genome.fa.s2657.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2657
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  120592

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1051--1169	42	2.8	42	89	0	175	9	44	2	43	1.49
1075--1152	21	3.5	24	68	20	69	11	43	2	42	1.54
1906--1953	22	2.2	22	88	0	69	4	12	4	79	1.02
2917--2981	22	2.9	23	72	20	66	40	0	4	55	1.21
3043--3080	17	2.2	17	95	0	67	5	18	7	68	1.34
3713--3763	16	3.2	16	66	5	50	47	1	13	37	1.55
10072--10126	21	2.6	21	77	11	67	58	0	0	41	0.98
12673--12795	62	2.0	62	96	0	228	42	1	24	31	1.64
12930--13044	12	8.9	14	69	22	74	41	0	0	58	0.98
12926--12999	24	3.0	26	86	11	118	40	0	0	59	0.97
12926--13044	49	2.3	52	85	5	154	42	0	0	57	0.98
12952--13045	38	2.4	39	91	7	156	41	0	0	58	0.98
13155--13200	19	2.3	20	85	7	58	34	0	0	65	0.93
13155--13253	20	5.1	20	72	15	66	32	0	3	64	1.09
13187--13233	23	2.0	24	84	12	62	36	0	6	57	1.24
13539--13578	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
17170--17217	18	2.7	17	84	9	60	31	29	6	33	1.82
19319--19846	177	2.9	177	84	6	627	37	23	8	30	1.85
20666--20705	20	2.0	21	90	5	64	52	7	0	40	1.30
22430--22469	16	2.5	17	88	12	66	45	0	0	55	0.99
22387--22536	77	1.9	78	86	1	212	41	4	4	50	1.42
24201--24239	14	2.8	14	92	0	60	33	17	10	38	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24449--24580	29	4.6	28	73	12	99	24	19	24	31	1.98
24426--24580	57	2.7	56	76	11	138	26	21	22	29	1.99
24412--24641	15	16.2	14	72	8	126	27	21	21	29	1.99
24449--24637	57	3.3	57	77	6	168	26	20	21	31	1.98
24488--24621	71	1.9	71	84	0	178	26	20	20	32	1.97
27674--27732	26	2.1	28	90	9	95	33	15	8	42	1.77
30059--30086	12	2.3	12	100	0	56	42	0	21	35	1.53
31467--31653	27	6.8	28	69	10	89	28	17	21	31	1.96
31547--31677	41	3.2	41	73	11	124	29	20	23	26	1.99
31646--31750	27	3.8	27	70	7	86	25	20	25	28	1.99
31648--31769	56	2.2	54	82	7	140	23	18	27	30	1.98
31432--31785	14	25.5	14	70	8	125	26	18	23	31	1.98
31602--31818	97	2.2	98	78	5	253	26	19	24	29	1.98
33449--33492	24	2.0	22	82	13	54	54	0	2	43	1.12
33442--33508	18	3.9	17	75	7	64	49	0	1	49	1.10
33442--33508	17	3.9	18	75	11	61	49	0	1	49	1.10
33485--33563	30	2.6	30	81	2	104	54	0	1	44	1.08
33471--33578	30	3.8	29	80	10	98	55	0	0	42	1.12
33544--33591	13	3.6	13	73	15	53	60	2	0	37	1.09
33497--33600	27	3.8	28	81	8	124	56	0	0	41	1.12
33892--33964	28	2.6	29	86	8	105	57	0	0	42	0.98
33937--33975	19	2.1	19	85	9	53	53	2	0	43	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48606--48653	18	2.6	18	87	12	71	89	10	0	0	0.48
48604--48653	20	2.4	21	93	3	84	88	12	0	0	0.53
48606--48653	1	48.0	1	78	0	51	89	10	0	0	0.48
50229--50507	32	8.7	32	81	3	296	29	28	19	22	1.98
50219--50507	64	4.5	64	86	5	361	29	28	19	22	1.98
50511--50698	43	4.1	43	74	12	151	22	27	18	31	1.97
50516--50748	95	2.5	95	83	0	268	24	26	19	30	1.98
50776--50975	104	1.9	104	82	2	249	27	24	14	35	1.93
50812--50975	52	3.2	52	72	6	152	26	24	14	35	1.93
50800--51040	104	2.3	104	78	1	259	26	23	14	34	1.94
51003--51136	61	2.2	61	82	6	164	23	23	10	41	1.85
51113--51146	18	1.9	17	88	5	50	17	29	0	52	1.45
52148--52172	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
56367--56396	15	1.9	16	93	6	53	50	6	3	40	1.45
58106--58131	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
58084--58151	33	2.1	32	91	2	109	32	13	19	35	1.90
58232--58256	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
58812--58856	22	2.0	22	91	8	74	35	28	0	35	1.58
60498--60538	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
66909--66933	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
81219--81264	10	5.0	9	78	21	51	84	15	0	0	0.62
81227--81264	10	3.5	11	89	10	60	84	15	0	0	0.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81220--81264	21	2.1	22	87	4	65	86	13	0	0	0.57
82546--82624	28	2.9	28	84	1	88	29	29	13	27	1.95
82801--83184	32	12.0	32	80	4	402	30	29	17	22	1.96
83210--83375	43	3.7	43	74	13	161	25	26	17	30	1.97
83233--83741	52	10.0	51	69	13	237	25	24	15	34	1.95
83210--83522	95	3.2	95	79	3	322	26	25	15	31	1.96
83390--83731	104	3.3	103	84	4	370	26	23	16	33	1.95
83681--83800	61	2.0	60	85	4	161	26	24	11	37	1.90
88397--88428	4	8.5	4	86	13	50	21	0	0	78	0.76
89915--89968	21	2.6	21	93	0	90	38	1	16	42	1.59
90099--90163	32	2.0	32	85	8	87	30	13	15	40	1.86
90129--90185	19	3.0	20	79	7	64	33	15	14	36	1.88
91724--91754	3	10.3	3	92	0	53	35	0	35	29	1.58
96432--96471	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
98177--98223	22	2.1	22	84	0	58	38	2	21	38	1.65
98186--98230	22	2.0	22	82	0	54	40	4	24	31	1.75
101531--101580	23	2.2	23	100	0	100	68	8	8	16	1.38
103180--105075	28	66.5	28	84	4	2095	21	19	32	27	1.97
106289--106356	19	3.8	18	79	9	59	1	7	10	80	0.95
106318--106359	8	5.0	8	78	21	50	0	2	11	85	0.68
106297--106360	11	5.5	11	76	14	58	1	4	10	82	0.88
119431--119485	23	2.4	23	96	3	103	61	9	10	18	1.54

Tables:   1

The End!