genome.fa.s2668.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2668
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  129383

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1080--1415	61	5.4	60	78	10	300	23	30	14	31	1.94
1083--1456	30	12.0	30	77	12	319	23	29	14	31	1.94
1184--1456	61	4.3	64	80	8	176	24	29	15	31	1.95
1080--1483	217	1.9	215	83	6	537	23	30	14	31	1.94
1247--2073	33	25.8	32	79	9	626	20	30	12	35	1.90
1214--1524	156	2.0	155	82	12	379	23	28	13	33	1.93
1458--2073	194	3.2	190	85	5	736	19	31	12	36	1.89
2193--2704	49	10.6	49	79	8	442	24	24	18	32	1.97
2121--2366	87	2.8	87	90	1	377	26	23	18	31	1.98
2294--2682	101	3.9	97	80	6	336	23	24	18	33	1.97
4877--4940	27	2.4	27	97	0	119	25	46	12	15	1.81
7645--8479	42	19.7	43	77	6	640	15	30	18	36	1.91
7648--8447	127	6.3	123	77	9	463	15	30	18	36	1.92
9069--9136	25	2.7	25	100	0	136	26	19	4	50	1.66
9122--9276	46	3.1	49	71	17	140	29	20	8	41	1.81
9141--9283	31	4.4	31	68	23	105	29	20	9	39	1.85
9093--9301	100	2.2	94	81	13	241	29	20	8	42	1.80
9183--9249	25	2.7	25	70	9	64	29	17	7	44	1.76
9212--9283	29	2.4	29	84	13	85	29	20	9	40	1.85
9553--9608	23	2.4	23	96	0	103	53	21	19	5	1.65
9932--9970	16	2.3	18	86	8	55	46	35	10	7	1.67
9992--10036	22	2.0	22	91	0	72	22	42	20	15	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9994--10043	22	2.3	22	82	0	64	22	42	18	18	1.90
10078--10215	69	2.0	69	95	0	249	31	38	14	15	1.87
12651--12895	121	2.0	121	95	0	436	43	10	10	35	1.73
13589--13645	13	3.9	13	72	24	51	35	12	17	35	1.87
13569--13669	32	3.1	32	94	1	175	34	10	17	36	1.85
13567--13664	19	5.8	18	69	28	81	33	11	17	37	1.85
13707--13731	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
13740--13920	52	3.5	52	93	0	317	37	17	17	28	1.92
14390--14537	19	8.7	19	74	25	152	33	12	18	35	1.88
14430--14518	13	5.9	13	72	27	70	34	13	17	33	1.89
14411--14542	32	4.1	32	99	0	255	34	12	18	35	1.88
14580--14604	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14613--14792	52	3.5	52	95	1	317	35	17	19	28	1.94
19803--19846	15	2.9	15	89	0	70	50	0	4	45	1.22
19824--19881	21	2.7	23	78	13	77	56	0	0	43	0.99
21946--21975	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
23777--23802	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
26438--26513	37	2.1	37	87	5	109	65	1	1	31	1.09
26441--26507	7	9.4	7	73	17	50	67	1	1	29	1.09
28297--28336	21	2.1	18	86	13	53	45	0	0	55	0.99
29724--29762	3	13.3	3	89	5	62	64	0	0	35	0.94
29777--29818	21	2.0	21	95	0	75	21	23	23	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29984--30026	22	2.0	22	86	9	61	46	0	6	46	1.30
31986--32079	47	2.0	47	100	0	188	29	17	19	34	1.94
33589--33618	15	1.9	16	93	6	53	43	3	0	53	1.17
35757--35786	12	2.5	12	94	0	51	36	0	0	63	0.95
35743--35786	19	2.3	19	84	7	54	34	0	2	63	1.07
39812--39863	2	26.0	2	84	7	70	46	1	3	48	1.31
41804--41862	29	2.1	28	80	3	64	54	0	0	45	0.99
50628--50683	21	2.6	22	83	8	62	32	1	5	60	1.29
50649--50698	21	2.4	20	86	6	64	36	2	4	58	1.29
51338--51379	22	2.0	22	85	4	59	42	0	2	54	1.13
51364--51419	22	2.5	23	80	13	64	62	0	0	37	0.95
55197--55942	156	4.8	157	73	9	391	28	13	17	41	1.87
55665--56142	154	3.1	154	78	6	455	27	12	16	42	1.85
56456--56530	20	3.8	20	76	0	87	34	13	10	41	1.79
56456--56533	40	2.0	39	87	2	111	34	12	11	41	1.80
57440--57490	20	2.5	20	100	0	102	15	11	9	62	1.53
62602--62673	20	3.6	20	78	0	90	34	13	9	41	1.78
62599--62676	40	2.0	39	92	2	129	34	12	11	41	1.80
65903--66182	149	1.9	150	83	3	368	27	12	19	40	1.87
69123--69147	11	2.3	11	100	0	50	24	0	8	68	1.16
74797--74821	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
74874--74957	19	4.7	19	80	16	99	38	19	11	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74893--74955	32	2.0	32	96	0	117	34	20	12	31	1.90
74912--74936	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
75684--75739	28	2.0	28	89	0	85	41	10	16	32	1.82
76622--76889	28	9.5	28	90	2	394	20	16	32	29	1.95
78125--78195	9	7.9	9	77	12	74	5	1	9	83	0.87
78135--78187	20	2.7	20	82	5	63	7	1	7	83	0.89
85154--85279	52	2.4	52	91	0	207	27	15	18	38	1.91
85154--85302	52	2.9	52	87	2	174	29	16	18	35	1.93
85291--85315	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
85368--85432	19	3.7	19	71	23	70	40	16	10	32	1.84
85362--85430	32	2.2	32	94	0	120	39	17	10	33	1.83
85586--85617	16	2.0	16	100	0	64	56	6	12	25	1.59
88613--89203	79	7.3	79	74	12	431	32	13	25	27	1.94
88696--88817	51	2.4	51	87	0	181	29	13	28	28	1.94
88797--89205	76	5.3	76	86	3	548	32	14	25	26	1.95
88797--89203	155	2.6	155	93	0	679	32	14	25	27	1.95
89155--89227	27	2.6	28	85	6	87	20	23	34	21	1.97
89216--89345	52	2.5	51	78	3	143	33	13	24	28	1.94
92172--92197	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
92863--92906	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
96803--96833	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
98873--98939	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98893--98917	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
98981--99005	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
99014--99186	52	3.3	52	98	0	328	35	17	17	28	1.94
107412--107493	30	2.7	31	88	1	112	25	28	18	28	1.98
107447--108499	34	31.7	33	75	15	782	20	32	12	33	1.91
107814--107865	27	1.9	27	96	0	95	23	38	17	21	1.93
107442--108502	62	16.0	68	87	7	1037	21	32	12	33	1.91
108503--108561	28	2.1	28	96	0	109	30	40	20	8	1.82
108564--109189	49	12.7	49	88	5	868	24	26	16	31	1.97
108564--109251	101	6.9	101	91	4	920	24	26	16	32	1.96
109060--109145	43	2.0	43	95	0	154	26	24	19	29	1.99
109008--109189	92	1.9	94	93	3	314	25	24	17	31	1.97
109103--109486	67	6.7	55	72	14	264	24	23	14	37	1.92
109103--109497	171	2.3	171	94	1	691	24	24	14	37	1.92
110295--110361	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
110315--110339	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
110404--110428	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
110437--110609	52	3.3	52	98	0	328	35	17	17	28	1.94
113760--113804	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
116019--116044	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116633--116700	20	3.8	20	74	25	87	39	14	19	26	1.90
116654--116712	13	5.0	13	73	23	67	38	15	16	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
116634--116712	33	2.4	33	100	0	158	39	15	17	27	1.90
116699--116740	21	2.0	21	100	0	84	28	19	9	42	1.82
116635--116829	32	6.0	32	78	9	132	33	16	15	34	1.90
116887--116942	21	2.7	21	97	0	103	35	17	8	37	1.82
120399--120451	26	2.0	26	100	0	106	26	18	15	39	1.90
124926--125050	20	5.7	20	70	20	72	42	12	14	30	1.83
128587--128645	21	2.8	21	87	5	75	37	5	25	32	1.78
128608--128651	21	2.1	21	86	0	61	36	6	20	36	1.79

Tables:   1

The End!