genome.fa.s2656.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2656
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  131121

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
915--956	2	21.0	2	95	0	75	0	47	0	52	1.00
7263--7293	4	7.8	4	100	0	62	25	0	22	51	1.48
7563--7605	20	2.2	20	100	0	86	23	9	18	48	1.76
13763--13804	21	2.0	21	95	4	77	59	0	0	40	0.97
21617--21800	74	2.5	74	83	1	235	12	20	35	31	1.90
21763--21868	55	1.9	55	82	3	133	11	23	34	30	1.90
22625--22680	9	6.0	9	76	14	51	12	0	5	82	0.83
22615--22675	19	3.3	17	80	17	68	11	0	8	80	0.91
24188--24735	276	2.0	278	94	0	965	22	16	14	46	1.83
37784--37813	14	2.1	14	100	0	60	66	26	6	0	1.16
39699--39865	79	2.1	77	83	4	201	29	16	28	25	1.97
39881--40210	51	6.4	51	74	13	262	31	10	26	30	1.91
39774--40210	209	2.1	210	87	3	623	30	11	27	29	1.92
42533--42558	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
42512--42578	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
42610--42682	19	3.7	19	83	5	92	38	16	12	32	1.86
42719--42774	21	2.7	21	94	0	103	35	16	10	37	1.83
43605--43656	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
49745--49783	13	3.0	13	92	0	60	33	17	12	35	1.88
49895--49940	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
52336--52387	19	2.7	20	87	6	79	42	15	13	28	1.85
53579--54345	61	12.5	61	79	4	659	27	22	17	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53579--54329	121	6.1	122	78	4	692	27	22	17	32	1.97
53607--54441	185	4.5	181	78	6	694	27	22	17	32	1.96
57132--57196	26	2.4	26	87	10	87	81	7	10	0	0.87
58137--58288	30	5.0	30	88	6	200	23	29	16	30	1.96
58137--58279	61	2.3	60	90	4	216	25	29	17	27	1.97
58238--58369	33	3.9	32	76	15	108	20	29	12	37	1.89
58359--58555	33	6.0	33	90	4	319	26	34	18	19	1.96
58358--58562	97	2.1	97	91	5	335	27	34	18	19	1.95
58601--59235	43	14.1	43	80	10	707	25	24	17	31	1.97
58601--59235	92	7.0	92	90	3	929	25	24	17	31	1.97
58849--58916	21	3.2	20	66	25	50	26	27	16	29	1.97
59033--59099	21	3.2	21	67	23	59	28	25	16	29	1.97
59357--59454	49	2.0	49	82	4	117	22	24	20	32	1.98
59977--60077	32	3.1	32	91	1	148	34	12	16	35	1.87
59975--60070	13	5.7	17	70	28	64	33	13	16	36	1.88
60115--60139	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
60148--60276	52	2.5	52	97	0	240	36	18	17	27	1.93
63671--63767	21	4.7	20	77	10	79	44	15	12	27	1.82
63671--63724	20	2.6	21	88	2	74	40	11	16	31	1.84
66208--66721	79	6.6	78	79	7	415	28	21	11	39	1.88
66466--66520	27	2.0	27	85	3	74	25	18	14	41	1.88
66323--66721	153	2.6	154	83	5	452	29	20	11	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
66238--66746	78	6.6	76	76	10	301	27	22	12	37	1.90
66243--66746	231	2.2	228	78	7	514	27	21	12	37	1.90
70553--70611	13	4.1	13	73	23	55	32	13	16	37	1.88
70534--70634	32	3.1	32	95	1	175	33	11	17	36	1.87
70532--70629	19	5.8	18	71	28	90	32	12	17	37	1.87
70672--70696	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
70586--70769	86	2.2	85	81	8	205	36	16	14	32	1.89
70705--70833	52	2.5	52	96	0	240	37	17	17	27	1.92
78002--78075	14	4.8	16	70	18	50	77	8	14	0	0.99
78007--78067	28	2.1	30	87	9	90	77	8	14	0	0.99
79020--79326	31	9.8	32	74	15	153	22	31	14	31	1.94
79051--79166	61	1.9	61	85	1	160	26	28	15	29	1.96
79051--79140	30	3.0	29	85	8	108	25	26	15	32	1.96
79146--79299	34	4.7	34	76	15	153	21	35	12	29	1.91
79176--79337	62	2.6	62	91	3	256	19	33	12	33	1.89
79235--79304	35	2.0	36	88	2	106	18	35	11	34	1.87
79271--79324	27	2.0	27	96	0	99	22	35	14	27	1.93
79332--79661	33	10.1	33	87	8	464	27	33	18	20	1.96
79330--79659	98	3.4	95	85	7	407	27	33	18	19	1.95
79335--79659	131	2.5	131	89	6	507	28	33	18	19	1.96
79340--79659	65	4.9	65	90	4	502	28	33	19	18	1.95
79709--80129	43	9.1	43	78	14	428	24	25	18	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79825--79892	21	3.2	21	63	19	50	27	27	16	27	1.97
79661--80086	144	3.0	143	91	4	646	24	25	18	31	1.97
79969--80036	21	3.2	20	66	25	50	27	26	16	29	1.97
79652--80171	187	2.8	190	84	9	601	24	25	18	31	1.97
79896--80171	92	2.9	93	91	3	446	25	25	17	32	1.97
80898--80954	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
80878--80978	32	3.1	32	97	1	184	34	11	17	35	1.87
80876--80973	19	5.8	18	71	28	90	33	12	17	36	1.87
81016--81040	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
81049--81177	52	2.5	52	97	0	240	35	17	18	27	1.94
84376--84405	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
88754--88809	20	2.8	20	91	2	87	50	12	7	30	1.67
88846--88911	27	2.4	27	94	0	123	24	13	21	40	1.89
95954--96077	56	2.2	56	80	0	140	33	17	21	26	1.96
96209--96381	77	2.2	76	80	10	192	32	8	23	35	1.85
96209--96381	79	2.2	76	80	7	197	32	8	23	35	1.85
100299--100368	22	3.2	22	83	0	86	35	5	12	45	1.66
103455--103592	51	2.7	52	89	1	215	41	15	14	28	1.87
104834--104903	22	3.2	22	83	0	95	37	7	12	42	1.71
104834--104921	44	2.0	44	84	0	113	36	5	13	44	1.68
104972--105058	22	4.0	22	70	15	72	18	10	25	45	1.80
105652--105716	19	3.8	17	75	24	66	30	12	18	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
105654--105721	32	2.1	32	94	0	118	32	11	19	36	1.88
105673--105697	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
105789--105917	52	2.5	52	94	0	240	34	17	18	28	1.94
110656--110836	52	3.5	52	91	1	292	30	17	17	33	1.94
124853--125033	52	3.5	52	90	1	292	30	17	18	33	1.94
125042--125066	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
125128--125152	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
127335--127414	22	3.7	22	77	11	85	16	10	23	50	1.75
127335--127416	43	1.9	43	89	0	128	15	9	24	50	1.75
127355--127423	22	3.2	22	71	17	63	24	8	23	43	1.82
128343--128393	21	2.4	22	86	6	77	31	5	11	50	1.62
129302--129377	21	3.7	21	72	18	70	39	31	13	15	1.86
129956--129985	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
129972--130043	29	2.5	29	93	0	117	27	18	16	37	1.92

Tables:   1

The End!