genome.fa.s2654.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2654
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  167925

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88--119	16	2.0	16	100	0	64	81	0	6	12	0.87
127--183	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
239--306	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
260--284	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
241--303	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
346--371	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
326--392	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2843--2913	27	2.6	27	86	6	90	23	33	21	21	1.97
3052--3131	28	2.9	27	78	10	83	25	32	16	26	1.96
5708--5732	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
7624--7657	14	2.4	14	85	0	50	29	0	32	38	1.58
12947--13084	20	6.7	20	74	9	107	28	15	13	41	1.86
13942--13982	21	2.0	22	85	9	59	21	19	9	48	1.77
17692--17814	48	2.6	48	84	0	138	38	17	26	17	1.92
17705--17822	48	2.5	48	84	0	146	39	16	27	16	1.90
17970--18754	28	26.7	28	81	6	658	22	16	30	30	1.96
17958--18754	116	6.8	115	76	10	652	22	16	30	29	1.96
17958--18682	59	12.2	63	79	9	411	22	16	30	30	1.96
17958--18748	211	3.8	207	80	6	822	22	16	30	29	1.96
18734--19107	27	13.7	27	82	3	401	30	13	31	24	1.93
18678--19105	137	3.1	134	80	7	432	30	13	30	24	1.94
18649--19107	81	5.5	82	79	6	426	30	13	30	24	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19530--19555	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
19512--19575	33	2.0	32	87	3	92	37	20	15	26	1.92
25646--25687	20	2.1	20	90	0	66	38	11	19	30	1.88
28163--28220	13	4.9	13	74	20	56	36	17	13	32	1.89
28142--28242	33	3.1	33	87	7	127	35	17	13	32	1.90
28175--28238	20	3.5	20	68	27	70	37	18	14	29	1.90
28320--28345	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
28302--28365	33	2.0	32	87	3	92	39	18	14	28	1.90
29096--29147	27	1.9	27	88	0	77	30	13	30	25	1.94
30409--30509	46	2.2	46	79	11	111	7	11	9	70	1.34
31249--31276	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
40414--40460	20	2.3	20	85	0	58	2	23	0	74	0.93
54145--54170	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
56385--56431	21	2.2	22	84	3	60	55	4	17	23	1.59
58233--58263	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
60332--60357	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
60478--60523	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
63945--64017	8	8.8	8	72	13	58	80	12	1	5	0.93
63950--64003	19	2.8	18	83	13	63	83	7	1	7	0.88
63950--64003	18	2.8	18	83	10	63	83	7	1	7	0.88
65173--65583	28	14.6	28	76	10	288	28	27	19	24	1.98
65173--66828	56	29.9	56	77	9	1196	29	27	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65170--66837	84	20.1	84	74	11	1172	29	27	18	24	1.98
65542--65628	45	1.9	46	86	6	124	36	24	17	21	1.94
65587--66806	28	44.0	28	73	14	629	29	27	18	24	1.98
66101--66236	48	2.8	48	89	2	202	27	27	21	24	1.99
68023--68060	10	3.8	10	100	0	76	28	10	0	60	1.30
72465--72518	19	2.8	20	85	2	74	37	14	16	31	1.89
73657--73710	20	2.6	21	88	2	74	33	16	9	40	1.80
74487--74540	20	2.7	20	100	0	108	25	14	14	44	1.84
74526--74552	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
74506--74568	32	1.9	32	90	3	99	28	14	14	42	1.84
74487--74591	52	2.0	52	82	12	126	29	15	13	41	1.85
81013--81134	20	5.6	20	78	19	127	28	18	10	41	1.84
86080--86146	33	2.0	33	97	0	125	26	28	14	29	1.96
91360--91426	33	2.0	32	88	11	100	37	17	11	32	1.87
91388--91425	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
91380--91405	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
91393--91552	63	2.5	63	92	2	268	31	19	18	30	1.96
91518--91575	20	3.0	20	85	7	84	34	17	13	34	1.89
100119--100190	19	3.7	19	94	1	117	37	18	12	31	1.88
100179--100203	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
101900--101987	35	2.5	34	80	8	97	80	5	11	2	0.97
101900--102027	16	7.2	16	69	18	69	76	6	13	3	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101910--101987	6	12.5	6	74	16	52	82	3	11	2	0.91
103208--103260	26	2.0	26	96	0	97	41	15	5	37	1.70
107762--107851	20	4.4	20	71	10	65	38	11	15	34	1.83
107895--107949	20	2.7	21	82	2	67	36	9	12	41	1.75
107876--107947	21	3.5	21	75	11	69	31	9	15	43	1.79
108615--109158	52	10.4	52	75	10	299	36	15	23	23	1.94
108634--109244	104	5.8	104	75	9	339	36	16	23	23	1.94
108582--109135	156	3.5	158	76	8	452	36	16	23	23	1.94
109314--109719	33	12.5	33	78	7	377	20	16	33	29	1.95
109307--109743	32	13.5	33	78	8	336	20	16	34	29	1.94
109314--109742	228	1.9	228	84	5	573	20	16	33	29	1.94
109864--110002	30	4.7	30	85	0	172	32	16	28	23	1.96
110867--110918	21	2.5	20	82	11	61	1	11	13	73	1.19
118467--118492	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
119191--119234	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
121038--121076	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
123154--123184	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
124711--124755	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
126982--127007	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
127046--127121	20	3.8	20	79	8	73	28	15	14	40	1.87
128699--128740	20	2.2	20	83	12	52	42	2	0	54	1.13
130289--130323	17	2.1	18	89	10	56	48	11	0	40	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131610--132018	167	2.5	164	82	5	470	31	10	10	48	1.70
132687--132711	13	1.9	13	100	0	50	88	12	0	0	0.53
132681--132741	19	3.2	19	81	4	52	83	4	9	1	0.86
134035--134570	154	3.5	149	73	9	436	23	16	20	38	1.92
136600--137150	142	3.9	143	80	6	504	42	10	10	35	1.75
136633--137150	285	1.8	281	80	7	627	42	10	10	36	1.74
142998--143038	3	13.7	3	89	0	64	29	31	0	39	1.57
144213--144284	34	2.1	35	84	7	94	55	12	15	16	1.69
147749--147877	52	2.5	52	92	0	222	29	17	17	35	1.93
147886--147910	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
147953--148050	19	5.8	18	71	28	90	36	17	12	33	1.87
147948--148048	32	3.1	32	97	1	184	35	17	11	34	1.87
147972--148028	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
150432--150664	49	4.8	48	76	12	192	29	18	25	26	1.98
150686--150793	28	3.8	28	74	7	94	19	17	32	30	1.95
150741--150813	27	2.6	27	87	8	94	26	16	32	24	1.96
150798--150885	34	2.6	33	83	5	113	38	10	29	21	1.86
150781--150951	68	2.5	69	81	3	193	36	12	30	19	1.89
150921--150973	28	1.9	27	85	11	72	16	16	33	32	1.92
166266--166393	51	2.5	52	89	2	213	28	16	18	35	1.93
166463--166557	31	3.1	30	86	8	131	35	20	12	31	1.90
167494--167532	19	2.1	19	90	0	60	30	25	0	43	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
167621--167664	18	2.4	19	76	7	54	15	38	0	45	1.47
167627--167669	18	2.5	17	85	7	59	16	30	0	53	1.43

Tables:   1

The End!