genome.fa.s2675.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2675
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  74864

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6637--6688	1	52.0	1	76	0	50	88	7	1	1	0.66
6648--6686	13	2.9	13	88	3	60	87	10	2	0	0.65
6637--6687	14	3.7	13	87	10	66	88	7	1	1	0.67
6639--6688	22	2.3	22	89	6	75	88	8	2	2	0.68
6637--6688	17	3.0	17	86	8	61	88	7	1	1	0.66
7663--7803	61	2.3	61	96	0	255	28	29	18	23	1.98
7963--8026	30	2.3	27	86	8	83	26	32	17	23	1.96
7907--8061	83	1.9	83	100	0	310	27	32	19	20	1.97
7846--8116	138	1.9	140	88	6	404	27	30	18	23	1.98
7993--8336	61	5.9	60	83	6	406	25	28	20	25	1.99
8319--8465	41	3.5	42	76	6	118	19	24	16	39	1.92
9044--9087	21	2.0	21	82	4	52	36	15	9	38	1.80
9054--9105	19	2.6	19	84	6	68	38	15	13	32	1.86
11529--11769	102	2.3	104	87	1	333	30	25	10	34	1.89
11529--11763	51	4.6	51	82	2	274	31	24	10	34	1.89
11747--11821	27	2.7	27	89	2	105	24	32	20	24	1.98
11774--11949	79	2.2	79	89	1	262	26	25	15	32	1.96
11529--11876	51	6.7	51	72	12	233	29	25	11	33	1.91
11646--12274	237	2.6	236	82	4	737	26	26	13	33	1.94
11990--12060	28	2.5	28	88	8	101	22	33	18	25	1.96
12012--12188	79	2.2	79	85	4	223	24	27	15	32	1.96
15541--15664	51	2.4	50	82	6	142	29	25	13	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15484--15873	130	3.0	129	81	5	414	30	25	11	33	1.91
15674--15787	51	2.2	51	87	0	165	34	24	7	33	1.84
15723--16020	79	3.8	80	76	6	257	29	22	13	35	1.92
23255--23309	28	1.9	29	88	3	85	36	20	23	20	1.95
23189--23391	79	2.6	79	80	2	201	30	17	27	25	1.97
23343--23414	28	2.6	28	88	0	99	23	19	34	22	1.96
23436--23797	52	6.9	51	70	13	207	33	11	25	29	1.92
23494--23623	51	2.5	52	84	1	154	33	14	23	27	1.94
23294--23792	263	1.9	263	88	2	752	32	13	26	28	1.93
23610--23678	27	2.5	27	88	6	95	23	21	30	24	1.99
25893--25918	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
25872--25938	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
25958--26057	19	5.9	18	73	26	103	38	15	12	35	1.84
25980--26036	13	3.9	13	76	24	60	35	15	14	35	1.88
25961--26055	32	3.0	32	98	0	181	36	15	12	34	1.86
26112--26169	21	2.8	21	91	0	89	37	17	10	34	1.84
27031--27118	26	3.3	26	66	20	72	19	17	35	28	1.94
27055--27143	29	3.2	29	64	20	80	21	17	32	28	1.96
26932--27853	59	15.8	59	93	2	1451	25	21	28	24	1.99
41308--41333	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
41288--41351	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
41288--41358	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43886--43911	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
47823--47867	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
50087--50112	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
50067--50130	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
50067--50137	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
51155--51359	80	2.6	80	83	2	243	29	17	29	23	1.97
51314--51381	28	2.4	28	87	0	91	23	17	36	22	1.94
51396--51546	51	2.9	51	88	2	212	36	10	22	30	1.88
52928--52953	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
52993--53056	19	3.7	19	70	23	68	35	10	12	40	1.78
52996--53058	32	2.0	32	96	0	117	36	12	12	38	1.82
53102--53147	21	2.2	21	96	0	83	36	21	8	32	1.84
53346--53834	248	2.0	247	88	2	721	23	25	19	31	1.98
53346--53835	62	7.9	62	83	2	590	23	25	19	31	1.98
53830--54208	46	8.7	44	76	10	300	20	26	13	39	1.89
53840--54118	44	6.4	44	73	14	143	21	26	13	38	1.91
53876--54118	82	2.8	84	80	6	256	21	26	13	38	1.91
54255--54357	41	2.5	41	83	7	129	17	30	9	42	1.81
54970--55024	20	2.8	20	94	0	101	23	14	16	45	1.84
56934--56986	13	4.5	13	71	26	55	37	15	13	33	1.86
57031--57118	19	4.9	19	80	17	107	37	17	15	29	1.91
57071--57129	13	5.1	13	75	23	60	40	13	15	30	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57052--57148	32	3.0	32	92	4	151	41	14	15	28	1.86
65756--65809	20	2.7	20	88	5	74	37	20	12	29	1.90
65838--65925	19	4.9	19	76	17	89	38	15	15	29	1.89
65859--65955	32	3.0	32	92	4	151	41	14	15	28	1.86
65878--65936	13	5.1	13	76	23	69	40	15	15	28	1.87
67452--67654	79	2.6	78	86	3	284	28	25	12	33	1.93
67512--67846	130	2.6	129	85	2	458	28	24	12	34	1.92
67591--67701	51	2.2	50	87	4	152	27	24	12	35	1.92
67720--67837	51	2.3	51	88	0	173	31	24	11	32	1.91
67823--67892	28	2.5	28	88	4	97	22	30	18	28	1.98
67771--67966	107	1.8	107	82	4	252	27	24	14	33	1.94
67851--68079	79	2.9	78	77	9	214	27	24	14	34	1.94
69562--70079	61	8.4	61	83	4	585	25	26	18	28	1.98
69896--70085	66	3.0	65	81	9	221	25	27	17	29	1.97
70058--70203	43	3.5	42	81	6	145	24	22	13	39	1.89
70057--70136	40	2.0	40	85	11	110	26	22	11	40	1.87
70773--70880	45	2.3	48	87	7	150	25	17	13	42	1.87
70773--70902	50	2.7	49	82	8	153	26	18	13	42	1.86
73227--73757	79	6.7	77	81	5	474	28	25	12	33	1.92
73252--73757	158	3.2	157	82	5	585	28	25	12	33	1.93
73285--73745	237	1.9	237	82	4	563	28	25	13	32	1.93

Tables:   1

The End!