 0.14
Matches are distributed among these distances:
11 5 0.03
12 21 0.15
13 42 0.29
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GGTTTAGGGTTTAG
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2100 GGGTGGTTTA
* * ** *
2110 GGGTTTGGGGTTTTGGTTTA-GGTTGAGGGTT-GGGTTAGGG-TTTAGGGTTTTAG
1 GGGTTTAGGGTTTAGGTTTAGGGTTTTGGGTTAGGTTTAGGGTTTTAGGG-TTTAG
* * * * *
2163 GGGTTTAGGGTTT-TGTTTAGGGTTTAGGTTTAGGGTTTTGGG-TTTAGTGTTTAG
1 GGGTTTAGGGTTTAGGTTTAGGGTTTTGGGTTA-GGTTTAGGGTTTTAGGGTTTAG
* * *
2217 GGTTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTTAGGGTTAGGGTTTAGGG-GTTA-GGTTTAG
1 GGGTTTAGGGTTTA-GGTTTAGGGTTTTGGGTTA-GGTTTAGGGTTTTAGGGTTTAG
**
2272 GTTTTTAGGGTTTAGG
1 GGGTTTAGGGTTTAGG
2288 GGAGCTCGAA
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 14, Indels: 9
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
52 5 0.05
53 21 0.20
54 19 0.18
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56 29 0.27
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2827 TGGGTTTGTG
2837 TTAGGGT
1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
*
2858 TT-GGCT
1 TTAGGGT
*
2864 TTAGGTTT
1 TTAGG-GT
*
2872 TTCGAGG-
1 TTAG-GGT
*
2879 TTAGTGGG
1 TTAG-GGT
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1 TTAGGGT
2894 TTAGGGT
1 TTAGGGT
2901 TTAGGGT
1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
2915 TTA-GGT
1 TTAGGGT
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2931 TTAAGGGGT
1 TT-A-GGGT
2940 TTAGGGTTT
1 TTAGGG--T
2949 TTA-GGT
1 TTAGGGT
2955 TTAGGGT
1 TTAGGGT
*
2962 TAGAGGGT
1 T-TAGGGT
2970 TTAGGGTT
1 TTAGGG-T
*
2978 TTAAAGGT
1 TT-AGGGT
2986 TTAGGGT
1 TTAGGGT
2993 TTAGGGT
1 TTAGGGT
* *
3000 TGAGGTT
1 TTAGGGT
3007 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3014 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3021 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3028 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3035 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3042 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3049 TTAGGGTT
1 TTAGGG-T
3057 GTTGAGGGT
1 -TT-AGGGT
3066 TTAGGG-
1 TTAGGGT
3072 -TAGGGT
1 TTAGGGT
3078 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3085 TTAGGGTT
1 TTAGGG-T
3093 TTAGGG-
1 TTAGGGT
3099 TTAGGGGT
1 TTA-GGGT
3107 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3114 TTAGGTTGGT
1 TTA-G--GGT
3124 TTAGGG-
1 TTAGGGT
3130 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3137 TTAGTGGT
1 TTAG-GGT
3145 TTAGGG-
1 TTAGGGT
3151 TTATGGGT
1 TTA-GGGT
3159 TT-GGGT
1 TTAGGGT
3165 TTAGGGTTGT
1 TTA-GG--GT
3175 ATTAGGGTT
1 -TTAGGG-T
3184 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3191 TTAGGGGT
1 TTA-GGGT
3199 TTA--G-
1 TTAGGGT
3203 TTAGGGGGT
1 TTA--GGGT
3212 TTAGGGTT
1 TTAGGG-T
3220 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3227 TT--GG-
1 TTAGGGT
3231 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3238 TTAGGGTT
1 TTAGGG-T
3246 TGGTAGGGT
1 T--TAGGGT
3255 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3262 TTA-GGT
1 TTAGGGT
3268 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3275 TTAGTGGT
1 TTAG-GGT
3283 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3290 TTAGGGT
1 TTAGGGT
*
3297 TTAGGTT
1 TTAGGGT
3304 TTAGGG-
1 TTAGGGT
3310 TTAGGG-
1 TTAGGGT
3316 TTAGGGTT
1 TTAGGG-T
3324 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3331 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3338 TTAGGGT
1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TT-AGGGT
3360 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3367 TCTAGGCGT
1 T-TAGG-GT
3376 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3383 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3390 TTAAGGGGTT
1 TT-A-GGG-T
3400 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3407 TTAGGGT
1 TTAGGGT
*
3414 TTAGGTT
1 TTAGGGT
3421 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3428 TTAGGG-
1 TTAGGGT
3434 TTAGGG-
1 TTAGGGT
3440 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3447 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3454 TTAGGGT
1 TTAGGGT
*
3461 TTCGGGGT
1 TT-AGGGT
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1 TTAGGGT
3476 TTAGGGTT
1 TTAGGG-T
3484 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3491 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3498 TTAGGGT
1 TTAGGGT
*
3505 TTAGGTT
1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
3518 TTAGGCGT
1 TTAGG-GT
*
3526 TTAGTGT
1 TTAGGGT
3533 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3540 TTAGGGT
1 TTAGGGT
*
3547 TTCGGGT
1 TTAGGGT
3554 TTA-GG-
1 TTAGGGT
*
3559 TCAGGGT
1 TTAGGGT
3566 TTACGGGT
1 TTA-GGGT
3574 TT-GGGT
1 TTAGGGT
*
3580 TTCGGGT
1 TTAGGGT
**
3587 TTTCGGT
1 TTAGGGT
*
3594 TTCGGGT
1 TTAGGGT
3601 TTAGGGTTT
1 TTAGGG--T
3610 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3617 TTAGGG-
1 TTAGGGT
3623 TTAGGGTT
1 TTAGGG-T
3631 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3638 TTCAGGGT
1 TT-AGGGT
3646 TTAGGGT
1 TTAGGGT
*
3653 TTCGGG-
1 TTAGGGT
3659 TTAGGG-
1 TTAGGGT
3665 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3672 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3679 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3686 TT---GT
1 TTAGGGT
3690 TTAGGGT
1 TTAGGGT
3697 TTAGGGTTT
1 TTAGGG--T
*
3706 TTCGGGT
1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
3719 TTAGGGT
1 TTAGGGT
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1 TTAGGG-T
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
* *
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGG-GT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGG-T
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGG--T
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*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGG--T
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1 TTAGGG--T
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*
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*
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1 TTAGGGT
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*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGG-T
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1 TTAGGG-T
* *
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
**
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*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
*
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* *
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1 TTAGGGT
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*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGG--T
*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
* *
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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**
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*
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1 TTAGGGT
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*
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*
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGG-T
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1 TTAGGGT
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*
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1 TTAGGGT
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*
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*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
* *
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1 TTAGGGT
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*
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* *
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*
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* *
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGG-T
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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*
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
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*
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****
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*
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*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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*
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* **
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* *
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**
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*
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1 TTAGGGT
*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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*
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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1 TTAGGGT
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* *
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*
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*
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* * *
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*
12509 GGGTTGAGGGTTTA
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* *
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* *
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*
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GGGTTGAGGGTTGA
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***
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1 AGGGTTGAGGGGGG
* *
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*
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AGGGTTGAGGGGGG
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12499 GGGGTTTGGG
* * *
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** *
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12607 GGAGGGGGGAGGGTTGAGGGTGG-GGGGGAGGGGTGTGTAGGTGGTGTAGGGG
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* * * *
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1 GGAGGGGGGAGGGTTGAGGGTGGAGG-G-GGAGGGGTGTGTAGGGTGTAGGG
*
12710 GTAGGGGTGGTAGGGTTGAGGGTTGGAGGGGGA-GGGTGTG-AGGGT-TAGGG
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* *
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*
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*
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* *
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*
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*
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* *
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*
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*
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* * *
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* *
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*
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*
12696 GGTAGGGTTTAGGGG-TAGGGG
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* *
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* * **
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1 GGTAGGGTTGAGGGGTTAGGGG
*
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1 GGTAGGGTTGAGGGGTTAGG
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* *
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*
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*
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AAATATAAATAATTAAATTG
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Indices: 13598--13674 Score: 88
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13588 AAAGGAAGCC
*
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*
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1 AAA
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Indices: 17221--17478 Score: 319
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17211 TAATCAATTG
* * *
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* *
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* *
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* *
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* *
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*
17458 AAATCTATAGAATGCATAATT
63 AAATCTATAAAATGCATAATT
17479 TCATGTGAAA
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18186 ACTAATTTAA
18196 ATCCCTTAAATTAAGGACTAGTGCACCACT
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*
18226 ATCCCTTAGATTAAGGACTAGTGCACCACT
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* *
18256 CTCCCTTAAATTAAGGACTAATGCACCACT
1 ATCCCTTAAATTAAGGACTAGTGCACCACT
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1 ATC
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20122 TTCTGGAGAT
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1 TCAGGTTCAGACACATGG
**
20150 TCAGGTTTGGACACATGG
1 TCAGGTTCAGACACATGG
20168 T
1 T
20169 TCGGTGTTGT
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Indices: 21672--21707 Score: 54
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21662 ATGTACCTGT
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*
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1 AGGTTTCTCC
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1 AGGTT
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Indices: 22352--22441 Score: 144
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22342 GTTTAAATTC
*
22352 CTTAAATTAAGGACTAGTGCCCCACTATCT
1 CTTAAATTAAGGACTAGTGCACCACTATCT
* *
22382 CTTAAATTAAGGATTAGTGCACCACTATCC
1 CTTAAATTAAGGACTAGTGCACCACTATCT
*
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1 CTTAAATTAAGGACTAGTGCACCACTATCT
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Indices: 23854--23905 Score: 68
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23844 CCTAAACACA
* *
23854 TAAATCTTGAACTTTAAGCC
1 TAAATCTTAAACTTTAACCC
*
23874 TCAAATGTTAAACTTTAACCC
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1 TAAATCTTAAA
23906 GTCAAACTTT
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Indices: 24082--24121 Score: 53
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24072 AACCTAACTG
* * *
24082 TAAATCCCAAATCTCAAATCT
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24292 CCTCGAACCC
*
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*
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* *
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** *
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ACCTTAA
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* *
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** *
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* *
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*
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**
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* *
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*
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26407 ATTTAAATCA
*
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*
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* * * *
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26506 GAT
1 GAT
26509 TTAAATTAGT
Statistics
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30252 TGGTGATAAT
30262 GAGAAAGAAAAGCATGAGTTGAAGCAGAGATTAGTAAAGGAGTTTGAGATAAAAAAACTTGG
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*
30324 GAGAAAGAAAAGCATGAGTTGAAGCAGAGATTAGTAAAGGAGTTTGAGATAAAAGAACTTGG
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1 GAGA
30390 TTGAAGTACT
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Found at i:34995 original size:618 final size:619
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Period size: 618 Copynumber: 2.0 Consensus size: 619
33808 GGGTTTTAGG
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1 AGTTTCACTACCAGACTTTGCAGTCCAGTTAACATTATTGGAAATCACACTCCCCAATTTGGTAA
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*
33948 CACATCAAATTAGGCTTAAAAGTCGTTTTTTGGGTATGTCTAGTTGCTTTCCAGTGCTTTTGCAC
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34208 CTTTTCTCAATTTTCTGTTTTTCCTTATTTATATCTTTCTGGGATGCAATCCTGCTCTCTCTCCT
391 CTTTTCTCAATTTTCTGTTTTTCCTTATTTATATCTTTCTGGGATGCAATCCTGCTCTCTCTCCT
34273 TCTCTCGTTTGATCCTTATCTTCTGGATTTAGCTACTATGTCTGCTAGGGATTATTACGATATAC
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586 GGCGTCCTATGTAAATATCTTTCTGTCAGCTTCC
34437 AGTTTCACTACCAGACTTTGCAGTCCAGTTAACATTATTGGAAATCACACTCCCCAATTTGGTAA
1 AGTTTCACTACCAGACTTTGCAGTCCAGTTAACATTATTGGAAATCACACTCCCCAATTTGGTAA
34502 TTTACCATTCCCTTTTTCAGTTTCGTTTCGTTTTCTTTTTTTTTTTTT-AAAAAAAATCTTGCCA
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34566 CACATCAAATTAGGCTTAAAAGTCATTTTTTGGGTATGTCTAGTTGCTTTCCAGTGCTTTTGCAC
131 CACATCAAATTAGGCTTAAAAGTCATTTTTTGGGTATGTCTAGTTGCTTTCCAGTGCTTTTGCAC
34631 CATCCCTTCCTTAACAAACAGAGAATCTAGACCATATTTTTGTATGCTGTGTTGAGTTTTTTTCC
196 CATCCCTTCCTTAACAAACAGAGAATCTAGACCATATTTTTGTATGCTGTGTTGAGTTTTTTTCC
34696 CCTTCTTTTAAAGTATTGAATTTCATGCTTGCCAACGCAGCTAAAACTAGAAACTGCTTGGTCTT
261 CCTTCTTTTAAAGTATTGAATTTCATGCTTGCCAACGCAGCTAAAACTAGAAACTGCTTGGTCTT
34761 GGGACTTTAAAACGCAAACTTGGGTGCAACATGGCCAATTCATGGCACTGGTATTCTACAACTTC
326 GGGACTTTAAAACGCAAACTTGGGTGCAACATGGCCAATTCATGGCACTGGTATTCTACAACTTC
*
34826 CTTTTCTCAATTTTCTGTTTTTCCTTATTTATATCTTTCTGGGATGCAATCCTGCTCTCTCTCTT
391 CTTTTCTCAATTTTCTGTTTTTCCTTATTTATATCTTTCTGGGATGCAATCCTGCTCTCTCTCCT
34891 TCTCTCGTTTGATCCTTATCTTCTGGATTTAGCTACTATGTCTGCTAGGGATTATTACGATATAC
456 TCTCTCGTTTGATCCTTATCTTCTGGATTTAGCTACTATGTCTGCTAGGGATTATTACGATATAC
34956 TTGGTGCAAGCAGGACTGCTACAGCATCTGAAATAAAGAAAGCTTATTTTGGGGTAAGTGTTTTG
521 TTGGTGCAAGCAGGACTGCTACAGCATCTGAAATAAAGAAAGCTTATTTTGGGGTAAGTGTTTTG
35021 GGCGTCCTATGTAAATATCTTTCTGTCAGCTTCC
586 GGCGTCCTATGTAAATATCTTTCTGTCAGCTTCC
35055 AGT
1 AGT
35058 GTGTATATGA
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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619 113 0.18
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AGTTTCACTACCAGACTTTGCAGTCCAGTTAACATTATTGGAAATCACACTCCCCAATTTGGTAA
TTTACCATTCCCTTTTTCAGTTTCGTTTCGTTTTCTTTTTTTTTTTTTAAAAAAAAATCTTGCCA
CACATCAAATTAGGCTTAAAAGTCATTTTTTGGGTATGTCTAGTTGCTTTCCAGTGCTTTTGCAC
CATCCCTTCCTTAACAAACAGAGAATCTAGACCATATTTTTGTATGCTGTGTTGAGTTTTTTTCC
CCTTCTTTTAAAGTATTGAATTTCATGCTTGCCAACGCAGCTAAAACTAGAAACTGCTTGGTCTT
GGGACTTTAAAACGCAAACTTGGGTGCAACATGGCCAATTCATGGCACTGGTATTCTACAACTTC
CTTTTCTCAATTTTCTGTTTTTCCTTATTTATATCTTTCTGGGATGCAATCCTGCTCTCTCTCCT
TCTCTCGTTTGATCCTTATCTTCTGGATTTAGCTACTATGTCTGCTAGGGATTATTACGATATAC
TTGGTGCAAGCAGGACTGCTACAGCATCTGAAATAAAGAAAGCTTATTTTGGGGTAAGTGTTTTG
GGCGTCCTATGTAAATATCTTTCTGTCAGCTTCC
Found at i:37745 original size:33 final size:34
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Indices: 37700--37772 Score: 94
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37690 TAAGTCATGG
*
37700 AAACTTGTATATAATGAATAGCTGAGCAAAATAT
1 AAACTTGTATATAATGAACAGCTGAGCAAAATAT
* * * *
37734 AAACTT-TATATAATGAGCAGTTGGGCACAATAT
1 AAACTTGTATATAATGAACAGCTGAGCAAAATAT
37767 AAACTT
1 AAACTT
37773 ATAAATCTCT
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 5, Indels: 1
0.85 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
33 28 0.82
34 6 0.18
ACGTcount: A:0.44, C:0.11, G:0.15, T:0.30
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Indices: 40278--40334 Score: 51
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40268 ATTGGGCAGG
40278 TTCGGGTTCGTGCTTT
1 TTCGGGTTCG-GCTTT
* *
40294 TTCGGGCTCGGGTCTT
1 TTCGGGTTCGGCT-TT
* *
40310 TACGGGTTTGGGCTTT
1 TTCGGG-TTCGGCTTT
40326 TTCGGGTTC
1 TTCGGGTTC
40335 AAGTTCAGGT
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 8, Indels: 5
0.70 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
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Indices: 40530--40569 Score: 55
Period size: 18 Copynumber: 2.2 Consensus size: 18
40520 ATATTTATAT
*
40530 ATAAAATTAATTTGTTAT
1 ATAAAATTAATTTGTTAA
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40566 ATAA
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Statistics
Matches: 20, Mismatches: 1, Indels: 2
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Matches are distributed among these distances:
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Period size: 16 Copynumber: 2.5 Consensus size: 16
43581 CAATGGAGCA
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*
43607 AGTTCGAGTTTTTTCG
1 AGTTCGAGCTTTTTCG
*
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* *
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*
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59596 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG A
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*
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* * * * *
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1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
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*
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1 A
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* *
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* *
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*
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* * * * *
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* *
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*
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** *
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* *
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* *
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* * **
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* *
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*
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* * *
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*
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1 ATATATA
86029 GACACACACA
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1 TG TG TG TG TG TG TG TG TG
92633 AGAGAGAGAG
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TG
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92632 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA G
1 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA G
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GA
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1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
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AT
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93668 ATATATATAT
93678 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
1 AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG AG
93720 AG
1 AG
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*
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* * * * *
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* * * *
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* *
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*
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* *
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1 TTAA
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TTAAATTTAAATATTTAAAT
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*
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**
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1 TTTAATATTTAATTAAAATTA
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1 AAATA
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*
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* *
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TATTATTAAGTATATTATTATATTAG
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1 T
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*
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* *
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* *
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1 TAAT
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*
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*
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*
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1 CTAATTA
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*
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1 TAATTATTTTAAA
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**
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*
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1 TAATAATACAACCTTTTAT
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1 TAAT
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* *
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*
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*
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*
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1 TATTT
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* * *
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1 AAAATTAATA
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*
105634 TAATAATATTTT-AA-
1 TAATATTATTTTAAAT
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1 TAATATTATTTTAAAT
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1 AGTAGTT-AAAAATGATTTT
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1 -AGTAG
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*
118480 TTATAAATTAAAAATA
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* * *
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120151 TTAAATCGTT
120161 ATTTTAATTAAATTATTTAAAATA
1 ATTTTAA-TAAATT-TTTAAAATA
* *
120185 ATTTT-ATAATTTTTTAAAAAA
1 ATTTTAATAAATTTTTAAAATA
*
120206 ATTTATAATAAATTTTTAACATA
1 ATTT-TAATAAATTTTTAAAATA
*
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ATTTTAATAAATTTTTAAAATA
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120161 ATTTTAATTA
*
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*
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AATTATTTAAAATAAATTTAT
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123683 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT
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AT
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TTTTTAATTCTGTTCTAA
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AG
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134221 AC AC AC GAC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC AC
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1 AC AC AC AC A
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AC
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134262 ACACACACAC
*
134272 AT AT AT AT AT AT GT AT AT AT AT AT AT AT AT
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AT
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*
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*
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AATA
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Indices: 137585--137617 Score: 59
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Found at i:139010 original size:18 final size:18
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Indices: 138987--139021 Score: 61
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*
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143362 GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA GA
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GA
Done.