genome.fa.s2601.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2601
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  138353

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6978--7040	13	4.7	13	84	11	74	84	9	6	0	0.79
6979--7040	14	4.6	14	86	4	74	85	8	6	0	0.74
6992--7040	7	6.4	8	77	15	50	87	8	4	0	0.65
6978--7049	26	2.8	25	77	8	72	81	8	9	0	0.86
8024--8706	55	12.3	55	88	4	919	28	28	20	22	1.98
8334--8421	29	3.1	29	61	26	71	26	35	19	19	1.95
8487--8634	29	5.3	29	59	18	71	28	31	18	21	1.97
9311--9367	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
9423--9490	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
9444--9468	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
9425--9487	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
9530--9588	13	5.0	13	73	23	67	28	15	16	38	1.89
9530--9609	33	2.4	33	100	0	160	27	15	17	40	1.89
9542--9608	20	3.7	20	74	25	85	26	14	17	40	1.89
12064--12136	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
12119--12289	51	3.3	50	78	7	180	28	26	12	32	1.92
12272--12353	28	2.9	28	82	7	96	24	31	17	26	1.97
14506--14550	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
16768--16793	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
16748--16811	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
16748--16818	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
22643--22681	17	2.2	17	86	4	51	84	12	2	0	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23661--24355	176	4.1	175	83	9	800	26	30	19	23	1.98
23684--24359	55	12.0	54	79	12	618	26	30	19	23	1.98
24187--24335	47	3.0	47	79	17	183	30	29	20	19	1.97
25804--25879	27	2.8	25	84	9	89	25	32	19	22	1.97
25698--26346	51	12.4	52	71	12	378	30	26	11	31	1.92
26071--26142	27	2.6	28	86	4	94	22	34	22	20	1.97
25688--26456	263	2.9	261	91	2	1218	29	26	12	31	1.93
26329--26404	28	2.7	28	85	0	89	25	34	17	23	1.96
26439--26493	28	1.9	29	85	3	76	20	21	20	38	1.94
26359--26562	78	2.6	79	79	3	223	24	29	17	29	1.97
27539--27604	34	1.9	34	81	6	80	36	22	12	28	1.90
28115--28178	33	1.9	33	87	0	92	35	10	15	37	1.83
28279--28321	22	2.0	22	90	9	70	41	9	4	44	1.57
28964--28989	12	2.2	12	100	0	52	53	15	0	30	1.42
30504--30562	21	2.8	21	97	0	109	37	18	10	33	1.85
30553--30577	13	1.9	13	100	0	50	28	16	16	40	1.89
41581--41709	52	2.5	52	97	0	240	29	17	17	34	1.94
41581--41729	52	2.9	51	91	4	228	30	17	18	33	1.94
41718--41742	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
41750--41813	32	2.0	33	93	3	112	35	17	12	34	1.87
41769--41793	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
41697--41815	52	2.3	52	84	5	143	38	15	13	31	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43687--43724	19	2.0	19	100	0	76	36	5	10	47	1.61
44830--44860	15	2.1	15	93	0	53	51	9	19	19	1.74
45905--46641	164	4.5	163	78	9	639	52	9	9	28	1.65
48354--48407	19	2.9	19	73	13	58	46	1	0	51	1.11
48510--48557	18	2.7	18	78	15	55	47	2	2	47	1.25
49255--49295	2	20.0	2	95	5	73	48	0	2	48	1.14
51040--51064	12	2.1	12	100	0	50	16	0	0	84	0.63
51787--51818	4	8.0	4	100	0	64	0	25	0	75	0.81
53191--53242	23	2.3	23	76	3	61	53	0	1	44	1.11
56425--56471	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
56592--56630	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
56616--56694	20	3.7	20	78	15	77	44	15	15	25	1.85
58709--58739	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
60543--60587	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
64998--65038	20	2.0	21	95	4	75	29	24	4	41	1.75
65072--65185	55	2.1	55	82	9	135	43	7	22	26	1.78
65616--65640	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
67339--67373	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
67829--67880	25	2.1	25	100	0	104	34	7	11	46	1.69
72824--72852	14	2.1	14	93	6	51	31	13	13	41	1.84
72837--72944	52	2.1	52	92	3	182	28	18	16	36	1.93
72845--72964	52	2.3	52	88	5	172	30	17	18	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72953--72977	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
73039--73063	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
77291--77345	30	1.9	30	85	10	80	43	0	1	54	1.10
79382--79416	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
82762--83745	326	3.0	326	99	0	1941	35	16	22	25	1.95
85556--85629	20	3.7	19	85	7	103	39	13	14	32	1.86
91834--91900	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
91854--91878	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
91943--91967	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
91976--92093	52	2.3	52	96	0	218	34	17	17	29	1.94
99227--99256	11	2.7	11	94	0	51	83	0	16	0	0.65
99321--99358	19	2.0	19	89	0	58	86	7	5	0	0.69
100294--100375	30	2.7	31	88	1	112	25	28	18	28	1.98
100352--101434	34	32.9	34	78	13	1022	20	33	12	32	1.91
100322--101454	61	17.2	68	81	11	1076	20	34	12	32	1.91
100654--100709	27	2.1	26	83	3	67	21	30	14	33	1.93
101272--101325	27	2.0	27	92	0	90	22	40	14	22	1.90
101298--101441	36	4.1	34	80	7	155	18	33	11	36	1.87
101439--101508	33	2.1	35	91	5	117	27	37	15	20	1.93
101508--102179	49	13.8	49	80	10	711	24	26	17	31	1.97
101508--102183	144	4.6	144	89	4	952	24	26	17	31	1.97
101885--102222	49	6.6	52	80	6	298	24	25	16	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103040--103106	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
103060--103084	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
103149--103173	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
103182--103302	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
108955--109134	27	6.2	27	75	14	144	22	31	11	34	1.89
109009--109294	33	8.8	33	82	7	327	23	30	10	35	1.88
109009--109294	66	4.4	66	86	6	372	23	30	10	35	1.88
108951--109294	99	3.6	97	82	9	369	22	30	10	35	1.89
108957--109342	33	12.6	29	76	14	176	23	29	10	36	1.89
110326--110869	79	6.9	79	81	2	567	32	13	26	27	1.93
114468--114507	9	4.1	9	90	9	53	82	0	17	0	0.67
114468--114507	20	2.0	20	90	4	64	82	0	17	0	0.67
114468--114528	11	5.7	11	75	11	56	78	1	18	1	0.91
117328--117381	20	2.7	20	91	8	83	38	14	18	27	1.90
117328--117399	21	3.5	19	85	14	67	37	15	19	27	1.92
117429--117502	20	3.7	20	75	7	78	35	14	10	39	1.82
117424--117501	40	2.0	40	94	0	138	37	14	11	37	1.82
117927--117975	20	2.5	20	96	0	89	20	14	18	46	1.83
121260--121332	20	3.7	19	87	7	85	38	17	15	28	1.90
121858--121894	16	2.2	17	90	4	58	40	16	2	40	1.62
123616--123641	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
123595--123659	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123595--123659	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
126189--126226	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
127137--127500	30	11.9	30	80	10	230	28	29	16	25	1.97
127195--127500	63	5.0	62	76	12	217	28	31	16	23	1.96
127505--127776	49	5.7	49	86	5	353	25	26	18	29	1.98
127516--127776	145	1.8	143	91	5	436	24	26	18	30	1.98
127547--127827	49	5.6	52	85	5	296	24	25	17	32	1.97
128718--128742	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
128806--128830	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
128839--128967	52	2.5	52	96	0	231	34	18	17	29	1.94

Tables:   1   2