genome.fa.s2617.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2617
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  133427

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 102 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
525--554	14	2.1	15	93	6	53	40	0	10	50	1.36
1457--1510	14	4.0	14	76	9	58	55	0	0	44	0.99
1455--1509	26	2.1	26	100	0	110	54	0	0	45	0.99
12415--12842	52	8.2	52	76	6	332	37	16	21	24	1.93
12415--12845	104	4.1	104	78	2	438	37	16	21	24	1.93
12906--13030	30	4.2	30	75	14	116	29	16	24	29	1.96
12910--13029	61	2.0	60	83	8	154	30	15	25	28	1.96
13468--13513	14	3.4	14	90	3	76	28	6	32	32	1.83
29133--29174	22	2.0	20	86	9	57	73	0	0	26	0.83
29133--29177	11	4.0	12	80	11	51	73	0	0	26	0.84
36860--36904	2	22.5	2	90	0	72	48	2	2	46	1.26
38180--38207	4	7.0	4	100	0	56	75	0	25	0	0.81
38762--38788	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
39029--39067	19	2.1	19	85	9	53	20	2	0	76	0.90
39539--39637	16	6.1	16	74	13	78	49	1	0	49	1.07
39546--39641	32	3.0	31	78	14	104	50	1	0	48	1.07
39590--39640	15	3.1	16	86	13	68	52	0	0	47	1.00
40052--40094	23	1.9	22	85	4	59	48	0	0	51	1.00
41127--41160	16	2.1	16	88	0	50	29	5	5	58	1.45
42170--42229	22	2.7	22	77	15	61	46	0	3	50	1.18
42370--42394	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
43895--43943	2	24.5	2	100	0	98	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44685--44722	20	1.9	20	89	10	60	50	2	0	47	1.15
44812--44951	46	3.1	43	81	11	156	55	1	6	36	1.34
44808--44951	45	3.2	43	77	15	150	55	1	6	36	1.34
48371--49063	152	4.5	152	83	4	824	35	18	20	25	1.95
51369--52059	165	4.2	164	83	5	795	50	8	10	30	1.66
51407--52059	329	2.0	330	84	4	872	50	8	10	29	1.66
60235--60354	61	2.0	61	90	1	188	50	8	5	35	1.56
61439--61851	203	2.0	203	100	0	826	41	18	14	25	1.88
63755--63938	74	2.5	74	80	0	215	39	11	25	22	1.88
64403--64427	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
64385--64446	32	1.9	33	87	9	92	30	16	14	38	1.88
64508--64579	24	3.0	24	85	0	90	25	20	9	44	1.82
64574--64598	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
64649--64692	20	2.2	20	88	8	63	34	9	20	36	1.84
65872--66010	52	2.7	51	84	2	172	29	12	13	44	1.80
66945--67011	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
66965--66989	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67052--67076	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
67085--67225	52	2.7	52	96	0	255	35	17	17	30	1.92
74459--74492	17	2.1	17	88	5	52	82	2	11	2	0.89
75410--75491	30	2.7	31	88	1	112	25	28	18	28	1.98
75468--76180	61	11.0	62	82	10	626	20	34	12	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75445--76213	34	23.6	33	77	15	560	20	33	12	32	1.91
75626--75677	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
76051--76104	27	2.0	27	88	0	81	24	40	12	22	1.89
75440--76233	165	4.9	160	77	15	644	21	34	12	32	1.91
76077--76220	36	4.1	34	81	7	164	18	33	11	37	1.86
76084--76233	71	2.1	70	85	6	196	20	34	11	34	1.88
76218--76287	33	2.1	35	94	5	126	25	37	17	20	1.94
76287--76858	49	11.8	49	85	7	731	24	26	18	30	1.98
76287--76853	97	5.9	96	90	4	799	24	26	18	30	1.98
76934--77505	48	11.9	48	87	7	822	24	26	18	30	1.98
76934--77505	97	5.9	96	89	6	822	24	26	18	30	1.98
77181--77461	43	6.1	43	82	13	328	25	26	18	29	1.98
76938--77505	143	3.9	144	93	3	882	24	26	18	30	1.98
77415--77553	52	2.6	52	82	4	161	25	25	15	33	1.95
78312--78378	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
78332--78356	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
78419--78443	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
78452--78623	52	3.3	52	95	2	303	34	18	18	29	1.94
81884--81922	21	1.9	21	94	5	71	20	23	12	43	1.86
84765--84817	19	2.7	20	85	2	81	37	13	11	37	1.80
98291--98342	1	52.0	1	80	0	59	90	7	1	0	0.53
99778--99864	29	3.0	29	84	3	104	25	29	16	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99835--99983	35	4.3	35	79	9	153	22	31	12	33	1.91
99835--99983	68	2.1	71	82	6	180	22	31	12	33	1.91
99973--100305	33	10.3	32	88	7	485	28	33	18	19	1.95
100298--100865	49	11.7	49	82	6	703	24	24	18	32	1.97
100298--100931	98	6.5	98	86	7	819	25	24	17	32	1.97
100733--100821	43	2.1	43	95	0	160	25	23	19	31	1.98
100681--100865	95	2.0	91	90	6	291	25	23	17	32	1.97
100293--100923	247	2.6	243	82	6	735	25	25	17	32	1.97
100775--100928	55	2.9	53	83	2	193	25	23	14	35	1.94
101869--101893	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101902--102030	52	2.5	52	97	0	240	36	16	17	30	1.91
108307--108358	21	2.6	21	88	8	74	75	17	7	0	1.03
108307--108358	20	2.6	21	82	11	65	75	17	7	0	1.03
109719--110498	60	13.1	58	72	11	345	26	27	12	33	1.93
109927--110411	88	5.5	88	77	7	385	26	26	12	34	1.92
109711--110407	59	11.8	58	74	10	312	26	26	13	34	1.93
109711--110501	30	26.7	29	72	11	312	26	26	12	33	1.92
110667--110799	65	2.1	64	81	1	149	30	22	15	31	1.94
110802--110888	32	2.7	32	80	3	95	33	31	18	17	1.94
111022--111231	113	1.9	112	83	6	271	24	25	14	35	1.93
111180--111499	52	6.1	52	73	6	234	24	21	15	37	1.93
111183--111493	105	3.0	104	73	4	284	24	21	15	37	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112140--112277	52	2.7	51	82	2	170	27	13	15	42	1.85
115789--115840	19	2.7	20	81	6	70	30	13	13	42	1.83
115891--115946	20	2.8	20	89	5	78	30	16	14	39	1.88
116744--116783	16	2.5	16	95	0	71	57	22	12	7	1.60
117920--117962	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
118238--118282	21	2.2	20	84	11	56	46	4	20	28	1.69
118394--118431	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
124580--124631	19	2.7	20	87	6	79	28	13	15	42	1.85
125576--125688	51	2.2	51	85	3	147	28	15	15	41	1.86
128436--128476	20	2.0	20	90	0	64	14	85	0	0	0.60
128436--128467	10	3.2	10	100	0	64	9	90	0	0	0.45
129067--129143	15	5.1	14	75	13	64	12	76	7	2	1.10
131004--131037	15	2.3	15	90	5	52	17	0	0	82	0.67
131804--131835	1	32.0	1	100	0	64	0	100	0	0	0.00

Tables:   1

The End!